但是郑芝龙并没有在荷兰的东印度公司待很久。野心勃勃的郑芝龙显然清楚地意识到远离基地，无异于将自己的权力拱手让人。虽然在二十八人集团中，他的年龄是最小的，但无论是他的才华，还是他所掌握的资源，都远远地超过颜思齐之外的其他二十六人。
颜思齐经营台湾一年的时问，海商基地已经从海岸线向岛内延伸，从北港溪流域拓展到了牛朝溪、八掌溪流域，新开垦土地大大增加，同时新的居住点也不断增多。船只的数量也越来越庞大，武装力量也变得强大。
颜思齐没有放弃占据日本的雄心，在那个时代，他确实是非常特殊的人物，如果不是因为他意外地英年早逝，那么他的成就远不止此。
“先驱者总是迈不过死亡的门槛”(茨威格语)。
1625年的农历九月，颜思齐前往距离海岸约三四十公里处的猪罗山打猎，返回后的一场大病，让他就此逝世。
这次死亡来得如此突然，给颜思齐本人留下无尽的遗感，他在临终前对众位兄弟说： “不佞与公等共事二载，本期创建功业，扬中国声名。今壮志未遂，中道天折，公等其继起。”这段遗言证明颜思齐绝非等闲的海盗，而是一位拓荒时代的英雄，后来他被认为是“开台圣祖”，即近代开拓台湾的第一人。
颜思齐的时代结束了，郑芝龙的时代即将到来。
颜思齐的暴死，使得海内集团的权力斗争变得白热化。
陈衷纪是新首领的有力竞争者，他是当初密谋推翻日本的行动中最卖力的成员，同时也是颜思齐的同乡，这个身份使他与颜思齐的关系非常密切，而且从日本逃亡出来后，也是他提出占据台湾的主张。
但是最后还是郑芝龙被推上新首领的位置，在所有的结义兄弟中，郑芝龙的年龄最小，颜思齐死时，他也只有二十二岁，他最终胜出的原因，有各种各样的说法，有的记载离奇得像是天方夜谭。比如说有一种说法，以掷碗来决定首领人选，其他人掷到地上的碗都摔得粉碎，只有郑芝龙掷出的完好无缺；还有一种说法，以拜剑的方式来决定首领，轮到郑芝龙拜的时候，剑居然飞起来。也有的学者从郑芝龙有一位颜姓的妻子这一事实出发，推断这位颜氏可能是颜思齐的女儿，那么郑芝龙便是以女婿的身份来继承首领的位置。
但是更可能的情况是郑芝龙此时的个人势力，已经是其他人无法相比的了。因为他的义父海商巨头李旦先于颜思齐一个月去世，李旦的庞大的船队与资产便转移到郑芝龙的名下，这无疑使郑芝龙的势力陡然膨胀起来。
不论是出于什么原因，郑芝龙将李旦与颜思齐两支最大的海商集团合二为一，东亚最强大的海上力量，由此产生。
下一步，该做什么呢?
拥有权力的人想要的，永远是更大的权力。现在，郑芝龙需要一场战争来巩固和扩展自己得来不易的权力。
长久以来，无论是李旦海商集团还是颜思齐海商集团，都被政府视为非法的武装，或者简洁地说，视为海盗。海商集团与政府的斗争由来已久，郑芝龙一跃成为海商巨头后，也成为政府军所剿杀的主要对象。
郑芝龙要向他的结义兄弟们证明自己的领袖才能，他的首要目标投向了福建。1626年，郑芝龙率领船队进攻位于福建南部的漳浦县，紧接着又攻打金门与厦门，然后挥师南下，进攻粤东，取得一连串的胜利。
海盗军队的战斗力令政府军大为吃惊，政府官员在给皇帝的一份报告中，以懊恼的心情写道： “其船器皆制自外番，艨艟高大坚致，入水不没，遇礁不破，器械犀利，铳炮一发，数十里当之立碎。”
海盗的装备居然比政府军的装备还要先进，但比起武器装备的先进，这群海盗更可怕的地方是收买人心。
海盗军队的成员大多来自福建，所以他们只跟政府军对抗，并不杀人放火，郑芝龙对手下喽哕们有几条军纪约束，不准掳掠妇女，不准屠杀百姓，不准放火烧房，不准破坏庄稼，只是遇到富裕人家便逼捐钱粮。
对于沿海的百姓来说，他们对海盗并没有恶感，很多时候，他们的亲戚朋友中也不乏海盗，郑芝龙的军队每到一处，就竖起大旗，招收当地居民入伍，大批的贫困饥民纷拥入郑芝龙的队伍之中，海盗军根本不担心兵源的不足，还有不少人自愿到台湾岛上进行垦荒。
1624年郑芝龙伙同颜思齐逃离日本时只有十三艘船、数百人，到1626年时，郑芝龙船队数量已经达到一百二十艘，而在1627上半年，则扩大到四百艘船与七万人，到了下半年，郑芝龙船只的数量就达到一千艘之多，这个增长速度真算是一个奇迹。 三、招抚与开发 明朝政府此时正陷入困境之中，朝廷内有魏忠贤残酷镇压东林党人，外有满族人在东北地区屡屡发动进攻，在这么一个背景下，要剿灭郑芝龙确实心有余力不足。
郑芝龙的船队对沿海地区的不断骚扰，令政府非常不安，决定采用招抚的策略。在此之前，政府已经招抚过一批小海盗，有了一些成功的经验。
在福建巡抚朱钦相的授权下，泉州巡海道蔡善继负责招抚郑芝龙的工作，蔡善继写了一封劝降信，派人送给郑芝龙。郑芝龙虽然自小性格叛逆，但父亲的传统思想不可能对他没有任何影响，中国传统思维的强大力量体现出来了，对中国人来说，衣锦还乡、光宗耀祖才算是真正成功者。在郑芝龙看来，海外的成功并不能得到家乡族人的认可，郑芝龙一直以来都想要一个名分。
如果仅从才能来看，郑芝龙的才干，绝不亚于颜思齐，但从胸襟来看，他缺少颜思齐开拓海外的眼光。虽然以现在的成就来看，郑芝龙已俨然是东南海域的霸主，但他更希望能以此来换取一官半职，成为大帝国官僚阶层中的一员。
蔡善继抓住了“光耀门闾”这个关键，这让郑芝龙怦然心动。在郑芝龙看来，虽然自己拥兵数万，但背着海盗的恶名，在他内心深处，渴望在大帝国的权力圈中占有一席之地，他接受了招抚。这次决定令他的部下大吃一惊，特别是陈衷纪、杨天生等人，坚决拒绝朝廷的招抚，也有些海盗头目担心明朝政府出尔反尔，这种担心并不是没有依据，在嘉靖皇帝的时候，政府在诱降最大的海盗头目王直之后，便背信弃义将其处死。即便有前车之鉴，郑芝龙还是愿意冒这个风险，他是个敢赌的人，在他看来，人生就是一个赌局，他要为仕途狠赌一把。
跟随郑芝龙前往投降的，只有十二艘船，共八百余人。但郑芝龙很陕会体会到一种失落，小小的泉州官员蔡善继就以一种居高临下的口气来教导他，在这位官员看来，郑芝龙不过是个弃暗投明的海盗罢了。更令郑芝龙难受的，是政府竟然吝啬到一官半职也不肯施舍。
福建政府官员显然很不识时务，帝国等级森严的制度早使他们养成了一种无知的自大，在他们眼中，百姓不过是一群绵羊，而他们则是牧羊人。在福建巡抚朱钦相看来，对郑芝龙的归降，不追究他所犯下的累累罪行，已经是天恩浩荡了。郑芝龙的失望是可以理解的，他体会到一名格言的真谛：“虎不可失威，人不可失势。”自己的势力就是和政府谈判的筹码。这个筹码越大，他谈成的可能性才越大。他秘密率船队离开泉州，再次返回到台湾的基地，重新当起海上的霸主，政府第一次招抚彻底失败了。
见识短浅的福建官府很快就要付出高昂的代价。福建的水军几次进剿郑芝龙，但无一例外遭到失利，郑芝龙在俘虏了水军将领卢毓英之后，将其释放并让他转告上级，称自己并无意与政府对抗，并说： “苟得一爵相加，当为朝廷效死力，东南半壁可高枕矣。”再次明示只要政府授予他一定的官职，他不仅愿意归顺，而且还将以他庞大的海上力量，力保中国东南沿海的安全。
与海盗谈条件，对傲慢的官府来说无疑是一种耻辱。福建巡抚朱一冯严令都督俞咨皋全面进剿郑芝龙，俞咨皋是嘉靖时代剿灭倭寇的名将俞大猷的儿子，但这并不表明他与父亲一样能征善战，连郑芝龙都嘲弄他“徒读父书安知兵”，这次出剿不仅损兵折将，最后连中左所(厦门)也被郑芝龙的海盗军所攻占，屡战屡败的俞咨皋最后被政府处死。
面对郑芝龙势力的逐渐强大，连荷兰人都深感威胁。大量招收泉州、漳州一带的百姓进入海盗队伍后，郑芝龙所控制的船只已经达到一千艘，由于福建官府根本无法与郑芝龙相抗衡，所以秘密约请荷兰人参与清剿郑芝龙的行动。荷兰驻台湾的总督韦特便率荷兰船只进攻盘踞在福建铜山的郑芝龙的船队，但是郑芝龙马上还以颜色，海盗船上强大的炮火令荷兰人心惊胆战，韦特总督被吓得一炮未发，便仓皇率着维蕾德号、伊拉斯莫号船逃往爪哇，其他的船只在郑芝龙坚船利炮的打击下，损失惨重。
在此之前，郑芝龙与荷兰人在贸易合作上一直比较融洽，但荷兰人协助福建官兵清剿，令郑芝龙无比的愤怒，他决心要狠狠地报复荷兰人。在台湾海峡，没有任何一支海上力量可与郑芝龙相对抗，包括荷兰人。很快，荷兰人的一艘搭载八十五名水手的大帆船被郑芝龙所截获，装载有价值一万八千里尔货物的荷兰商船同样被劫走，另外至少还有五艘荷兰船只也落得同样下场。被困在台湾岛南部的荷兰人这样说道： “因为船只不能在中国的海岸露面，一露面就要被一官(郑芝龙)截获，我们三百五十人只好坐困此间，无能为力。”荷兰人狼狈到只剩下“一艘待修补的船只”，只能坐等东印度公司的救援。
福建官府很惘然地发现，无论是官兵还是荷兰人，对郑芝龙清剿的唯一结果，是使郑芝龙的力量更加强大，郑芝龙的军事基地，从台湾岛的西部一直建到了福建的东南海岸，整个台湾海峡实际上已经全部在郑芝龙的控制之下。
与郑芝龙的威胁相比，明朝政府更大的隐患是来自北方的满族人，对于战略居于次要地位的福建，朝廷并不想投入太多的军事力量。
1627年的八月，天启皇帝病死，继任的崇祯皇帝大力调整帝国的政策，这使得重新招抚郑芝龙成为可能。第二年，熊文灿被任命为福建巡抚，这个对时局有着比较清醒认识的官员，力主对郑芝龙招抚，并获得了兵部的认可。曾经被郑芝龙俘虏并且释放的水军将领卢毓英被派往劝降郑芝龙。
已经过第一次招抚被冷落的经历后，郑芝龙更加小心谨慎，他将谈判的筹码抬高了。首先，他要求庞大的军队不被遣散，没有武装实力，他便是一文不名，他提出的理由是用这支军队“剪除夷寇、剿平诸盗”，这一点他也不用过分担心，因为朝廷也需要借助他的力量。其次，他再次强调朝廷应当授予他一定的官职。对于这两项要求，卢毓英表示“定然题保，决不负将军归诚意”，至于军队方面，只是要求郑芝龙能约束自己的部队，“严饬诸人，登岸毋得放纵”。
谈判进行得非制顺利。由于郑芝龙集团中唯一可对他构成威胁的陈衷纪在一次海战中，被另一股海盗李奇魁击毙，因而这次归降朝廷，在海盗集团内部并没有遭到强烈的抵制。郑芝龙深谙官场的规则，他同时以大量的银两以及奇珍异宝贿赂福建官员以及朝中政要，这也使得他的要求并没有在朝中引起很大的争议。在正式接受招抚之后，郑芝龙被授予守备职，这虽然不是一个很高的官职，但从此他的海盗集团一变成为合法的政府地方武装，这支武装力量，仍然被郑芝龙牢牢地把握在手中。
郑芝龙没有忘记对自己的基地台湾岛进一步开发，1628年，即崇祯元年，闽南地区遭到大旱灾，由于饥民太多，难以安置，郑芝龙便乘机向熊文灿提议，招纳泉州、漳州数万名灾民，前往台湾岛垦殖，每人发给三两银，三个人发给一头牛，让他们在台湾岛上建立家园，开垦荒地。
这是开拓台湾的一个重要事件，是继颜思齐之后，更大规模的一次开发台湾岛。岛上肥沃的土地、适宜的气候，使得这里一亩地的收成，竟然两倍于大陆，灾民们摆脱了饥寒交迫的窘境，而郑芝龙也坐享其成，收取了大量的田租，这也确保了他对庞大的私人军队的绝对控制权。
虽然郑芝龙的海上力量一枝独秀，但是在东南沿海，仍然存在有其他大大小小的海盗，这些海盗的力量也不可小觑，即便是郑芝龙集团，有时也会吃这些海盗的暗算而吃亏，其中最典型的例子，就是郑芝龙集团的第二号人物陈衷纪死于李奇魁的海盗集团之手。
郑芝龙第一个将目标锁定了李奇魁，并在当年打败了李奇魁的舰队并在战斗中将其斩首。
这次海战的胜利，使福建巡抚熊文灿深信招抚策略的成功，他希望郑芝龙的力量，能成为捍卫东南的海上长城。他与前任巡抚不同，体现出应有的慷慨，将郑芝龙提拔为参将。
李奇魁集团的灭亡，使郑芝龙赢得了朝廷的信任，同时他的虚荣心也不断地滋长，他在晋江安平，离他家乡石井仅有十余公里距离的地方，购置了大片的土地，他聘请了最好的园林设计师与最好的工匠，来负责豪宅的规划与施工，这片占地面积达到一百三十八亩的大府院落，将象征着他的财富与地位。
在多年的漂泊、流浪与征战之后，郑芝龙已经不再是海盗，而是有身份、有地位、有财富的政府正式官员，虽然他实际上更应该称为雄踞一方的军阀，这使他的生活比以前要安定，也多了闲情雅致，他怀念着远在平户的妻子田川氏以及他的儿子福松，是把他们接回家乡，全家团聚的时候了。
1630年五月，郑芝龙派遣自己同族同辈兄弟郑芝燕抵达平户，与日本平户当局交涉。此时的日本锁国的政策越发明显，幕府发布的政令严禁日本人离开日本，当平户当局将郑芝燕带回田川氏与福松的请求提交给幕府时，遭到幕府的一口拒绝，沮丧的郑芝燕不得不暂时居住在翁昱皇家中，并派人通知了郑芝龙。
勃然大怒的郑芝龙的第一反应，就是率领庞大的舰队进攻日本本土，拥有西太平洋最强大海上力量的他根本不把这些东夷人放在眼中，但是这种念头转瞬即逝，因为他现在不再是一支逍遥自在的海盗船队的首领，而是一名堂堂的大明朝的海军将领，虽然连续击破各路海盗，但另一个强大的海盗头目刘香尚未落网，而荷兰人也虎视眈眈，企图在他疏于防范之时反咬一口。
郑芝龙强按怒火，他决定对幕府软硬兼施、双管齐下。几个月后，他的另一个同族兄弟郑芝鹗率六十名壮士，身着戎装，船上配置精良的武器，经过数日的航行，抵达平户。平户当局大为震动，以为大明海军即将进攻日本本土，郑芝鹗与日方交涉，说明来意，要求日方立即遣回田川氏与福松母子俩。平户当局推托幕府的政令难以违抗，郑芝鹗当即要求见幕府将军德川家光。