1初见曙光
日军为了集中兵力对付美军向瓜达尔卡纳尔岛发起的进攻，堀井将军奉命退守布纳滩头。到10月上旬，瓜岛上日军的兵力增加到2.2万人。10月22日，日军向美军控制的机场发动了第二次总攻，但再次遭到惨败。为夺取这次战役的胜利，日军做出巨大的努力，以致出动了联合舰队的全部“人马”。作为回敬，尼米兹的舰只也倾巢出动。在9月至12月的多次海上激战中，双方各损失24艘航空母舰、战列舰等大型主力战舰，还有许多舰只遭到重创。
10月18日，尼米兹海军上将免去了戈姆利的职务，任命威廉·哈尔西海军中将指挥整个战役。哈尔西1904年毕业于美国海军学院，是美国海军的著名将领。
11月16日，日军最高统帅部调整了西南太平洋方面的陆军指挥系统，组建了以今村均上将为司令官的第8方面军，但今村均上任后也没能实现其夺回瓜岛的誓言。由于日军失去了海空控制权，部队的补给中断，再加上疫病流行，死亡人数大增；而美军的军力却得到了加强。到了12月底，日军被迫作出停止瓜岛作战的决定。1943年2月上旬，1万余名日军残部撤离瓜岛。
在此期间，澳军正在科科达“该死的山道”上追击堀井的部队，美军126团也在丛林中艰难地行进，因为自然条件恶劣，后勤供应跟不上，推进速度都非常缓慢。肯尼虽然派飞机空投了一些补给品，但能找回来的不多。
在后撤途中，堀井因木筏倾覆而淹死，上万人的部队因疾病、饥饿只剩下了几千人，但日军还是抢先了一步，得以与布纳的守军会合，并在戈纳—萨纳南达—布纳一线绵延约20多公里的海岸上建立了滩头阵地。麦克阿瑟原定的围歼日军的计划落空了。
11月14日，麦克阿瑟下达了进攻布纳的作战命令。左翼是由科科达小路下来的澳军第7师，由乔治·瓦齐少将指挥进攻北面的戈纳；右翼是爱德华·哈丁少将指挥的美军第32师进攻南面的布纳；中路126团继续向布纳推进。这些部队深信这次战役将像吃糕点那么容易，他们以高昂的战斗热情和乐观的情绪，于11月16日出动了。虽然他们所到之处，遍布沼泽和丛林，但是每个人都相信，胜利已经在望了。遗憾的是总司令部完全低估了滩头阵地上日军的实力。自初夏以来，负责情报工作的查尔斯·威洛比和其他一些人就一直小视日军的实力水平，认为日军在科科达山道上和其他地方已遭到惨重损失，猜测日军不会超过2000人，防御一定很薄弱，如果日军在瓜达尔卡纳尔岛上再后退一步，设在拉包尔的日军司令部就可能命令这些部队全部撤退。实际上，在戈纳—布纳一线，还有6000名左右日军，他们牢牢地坚守在一系列防御工事里，美国陆军历史学家把这些工事称为一大“杰作”。
为亲自督战，11月6日，麦克阿瑟和他的主要助手萨瑟兰、肯尼、威洛比等人，离开布里斯班，在莫尔斯比港设立了前沿司令部。将军和他的随员搬进一幢坐落在一座小山上的两层楼房里办公，不知为何人们称这幢小楼房为“政府大厦”。像在墨尔本和布里斯班一样，麦克阿瑟还是独处一室，他很少离开警卫森严的司令部。
一上阵交手，美澳军两个师立即遭到坚守在战壕里的日军的殊死抵抗。他们很快就陷入了困境，被倾盆大雨和丛林疾病弄得狼狈不堪，又严重缺乏补给品，特别是食物，伤亡极其惨重。在主要由新兵组成的美军第32师中，因指挥不力，部队士气低落。令人遗憾的是，总司令部不顾客观情况，又责难起哈丁和他指挥的第32师来了。麦克阿瑟不断呼吁哈尔西海军中将提供海上支援，可是哈尔西拒绝了麦克阿瑟的要求，因为他不能用那些幸存的珍贵舰只在巴布亚以东的危险水域去冒险。
在无望的进攻使伤死人数急剧增加的情况下，麦克阿瑟准备派正在澳洲训练的美军第41师来增援。这时托马斯·布莱米建议派澳大利亚部队来增援哈丁，因为“他们知道如何作战”，言外之意是美军不知道如何作战。麦克阿瑟认为澳大利亚最高军事指挥部正在看他的笑话，气得他火冒三丈，这时他想到了艾克尔伯格。
麦克阿瑟迟疑不决地派人去请艾克尔伯格，他于11月30日到达莫尔斯比港，那时战役已经开始两个星期了。他同麦克阿瑟、萨瑟兰和肯尼在“政府大厦”的阳台上举行了一次特别会议。他发现麦克阿瑟和萨瑟兰对当前的形势都感到十分惊恐。麦克阿瑟对他说：“鲍勃，我要派你到布纳任司令官，撤掉哈丁。我送你去，鲍勃，我还要你撤换那些不会打仗的军官。只要能打胜仗，谁都可以当指挥官。时间是关键，日军随时都可能登陆增援。”他停了一下又补充说，“鲍勃，我要你夺取布纳，否则就别活着回来。”
第二天，艾克尔伯格就飞往布纳前线。他发现第32师的领导“都不在”，部队处于放任自流状态，疫病流行，食物只能按定量的三分之一供应，士兵们都快饿死了，哪里还有战斗力。他向哈丁将军及几个校级军官发了一通火。他立即采取措施，大力改善食物供应，扭转形势。他还深入前线，亲自率领一个连投入战斗，并高喊“小伙子们，跟我来……”他差点被一个隐蔽的日军狙击手击中。当时，除艾克尔伯格以外，所有的美军将官都负了伤，撤离了战场。
12月9日，左翼澳军经过殊死的白刃战终于攻下戈纳。这对麦克阿瑟是个刺激，催促进攻的电报一封接一封地送到艾克尔伯格手中。在高温和大雨中，艾克尔伯格不顾惨重的牺牲，率部对日军发起一次又一次的冲锋。到12且14日，进攻终于取得进展，布纳被攻克了。艾克尔伯格收到了麦克阿瑟发去的贺电。
经过短暂的休整并得到一些增援之后，艾克尔伯格于12月18日重新发起进攻。他们再次受到了日军的顽强抵抗，每前进一步都要付出血的代价。到圣诞节时，在战场上甚至出现了令人绝望的局面。就在残酷的战斗胜负未定的时候，总司令部却发了一份战报：“在圣诞节期间，我方的行动只限于例行的安全防范，日军的抵抗已被制止。”对此，艾克尔伯格感到吃惊和气愤。
1943年1月3日，日军终于溃退了，美军以高昂的代价，赢得了这次对日作战的胜利。
1月8日，麦克阿瑟在返回布里斯班后发表了一份公报：“巴布亚战役已经到了结束阶段，堀井少将指挥的在巴布亚的日军可以说已被歼灭。”其实那对萨纳南达的重要防御工事还没有攻下来，有7000多名日军在那里顽抗，澳军的进攻在那里严重受阻。
1月11日，艾克尔伯格开始负责指挥在巴布亚的全部盟军，并立即派出澳美联军对萨纳南达发起进攻。进攻遭到顽强的抵抗，盟军伤亡惨重。所幸的是，激烈的战斗刚开始一天，位于拉包尔的日军总部就命令日军从海上撤退。在其后的一个星期中，当撤退还在进行时，战斗仍在十分激烈地进行。到了1月22日，澳美联军发起钳形攻势包围了萨纳南达，全歼了未能撤离的日军。
从1942年7月22日至1943年1月22日，巴布亚战役整整进行了半年。美军投入的兵力为3万人，其中阵亡3000人，5400人负伤，毙敌7000人。这是太平洋战争中盟军损失最大的战役之一，比同期进行的瓜岛战役伤亡人数将近多一倍。在1月28日发表的一份让人难以理解的虚假战报中，宣布战斗结束了，麦克阿瑟夸耀盟军总的损失很小。
当时日军之所以能抢先在布纳登陆，是因为总司令部不相信“卡斯特”密码破译人员的情报。如果他们当时根据得到的情报采取了措施，盟军的伤亡当可大大减少！对总司令部说来，幸亏这次大错在“超级秘密”的幌子下掩饰过去了，麦克阿瑟才能洋洋得意地夸耀，他在澳大利亚的国界以外为保卫澳大利亚而战。
2重创日军的“俾斯麦大海战”
1943年上半年，布纳和瓜达尔卡纳尔两战区有长达6个月的时间处于休战状态。参加过那里苦战的疲惫不堪的盟军士兵，被调回澳大利亚和新西兰进行休整，用新来的部队换防。
麦克阿瑟在离开两个月之后回到布里斯班。由于巴布亚战役取得了胜利，他一扫开战以来的抑郁心情，精神为之一振。63岁的麦克阿瑟“像刚度假回来似的，他目光闪亮，步履轻快，有时还同记者说说笑话”。
总司令部设在布里斯班中心区一幢九层的大楼里。麦克阿瑟一家住在伦农饭店里。琼对做饭这一套虽然并不高明。但因将军不喜欢吃餐厅准备的饭菜，她还是决定由自己亲自做饭。
麦克阿瑟在下属面前，表现冷淡孤傲。他很少与士兵们交谈，他认为那是下级军官的事。在下属的心目中，他是个严肃而令人敬畏的人。几乎没有人敢到家里去打扰他，只有热情豪放的乔治·肯尼是个例外。他住在麦克阿瑟的楼下，他一想出什么“妙主意”，就上楼去敲门，诡称他要喝一杯咖啡。然后就谈他的“妙主意”，有时一直谈到凌晨两点，“琼坐在那听着听着，常常昏昏沉沉地睡去”。
1943年1月，罗斯福、丘吉尔和联合参谋部在卡萨布兰卡开会研究全球战略问题。金海军上将坚持认为，应不断对日本人施加压力，并敦促将对日作战的盟军部队增加一倍。丘吉尔和他的顾问们，勉强同意了这一主张。于是，金宣布麦克阿瑟和哈尔西可在1943年5月夺取拉包尔。他还建议，攻陷拉包尔之后，尼米兹就应当向中太平洋推进，目标是及早夺取吉尔伯特群岛。
3月，麦克阿瑟派肯尼和萨瑟兰去华盛顿，参加参谋长联席会议主持召开的会议，研究确定1943年太平洋战区的作战计划。萨瑟兰提出了“埃尔克顿”计划。这个计划在实质上同参谋长联席会议1942年7月2日的指令是一致的，只是麦克阿瑟增加了赌注。除手里的部队外，他还需要增加5个师，45个空军大队，以及许多海军舰只和登陆艇。萨瑟兰提出计划时的傲慢态度，使与会代表感到惊讶和反感。会议开了两个星期，最后参谋长联席会议同意给麦克阿瑟派去有限的支援部队：2个或3个师，并增加一些飞机和舰艇。
太平洋战争的新作战计划于3月28日发布。主攻目标仍然是拉包尔。在西战区，要求夺取莱城、萨拉茅阿和在新几内亚境内的其他地区。在东战区，要求夺取上所罗门群岛中的新佐治亚和布干维尔。具体的作战时间安排和协同问题由麦克阿瑟和哈尔西自己去决定。虽然在哈尔西战区内的海军归尼米兹调遣，还是任命了麦克阿瑟担任这次战役的总指挥。
4月15日，哈尔西飞往布里斯班，同麦克阿瑟进行第一次会晤。这次会见很快使他们俩结成了莫逆之交。哈尔西在回忆录中，这样写道：“我向他汇报5分钟之后，我就感到好像我们早已结成终生的挚友。我很少见到像他这样，在这么短时间里就给我留下这么强烈印象，这么讨人喜欢的人。那时，他已经63岁了，可是看上去不过50岁出头。他的头发乌黑发亮，眼睛清澈明亮，仪态端庄稳重。即使他身着便服，也能立即认出他是军人……我们有过争论，但总是愉快地结束。他虽然是我的上司，但从不把他的意志强加给我。在少数情况下，我不同意他的意见，我就对他说我不同意，于是我们认真进行讨论，直到一方改变主意为止。我们讨论问题时的情景，在我脑海里留下深深的印象：他在办公室里踱来踱去，在他那空荡荡的写字台和乔治·华盛顿的肖像之间的地板上，留下明显的磨痕；他手里拿着玉米棒芯做的烟斗（我很少见到他抽它）。”
麦克阿瑟与哈尔西会晤后，制订出了执行“埃尔克顿”作战计划的详细方案。作战行动将于6月开始。第一步，哈尔西的部队将进攻所罗门群岛中的新佐治亚。同时，麦克阿瑟的部队将进驻新几内亚东海岸以外的伍德拉克岛和基里维纳岛，那里还未被日军占领。联合作战行动的代号为“车轮”。
5月间，罗斯福和丘吉尔在华盛顿再次晤面，称为“三叉戟会议”，会议主要目的是解决进攻日本的战略问题。麦克阿瑟认为，通往东京的道路只有一条，那就是集中他所辖战区内的全部力量，向新几内亚推进，经菲律宾、台湾，直指日本。金海军上将断然反对这个主张，他认为赢得战争胜利的最佳方法是，一步一步地展开岛屿争夺战，海军及其陆战队通过中太平洋向前推进——顺序是吉尔伯特群岛、马绍尔群岛、卡罗林纳群岛、马利亚纳群岛、台湾、日本。
最后，罗斯福和丘吉尔达成了妥协，认为可以有两条通往东京的道路，即麦克阿瑟的道路和金上将的道路。实际上还是金上将的道路，这意味着尼米兹将在中太平洋发动攻势。
麦克阿瑟对这一决定感到不快，他给马歇尔发电报打电话，继续反对两条道路的主张，认为夺取中太平洋诸岛，达不到“任何具有战略意义的重要目标”，这样分散力量是徒劳无益的。但他未能动摇参谋长联席会议的决心。
在地面战斗暂时停歇的6个月里，麦克阿瑟最为关注的，是如何防止日军进一步增援莱城和萨拉茅阿的守军，因为盟军将向那里发起进攻。歼灭日军增援部队的任务交给了以布里斯班为基地的潜艇部队和肯尼的空军部队。
当时，布里斯班的潜艇只有12艘，由詹姆斯·法伊夫指挥，他曾计划用潜艇来“保卫”林加延湾，结果失败了。潜艇部队主要从“卡斯特”密码破译人员那里获取关于敌舰活动的有价值的情报。不久，发现敌人从帛琉至拉包尔、威瓦克开辟了一条新补给线。于是，法伊夫沿新几内亚北海岸部署了几艘潜艇，以便切断敌人这条交通线。达德利·莫顿指挥的“鲣鱼”号潜艇对一个小型护航队进行了一次引人注目的截击，击沉日舰3艘。其中一艘是运兵舰，当近千名日军落水后，莫顿将潜艇浮出水面，然后用轻武器毫不留情地把他们打死。
3月初，总司令部从“卡斯特”密码破译人员那里得到情报说，日本人在拉包尔组成了一个向莱城—萨拉茅阿运送兵员和器材的大型运输船队。有8艘运兵舰，大约装有7000名士兵，还有一些装备。船队由8艘驱逐舰护航。麦克阿瑟要求肯尼以优势兵力去对付这支船队。
肯尼亲自指挥这次作战，他很快集中了在巴布亚的207架轰炸机和154架战斗机。另外还有86架轰炸机和95架战斗机在澳大利亚东北部的各基地集结待命，一旦需要，立即出动。肯尼向日舰可能经过的海域派出侦察机群进行搜索。