麦克阿瑟认为，华盛顿一直在耍花招，先是让他离开他在菲律宾的部队，去澳大利亚寻求根本不存在的援助。华盛顿方面从他手中夺去他在菲律宾的指挥权，交给了温赖特，这个人不去进攻，却反而可耻地投降了。华盛顿曾让他相信他将指挥太平洋战区，而后却又让他自己和尼米兹平分秋色。他真正拥有的，不过是澳大利亚未经训练的少量部队，而这块大陆本身也在受到威胁，即使他能守住澳大利亚，也要好多年才能打回菲律宾去。在气头上，他甚至指名道姓地攻击马歇尔，说海军部是个“阴谋小集团”，还说过，他最凶恶的敌人“不是在前线，而是在我背后的华盛顿”。
麦克阿瑟在墨尔本住了下来，在澳大利亚设立了军事指挥中心。他和琼、阿瑟、阿珠，以及他的参谋人员住在孟席斯饭店六楼。
麦克阿瑟一家常常应邀出席社交活动，在公共场合露面和发表谈话，但是除了与澳大利亚总理约翰·柯廷有密切的私人交往和工作关系之外，他们基本上不与别人交往。
在这段接连遇到挫折的日子里，麦克阿瑟对儿子更加关注了。赫夫回忆说，将军从在菲律宾时就开始了，每天早晨都要给阿瑟一件新礼物，实际上是两件同样的礼物，以便阿瑟能把一件给他的小伙伴。“有时我们很难找到不同的礼物”，但是因赫夫同国内一家玩具公司的一个海军老伙伴保持着联系，解决了这个问题。
除了家庭生活之外，麦克阿瑟的活动范围就局限在他的司令部了。以萨瑟兰为参谋长的参谋部几乎全都是由“巴丹帮”的人组成的，他们像琼一样以麦克阿瑟为中心，组成了一个怨恨和怀疑“外人”的排外集团。
2扭转“风向”的海战
不管麦克阿瑟有多么大的误解，其实华盛顿方面，特别是马歇尔正在想尽一切办法给麦克阿瑟调遣人员和武器装备。还在麦克阿瑟到达澳大利亚之前好久，罗斯福和英国首相温斯顿·丘吉尔就已决定，必须拯救澳大利亚，以便把它作为最后反攻日本的跳板。大约在麦克阿瑟到达澳大利亚的时候，罗斯福和丘吉尔就已经同意，把一直在北非作战的三个一流的澳大利亚帝国陆军中的两个师调回澳大利亚。此外，马歇尔将军还下令将第32和第41美国陆军师（当时正在美国受训）立即运往澳大利亚，随同一道运去的还有一些防空分队、工兵分队和支援部队，使美国部队的总数达到10万人。马歇尔还下令，迅速建立一支约有8个大队的以澳大利亚为基地的空军，使轰炸机和战斗机总数达到535架。金海军上将还派去了6艘驱逐舰、2艘潜艇补给船及6艘老式的S级潜艇。同时，他还计划彻底检修在澳大利亚基地的20艘潜艇，使其适应战争的需要。澳大利亚制订的扩军计划也正在实施。
为协调指挥盟军部队对日作战，麦克阿瑟被任命为西南太平洋盟军的总司令，他不仅要指挥美国的部队，而且还要指挥澳大利亚、荷兰、新西兰和其他国家的部队。有好几个国家的军官在这个“国际性的”司令部里工作。麦克阿瑟指定澳大利亚的托马斯·布莱米将军指挥地面部队，可是其他关键性的领导岗位都被美国人占了。乔治·布雷特中将代替布里尔顿当了盟军空军司令。盟军海军司令是美国海军中将赫伯特·利里。萨瑟兰仍当参谋长。“巴丹帮”的其他人员受命担任剩下的高级职务。
麦克阿瑟根本不信任他的三个高级司令官。布莱米的职务不过是礼仪性的，麦克阿瑟及其总司令部玩弄各种花招，总是越过他，实际上在指挥地面部队。直到这时，麦克阿瑟还在怨恨海军不去救援他在菲律宾的部队，他就拿利里出气。他还因克拉克机场的惨败而抱怨空军，先是一连八天拒绝接见空军司令布雷特，见面以后又是一阵严厉的申斥。在这个令人不愉快的司令部里，鲁道夫·费比恩的“卡斯特”密码破译分队才是一件真正有价值的“秘密武器”。它作为战争的耳目一直完好地保存下来，如今它驻在墨尔本澳大利亚皇家海军情报处层层设防的蒙特雷大楼里。在行政上，“卡斯特”还是受美国海军的控制，但是它搜集到的绝密情报，每天都送给麦克阿瑟。这些情报使麦克阿瑟几乎在战争的每一个环节上都胜日本人一筹，成为一名料事如神的总司令。
“卡斯特”分队在墨尔本建立后不久，就获得一份激动人心的情报，可以说是二次大战中最有价值的情报之一。这是一份日军的作战命令，详细地说明了日本人在位于新不列颠岛上拉包尔的作战意图：他们将在5月初发动一次钳形攻势，实施两栖作战，企图以大部分兵力占领巴布亚的澳大利亚前哨阵地莫尔斯比港。一股小部队将在所罗门群岛的图拉吉岛登陆，在那里建立水上机场，以支援莫尔斯比港作战，并为以后入侵新喀里多尼亚、斐济和萨摩亚铺平道路。入侵部队将由强大的海军部队支援，参加行动的有“翔鹤”号和“瑞鹤”号重型航空母舰，“祥凤”号轻型航空母舰，外加许多艘巡洋舰和驱逐舰。
华盛顿和珍珠港得到情报以后，都认为这个情报很珍贵，应该在美军航空母舰安全有保障的海域，给进攻莫尔斯比港的日军一次决定性的打击，最后决定尼米兹和麦克阿瑟采取联合行动。尼米兹将派出“约克城”号和“列克星敦”号两艘航空母舰（他的另外两艘航母“大黄蜂”号和“企业”号交给了吉米·杜利特尔去袭击东京），以及一些护航巡洋舰和护航驱逐舰。麦克阿瑟将派出能够出海作战的水面舰只和潜艇，并派出他所能拼凑起来的陆上轰炸机去执行侦察和轰炸任务。
5月4日至8日，日军和盟军部队在海上遭遇，进行了有名的珊瑚海大战。双方的航空母舰互相对垒，在视线以外以舰载飞机为武器互相发动攻击，这在历史上还是第一次。在4天的激烈混战中，美国舰载飞机击沉了日军“祥凤”号轻型航母和一艘入侵莫尔斯比港的大型运输舰，重创“翔鹤”号重型航空母舰。日本飞机击沉了美国驱逐舰和油船各一艘，击伤“约克城”号和“列克星敦”号两艘航空母舰。排水量为4.2万吨的“列克星敦”号很快就被无法控制的大火吞没，美国海军用鱼雷把它击沉了。从战术意义上讲，这次战役是以美军失败而告终，但从战略意义上讲，是美国胜利了。入侵莫尔斯比港的日军部队掉头撤走了，这是日军开战以来，第一次未能达到既定的目标。日本海军不可战胜的神话被打破了，盟军方面受到很大的鼓舞。尼米兹说，这是“一个将产生深远影响的决定性胜利”。
麦克阿瑟的海军和空军部队在战斗中只起了微小的作用。布雷特的少数几架飞机轰炸了莱城、拉包尔和布干维尔的基地，并执行了照相侦察任务。由于误会，布雷特的轰炸机攻击了麦克阿瑟支援尼米兹的美澳小型舰队（3艘巡洋舰，2艘驱逐舰），炸死9人，幸亏没有击沉舰只。
这次战役之后不久，大约在5月18日，“卡斯特”破译人员进一步提供了关于日军作战意图的有价值的情报。看来日军正准备在中太平洋地区采取一些重大的行动，不过到底是什么行动，还不得而知。无论采取什么行动，为了切断从美国和夏威夷至澳大利亚的交通线，日军必将会进一步向所罗门群岛推进，夺取除图拉吉之外的新喀里多尼亚、斐济和萨摩亚。此外，夺取莫尔斯比港仍然会被列在计划之内。但可能不是一场海战，日本人大概会在布纳登陆，再从陆上派出部队——越过海拔4000米的欧文斯坦利山脉——从背后进攻莫尔斯比港。
经过紧张而艰苦的努力，在珍珠港的“海波”分队终于破译了日军密码。日本海军上将山本五十六将向中途岛发动一次大规模进攻。中途岛是个面积只有4.7平方公里的小岛，地处连接美洲和亚洲大陆的太平洋航道的中部。日军夺取中途岛的目的在于建立海军航空兵基地，同时诱出美国太平洋舰队并将其歼灭。破译人员准确地提供了有关作战命令的情报，甚至得知“翔鹤”号在珊瑚海遭重创，“瑞鹤”号损失了它的飞机，因而这两艘航空母舰都不会参加这次战役。
美日海军于6月3日至6月6日，在中途岛海域进行了激烈交战。较量的结果，日本海军受到了致命的打击，共损失4艘航空母舰、1艘重型巡洋舰、340架作战飞机、2400多名水兵和飞行员。美军损失1艘航空母舰、1艘驱逐舰和150架作战飞机。正如海军历史学家沃尔特勋爵所说的那样，对尼米兹和美国海军说来，这是一次“难以置信的胜利”。在一个月内发生的两次海战中，美军给予日本海军航空兵以沉重的打击，从此它再也没有恢复元气，日军在海上发动进攻的能力被大大地削弱了。
日军接连两次受到重创丧失了海空控制权和战略主动权，只得放弃南进夺取新喀里多尼亚、斐济和萨摩亚的计划。太平洋的“风向”开始转了。这就促使美国的太平洋战略发生了转变，在太平洋战争爆发半年后，决策者们开始认真考虑战略反攻的问题了。大部分计划都集中在占领新不列颠岛上拉包尔的日军基地。如能占领这个基地，就能阻止日军继续向前推进，并迫使它后退至1100多公里之外的中太平洋基地特鲁克。
6月初，即中途岛大捷后不久，麦克阿瑟向华盛顿提出了一个大胆的作战计划：直接对拉包尔实施两栖攻击。他认为拉包尔那里“防御薄弱”，使用他指挥下的有效的攻击力量，再加上尼米兹的一个两栖作战师和航空母舰的支援，他就能像吃顿快餐一样迅速地攻占拉包尔。接着，又向华盛顿呈送了称为“塔尔萨-1”和“塔尔萨—2”作战计划，预计占领拉包尔的时间短得惊人，分别为14天和18天。麦克阿瑟之所以能提出如此大胆的计划，一是因为他的军事实力已得到了明显的加强；二是他受到两次海战的刺激，不甘心落在海军后面，他要争得太平洋战争的指挥权。
马歇尔将军和他的谋士们对麦克阿瑟提出的计划很感兴趣，但当马歇尔把计划提交参谋长联席会议讨论时，却受到了海军的冷遇。金海军上将认为，麦克阿瑟计划根本不现实。那时，日军在拉包尔以外还有6个空军基地，怎么可能在短时间内摧毁它们呢？（麦克阿瑟的战斗机从现有的基地上起飞达不到拉包尔，不得不单纯依靠无护航的轰炸机。）如果不能摧毁这些基地，日军飞机肯定会袭击航空母舰和海上的舰只。即使澳大利亚和美国部队都上岸，仍然还有很大的问题。拉包尔根本不是“薄弱环节”，从莫尔斯比港返回来的“日军有数千精锐部队仍在拉包尔。此外还严重地缺乏运输舰只，根本不能在短时间内将麦克阿瑟3个师和一个陆战队师从澳大利亚运过去。
金海军上将仍然希望太平洋战争主要由海军来露一手，而把麦克阿瑟的部队降到支援部队的地位。他傲慢地命令尼米兹准备一份由海军和陆战队占领拉包尔的作战计划。当麦克阿瑟得到这些消息时，感到非常气愤。不管怎么说，拉包尔在他的战区范围之内。6月28日，他给马歇尔发去了一份电报：
“十分清楚……海军想担任太平洋战争的总指挥，陆军的作用被降到次要地位，任人摆布……”
这封电报在参谋长联席会议上立即引起了轩然大波。陆、海军之间经过激烈争吵，最终总算“非常困难地”采取了一个折衷方案。会议的决议于7月20日送达尼米兹和麦克阿瑟。进攻的目标是拉包尔，不是用麦克阿瑟的迅速推进去占领，而是分为三个步骤进行：第一步由尼米兹实施，后两步由麦克阿瑟实施。第一步，是在8月1日重新占领东南所罗门群岛的图拉吉及其附近岛屿。作战期间，麦克阿瑟将向尼米兹提供陆上的空中支援和有限的海上支援。第二步，是重新占领莱城、萨拉茅阿和东北新几内亚及所罗门群岛中的其他岛屿（新乔治亚、布干维尔）。第三步，即最后一步，是攻占拉包尔。
麦克阿瑟对这个妥协方案是满意的。他经过深思熟虑后，也许已经认识到了拉包尔不可能在14天或18天之内轻易到手。应当从所罗门群岛和新几内亚逐步包抄。在这个计划中，麦克阿瑟承担了分量最重的任务。攻占图拉吉以后，就看他大显身手了。
为了加强领导，尼米兹任命罗伯特·戈姆利海军中将任副司令，负责指挥攻占图拉吉及其附近岛屿的战斗。7月5日，即参谋长联席会议的命令发出三天之后，密码破译人员就向尼米兹报告了令人惊骇的消息，说日本海军修建大队的人员在图拉吉岛附近的瓜达尔卡纳尔岛登陆，正在紧急修建机场。这是不祥之兆，因为一旦机场完工，日军将会重新夺回制空权，还将封锁海上通道。金海军上将不得不修改作战计划，要求部队在日军机场完工前，攻占瓜达尔卡纳尔岛。
几天后，在协调作战计划时，麦克阿瑟提出，在盟军力量得到加强之前，发动进攻只能招致失败，并要求将原定8月1日开始的作战行动无限期推迟。金海军上将在给马歇尔的电报中轻蔑地写道：“3个星期以前麦克阿瑟还说，若能向他提供两栖作战部队和两艘航空母舰，他就能攻下拉包尔。现在他却感到，他不仅不能指挥这场旷日持久的战役，就连图拉吉战役也不敢参加了。”金只同意把图拉吉战役推迟一个星期，由于否决了麦克阿瑟的意见，并坚持向图拉吉—瓜达尔卡纳尔推进。后来，用海军历史学家塞缪尔·莫里森的话说，金海军上将“对战争做了一个最伟大的决策”。
3疏忽大意的代价
根据参谋长联席会议制订的攻占拉包尔的作战计划，待尼米兹的部队攻克图拉吉—瓜达尔卡纳尔之后，麦克阿瑟应派兵夺取在新几内亚—莱城和萨拉茅阿，以及上所罗门群岛中的日军基地。对麦克阿瑟何时开始行动，没有特别限定时间，这既取决于副司令戈姆利海军中将能以多快的速度攻下图拉吉—瓜达尔卡纳尔，也取决于他的部队战斗准备所需要的时间。当然，更受到日本反击情况的制约。
尽管日军在珊瑚海和中途岛海战中受挫，但其最高司令部对夺取巴布亚境内的莫尔斯比港的决心没变。莫尔斯比距澳大利亚本土只有430多公里，如能攻占那里的机场，将使他们得以控制整个澳大利亚东北和盟军的海上通道。它还能掩护向所罗们群岛进攻的日军右翼。如失掉莫尔斯比，麦克阿瑟将失去向拉包尔或菲律宾前进的基地。
其实关于日军企图攻占莫尔斯比港的情报，“卡斯特”密码破译人员在5月18日就报告过。他们说，日军下一步企图经由布纳从陆上，翻越欧文斯坦利山脉，从背后攻打莫尔斯比。麦克阿瑟的参谋人员，主要是他的情报官查尔斯·威洛比，认为日军不可能越过崎岖不平，几乎难以逾越的欧文斯坦利山脉，也不相信它有足够的力量对莫尔斯比港造成严重威胁。