威洛比认为：“有人说日军将采取经由陆上的军事行动，从后勤保障困难、通信联络不顺畅和地形复杂的观点来看，是很值得怀疑的。”如果日本人在布纳登陆，其目的只不过是在那里修建机场而已。麦克阿瑟显然同意威洛比的观点，认为日军沿秘密山路翻越欧文斯坦利山脉威胁莫尔斯比港的可能性是完全不可信的。
由于这些原因，莫尔斯比港的防御被忽视了。麦克阿瑟只用一个澳大利亚旅来加强防御，而这个旅是由毫无作战经验的民兵组成的。此外，他还派为数不多的美国工兵，去修建位于莫尔斯比港和米尔恩湾的机场。为保卫机场建设，还派去了少量防空部队。这些机场将作为进攻莱城和萨拉茅阿的前进基地。守卫布纳以及布纳和欧文斯坦利山脉之间地域的少量澳大利亚部队没有得到加强。
到了7月，麦克阿瑟的谋士们认为，在即将发动的莱城—萨拉茅阿战役中，需要在布纳地区修建一个前进机场。当时的形势很微妙，布纳及其周围地区虽然掌握在澳大利亚人的手中，但如果盟军开始在那里修建机场，日本人肯定会作出反应，猛烈的空袭或海上攻击都是可能的。7月中旬，麦克阿瑟批准了在高度保密的情况下修建机场的计划，并暗中分四批派去支援部队（不仅有防空炮兵连，还有步兵）。
在这期间，正如密码破译人员报告的那样，日军正在抓紧进行攻占莫尔斯比港的作战准备，他们在拉包尔集结了大批运输舰只和补给船，以便向布纳运送进攻部队。在布纳附近修建机场的澳大利亚人风闻日军的作战计划后，立即向总司令部作了报告。由于当时总司令部正在从墨尔本向布里斯班搬迁，工作秩序比较混乱，总部对这一重要情报置若罔闻。
7月18日，日军百武晴吉中将在拉包尔码头，为堀井富太郎少将指挥的第17集团军南海支队送行。很快，澳大利亚的侦察机发现了日军运兵船队已从拉包尔出发，便立即报告了总司令部。麦克阿瑟命令布雷特将军出动轰炸机阻止日军登陆。
布雷特将军的B—17轰炸机对拉包尔作了一些零星的空袭。他的飞行员们精疲力竭，士气不振，飞机技术状态也不好，再加上因麦克阿瑟和布雷特之间的关系恶化，麦克阿瑟已决定解除布雷特职务等原因，在日军出动的关键时刻，有两天轰炸机未能出动，故空袭并没有给日军登陆行动造成多大的威胁。
7月22日，日军先头部队3000人在布纳登陆。当布雷特的轰炸机再次升空出击时，为时已晚，他们只击沉了1艘运输舰和1艘登陆舰，日军只有轻微的伤亡。日军登陆后，把数量不多的澳大利亚部队和土著民兵一扫而光，占领了滩头阵地，同时派出一支特遣部队，沿着科科达山路跨越欧文斯坦利山脉，直扑莫尔斯比港，途中他们打垮了封锁小道的一小股澳军和当地民兵。在其后的几天内，又有1.3万名日军在布纳登陆。并将滩头阵地扩大到北面的戈纳。
这突如其来的沉重打击，最初简直使麦克阿瑟不知所措。他不仅失去了首先到达布纳的机会，而且在他进攻莱城和萨拉茅阿之前，还面临着把1.6万名精锐日军部队赶出巴布亚的任务。
当麦克阿瑟和他的总司令部还在迷惑不解之际，日军已向南大踏步地挺进。7月29日，日军轻而易举地攻占了欧文斯坦利山脚下的科科达机场，随后登上山间小路直奔莫尔斯比港。堀井为了加快行军速度，派出一支先遣队在前面用大砍刀在丛林中开路。日军士兵甚至唱着歌从后面追击溃逃的澳大利亚士兵。这时麦克阿瑟又面临着巨大的挑战，他说：“我指挥76务的队伍已经失败过一次，我要尽最大努力避免第二次失败。”
澳大利亚的一些将领感到悲观失望，他们估计新几内亚是保不住了，于是又谈起退守“布里斯班防线”的事。麦克阿瑟得到消息后说，再也不许散布那些失败主义的论调，不然他就辞职。为了作出坚决抵抗的姿态，他的家属也由远离前线的墨尔本飞到布里斯班。在记者招待会上，麦克阿瑟说：“我们决心在新几内亚保卫澳大利亚。……现在只有一个办法去夺取胜利，那就是进攻！进攻！进攻！”
戈姆利海军中将指挥的陆战队于8月7日在图拉吉和瓜达尔卡纳尔岛登陆了。两个岛屿很快就被美军占领了。但日本海军不甘示弱，在萨沃岛的一次夜战中，突然袭击了戈姆利的海军部队。他们发射了威力巨大的鱼雷，并进行了炮击，摧毁了举足轻重的4艘重型巡洋舰，歼灭了1000名美国和澳大利亚水兵。
8月17日，日军山本五十六将军率联合舰队主力，开赴所罗门群岛以北海域迎击盟军舰队，企图夺回太平洋战场的主动权。8月24日，双方舰队遭遇后发生激战，结果日军损失1艘小型航空母舰和90架飞机；盟军“企业号”航空母舰受到重创，损失17架飞机。此后，拉包尔的日军就开始在夜间用驱逐舰向瓜达尔卡纳尔岛运送去了足够的增援部队，使盟军的作战部队陷入危险境地。
到8月下旬，麦克阿瑟和戈姆利都发现他们已处在危险之中。拉包尔的日军能同时在瓜达尔卡纳尔和布纳两条战线上作战，证明日军比麦克阿瑟所预料的要强大得多。
4撤换三军司令官
当总司令部终于意识到布纳处于危险境地时，麦克阿瑟急忙采取措施抗击日军的入侵。他命令善于打硬仗的澳大利亚第7步兵师开赴巴布亚，并让澳大利亚的西德尼·罗厄尔少将指挥巴布亚的所有部队。
这时，“卡斯特”密码破译人员在侦听拉包尔频繁的通信联络时发现，日军正打算在莫尔斯比港右翼的米尔恩湾实施登陆。因为那里有一个比莫尔斯比还优良的港口，美军的3个机场已开始在那里修建，所以米尔恩湾一旦落到日本人手中，那对盟军来说就是个灾难。米尔恩湾距莫尔斯比港只有370多公里，从那里出发，日军可以轻易地在莫尔斯比实施两栖作战。日军轰炸机从米尔恩起飞可以轰炸澳大利亚东北部、莫尔斯比港、瓜达尔卡纳尔，甚至布里斯班的新建空军基地也在其攻击范围内，这将对盟军构成严重的威胁。
这一次，麦克阿瑟对“卡斯特”密码破译人员搜集到的情报很重视，采取了防范措施。他命令澳大利亚第7师的一个旅同支援部队一道赶到米尔恩湾，使那里的总兵力达到9500人左右。一位具有战斗精神的澳大利亚人西里尔·克洛斯少将指挥这支部队，向罗厄尔将军负责，那时他已经在莫尔斯比港设立了司令部。这一切都是在高度保密的情况下进行的，这样就不致使日本人怀疑他们的密码已被破译。
这一次，由于严重地低估了盟军在米尔恩湾的防御力量，日本人上了当。8月25日，他们派1500人实施登陆时，遇到了盟军的空袭和地面部队的顽强抵抗。4天后，日军又派出约800人的增援部队登陆，还是无济于事。经过大约一个星期的激战之后，日军命令残部全部撤退，在海滩上留下了600具尸体。
9月5日，就在日军从米尔恩港败退的同一天，堀井富太郎却率部沿科科达小路又向前跃进了一步。尽管丛林密布，小路崎岖，后勤补给极为困难，还受到澳大利亚军队的阻击，堀井还是取得了很大的成功。
在军事形势仍令人感到担忧的时候，麦克阿瑟撤换了陆、海、空三军司令官。其中海军司令是一个无足轻重的人，而其他两个人，后来成为麦克阿瑟的得力助手，在麦克阿瑟的战斗生活中都是举足轻重的角色。直到战争结束，他们与麦克阿瑟一直同舟共济。