联合国、美国与萨达姆
尽管萨达姆花费大笔金钱展示自己的权力，收买部属对他的忠心，但是海湾战争后，他的权力还是受到了来自各方面的挑战。作为停火协议的一部分内容，联合国建立了一个特别委员会，由国际原子能机构提供支持，负责监管伊拉克的大规模杀伤性武器。萨达姆政权不断干扰联合国特别委员会的工作。萨达姆指派自己最信任的部属负责隐藏武器；这个责任落在了伊拉克一些精锐安全机构——其中包括伊拉克情报总局、特种共和国卫队和特别安全组织——的成员身上。1997年，一位联合国特别委员会的官员解释说，萨达姆极力隐藏伊拉克武器的实情是为了保护自己。他说道：“在这些负责藏匿武器的机构当中，我们尤其对特种共和国卫队感兴趣。他们也是为萨达姆提供保护的主要力量。萨达姆可以建造新的宫殿，也可以重新启动大规模杀伤性武器计划，但是他却不能再重组一支同样的特种卫队，他们是他手下忠实的核心力量。这支部队的地位无可替代。”33
然而，在履行监管职责的头几年，联合国特别委员会还是取得了一些成功，发现并销毁了大量禁用武器。34从1991年6月到1993年3月，联合国特别委员会和国际原子能机构共完成了53项调查。351995年，伊拉克递交了大量资料，并敦促联合国特别委员对在伊拉克寻找和销毁非法武器的努力进行重新评估。然而特别委员会的官员们仍然心存怀疑，宣称他们“不相信伊拉克已经彻底、准确地交代了其全部生化武器计划。”36
海湾战争结束后，美国继续在伊拉克保持有限的军事存在。伊拉克北部和南部一部分地区被设为禁飞区，分别为库尔德人和什叶派穆斯林提供保护。为了落实禁飞区的制度，美军从1993年到1998年对伊拉克目标实施了多次空袭。1993年，在发生一位伊拉克人暗杀美国前总统布什未遂的事件后，克林顿总统授权美军对位于巴格达的一个情报中心进行轰炸。371997年3月，美国驻联合国大使玛德琳-奥尔布莱特宣称：“有些国家认为，如果伊拉克履行了自己关于大规模杀伤性武器的义务，制裁就可以取消。然而，我们对这种看法并不认同。”38美国实际上重新制定了自己的策略，认为制裁是为了实现政权更替，而不是仅仅满足联合国的决议。两名伊拉克学者指出：“美国人给萨达姆传达的信息再清楚不过，就算他进一步和联合国武器核查人员合作，他也得不到什么好处。奥尔布莱特对全世界发表的声明表明，就算萨达姆有意全盘托出他自1991年以来一直固守的武器秘密，他也将一无所获。”39次月，一位联合国特别委员会官员向联合国报告说：“有关伊拉克现有的武器能力，我们不清楚的已经所剩不多。但是，这些我们还不清楚的地方仍然值得关注。”40事实上，如果萨达姆越配合武器核查人员的工作，他就失去的越多：如果他有非法武器，那么他肯定不会希望被人发现；如果他没有非法武器，他也不希望自己在伊拉克国内外的敌人知道这一点。因为这会陷他于不安全境地。
1997年10月，萨达姆把联合国武器核查小组中的美国人驱逐出了伊拉克。当时负责联合国特别委员会这一项目的理查德-布特勒把整个核查小组撤离伊拉克，以示抗议。局势似乎突然变得紧张起来，克林顿政府考虑对萨达姆实施军事打击。但是联合国秘书长科菲-安南提议，让他先对伊拉克进行访问，美国对此表示同意。1998年，科菲-安南成为自海湾战争以来第一个与萨达姆会面的世界主要领导人。在会谈中，科菲-安南抽着萨达姆那著名的雪茄，两人达成协议，联合国特别委员会的成员可以在一些外交人员的陪同下，进入总统官邸进行调查，长期以来，人们一直怀疑这些地方是非法武器的藏匿之所。41然而，克林顿政府仍然一门心思要找到一种除了全面军事冲突以外的方法推翻萨达姆政权。1998年10月，美国国会通过了《伊拉克解放法案》。尽管对这一法案有些顾虑，克林顿总统还是发表了一个声明宣称：“这个法案清楚表明，国会认为，美国应该对伊拉克的反对派团体提供支持，让伊拉克实现一个完全不同的未来，与巴格达现任政权奉行的对内压迫、对外侵略的政策形成鲜明对比……美国希望与一个基于民主的政权进行对话，让伊拉克重新融入国际社会，恢复正常的国际地位。”42国会授权总统从国防部预算中“支取”高达9700万美元的经费。但是，克林顿政府最终只从这个预算中获得了数百万美元，不过它还是向一些伊拉克反对派团体提供了支持。其中一些资金用于帮助建立伊拉克自由之声电台。克林顿政府名义上支持《伊拉克解放法案》，但是对该法案关于给伊拉克反对派提供武器和物资援助的机制表达了顾虑，因为这些反对派互相之间也存在冲突。43