国际社会一致谴责伊拉克入侵科威特的行为。阿拉伯国家联盟和联合国也对这次入侵提出谴责。1990年9月11日，美国总统布什就伊拉克入侵科威特的行为对美国国会发表了一个演讲。他说道：“我们从一开始就与其它国家一起携手，以求对伊拉克的入侵行为作出一个尽可能广泛的国际回应。国际社会在谴责伊拉克的议题上的合作水平前所未有。应沙特国王法赫德的求助，来自四大洲多个国家的武装部队在那里集结，以威慑伊拉克，并且在必要的时候，保护沙特免遭攻击。这些来自不同国家的士兵当中有的是穆斯林，有的不是穆斯林，有的是阿拉伯人，有的不是阿拉伯人，他们一起并肩作战，坚决抵抗萨达姆的野心。”11月，联合国安理会通过第678号决议，规定如果到1991年1月15日为止，伊拉克还不从科威特撤军，联合国将授权联军部队动用武力确保之前的联合国决议得到落实。与此同时，伊拉克议会通过投票反对从科威特撤军，支持继续维持伊拉克的占领。超过30个国家组成的联军与伊拉克之间的一场大规模战争即将爆发。
1991年1月15日，美国总统布什在白宫椭圆形办公室会见他的几位最亲密的助手。他签署了一份国家安全总统令，授权对伊拉克发动攻击，除非在最后一分钟出现了外交突破。他对这些白宫官员说：“我已经解决了自己脑海中的所有道义疑问。很显然这是善与恶之间的战争。”731月16日，多国部队发动了大规模的空袭行动，“沙漠风暴行动”开始了。联军部队由来自33个国家的数十万名士兵组成。1月17日，伊拉克国家电台转播了萨达姆-侯赛因的一个演说。萨达姆宣称：“啊，伟大的伊拉克人民，我们伟大民族的优秀儿女们，我们英勇的武装部队的勇士们……正义与邪恶之间的一场大战已经开始了，这是一场战争中的战争，正义终将取得胜利，而邪恶肯定会被打败。”74
联军部队一连实施了40天的空袭，出动战机11万架次，向伊拉克投掷了8.5万吨炸弹。这也许是自第二次世界大战以来对一个国家规模最大的轰炸。752月24日，联军部队开始从沙特阿拉伯发动地面进攻。这场代号为“沙漠军刀行动”的地面战持续了100个小时。次日，伊拉克同意接受俄罗斯提出的一个和解计划。2月26日，伊拉克部队开始撤离科威特。萨达姆-侯赛因的军队在这场冲突中付出了15万士兵伤亡的代价，另外5万名士兵被联军部队俘虏。2月28日，联军部队与伊拉克签订了一份停火协议。4月3日，联合国安理会通过第687号决议，提出了实现永久性停火的相关条款。
受到联军部队获胜的鼓舞，伊拉克国内饱受压制的社会团体纷纷起来反对萨达姆。2月15日，布什总统发表了一个演讲：“呼吁伊拉克军人和伊拉克人民掌握自己的命运——把独裁者萨达姆-侯赛因赶下台。”76许多分析人士指出，受压迫的伊拉克人民可能认为，美国部队会支持在伊拉克发生一次内部叛乱，而布什总统的讲话正有意要给他们留下这种印象。3月，聚居在伊拉克南部的什叶派穆斯林起来反抗萨达姆政权。什叶派穆斯林在伊拉克人口中占的比例超过一半，但是萨达姆一直宣称，人数较少的逊尼派拥有更大的经济、社会和政治权利。3月16日，萨达姆的军队镇压了这次叛乱，致使大约3万名什叶派穆斯林死亡，另有7万人逃亡伊朗。
没过多久，聚居在伊拉克北部的库尔德民族主义者起来反对萨达姆。1988年，萨达姆曾经对库尔德人的哈拉布甲镇使用化学武器，他还对伊拉克的库尔德人发动过一场常规战争。据估计，20世纪80年代末期，萨达姆的军队屠杀的库尔德人高达10万人。现在，库尔德人把海湾战争的结束看作最终获得一定程度自治的机遇。然而，他们的反叛也被萨达姆无情地镇压了。大批库尔德人开始逃离伊拉克。一些人越过边境逃往伊朗，当地的伊朗农民用卡车和毛驴把这些逃亡者护送回伊朗人的村庄。其他一些库尔德人爬过严寒的雪山往北逃亡到土耳其。国际摄影记者们没有拍摄到什叶派穆斯林在伊拉克南部起义的场景，但是拍摄到了库尔德难民的艰辛处境。人权观察组织发布的一份报告称，大约10万名什叶派穆斯林和库尔德人在伊拉克境内流离失所，另有7万人成为沙特阿拉伯、伊朗和土耳其境内的难民。这个人权组织在报告中称：“萨达姆-侯赛因对反对派残酷镇压，甚至连温和的反对派也不例外，他的这种暴行众所周知。1991年3月爆发的起义是萨达姆政权历年来所面临的最大的国内挑战，政府军队实施了大规模的残酷镇压。”77
4月5日，布什总统谴责“萨达姆对伊拉克人民的残酷暴行，从而导致伊拉克发生可怕的人间悲剧”，并下令给库尔德人送去食物和药品。4月16日，布什总统宣称，伊拉克北部是一个“安全的天堂”，因为驻扎在那里的美国部队会保护库尔德人免受萨达姆军队的伤害。 没过多久，伊拉克南部和北部设立了禁飞区；伊拉克战机不能在这一地区飞行。在接下来的十年里，生活在伊拉克北部的库尔德人终于实现了一定程度的自治——一种他们在萨达姆-侯赛因的统治下从来没有享受过的自治。