从流亡到越狱
卡西姆被推翻后不到两个星期，萨达姆动身返回伊拉克。回程途中他在大马士革稍作停留，与复兴党创始人以及他的主要政治导师之一米歇尔-阿弗拉克见面。就在起身返回巴格达前夕，萨达姆与萨吉达正式举办了婚礼；新婚照上的萨达姆微笑着坐在新娘边上，新娘皮肤白皙，有着一双乌黑的大眼睛，留一头卷曲的短发。这对夫妇在巴格达的拉西巴卡通区租了一间简陋的房子，萨吉达很快就怀上了他们的第一个孩子，乌代。
随着家庭生活安定下来，萨达姆开始把注意力转向政治。自然而然地，他渐渐向以贝克尔为首的小集团靠拢，因为这位军官也来自于自己的家乡提克里特。萨达姆成了这位副总统派系中的一员，所做的工作与国民警卫队的野蛮屠杀行动有关。但他是否直接参与并实施了这些暴行至今仍然还是一个人们争论不休的问题。一些人称萨达姆负责监督这些行动的实施，而其他一些人认为他亲自折磨并杀死过人。25
然而，共产党并不是唯一一个受到新政权打压的团体，库尔德人很快也遭到迫害。一位军方官员发表了一个讲话：“如果哪个村庄或者其附近任何地方出现袭击军队、警察、国民警卫队或者忠于政府的部落的事件，我们就会对这个村庄进行轰炸并摧毁它。”26许多库尔德人村庄被夷为平地，成千上万的平民失去生命。阿里夫在伊拉克历史上被称为“这个国家现代历史上最坚定的反库尔德领导人”，他赞成对库尔德人居住的地区使用凝固汽油弹和化学武器。27
就在新政府残酷压迫反对者的时候，党派斗争开始威胁着政府内部的团结。在入主伊拉克历史上第一个复兴党政府9个月后，阿里夫开始动作，稳固自己的个人权力。贝克尔被软禁在家，当局还批准对萨达姆实施逮捕。萨达姆转入了地下活动。1964年4月，他秘密参加了复兴党在叙利亚的一个会议，阿弗拉克任命他为复兴党在伊拉克的“地区指挥部”负责人。返回巴格达后，萨达姆继续秘密从事政治活动。他与阿卜杜勒-卡里姆-舍克利一起，制定了一个暗杀阿里夫的计划，准备使用简易炸弹袭击总统住所。然而这个计划暴露了，萨达姆躲了起来。伊拉克当局渐渐对暗杀策划者缩紧包围，先后逮捕了舍克利和其他一些与萨达姆关系密切的人。在警方的审讯下，其中一人泄露了萨达姆的藏身之所。警察包围了那栋房子。萨达姆曾经想过拒捕，甚至还用他的手枪开了几枪。然而，在意识到自己势单力孤后，他放弃了抵抗。警察带他上车之前，他整理了一下自己的衣服，把一盒纸烟抓在手里。
对萨达姆来说，监狱生活十分艰难。还没有被单独羁押时，他经常一身长袍，穿着穆斯林传统的宽松裤，脚踏一双拖鞋，在监狱大院里与其他犯人聊天。他与同在这一监狱的密友舍克利度过了大部分时间。有一次，萨达姆还组织了一个要求改善监狱条件的绝食行动。其余时间萨达姆主要用在了他最喜爱的业余爱好——读书中。一次他回忆说：“在监狱的时候，我读完了欧内斯特-海明威的所有小说。我特别喜欢《老人与海》这部书。”28萨吉达每周探望他一次。一天，萨吉达回到家中，发现她已经被房东驱逐了，家里的东西全被扔在大街上。萨吉达只得搬到她父亲海拉拉家。以后每次探监时，萨吉达都会把他们的孩子乌代带上。在婴儿的衣服里，萨达姆经常会找到他的复兴党朋友们写给他的字条。这成了他与复兴党领导人保持联系的一个重要途径。在监狱期间，萨达姆被任命为新成立的“复兴党地区领袖”组织的副秘书长。
1966年发生了两个震动伊拉克政坛的事件。叙利亚爆发了政变，阿弗拉克被逐出复兴党的全国指挥部。4月，阿里夫在一次直升机坠毁事件中丧生，他的弟弟阿卜杜勒-拉曼-阿里夫继任总统一职。复兴党又一次需要萨达姆，他得到消息，是时候准备越狱了。萨达姆和舍克利制定了一个计划。7月23日，在法庭受完审讯后返回监狱的途中，萨达姆和舍克利说服狱警，在阿布努瓦斯大街上的拉贡朵拉饭店停车吃午餐。吃饭过程中，他们二人走到盥洗间，悄悄从饭店的后门溜了出去。萨达姆的一位复兴党员表弟正在一辆黄色的汽车上等他们。萨达姆认为，萨吉达和乌代居住的舅舅海拉拉家已经太危险了。因此，萨达姆在一些复兴党人的家里藏了起来；他和贝克尔一起，秘密策划进行下一个行动。