虽然历年来联邦调查局遭受了种种非议，但它在美国的历史上一直没有消失。直到今天，这个机构依然拥有超乎常人想象的权力。
美国联邦调查局局长米勒由于主导了追踪行动使得拉登被击毙，因而成为近几年美国政坛的风云人物。如今，美国进入了“后拉登时代”，美国国家安全和反恐形势更加复杂化。奥巴马政府虽然对美国国家安全团队中国防部、中情局等重要部门高层大换血，但考虑到美国国家安全和反恐大计，奥巴马和白宫提出了将2011年联邦调查局局长米勒的任期延长至2013年。也就是说，白宫让这位具有长期执法和行政经验、雷厉风行且讲究实效的管理者继续担任联邦调查局局长一职。米勒是前总统乔治·W·布什任命的联邦调查局局长，“9·11”事件后，这位局长带领联邦调查局在反恐工作中作出了卓越的贡献：从“9·11”事件的调查，到多次阻止、预防恐怖袭击的行动，他做了大量积极的工作。而且联邦调查局在他的带领下，成为了维护美国利益的“反恐先锋”。
1．“9·11”事件使联邦调查局蒙羞
2008年年末，美国总统奥巴马接受了联邦调查局的问讯，这也是美国有史以来第一位接受联邦探员问讯的候任总统。奥巴马之所以被问讯，原因是在2008年12月初，伊利诺伊州州长罗德·布拉戈耶维奇涉嫌为个人利益“拍卖”奥巴马空出的参议员席位而遭到联邦调查局逮捕，后来交保获释。但是，在对布拉戈耶维奇的审讯过程中，奥巴马的白宫办公厅主任伊曼纽尔、亲密顾问贾勒特和重要支持者伊利诺伊州州长联邦参议员小杰克逊都被此事卷了进来。联邦调查局的美国高检在问讯了伊曼纽尔、贾勒特和小杰克逊后，便要求当选总统的奥巴马配合调查。于是，2008年12月18日，在律师和高级助手的陪同下，奥巴马于芝加哥的过渡办公室总部就布拉戈耶维奇卖官丑闻，接受了两位助理联邦检察官和两名联邦调查局探员的问讯。奥巴马积极配合这次问讯，对探员们提出的问题一一作了详尽的回答。
通过这件事可以看出，联邦调查局在当今社会中拥有着超乎常人想象的权力。但是，从第六任局长罗伯特·米勒执掌联邦调查局以来，联邦调查局遭受到了前所未有的质疑和抨击。
罗伯特·米勒生于1944年，性格坚强，曾经就读于美国的几所着名学府，并取得了不错的成绩，大学毕业后，罗伯特·米勒应征入伍，加入了美国海军陆战队，奔赴越南战场，在战斗中负了伤，并获得了紫心勋章和青铜勋章。战争结束后，他回到美国继续求学，先后获得硕士学位和博士学位。1973年，他先后在旧金山和波士顿的联邦司法部门任职。90年代初，他在华盛顿担任了三年多的联邦政府司法部助理部长。后来，他离开政府部门，当了几年律师。1998年，他又回到政府部门，担任美国联邦政府在旧金山市的检察长，其雷厉风行的工作风格赢得了旧金山司法界人士的一致好评。由于他在一些要案中的出色表现，因而受到共和党和民主党的一致支持。2001年，小布什任命他为联邦调查局局长，至今仍在任。
然而，这位受到大家一致好评的调查局局长刚上任还不到半年，就遭遇了“9·11”恐怖袭击案。虽然联邦调查局在短短的两个月内，就调查出了这次袭击案的真相，并经过大扫荡逮捕了一些恐怖分子，但也没能使他逃开争议的旋涡。几年后，美国司法部公布了部分解密报告。司法部认为，“9·11”事件发生前，联邦调查局虽然掌握了一些线索，但是并没有给予高度重视，因此，才导致了多次错失逮捕那两名劫机犯的机会。
报告显示，联邦调查局是有机会抓到劫持飞机撞向五角大楼的两名“基地”组织成员纳瓦夫·哈兹米和哈立德·米达尔的。但是，联邦调查局当时没有展开紧急调查，也没有给予高度重视。特别是在调查米达尔工作这一部分，联邦调查局竟然把这项任务交给了一个毫无经验的探员。这显然是联邦调查局所犯的一个低级错误。其实，一名联邦调查局探员在“9·11”事件前两个月就警告说，“基地”组织头目拉登已经派遣人员前往美国接受飞行训练，为劫机作准备。但是，联邦调查局对这份报告始终持怀疑态度，所以，对此一直没能给予充分的重视。这份报告中还披露，美国中央情报局和联邦调查局在对“基地”组织的联合调查组中，有多名工作人员在2000年1月5日截获了多封刚刚发出的电报，电报内容中包含了大量关于劫机犯米达尔活动的信息，里面甚至还提到了他正在转移藏身地点，而且拥有美国签证。但是，不知道什么原因，这个调查组的成员并没有把这些情报传回联邦调查局。
在袭击案发生的前两个月，美国国家安全局监听到的通话记录显示，“基地”组织成员计划前往马来西亚首都吉隆坡开会，而米达尔也参加了此次会议。因此，米达尔受到了中央情报局的严密监视。但是，由于中央情报局没有逮捕权，所以，他们必须要联邦调查局出面对米达尔进行监视，在必要时将他擒获，可联邦调查局根本没有认真监视米达尔。
该报告还称，纳瓦夫·哈兹米和哈立德·米达尔在一名长期为联邦调查局提供情报的线人那里租住。这名线人立即将这一情况和两个人的名字报告给了与他接头的联邦探员，可这名探员不但没有采取行动，反而还把这件事忘得一干二净。另外，哈兹米和米达尔还对在圣迭戈市定居的沙特人奥马尔·巴尤米给予了资助，而这个人也曾经受到联邦调查局的长期监视，但联邦调查局也没有把这三个人联系在一起。直到2001年8月末，联邦调查局才得知哈兹米和米达尔已经抵达美国。“9·11”事件发生当天，联邦调查局的特工才开始对二人展开搜捕行动，然而，直到袭击案发生时，联邦探员也没能找到哈兹米和米达尔的下落。
至此，“9·11”事件使联邦调查局蒙受了自成立以来最大的羞辱。
2．“9·11”袭击案发生后，FBI的调查
2001年9月11日，恐怖分子劫持的飞机撞击美国纽约世贸中心和华盛顿五角大楼。当美国人刚刚准备开始一天的工作时，世贸中心的摩天大楼轰然倒塌，化为一片废墟，3000多人因此而丧生。
案件发生后，整个美国陷入了极度震惊和恐慌之中，也引起了全世界的震惊。美国经济曾因此处于瘫痪状态，并对一些产业造成了直接经济损失和影响。美国的世贸中心是20世纪70年代初建立起来的摩天大楼，造价高达11亿美元，这里是世界商业力量的汇聚地。此次事件为美国带来的损失可以说是不可估量的。“9·11”事件发生后，联邦调查局迅速展开调查，经过两个多月的缜密调查，终于将这一事件发生的整个过程还原出来。
2001年9月11日上午，美国航空公司11航班正在波士顿洛根国际机场跑道上等待起飞，飞机控制室里提醒乘客将个人电话、电脑关闭。这时，位于经济舱8D座位上的穆罕默德·阿塔拨打了最后一个电话，他的电话是打给不远处正准备起飞的联合航空公司175航班上的一名旅客。接听阿塔电话的旅客名叫马文艾尔·舍希。两人之间的通话只进行了不到一分钟，电话里二人以表兄弟相称，说了几句无关紧要的话。然而，正是这样一次看似漫不经心的通话，背后却有着惊人的阴谋——有史以来最大的恐怖行动即将开始。
联邦调查局后来的调查报告中显示，参与这次劫机行动的共有19人，而这19个人有着明确的分工。他们共分为三组：此次行动的最高领导者是穆罕默德·阿塔，另外还有3名小头目，负责确定攻击日期和驾驶飞机；第二组共有3人，负责协助工作，如帮助寻找住地、办驾照和分发资金；第三组是12名“士兵”，职责是当他们的头目攻击驾驶舱时，对空中的乘客进行控制。
据调查，这次恐怖袭击行动已经策划了两年，最早是在德国汉堡开始的，穆罕默德·阿塔、马文艾尔·舍希和扎拉希后来成为此次行动的组织者和策划者。这次策划得到了拉登的鼓励，并有证据表明，“基地”组织对他们进行了资助。联邦调查局局长米勒认为，此次行动是拉登本人批准的，也有调查人员称拉登的3名助手也参与了计划。调查人员还认为，这19名劫机分子可能都在拉登的阿富汗训练营地受过军事训练。
穆罕默德·阿塔、马文艾尔·舍希于2000年1月得到美国签证，同年6月，扎拉希也抵达美国。另一位飞行员汉卓自1996年起就在南加州生活，成员中的纳瓦夫·哈兹米和哈立德·米达尔则是1999年到圣迭戈的。穆罕默德·阿塔等人在美国的凤凰城、圣迭戈和佛罗里达接受飞行训练，而他们的训练课程中，只有驾驶飞机飞行的技术，却没有关于起飞和降落的课程。
2001年夏天，成员中的12名“士兵”陆续从沙特来到美国。这些人看上去都很斯文，根本无法将他们与“恐怖”二字联系到一起。而他们也大都在沙特接受过高等教育，并来自原教旨主义盛行地区的中上层家庭，父辈们一般也都是宗教领袖、学校校长、店主或者商人。在他们离家前，他们有的对家人说去圣地朝拜，有的说去车臣参加圣战。到了美国后，完全与美国的社会隔绝，住地和执照都有专人负责。
他们在美国的拉斯维加斯经常用互联网进行联系。遇到重要的事情，他们会见面商谈。拉斯维加斯是一座赌城，那里游人络绎不绝，三教九流混杂，所以，非常适合这些人隐蔽身份，他们在美国的策划活动大部分是在这里进行的。
这些人因为受过专业训练，所以他们的联络方式非常专业。为了提防摄像机监视，他们不住附近的星级酒店，而是选择住在拉斯维加斯最破烂的地区——靠近“5美元大腿舞之家”的廉价汽车旅馆碰头。虽然联邦调查局后来知道了他们在那里碰头，但是却不知道他们都说了什么，虽然搜查过他们使用的电脑，也没有查出任何关于“9·11”事件的蛛丝马迹。
据联邦调查局提供的调查报告显示，自2000年夏天开始，恐怖分子的活动经费就源源不断地被汇到佛罗里达的桑托拉斯银行和世纪银行，活动领导人穆罕默德·阿塔收到了约10万美元，马文艾尔·舍希收到大概有8万美元。这次恐怖袭击活动的50万美元大约一半是由拉登成员穆斯塔法·阿麦德从阿联酋汇过来的，另一半来自德国。
根据调查得知，这次行动分三个阶段：研究、计划和实施。为了防止意外，行动前要在与真正的行动现场类似的地方进行演练。于是，这些人从2001年5月开始就乘飞机模拟劫机。在持续的三个月内，为了适应劫机环境飞行，他们买头等舱往返票。训练手册中还规定，为了避免引起人们的注意，尽量不要集体出行。2001年9月10日，穆罕默德·阿塔及其帮手阿罗马里从波士顿开车到帕特兰。第二天，他们在波士顿的摩根机场上了飞机。9月11日早上，汉卓和纳瓦夫·哈兹米以及“士兵”坐巴尔的摩前往杜勒斯国际机场，搭乘美国航空公司77航班。
就这样，这些人便按着计划一步步开始了劫机行动。
尽管美国联邦调查局在“9·11”事件发生后，通过缜密的调查，提交了对此事件调查的详细报告，证明了联邦调查局在调查工作上的卓越成绩，但是却不能掩盖他们在“9·11”事件预防上的重大失误。2006年8月末，英国当局成功挫败了恐怖分子企图在大西洋上空轰炸一系列航班的计划，这引起了美国当局的热烈讨论。美国一些以美国联邦上诉法院杰出法官理查德为首的人，认为应该把联邦调查局解散，或创立一个独立于美国联邦调查局的国内情报机构，而这个机构类似英国军事情报第五小组，他们不需要维护社会治安。
但是，这些人显然忽视了这样两个事实：第一，联邦调查局自2001年到2006年间，成功地阻止了大量恐怖袭击。仅仅在2005年一年，联邦调查局利用情报和技术采取抓捕活动，成功阻止了5起正在酝酿的恐怖袭击阴谋；第二，联邦调查局局长米勒在联邦调查局内成功地进行了内部改革，并明确了他们最主要的任务。米勒曾表示：“‘9·11’事件后，联邦调查局的工作重点变成了如何阻止下一场恐怖袭击。”联邦调查局公共事务部人员麦卡伦也曾在公开场合说：“关于联邦调查局转变的故事中有一个主题，我们现在更像是一个国家安全组织，我们希望能阻止恐怖袭击，阻止袭击的方法就是事先预料到袭击，这是我们现在的重点所在。”