李四光是在南京国民政府统治下，于内忧外患的境况中，白手起家创建地质基业的，其中饱含着他那难以述说的辛酸与痛楚。
所谓南京国民政府，实际是蒋介石的独裁政权。它的前身是第一次国共合作时期，由孙中山先生奠定的广州国民政府。1927年4月12日，蒋介石发动反共政变，于同年4月18日在南京另立国民党一党专政的统治机构，改称南京国民政府。同年7月15日，以汪精卫为首的武汉政府也宣布反共。并与蒋介石一道形成“蒋汪合流”的统治集团，从而揭开第二次国内革命战争的序幕。1931年，日本侵略军向辽宁、吉林、黑龙江3省发动全面进攻。次年，东北地区全部沦陷。清朝末代皇帝——爱新觉罗溥仪在日本帝国主义扶植下成立傀儡政权，时称“满洲帝国”，亦即为满洲国。这一切便是李四光创建中央研究院地质研究所的时代背景。
尽管这时的李四光已经无党无派，但他却是一位忠贞爱国的大学教授和浩气凛然的中华科学家。他自幼痛恨军阀割据的内战纷争，更加憎恨外敌入侵瓜分祖国领土。他认为。祖国的强大需要依靠科学技术的进步，民族的振兴需要凭借科学与民主的精神。他不赞同派别之间的舌枪唇战。也讨厌只唱革命高调的清谈家。他主张务实，他要以实实在在的科研成果报效自己的伟大民族。
众所周知，就在他到南京赴任的前2年，曾经卷入一场学潮风波，与鲁迅先生展开纠缠不休的政治论战。两位名牌大学赫赫有名资深教授竟为一个暂时事件不惜口诛笔伐。各自运用犀利的杂文语言相互攻击。当时，北京女子师范大学校长杨荫榆女士是李四光爱人许淑彬的同乡，自然也与李四光有所交往。1925年5月，杨荫榆以封建家长的权威不准女师大学生参加社会上的进步活动，激起学生们反抗，一度占领学校，要求教育当局罢免杨荫榆的校长职务，这就是轰动一时的“驱杨事件”。杨荫榆在极端不利的情况下，邀请李四光以著名教授的声望来女师大解困。李四光出自友情，亲自来到女师大劝说学生几句。于是，鲁迅先生就发表文章怒骂李四光是杨荫榆的“死党”，接着又连篇累牍发表文章，对李四光进行指名道姓的讽刺与挖苦。李四光自然当仁不让，也用冷嘲热讽的语言予以针锋相对地逐篇还击。其中很多文字可以表达李四光这个时期的政治态度和人生观念。
1926年1月30日，李四光在致北京《晨报》编辑徐志摩的信函中，写道：“我听说鲁迅先生是当代比较有希望的文士……暗中希望有一天，他自己查清事实，知道天下人不尽像鲁迅先生的镜子照出来的模样。到那个时候，也许这个小小的动机，可以促使鲁迅先生作十年读书，十年养气的功夫，也许中国因此可以产生一个真的文士。”
第二天，李四光再次致函徐志摩，表示自己不想在国破家亡的危难处境中进行无谓的争执，申明就此休战的态度，他写道：“鲁迅先生骂我的话，虽然大部分都是误会，但在他也未必没有几分捕风捉影的理由。在事实证明了的时候，我的事完了，用不着多说话。”最后写道：“任我不懂文字的人妄评一句，东方文学家的风味，他（鲁迅——引者注）似乎格外的充足，所以他拿起笔来，总要写得露骨到底，才尽他的兴会，天下想无不了之事，况且现在我们这个中国，已经给洋人、军阀、政客弄到不成局面，指导青年人，还要彼此辱骂，制成一个恶劣的社会，这不是自杀？对于一切的笑骂，我以后决不答一辞，仅守沉默罢了。”
徐志摩赞同李四光的表态，在发表他的最后一封信函时，以《结束闲话结束废话》为题撰写短文，希望双文停止笔战。文中写道：“带住！让我们对着混战双方猛喝一声：带住！”
然后，鲁迅先生仍不罢休，又于2月3日发表文章，题目就是《我还不能“带住”》。
不过，李四光确定信守自己的诺言：“不答一辞，仅守沉默”。此后，人们再也见不着李四光的回敬文字。他觉得没有意思，无端的浪费了很多宝贵的科研时间。
许淑彬为此感到对不起丈夫，后来内疚地说：“那场纠纷，都是我给他惹出来的！”
李四光正是怀着这场教训来到南京任职的。他发誓要力戒空淡，务实进取，把自己的身心投入到地质研究所的筹备和建设上。
首先是选择所址，购置设备。当时，国民政府建都南京，诸多机关纷纷成立，房舍显得异常紧张。为了不耽误地质研究所的筹建日程，经主管部门批准，暂时把所址设在上海。李四光带领有关人员赶到上海，只好临时租用民房安营扎寨。开始住在闸北的宝通路；不久又迁至霞飞路；隔一年再搬到沪西的曹家渡小万柳堂；又隔一年，因淞沪之战爆发（日本侵略军进攻上海市，与国民党第十九路军展开血战），曹家渡处于战线区而无奈还要迁移，几经商洽才转到中国科学社的明复图书馆借地安身。堂堂的中央研究院地质研究所，就是这样逃荒式地东奔西跑。后来，李四光在回忆当时的情景时，不无慨叹地说：“隔不了多久，几个人又要扛着‘地质研究所’这块招牌。在上海马路上跑来跑去。”第二年秋天，中央研究院于南京鸡鸣寺路的办公大楼建成才算有了固定的所址。此前，他们等同于游击队，“队长”便是李四光。随之，在杨铨的鼎力帮助下，所用的图书资料和仪器等必要设施逐渐得到充实。
接着是健全队伍，确立岗位。李四光主张所内的人员和机构必须精干，各项工作都应取得事半功倍的效能。初期，全所人员只有29人。其中专职研究员8名，兼职研究员1名，特约研究员4名，助理员11名，绘图员两名，图书管理员兼庶务员1名，文书两名。以后，有关人员虽有更迭，但是总的人员却变化不大，所长和秘书一直由研究员兼任。李四光对于人员的聘任是十分严格的，既重视学识又强调品德，除特约研究员之外，尽量选拔年轻有为者，而且量材使用，明确分工。例如：朱森研究地质构造，叶良辅和喻德渊研究火成岩，孟宪民和张更研究矿床。舒文博研究岩石，李捷和张祖研究区域地质，斯行健研究古植物，俞建章研究头足类及珊瑚，陈旭研究□科，等等。
关于地质研究所工作方向，李四光曾在单位组建开始便有明确阐述。他说：“本所的研究工作，应特别注重讨论地质学之重要理论……目的在于解决地质学上之专门问题，而不以获得及鉴别资料为满足。”为此，尤其强调理论联系实际。毫不含糊地指出：“野外调查是研究地质之根本”。此外，他还关注与其他地质都门的协作关系，要求派调查人员时应该“事先与同内其他地质机关协商联系，减少同一地区之重复和人力物力浪费”。
建立严格的规章制度，是李四光一贯的工作作风。他亲手设立所内人员考勤卡片。特别是研究人员，每天上班必须到所长或秘书办公室领取当日的卡片，真实填写到所时间、工作简况和离所时间，及时交给所长或秘书存档。积累一个月，钉成一个本册，作为季度、半年和全年考核的依据。凡野外调查人员回到所里，李四光都要亲自谈话，审阅工作报告，检查采回的标本，验证调查结论，最后做出学术评估。
李四光对全所人员关怀备至，同时又奖惩分明。对有培养前途的人员，还设法创造条件派到外国进行访问考察，旨在开阔视野，提高学术水平。他说：“地质科学是一门世界科学，一个国家再大也只是个局部。”为此，他曾先后派出俞建章、朱森、张更、陈旭和斯行健等分别去英国、美国和德国进行学术交流。
为了增强所内的学术气氛，李四光还曾创办“地质研究所同仁半月会”，并制定会章，规定每隔一周举办一次内部学术演讲，讨论有关地质学上的各种问题。与此同时，又筛选价值较高的专题论文汇集成册，分中文集与西文集印刷出版，曾被研究院评为“杂志刊物的标准成绩”。
短短的几年时间，一个人员精干、体制完善、学科齐全、运行有效的正规研究机构，在“中华民族到了最危险的时候”破天荒地傲然崛起了！而这其中凝聚着李四光的多少心血，饱含着他的多少汗水，又有谁能够计算出来呢？