目前，在省级行政管理职能部门中，内部职能机构设置各有各的业务特色，但普遍存在处室设置结构不合理的现象，即从事公共行政管理职能的专业处室设置较少，而政务辅助职能处室设置过多的问题。比如，甘肃省交通厅的机构设置是：办公室、体改法规处、综合规划处、财务资产管理处、人事处、劳动安全处、建设管理处、科技教育处、离退休干部管理处、工程处、省公路局、交通规划设计院、高等级公路运营管理中心、省交通征稽局等局处室。在14个处室设置中，行政辅助处室就有9个。甘肃省卫生厅的机构设置有：办公室、人事处、规划财务处、卫生法制与监督处、基层卫生与妇幼保健处、医政处、疾病控制处、科教处、外事处、防疫站等10处室，其中，行政辅助处室6个。甘肃省文化厅的机构设置是：办公室（加挂政策法规处的牌子）、计划财务处、人事教育处、艺术处、文化市场处（加挂文化产业处的牌子）、社会文化处、对外文化联络处，其中有3个辅助处室。甘肃省环保局的机构设置为：办公室（加挂人事教育处牌子）、规划财务处、政策法规宣教处、科技监测处、污染控制处、自然生态保护处、开发建设与辐射环境管理处，在7个处室中也有3个是辅助处室。
从公共行政管理学的角度分析，在各厅局的公共行政管理职能处室中，行政辅助处室设置得越多，对行政专业处室的业务职能管理工作的制约就越大。因为，辅助处室过多，就必然会蚕食各专业处室的行政业务管理权，使各专业处室逐渐失去实际权力，并造成辅助处室与专业处室之间的权力失衡，从而影响整个厅局公共行政业务专业管理的有效开展。
（2）城市居民社区管理的组织机构不健全
社区是城市的“细胞”，社区管理是城市行政公共管理的重要基础，是城市行政公共管理的具体环节。但是，甘肃社区建设管理步伐缓慢，明显赶不上城市经济社会发展的需要，与全国社区建设管理水平相比，存在较大差距。
以兰州市为例，兰州市的总人口为314万人，其中城市人口184万人，但在三县五区公共行政管理机构的设置上，社区管理机构明显少于乡村管理机构。2004年，兰州市有乡村人口132万人，设有63个乡镇政府、804个村委会；有城市人口182万，只设有46个街道办事处，343个社区管理居委会。与乡村人口和乡村管理机构的数量相比，社区管理机构的数量明显太少。而且社区管理人员文化素质普遍较低，年龄老化问题也较突出。
2005年下半年，省政协组织有关人员对甘肃省河西3市4区县、河东2市3区县及兰州市所属2区的32个社区居委会进行调研考察后认为，甘肃省社区建设虽然有了新的进展，但与经济工业化和社会管理城市化、构建和谐社会的需要相比较还有很大差距。为此，省政协建议，要从四个方面加强社区建设。一是建立健全社区党组织领导下的居民自治机制，同时要进一步对社区的职能进行法律定位，明确社区的职能、职责，理顺社区工作关系，变政府的“腿”为居民的“头”。二是按照年轻化、知识化、专业化的要求，采取向社会公开招选、竞争上岗、组织推荐的多种办法，加强干部队伍建设，改进工作方式方法，主动走出去为居民服务。三是将社区办公用房和社区服务设施纳入城市建设总体规划，建设用地实行行政划拨、免费提供、免收市政建设配套费。加强对社区办公和服务设施的管理使用，防止服务设施被挤占、挪用。四是以推进社区服务产业化为重点，全面提升社区建设新水平。按照“大社区”的理念，抓好社区“六大”服务体系建设，即建好基层民政服务、再就业服务、社区一门式服务、社区精神文明服务、社区卫生服务体系和志愿者服务体系，创新社区服务形式，形成特色服务社区。
（3）县、区公共行政管理职能部门的人员结构不合理
在甘肃省的县、区公共行政管理职能部门中，普遍存在着人员结构不合理、超编现象严重的问题。
近年来，甘肃省积极组织实施“人才强省”战略，并采取了一系列行之有效的措施办法，收到良好效果。但是，从经济全球化、政府服务化、行政管理绩效化对公务员队伍建设提出的新要求来看，甘肃省的区、县公务员队伍建设仍存在许多急需解决的问题，尤其是人才结构不合理问题比较突出。
甘肃省的各县区的公务员队伍主要由党政干部、业务管理人员、专业技术人员三支人才队伍构成，人员结构不合理主要表现为：一是专业结构不合理。教育、卫生两大系统中的专业技术人员，占县、区专业技术人员的70％以上，而农业技术、业务管理、信息通讯、金融保险等领域的专业人才严重不足。二是城乡人才分布不合理。绝大多数专业人才集中在城区，乡镇特别是偏远乡镇，人才严重短缺。三是素质不高。突出表现在高层次人才严重短缺。在县、区各类人才中，大学本科以上学历的达不到30％，具有高级以上职称的就更少。四是流动不畅。表现为市内外、行业间、城乡间存有政策壁垒，人才流动仍不够畅通。在党政机关、事业单位与企业间，有编制限制；市内与市外有人员调动宏观控制的限制等。
另外，在县、区公共行政管理职能部门中，普遍存在着公务员人数超编问题。由于对行政人员的管理不到位，使很多人认为，政府部门的事好做、钱好拿，想尽一切办法进入县、区的行政管理单位。因此，在县、区的一些行政管理部门出现了公务员的编外人员大大多于编内人员。比如，某县的国土资源管理局的公务员编制只有不到20人，可是工作人员却多达50多人。这必然造成人浮于事，办公费用增加，行政效率低下。
按照精简、统一、效能和决策、执行、监督相协调的原则，依法规范行政机关职能，继续推进行政机构改革，制定《甘肃省人民政府机构和编制管理规定》，合理设置政府机构，科学核定人员编制，实现政府职责、机构和编制法定化。
（4）乡镇一级农村公共行政组织的职能运作不合理
农村公共行政管理组织的主要任务应该是向农村、农民提供公共产品和公共服务。但是，目前甘肃乡镇一级农村公共行政组织运作的最大问题是，乡镇政府仅仅是上级公共行政机构有关农村农民事务政令的执行者，很少充当农村公共事务建设者的角色，向广大农民提供他们所需要的公共产品和公共服务非常有限。而上级公共行政部门下达的政令，主要是指标性的：如何管理、如何收费，强调对农村农民的约束，很少有使农民受益的公益性事业。这样，就使乡镇行政组织经常处在农民利益的对立面，从而增大了乡镇公共行政权力的运转难度。
甘肃农村税费改革，对乡镇一级财政体制冲击较大，乡镇财政的收入、开支方式发生很大变化。比如河西走廊的高台县，全县财政收入主要是农业税和农业附加税，收税方式除了农民自愿交纳之外，主要仍靠乡镇干部和村干部去一家一户地收取。村干部收齐农业税后，直接上交给县税务局，或由乡镇政府转交给县税务局乡镇一级财政没有直接的财税收支权。乡镇一级政府的财政开支由县财政局核定下拨。这样，乡镇一级财政的开支权限、开支能力就十分有限，同时也就限制了乡镇政府进行乡村公共事业建设和管理的能力。
据我们对高台县三个乡镇的调查发现，南华镇的财政收入2003年为322万元，但财政开支由县财政核定下拨后，除了镇干部的工资外，行政办公费用一年不足3万元。骆驼城乡的财政收入2003年为142．5万元，县财政核定下拨的乡政府办公事务费只有2万元。巷道乡2003年的财政收入为280万元，除了乡村干部的工资外，县级财政每年只给乡政府2．5万元其他用途经费（2003年乡政府实际开支90万元）。从下拨给乡镇财政的款项和数量上就能看出来，县级财政就没有给乡镇政府发展农村公共事业的职能或能力。
因此，目前高台县南华镇、骆驼城乡、巷道乡三乡镇的政府和干部尽管已经具有了全面推动农村社会公共事业发展的意识和思路，但是乡一级的财政收入和财政支出全部由县级政府部门控制，乡镇政府每年可动用的财政资金数量非常有限，在其他社会公共事务方面根本没有财力和能力，也就很难在发展农村各种公共事业上有所作为。
（二）甘肃非营利公共管理的组织机构分析
20世纪80年代以来，无论是在发达国家还是在发展中国家，非营利组织都致力于各种社会问题的解决，积极参加包括社区建设、地方自治、公共政策制定和执行在内的公共管理过程，在现代社会管理中占据十分重要的地位。研究发现，非营利组织不仅为社会提供了新的资源配置体制，满足了社会多元化的需求，而且已经成为多元化时代社会发展与改革的生力军。
随着政府职能转变为“经济调节、市场监管、公共服务、社会管理”，非营利组织在社会管理和社会服务中的作用和地位日显突出。特别是中国社会主义市场经济体制的日趋完善，行政管理体制改革的逐渐深入，对非营利组织承担社会管理职能的要求愈来愈迫切。当前，非营利组织的培育和发展已成为社会关注的热点问题。
改革开放以来，甘肃非营利公共管理组织，按照非营利组织有关法规，认真履行“自律、维权、协调、服务”的职能，在各自不同行业领域发展过程中，努力使自己成为行业经济和公益事业的开拓者，合规经营和公民行为的自律者，行业利益和公民权益的维护者，市场利益关系和社会利益关系的协调者，行业信息和公益事业的传播者，会员单位和广大民众的服务者。
随着经济社会发展和市场经济体制健全，甘肃省非营利组织逐步发育和威熟，并成为一种重要的社会公共管理力量。不过，在甘肃的城市非营利组织和农村非营利组织之间存在着明显的发展不平衡问题，前者的组织机构、体制比较健全，职能作用得到较大发挥；后者的组织机构、体制正在形成过程中，职能作用发挥得不够理想。
1．甘肃城市非营利公共管理的组织机构分析
甘肃的城市非营利公共管理组织很多，主要从事企业经济活动的协调和服垒，职工权益保护，弱势群体救助等社会公益性事业活动。目前，从组织职能性质夹看，甘肃城市非营利公共管理组织主要分三大类：行业协会、工会组织和公益性组织。
（1）行业协会的发展分析
行业协会作为由同行业企业以及其他经济组织依法自愿组成的非营利性公共管理组织，服务于企业、服务于行业，是在市场经济条件下连接政府、企业、市场之间的桥梁和纽带，也是承接政府职能转变的载体。截至2005年上半年，甘肃全省登记的行业协会约953家，其中，省级282个，市（州）级332个，县（区）级339个，主要分布在工业制造、商业流通、建设交通、信息科技、农业产品、金融、现代服务等行业。目前，甘肃的行业协会大致可分为三种类型：
一是由政府部门发起成立。如省工商联合会、省商业联合会、省物流与采购联合会、省轻工业联合会、省工艺美术协会、省勘察设计协会、省美术家协会、省律师协会、省消费者协会、甘肃省书法家协会、省保险行业协会、省会计师协会、省科学技术协会、省监理协会、省慈善协会、省红十字协会、省注册会计师协会等协会组织就属于这一类型。政府部门发起成立的协会，人财物依附于所属业务主管部门，大多与所属部门合署办公，人员相互交叉，会长、秘书长直接由部门领导兼任，协会工作主要依靠行政力量推动。这类协会约占甘肃省整个行业协会的50％以上。其优势是会员覆盖面广，工作推动力强，协会的人财物和活动经费有保障。但其弊端也很明显，协会独立性不强，易受部门利益左右，工作中行政色彩浓厚，管理重于服务，公信度不高。一些协会甚至只收费，不服务，失去了协会存在的基础。
二是由政府行政管理部门在机构改革中转制形成的行业协会，约占行业协会的30％左右。比如甘肃省石化工业协会、甘肃省电力行业协会、甘肃省通信行业协会、甘肃省轻纺行业协会、甘肃省饭店协会、甘肃省建筑业联合会、甘肃省粮食行业协会、甘肃省水泥行业协会、甘肃省电子行业协会、甘肃省农村信用社行业协会、甘肃省银行业协会、甘肃省塑料协会、甘肃省服装行业协会、甘肃省五金制品行业协会、甘肃省酿酒工业协会、甘肃省软件行业协会等协会组织。这些协会虽然已经取掉了“官帽”，但协会领导仍由政府任命，原政府行政人员转任协会工作人员，定程度上仍保留了官办色彩，但协会的性质和职能比较明确，工作方式有了较大的转变，服务意识逐步增强，工作开展得比较活跃。
三是由企业自愿发起成立的协会。一些企业在市场经营活动中，已经意识到成立行业协会的重要性，从而联合其他企业共同发起成立了自己的行业协会。这一类型的协会组织有：甘肃省乳制品饮料行业协会、兰州牛肉拉面行业协会、甘肃省拍卖师协会、甘肃省技术市场协会、兰州市饭店与餐饮行业协会、甘肃省美发美容协会、甘肃省洗染行业协会、兰州市出租汽车行业协会、甘肃省浙江企业联合会等等。这类行业协会的大多数是由民营企业自发形成，目的是通过行业协会的自律管理和自我服务，求得公平的竞争环境，促进行业内企业共同发展。目前，这类行业协会数量较少，但其独立性较强，基本遵循“人会自愿、领导自选、人员自聘、经费自筹、会务自理”的原则，运作比较规范。但也存在会员数量少，覆盖面小，行业代表性不强等问题。
近几年，随着市场经济体制的健全以及省委、省政府的高度重视，甘肃省行业协会组织逐步发育和成熟，在地方公共管理中发挥着重要作用，并出现了一批对行业发展和公益事业做出优异成绩的协会组织。2004年12月，民政部表彰500多家全国先进民间组织，其中有甘肃省的兰州市出租汽车行业协会、甘肃省天水市民间组织联合会、甘肃省酒泉市养殖业协会、甘肃省饭店协会、甘肃省电力行业协会、甘肃省建筑业联合会、甘肃省慈善总会、兰州童鹤赡养院、甘肃省医学会、兰州铁路法学会等13个协会组织。
（2）工会组织的发展分析
工会作为全省企事业单位的群众性组织，一直是代表职工利益、维护职工权益的非营利公共组织，也是甘肃省城市公共管理的重要组成部分。