理顺乡镇卫生院管理体制，完善内部运行机制，引入竞争机制，完善配套制度。加快建立适合农村实际的药品供应网络和监督网络，规范药品流通秩序，减少中间环节，降低药品价格，确保农民用药安全。发挥中医药在新型农村合作医疗中的作用，积极运用中医药为农民提供服务。凡是被确定为新型农村合作医疗试点的县，都作为全省农村中医工作先进县建设单位，按照相关标准进行建设。建立城市卫生支援农村卫生的长效机制，实行城市医疗卫生机构对口帮扶县、乡医疗卫生机构的制度，为农村培养留得住的适用型人才。
6．推进新型农村合作医疗制度的实施，提高农民医疗保障水平
在新型农村合作医疗制度试点工作方面，我省2006年新扩24个县（区），争取2008年覆盖全省。与此同时，新老试点县（区）都应认真落实财政补助资金，加强资金监管力度，完善试点方案，调整补助标准，扩大参合农民的受益面。
第一，进一步完善新型合作医疗，重点抓落实。
当前需要抓紧落实的几项工作：一是提高认识，继续加大宣传力度。二是做好资金的筹集、管理和使用，严格基金管理办法，做到基金安全运行。严格按基金管理办法和有关法律法规要求，相关部门和单位要认真履行职责，做到银行管钱不管账，经办机构管账不管钱，实现基金收支分离，管用分开，封闭运行。三是进一步完善配套制度，规范工作程序。四是建立健全信息网络化管理体系。全部建立起信息网络化管理系统，实现合作医疗信息化管理，降低工作成本，提高工作效率。五是积极试行门诊医药费用和县外住院医药费用定点医疗机构现场直报。六是加大培训工作，加强能力建设。七是进一步落实合作医疗工作中各项监督管理工作。八是切实加大对定点医疗机构的监管力度。
第二，健全新型农村合作医疗管理机制和运行机制。
一是要准确把握试点工作的目标原则。新型农村合作医疗试点工作的目的是为了发现问题，总结经验，完善政策，探索新型农村合作医疗的管理体制、筹资机制和运行机制。我们在试点工作中应坚持和把握“四项原则”，即农民自愿、多方筹资的原则；以收定支、保障适度的原则；农民得实惠的原则；政策稳定、可持续发展的原则。努力做到“三个确保”，即确保农民不吃假药，确保农民用药价格合理，确保农民就近得到医疗服务。注重试点的质量，不定指标不赶进度，力求试点一个成功一个，切实让农民得到实惠。
二是要制定和完善试点方案。指导各地搞好基线调查、摸清基本情况，掌握基础数据资料，做好定量分析，合理确定筹资水平和补偿标准，科学测算报销比例。细化方案和资金筹集、使用和管理办法。督导各地按照省有关部门的批复意见对试点方案进行修订完善，并在试点工作中严格执行经审批并修订的试点方案。
三是积极探索建立符合实际的筹资机制。在尊重农民意愿的前提下，探索合理、多样、简便的个人缴费方式。农民个人缴费应于前一年11月底前完成。市、县两级财政补助资金于前一年12月底前到位，确保与财政年度运行周期一致。财政补助资金要纳入同级财政年度预算。
四是要合理设置大病统筹基金与家庭账户。在坚持以大病统筹为主的原则下，因地制宜，确定新型农村合作医疗的补助模式。积极探索以大额医疗费用统筹补助为主、兼顾小额费用补助的模式，鼓励基层积极创新，提倡建立大病统筹基金和设立家庭账户的做法，合理确定大病统筹基金与家庭账户基金的比例。可将个人缴费的大部分或全部用于建立家庭账户，由个人用于支付门诊医疗费用；将个人缴费的其余部分和各级财政补助资金建立大病统筹基金，用于参加新型农村合作医疗农民的大额或住院医疗费用的报销。把建立家庭账户情况作为考核试点工作的一项重要内容，切实把家庭账户做实。
五是要完善新型农村合作医疗补偿制度。坚持以收定支、量入为出、科学调整、留有余地、逐步调整、保障适度的原则。在充分听取农民意见的基础上，合理地确定大额或住院医药费用补助的起付钱、封顶线和补助比例，并根据实际，及时调整，既要防止补助比例过高而透支，又不能因支付比例太低使基金沉淀太多，影响农民受益。科学确定门诊费用的报销比例，引导农民合理使用家庭账户，家庭账户结余资金结转下一年度使用。
六是要坚持新型农村合作医疗基金封闭管理。各试点县区市要严格按照省财政厅、省卫生厅制定的《甘肃省新型农村合作医疗基金管理暂行办法》，加强对合作医疗基金的管理。要通过协商或招标的形式，确定一家国有商业银行或农村信用社作为新型农村合作医疗基金代理银行。县区市财政部门在代理银行开设合作医疗基金财政专户，对合作医疗基金实行专户储存管理。新型农村合作医疗经办机构在代理银行开设合作医疗基金支出专户，用于基金的日常结算和管理。新型农村合作医疗基金的支出严格实行经办机构、财政部门双印鉴管理，真正实现合作医疗基金收支分离，管用分开，封闭运行。坚决杜绝挤占、挪用合作医疗基金或用于平衡财政预算。
七是要加强经办机构能力建设，全面提高管理水平。各级经办机构的设立要坚持精简、高效的原则，编制由同级政府从现有行政或事业编制中调剂解决。随着试点县区市和参合农民的增加，2006年各市州应该成立新型农村合作医疗制度领导机构和办事机构，全面负责管理本地区合作医疗试点工作，研究解决试点工作中存在的问题。市级经办机构原则上编制为3—5人；县级经办机构人员编制的确定原则是：10万人以下的县4～5人，10万～30万人的县5～6人，30万人以上的县6—7人。乡级要有专人负责管理新型农村合作医疗试点工作，具体编制由试点县区市确定。各试点县区市财政要根据工作需要，合理安排、妥善解决合作医疗经办机构的工作经费，并列入同级财政年度预算，以确保新型农村合作医疗试点工作的顺利运行。
八是要坚持定点医疗机构现场直报制度。按照既方便参合农民报销，又便于审核的原则，参合农民在县区市内定点医疗机构住院，由定点医疗机构审核医药费用。垫付农民报销部分，在定点医疗机构接受县区市合作医疗管理办公室、财政部门审核后，由财政部门开具支付凭证，代理银行或农村信用社将核准基金支付给定点医疗机构。参合农民在县区市外住院，由参合地乡镇定点医疗机构审核垫付，按县区市内审核报销程序进行。立专门的报销窗口，常年服务，可以看一次病报销一次，也可以累计报销，为农民提供方便、快捷的服务。
九是要加快信息网络化建设步伐。实行新型农村合作医疗信息网络化管理，对于降低工作成本，提高工作效率和信息传递的准确性、及时性具有重要作用。各试点县区市要进一步加大工作力度，尽快实现县域内合作医疗信息网络化管理，实现县级经办机构与定点医疗机构间网上传输数据信息，实行网上监督和管理。
第三，根据各地实际情况，适当提高农村合作医疗的保障水平。
新型农村合作医疗筹资坚持以县为单位统筹，以家庭为单位筹资。鼓励有条件的地方根据农民收入水平、支付意愿和实际需要提高缴费标准。鼓励有条件的乡镇政府和乡村集体经济组织支持本地新型农村合作医疗。市（州）、县财政在省财政补助的基础上，对参加合作医疗的农民补助到总额不低于每年每人10元。同时，建立医疗救助制度，对农村五保户、贫困家庭等弱势群体给予医疗救助。医疗救助形式以资助救助对象参加合作医疗为主，也可以对救助对象的大额医疗费用给予补助。改进农民个人缴费的收缴方式，可以在农民自愿参加并签约承诺的前提下，由乡镇农税或财税部门一次性代收，开具由省级财税部门统一印制的专用收据，也可以采取其他形式。各级财政应在农民个人缴费到位后，按照自下而上的顺序，及时划拨补助资金。要加大督导力度，确保政府补助资金及时足额到位，保证试点工作的正常运行。随着试点工作的开展，逐步调整基金运作周期，尽快实现与财政预算年度的一致。
第四，全面推进农村贫困家庭医疗救助制度的实施。
2006年我省将普遍建立农村医疗救助制度。各地应将医疗救助制度与新型农村合作医疗制度有机结合起来，资助农村五保户、军烈属、贫困家庭、独生子女领证户和二女结扎户中的贫困户参加新型农村合作医疗。同时，对因患大病严重影响其家庭基本生活的农民给予救助。要进一步加大投入，并动员全社会力量多渠道筹措资金，积极支持农村贫困家庭的医疗救助工作。
第五，建立多层次监督机制，强化社会监管。
实行省、市（州）、县三级分层管理督导机制，尤其要落实市州政府对新型农村合作医疗的管理职责。从2006年开始，甘肃每个市州要有3个以上县区市开展新型农村合作医疗试点工作。市州级新型农村合作医疗经办机构应切实加强对本地区试点工作的监督和指导，定期对本地区试点工作进行调研和评估，并向省级经办机构提交相关督导报告；针对试点工作进展情况和存在问题，提出改进意见或建议；督导检查试点县区市医疗机构服务行为和服务质量等。试点县区市要充分发挥监督委员会的作用，定期检查、监督合作医疗基金的使用和管理情况。要将基金收支和管理情况纳入同级或上级审计部门的年度审计，定期进行审计并公布审计结果。要将参合农民医药费用报销情况作为村务公开的重要内容之一，定期张榜公布，接受群众监督。各级经办机构要成立相应的新型农村合作医疗专家技术指导组，加强技术指导，促进新型农村合作医疗各项重大政策和措施的落实。
加强医疗服务和药品监管。合理确定新型农村合作医疗定点医疗服务机构，制定和完善诊疗规范，实行严格的双向转诊制度，加强医疗行为和用药行为的规范化管理，不断提高医疗服务质量，向农民提供合理、有效、低廉、便捷的医疗卫生服务。加强定点医疗机构的基础设施建设、人员培训和适宜技术推广。积极提倡运用中医药技术和方法向农民提供服务。积极推进乡镇卫生院管理体制改革，年底前基本完成乡镇卫生院的人员、业务、经费由县级卫生行政部门按职责管理的上划工作。改革乡镇卫生院内部运行机制，提高服务效率。推行乡村卫生服务管理一体化。不断完善卫生服务，提倡为参加合作医疗的农民建立健康档案，农民交纳的费用当年没有使用，可为其安排一次健康体检，也可纳入家庭账户转入下一年。积极开展“亿万农民健康促进行动”，提高农民自我保健意识和保健能力。加强农村药品监管，尽快制定新型农村合作医疗基本药物报销目录，大力推行农村卫生机构药品集中招标采购，也可由县级医疗卫生机构或乡（镇）卫生院为村卫生室代购药品。严格控制农村医药费用的不合理增长，减轻农民医药费用负担，千方百计为农民节约合作医疗经费。
第六，加强组织领导，明确职责分工，紧密协作配合。
建立和完善新型农村合作医疗制度，是各级政府及相关部门的重要职责，也是一项涉及面广，且事务繁杂的社会系统工程。各级政府要从执政为民、以人为本、构建和谐社会的高度，充分认识建立新型农村合作医疗制度的重大意义，切实加强领导，落实相关配套政策。
各有关部门要明确责任，加强协调，密切配合。卫生部门要会同有关部门深入调查研究，做好对农民的宣传发动工作；重点研究制定相关政策，积极探索新型农村合作医疗制度的运行机制，指导各地建立有效的筹资、管理与监督机制；认真审定各试点县区市的实施方案，做好日常管理协调工作；推进农村卫生改革与发展，加大对各级合作医疗管理人员的培训和定点医疗机构的监管。财政部门应督促落实新型农村合作医疗补助资金，制定资金筹集监管政策措施，研究合作医疗风险基金管理办法及会计核算办法；加强对基金使用情况的监管，严格财经制度，确保基金安全运行，促进合作医疗持续健康发展。民政部门负责加快建立农村贫困家庭医疗救助制度，重点解决好农村五保户、军烈属、计划生育困难户和贫困家庭参加新型农村合作医疗的困难；敦促试点市、县民政部门更好地将两项制度结合起来，发挥救助资金的最大效益。发展与改革部门应加强试点地区农村卫生基础设施建设，努力解决好试点县区市县、乡两级医疗卫生机构的基础设施硬件条件，提高试点县区市医疗卫生机构的服务能力；配合卫生部门对村级卫生组织基础设施建设进行调研，并提出实施方案。食品药品监管部门应完善基层药品监督、供应网络建设，继续推进农村医疗机构实行药品集中招标或跟标采购；引入竞争机制，鼓励信誉度较高的药品批发企业对基层卫生机构集中配送药品，确保药品质量和农民用药安全。农牧部门应积极协助卫生部门做好新型农村合作医疗的宣传推广工作和筹资管理工作。审计部门应将合作医疗纳入省级年度审计，并形成制度，加大对合作医疗基金的监管力度。
充分发挥省政府新型农村合作医疗联席会议制度的作用，加强政策协调、工作指导和督察。组织省新型农村合作医疗专家技术指导组开展技术指导、业务培训、调查研究等工作。指导各市尽快成立相应的协调小组或联席会议，以及工作机构和技术指导组织，为试点工作的顺利开展提供组织保证和技术支持。试点县（市、区）成立县级新型农村合作医疗管理委员会，在卫生行政部门设立经办机构，负责新型农村合作医疗的业务管理。可以在乡镇设立经办点，或委托现有机构和人员管理，以保证工作需要。