明朝开国皇帝朱元璋死后，由于皇太子朱标于洪武二十五年先他而死，由皇太孙朱允即位，这就是建文帝。
由于太祖在世时实行分封制，各地藩王都强权在握，拥兵自重，这让建文帝深感不安，于是采取“削藩”的建议，以巩固皇权。诸王中燕王朱棣势力最大，他担心自己被废，便以讨伐齐泰、黄子澄为名，起兵谋反，发动了“靖难之役”。这场战争持续了四年，后来朱棣攻陷京师，即位为王，成了明成祖。就在朱棣攻入南京时，皇宫已是一片大火，建文帝下落不明。他究竟是生是死？生，又在何方？死，又在何处？明成祖朱棣对此总是放不下心，这事也成为他的一块心病。
数百年来，建文帝的下落也是一桩争讼不决的历史悬案。有人说，建文帝的一个太监穿了他的衣裳投身火海，做了他的替死鬼，而他趁机逃走了；有人说建文帝削发出家，藏进了某个寺院中；还有人说他是从地道中逃走的，而且出走后故意放的大火。更有人发挥了这些说法，认为建文帝流落民间后，去了云南，住在山中。建文帝出逃的协助者史仲彬后来还多次南下与他会面。而在后来的明英宗时期，建文帝还曾回到京师，住在宫内，寿终正寝。这些传说或真或假，难以断定，或许只是人们的附会之言。然而，综合各家说法，主要有“焚死”说和“逃亡”说。
一种说法认为建文帝是自焚而死的。据永乐年间修撰的《明太祖实录》中记录，建文帝死于宫中大火。当时，燕王军队兵临城下，将宫城团团围住，建文帝想逃也来不及了。建文帝深知他的四叔是个贪权尚武、残暴无情的武夫，落到他手上绝没好下场，于是放火纵身火海之中。而朱棣也绝不能让建文帝继续活下去，否则，他就不能登帝位。当燕王军队开进皇宫时，宫中已是一片火海，建文帝也没了踪影。但是，为了不留下“杀侄夺位”的骂名，朱棣在发现烧焦的尸体时又假装痛哭流涕，声称自己出兵只是为了“清君侧”，辅佐建文帝。仁宗朱高炽御制长陵碑也说，建文帝殁后，成祖备以天子礼仪殓葬。成为明成祖的朱棣后来在给朝鲜国王的诏书中说，没想到建文帝在奸臣的威逼下纵火自杀。
但是，太监在火后余烬中多次查找，只找到马皇后与太子朱文奎的遗骸，建文帝是活是亡则无从得知。燕王为让天下知建文帝已自焚，曾作有祭文。但其坟墓处于何处，无人可知。明末崇祯帝就曾说过，想给建文帝上坟，却不知在何处。
另一种说法认为建文帝“出逃为僧，流落民间”。在南京攻破之时，建文帝曾经想过要自杀，但在亲信的劝说之下，从地道逃出皇宫，从此削发为僧，浪迹江湖。在明成祖死后，他又回到京城，住进宫内，死后葬于京郊西山。其实，朱棣登位后，一直不相信建文帝已经死了，曾多次派心腹大臣到处访问。有人说，永乐年间郑和下西洋，其实就是明成祖暗中察访建文帝下落的一种表现。而且明成祖还曾向天下寺院颁布《僧道度牒疏》，借机重新整理僧人的名册，对当时所有的僧人进行了一次全方位的调查。从永乐五年起，还派人以寻访仙人张邋遢为名到处搜寻，搜寻范围遍及大江南北，前后共二十余年。在民间流言中，许多地方都有建文帝的踪迹与传说。有的说建文帝逃到云贵地区，而且辗转到南洋地区。直到现在，云南大理仍有人以惠帝（建文帝）为鼻祖。也有现代学者认为，当年建文帝潜逃后，曾藏于江苏吴县鼋山普济寺内，接着隐匿于穹窿山皇驾庵，于永乐二十一年在此病亡，埋于庵后小山坡上。
至于建文帝的下落到底如何，这答案或许早已随着滚滚年轮，和曾经辉煌无比的王朝一起被埋入历史的尘埃之中了。