朕闻‘顺天者昌，逆天者亡’，此古今不易之定理也。粤自古昔，帝王居中国而治四夷，历代相承，咸由斯道，惟彼元君，本漠北胡夷，窃主中国，今已百年，污坏彝伦，纲常失序，由是英俊起兵，与胡相较，几二十年。朕荷上天祖宗之佑，百神效灵，诸将用命，收海内之群雄，复前代之疆宇，即皇帝位，已三年矣。比尝遣使持书，飞谕四夷，高丽、安南、占城、爪哇、西洋、琐里即能顺天奉命，称臣入贡。既而，西域诸种番王各献良马来朝，俯伏听命；北夷远遁沙漠，将及万里，特遣征虏大将军率马步八十万出塞，追获歼厥渠魁，大统已定。蠢尔倭夷，出没海滨为寇，已尝遣人往问，久而不答，朕疑王使之故扰我民。今中国奠安，猛将无用武之地，智士无所施其谋，二十年鏖战，精锐饱食，终日投石超距。方将整饬巨舟，致罚于尔邦，俄闻被寇者来归，始知前日之寇非王之意，乃命有司，暂停造舟之役。呜呼！朕为中国主此，皆天造地设，华、夷之分。朕若效前王，恃甲兵之众、谋士之多，远涉江海，以祸远夷安靖之民，非上帝之所托，亦人事之不然。或乃外夷小邦，故逆天道，不自安分，时来寇扰，此必神人共怒，天理难容。征讨之师，控弦以待，果能革心顺命，共保承平，不亦美乎？呜呼！钦若昊天，王道之常，抚顺伐逆，古今彝宪。王其戒之，以延尔嗣。
中国皇帝的这封诏书警告意味依然浓厚，不过，却又同时表示“始知前日之寇非王之意”，等于给了对方台阶下，怀良亲王也就顺坡下驴，宴请使者，礼遇有加，然后派僧人祖来向大明王朝“奉表称臣”，进贡方物。
此次派赵秩出使日本，怀良亲王“奉表称臣”，表面上看取得了很大的外交成果，但事实上，怀良不过是日本南朝的一个亲王而已，日本北朝还有一个天皇，怀良根本没有资格“奉表”，况且，怀良眼下的主要事务在于和北朝争夺对日本的统治权，压根儿没有心思去与明朝合作制止和打击倭寇对中国边境的侵扰。朱元璋弄清这些情况之后，又派遣祖阐法师等人绕过日本南朝的怀良，直接与北朝的室町幕府交涉，由于北朝同样忙着与南朝对峙，便对明朝的要求敷衍了事。
日本官府有意无意的放任自流，使得倭寇队伍日益壮大，他们在北至高丽、南达广东漫长的海岸线上，对沿海地区进行寇掠。鉴于此，朱元璋再度数次遣使赴日本南朝问罪，怀良亲王已于1372年退隐，但是，南朝当局依然假怀良亲王之名，遣使向中国入贡谢罪。由于日本入贡谢罪每次都流于形式，倭寇依然猖獗，朱元璋便对其日益失望，再有日本来使，索性“却其贡”，不予理睬。并且，《明太祖集》卷十九收录了朱元璋所作的一首名叫《倭扇行》的乐府诗，诗中表达了他心中对日本强烈的鄙视和厌恶之情：
沧溟之中有奇甸，人风俗礼奇尚扇，
卷舒非矩亦非规，列阵健儿首投献。
国王无道民为贼，扰害生灵神鬼怨，
观天坐井亦何知，断发斑衣以为便。
浮辞尝云弁服多，捕贼观来王无辩。
王无辩，折裤笼松诚难验。
君臣跣足语蛙鸣，肆志跳梁于天宪，
今知一挥掌握中，异日倭奴必此变。
敢情在朱元璋的心目中，日本就是一个“国王无道民为贼”的跳梁小丑角色！洪武十四年（1381年），日本南朝派遣僧人如瑶再次入贡方物马匹，朱元璋仍旧拒绝不受，并命礼部移书责之：
大明礼部尚书致意日本国王：王居沧溟之中，传世长久。今不奉上帝之命，不守己分，但知环海为险，限山为固，妄自尊大，肆侮邻邦，纵民为盗，帝将假手于人祸有日矣。吾奉至尊之命，移文与王，王若不审巨微，效井底蛙仰观镜天，自以为大，无乃构隙之源乎？王涉猎古书，不能详细，始号曰倭，后恶其名，遂改日本，自汉历魏、晋、宋、梁、隋、唐、宋之朝，皆遣使奉表，贡方物、牲口。当时帝王或授以职，或爵以王，或睦以亲，由归慕意诚，故报礼厚也。若叛服不常，构隙中国，则必受祸，如吴大帝、晋慕容廆、元世祖，皆遣兵往伐，俘获男女以归。千数百年间，往事可鉴也，王其审之！
日本南朝当局接到这封书信，毫不示弱，他们不卑不亢，写了一封绵里藏针的表章，回敬天朝中国：
臣闻三皇立极，五帝禅宗，惟中华之有主，岂夷狄而无君？乾坤浩荡，非一主之独权；宇宙宽洪，作诸邦以分守。盖天下者，乃天下之天下，非一人之天下也。臣居远弱之倭，褊小之国，城池不满六十，封疆不足三千，尚存知足之心。陛下作中华之主，为万乘之君，城池数千余，封疆百万里，犹有不足之心，常起灭绝之意！
夫天发杀机，移星换宿；地发杀机，龙蛇走陆；人发杀机，天地反复。昔尧、舜有德，四海来宾；汤、武施仁，八方奉贡。
臣闻天朝有兴战之策，小邦亦有御敌之图。论文有孔孟道德之文章，论武有孙吴韬略之兵法。又闻陛下选股肱之将，起精锐之师，来侵臣境。水泽之地，山海之洲，自有其备，岂肯跪途而奉之乎？顺之未必其生，逆之未必其死。相逢贺兰山前，聊以博戏，臣何惧哉！倘君胜臣负，且满上国之意。设臣胜君负，反作小邦之差。
自古讲和为上，罢战为强，免生灵之涂炭，拯黎庶之艰辛。特遣使臣，敬叩丹陛，惟上国图之。
这份表章在中日交往史上非常有名，之所以有名，不仅在于其文辞雄健，胆气轩昂，而且，它还可以视为中日邦交关系的一份宣言书，自此以后，中日便由过去的宗藩关系演变成为平等的邦交关系。那么，日本南朝当局的胆气从何而来呢？这里为读者分析一下。
首先，日本的强硬与中日历史上的两个重大事件有关：其一，宋朝被元灭亡；其二，日本抗元胜利。
宋代以前，华夏中国一直是日本仰慕的典范，古代日本人所自谓的“国比中原国，人同上古人。衣冠唐制度，礼乐汉君臣”，描述的就是这种情形。他们推崇中国文明几乎到了无以复加的地步，据史书记载，当年日本曾“举国茹素”哀悼南宋的灭亡，由此可见日本的中华情结是何其深厚！可是，煌煌中华竟然被蒙古戎狄所灭——偶像竟然以如此方式坍塌，日本人内心深处强烈的失望和失落情绪，可想而知。尽管百余年后汉人重新复国，建立明朝，然经此变故，在日本人的心目中，古典意义上的天朝中国早已完结，华夏中国已经永远失去“正朔”地位，这就是历史上所谓的“崖山之后，已无中国”的深刻意义之所在。
蒙元王朝入主中国之后，元世祖忽必烈因“倭主不来朝贡”之故，两次征伐日本，结果均告失败。能够击败横扫欧亚大陆的蒙古大军，这对日本人的民族自信心和自豪感是一种极大的提升，同时也使得日本人在潜意识里愈加轻视中国。加上“神风”吹覆元朝舰队这一事实，他们据此也就更加确信日本受上天的佑护。基于这种心理基础，当面对中国皇帝的战争讹诈时，日本当然不会唯唯诺诺。
其次，日本南朝当局肯定还做过战略层面上的评估，他们清楚，大明帝国固然疆宇辽阔，兵多将广，可是，王朝毕竟刚刚肇建，国内百废未兴，四边诸夷未服，况且，北元余烬未灭，尚在中国北疆陈兵百万，窥望中原……有此诸多外忧内困，他们料定大明皇帝不会重蹈元朝皇帝覆辙，轻率兴兵，征讨日本。
最后，日本南朝当局之所以强硬，还与日本的时局形势有关。当时，日本南朝和北朝并立，起初是北朝强而南朝弱，南朝的后醍醐天皇死后，皇子怀良亲王摄政，他以“杀明使、回战书”的方式给自己立威，欲使将士归心。几个回合下下，果真达到这个目的，怀良亲王声名远播，以至当时日本的许多遣唐外交都假托其名。
日本南朝当局这次到底是号准了中国皇帝的脉——尽管日本的表章令朱元璋怒火万丈，但他在经过通盘考虑之后，始终没有做出大举征伐日本的决定。此间，包括李文忠在内的许多大将都曾“谏帝征日本”，也被朱元璋一概严词拒绝。
朱元璋既未做出征伐日本的决定，同时也不再对日本当局寄予希望，便索性断绝同日本的赐贡往来，“专以海防为务”。其实，早在建国伊始，因为零星的倭患之故，朱元璋已经开始实施海防政策，与日本交恶之后，他更是加重了海防力度，在漫长的海岸线上进行部署。朱元璋的海防政策大抵以五项措施来实现：
其一，在长达一万四千余里的海防前线广筑城池，设置卫所，驻扎海防军队。自洪武元年（1368年）朱元璋令镇守广东的永嘉侯朱亮祖在要害之地设置防倭卫所开始，到洪武末年为止，明廷先后共在海防前线地区配置了五十八个卫和八十九个独立守御千户所的防御军队，总兵力算来应有四十二万余人。其大体分布是：广东八个卫和二十九个守御千户所；福建十一个卫和十三个守御千户所；浙江十一个卫和三十个守御千户所；南直隶（南京）九个卫和十个守御千户所；山东十个卫和五个守御千户所；北直隶（北京）一个卫；辽东八个卫，一个守御千户所。另外，沿海防线还设置二百余个巡检司，并建有一千多个城池、寨堡、烽堠、墩台。这些防御设置点面结合，相互呼应，形成了一道坚固的海防长城。
其二，多造战船，重视水师建设，从海上追剿来犯倭寇。倭寇一般主要是上岸在陆地城镇烧杀劫掠，骚扰中国沿海地区居民，然后乘船从海上逃窜，因此，要想追击和剿灭倭寇，必须配备大量战船来装备军队。明初海防卫所的战船装备是逐渐完善的，由于帝国的海防线极其漫长，卫所众多，故各个卫所战船装备的进度也不一致。洪武五年（1372年）有个数据，大抵当时是每个千户所配备战船十艘，每卫辖五个千户所，共五十艘。此后的十多年中，朱元璋又曾陆续命令德庆侯廖叶永忠、靖宁侯叶昇、荥阳侯郑遇春、东川侯胡海等将领督造战船。洪武二十三年（1390年）四月，朱元璋诏令：“滨海卫所每百户置船二艘，巡逻海上盗贼，巡检司亦如之。”按照这个标准，以明军的建制计算，沿海五十八个卫加上八十九个独立守御千户所，则共配备战船七千五百八十艘，另外再加上二百余个巡检司所配备的四百余艘战船，洪武末期，全国则共有八千余艘战船分布在一万四千余里的沿海前线，直接拦截和剿捕来犯倭寇。
其三，实施海禁政策，防止中国奸民私通倭寇。前文讲过，张士诚和方国珍被朱元璋消灭之后，他们的许多部众亡命沿海岛屿，不时与倭寇勾结，袭扰劫掠当地官民。朱元璋恼恨之余，下令取消宁波、泉州、广州的市舶司，禁绝一切非官方船只出现在中国的海面上，同时，命令滨海的居民集体迁往内地。这些政策执行得十分严厉，举个例子：洪武二十年（1387年）春天，朱元璋令将福建、广东两省沿海和澎湖地区三十六个岛屿的居民全部迁入内地，诏书申明“以三日为期，限民徙内，后者死！”
所有这些相当于陆地上坚壁清野的防御措施，犹如一道滨海长城，起到很好的防倭作用。在空空如也的无垠大海上，倭船一旦露头，即遭到明军水师的围攻追剿，尚未靠岸即已葬身大海。屡屡吃亏之后，倭寇开始逐渐减少，到洪武末年，已趋平息之势。
公道地说，朱元璋当年在外忧内困的时代背景之下做出拒绝征伐日本的决定是十分理性的，不过，由于大明帝国未对倭寇斩草除根，倭患寇之患此起彼伏，以至于与整个大明王朝相始终。假如朱元璋能够预料到倭寇竟然给其子孙造成如此长久的麻烦，那么，当初他还能够放日本一马么？还真不好说！因为站在历史的视角来看，洪武中期以前，大明帝国固然不宜大举兴师征伐日本，可是，到了洪武后期，政权稳定，国力日升，北疆平定，诸夷臣服，此间，如果朱元璋以其惯有的意志兴师东征，极有可能毕其功于一役。诚如此，则整个人类的历史都将被改写矣。
为求稳妥，在对待倭患问题上，朱元璋改主动征伐为被动防御，并实施海禁和内迁滨海居民等政策为配套手段，极端时期，甚至“禁民入海捕鱼”。这些政策和措施的实施，一时间固然收到很好的御倭效果，但是，它们也有两个主要弊端：其一，海禁政策被明朝统治者所承袭，民间的海外贸易活动受到严重压制，中国传统的手工业资本向商业资本的转化受到极大的限制，在资本主义经济萌芽时期阻碍了它的发展，从而与西方列强拉开距离。其二，“禁民入海”和“内迁居民”等措施的实施，断绝了传统渔民的活路，许多人为了生活而导倭入寇，与国家为敌，世世代代，绵延不绝，以致于伴随整个大明王朝，给朱元璋的子孙后代造成长期的麻烦。这两个弊端是朱元璋生前所无法预料到的——当然，换作别人也绝对无法预料，今人在这件事上就不要苛求这位汉族的草根英雄了。