予本淮右布衣，因天下大乱，为众所推，率师渡江，居金陵形势之地，得长江天堑之险，今十有三年。西抵巴蜀，东连沧海，南控闽越，湖、湘、汉、丐，两淮、徐、邳，皆入版图，奄及南方，尽为我有。民稍安，食稍足，兵稍精，控弦执矢，目视我中原之民，久无所主，深用疚心。予恭承天命，罔敢自安，方欲遣兵北逐胡虏，拯生民于涂炭，复汉官之威仪。虑民人未知，反为我仇，挈家北走，陷溺犹深，故先谕告：兵至，民人勿避。予号令严肃，无秋毫之犯，归我者永安于中华，背我者自窜于塞外。盖我中国之民，天必命我中国之人以安之，夷狄何得而治哉！予恐中土久污膻腥，生民扰扰，故率群雄奋力廓清，志在逐胡虏，除暴乱，使民皆得其所，雪中国之耻，尔民等其体之。
如蒙古、色目，虽非华夏族类，然同生天地之间，有能知礼义，愿为臣民者，与中夏之人抚养无异。故兹告谕，想宜知悉。
这篇檄文出自宋濂的手笔，写得十分出色。它将原本属于两个利益集团之间的北伐战争拔高为华夏族群代表与外族统治者之间的战争，檄文所提出的“驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民”的口号，符合所有汉族人民的内心愿望，加之论据充分，情感充沛，对中原人民能够起到很好的宣传鼓动作用。另外，这篇檄文同时也声明了对蒙古人、色目人的政策，即“有能知礼义，愿为臣民者，与中夏之人抚养无异”，明确表示：只要他们愿意服从新政权的统治，将与汉人一视同仁。这就给了占其人口大多数的外族中下层人民继续生存中原之地的希望，避免了因将他们逼上绝路而可能出现的鱼死网破式的反抗，从而大大减轻了进军中原的阻力。
按照事前由朱元璋亲自制定的“先取山东，撤其屏蔽，旋师河南，断其羽翼”的战略方针，山东将是北伐军第一个攻取目标。山东作为元朝的京畿重地，元廷派山东宣慰使普颜不花坐镇益都守护京师东大门，节制益都、东平、东昌、济宁、济南、般阳等诸路兵马。如此一来，北伐军攻取山东则有两条路线可供选择：一条由徐州北上，先取济宁、济南，然后东取益都；一条由江淮北经沂州（今山东临沂），再取益都。这里边有个缘由：元朝的沂州守将王宣也是一位骑墙派人物，他早年曾为司农椽，因治河有功，被元朝提升为招讨使，后又升任“义兵”元帅；其子王信，曾追随察罕帖木儿征讨山东的起义军，元军收复山东之后，朝廷命令王氏父子共同镇守沂州，数年前，王宣见朱元璋日渐坐大，为给自己留条后路，曾私下写信向朱元璋示好。故此，北伐军选择第二条路线——经沂州而取益都。
朱元璋办事老练，早在北伐大军出征之前的一个月，他就派虎贲左卫副使张兴领一千精兵前往淮安，训练和整饬当地驻军，为北伐军打前站。十月二十四日，徐达、常遇春率军抵达淮安，朱元璋亲笔致书王宣父子：“尔父子数年前与吾书云：‘虽在苍颜皓首之际，犹望阁下鼓舞群雄，殪子婴于咸阳，戮商辛于牧野，以清区宇。’今整兵取河南，已至淮安，尔若能奋然来归，相与戮力戡乱，岂不伟哉！”王宣父子面对强大的军事压力，只得奉表归降。朱元璋随即派徐唐臣、李少卿等人为使，前往沂州授王信为江淮行省平章政事，约定其听从徐达节制；同时，他又另遣人密谕徐达：“王信父子反复，不可遽信。宜勒兵趋沂州，以观其变。”
十一月初，徐达按照朱元璋的远程部署，进兵下邳，同时派大都督府同知张兴祖率部出徐州北上攻略山东。如同朱元璋前番预言熊天瑞降而复叛得到验证一样，王宣果然阴持两端，他一面让儿子王信秘密前往莒州等地募兵，一面派人前往徐达处犒师慰问，以作缓兵之计。十一月十日，王宣突然派兵劫杀使者，徐唐臣等人趁乱逃奔徐达军营。次日，徐达率师抵达沂州平叛，攻城甚急。王宣自度支撑不住，开城请降。徐达令其写信招降王信，没想到王信竟然杀死了前去送信的镇抚孙惟德，然后逃往山西。徐达大怒，以王宣降而复叛之罪将其杖杀。见主帅败亡，沂州所辖的峄州、莒州、海州、沭阳、日照、赣榆等县，皆不战而降。
北伐军占领沂州之后，朱元璋再度遥控指挥，他书谕徐达：“闻将军已下沂州，如向益都，当遣精锐扼黄河要冲，断其援兵，可以必克。若益都未下，即宜进取济宁、济南。二城既下，益都、山东势穷力竭，如囊中物矣。”于是，徐达按照朱元璋的指示，命令指挥韩温驻守沂州；令平章韩政率部攻略榆行、梁城等镇寨，并分兵扼黄河，以阻断山东援兵。二十八日，韩政令千户赵实攻打滕州，元守将杨知院弃城而逃。二十九日，徐达率主力部队攻陷益都，并连下所辖寿光、临淄、昌东、高苑、博兴、潍州、胶州等州县，俘虏元军将士万余人，辎重粮草无数。如此一来，山东被纵向一分为二，济南、济宁陷入孤立之中。
此役值得一提的是益都守将普颜不花对元朝的尽忠精神：普颜不花乃元至正五年（1345年）右榜状元，英俊倜傥，文武双全，时任山东宣慰使。据《续资治通鉴》等史料记载：徐达兵临城下，普颜不花捍城力战，城破之际，平章老保等人出城投降。普颜不花回府跪于老母面前诀别道：“儿忠孝不能两全，有二弟，可为终养。”尔后赶到官衙，端坐于大堂，专等吴兵到来。徐达素闻此人贤名，再三遣人召之，他一概不理。吴军士兵准备用绳索将其捆缚而去，普颜不花喝斥道：“我元朝进士，官至极品，臣各为其主，岂肯事二姓乎！”当场不屈而死，同时殉国的还有总管胡浚与知院张俊等人。普颜不花之妻阿鲁真及两个弟弟的妻子皆怀抱其子女投井而死，上演了悲壮的一幕，可谓满门忠烈！
十二月，徐达率军攻克乐安、济南、登州、莱阳等州县；而张兴祖也在此月攻下东平、东阿、济宁等地。北伐军所到之处，元朝官吏及守将或降或逃，势如破竹。朱元璋在应天频接捷报，高兴之余又生出担忧，一月之内连续三次派人传谕徐达和张兴祖，令他们务必把元朝投降官吏和将领解送应天，由他本人亲自处置。比如第三次，他致书叮嘱徐达、常遇春道：“闻大军下山东，所过郡县，元之省院官降者甚多，二将军皆留于军中吾虑其杂处，或昼遇敌，或夜遇盗，将变生不测，非我之利。盖此辈初绌于势力未必尽得其心，不如遣之使来，处我宦属之间，日相亲近，然后用之，方可无患。……”徐达、常遇春、张兴祖等人接书后不敢怠慢，他们明白，天下平定在即，一个新的王朝即将诞生，其个人也是历史的书写者，在这个节骨眼上，凡事小心谨慎，防患于未然，于公于私都是有利的，于是，都不折不扣地执行了朱元璋命令。
时间进入洪武元年（1368年），朱元璋于正月初四登基称帝，有关详情下一章再讲。正月上旬，刚即皇帝位的朱元璋诏令大都督府副使康茂才率军北上，补充北伐军的兵力。正月底，征南将军汤和已与另外几路大军共同平定了福建的陈友定。二月初二，朱元璋令汤和返回明州建造巨舰，将江浙地区的钱粮物资输运到北伐前线。二月初，康茂才率部赶到济南与常遇春部会师，大军出济南西向攻下东昌。截止洪武元年（1368年）三月中旬，山东全境基本平定。四月，朱元璋诏令免除山东田租三年，以显示皇恩浩荡，并欲通过这种办给北方未下之地的百姓带去念想，使之闻风归顺。
山东既定，北伐大军按照既定的战略方针，西向转攻河南。
早在至正二十五年（1365年），朱元璋在平定陈友谅的版图之后，考虑到属于兵家必争之地的湖北襄阳等地在元将王保保的控制之下，便于当年四月派猛将常遇春率军攻略该地；同时调任江西右丞邓愈为湖广行省平章领军继后，予以镇抚。经过两个月的鏖战，常遇春顺利攻克了今汉丹铁路沿线的安陆、枣阳、襄阳、谷城等路县，然后回应天复命，邓愈则奉命驻守襄阳。鉴于襄阳重要的战略地位，朱元璋书谕邓愈，告诫他要道：“汝戍襄阳，宜谨守法度。山寨来归者，兵民悉仍胡籍，小校以下，悉令屯种，且耕且战。汝所戍地邻扩廓（指王保保），若汝爱加于民，法行于军，则彼所部，皆将慕义来归，如脱虎口就慈母。我赖汝如长城，汝其勉之！”行事稳健的青年将领邓愈谨奉命令，实行军屯制度，操练兵马并开荒种地，把荆襄之地建设得生机勃勃，俨然成为朱元璋所期望的西部边防长城，使得王保保不敢南下牧马。等到北伐中原的战役打响之后，朱元璋于洪武元年（1368年）正月二十九日，委任邓愈为征戍将军，作为偏师出湖北攻略南阳等州群，以策应北伐军主力部队西取洛阳、潼关。
新成立的朱明王朝磨刀霍霍，多路大军压境，而腐朽的蒙元王朝却毫不警醒，旦夕危亡之际，依然故我地大搞窝内斗。
至正二十七年（吴元年，1367年）十月，朱元璋的部队从江淮北上，元惠宗妥欢帖木儿恼恨王保保屡次不听调遣，下诏免去他包括中书左丞相在内的一切职务，令其交出军队，仅保留河南王的封爵，以汝州为食邑，让他与其弟脱因帖木儿同居河南府（治所为河南洛阳）。王保保接诏后十分恼恨，径自从怀庆退据泽州（今山西晋城），部将关保与其分道扬镳。到了十二月，惠宗闻报山东之地尽失，情急之下诏令陕西行省左丞秃鲁为统帅，以李思齐为副统帅，统率脱伯列、张良弼、孔兴等各部兵马，防守关中。其中，着重要求脱伯列、孔兴率部出关，东渡黄河，支援前线守军。令惠宗没想到的是，这关中四将一概抗旨不遵，拒绝执行他的诏令。