且说征南将军汤和率舟师经海路到达福州城外，遣人入城招降。守将库春决然斩杀来使，率部出城迎战，遭受败绩，复退入城中固守。夜半，福州参政袁仁遣人出城乞降。次日黎明，汤和下令攻城，在袁仁的配合下，大军从南门蜂涌而入，邓益迎战于水门，当场阵亡。赖正孙、英辅自西门逃脱，出奔延平；库春怀揣印绶携妻子家眷逃往他处，行宣政院使多尔玛、佥院拜特穆尔等人皆不屈而死。汤和一举攻克福州，复令袁仁、余善等降将前往兴化、漳州、泉州等地的守军，另遣部将攻取福宁等地，自己则亲统大军进逼陈友定的老巢。
洪武元年（1368年）正月十九日，汤和大军兵临延平城下。此间，西吴的另一位征南将军胡美已攻下建宁；朱元璋的外甥李文忠所率领的三万大军也击败了陈友定的老搭档胡璃，正驻军浦城待命。延平门户已失，八闽大地摇摇欲坠，形势对陈友定十分不利，然而，陈友定却毫不畏惧，从容抵抗。吴将廖永忠率兵进攻延平西门，陈友定遣将迎战，七战七败，于是闭门不出。其间，诸将请求出战，陈友定不许。如此三番，军心开始浮动。陈友定怀疑部将萧院判及刘守仁心存异志，便斩杀了萧院判，收夺了刘守仁的兵权，刘守仁气愤之余向吴军投降，城中守卒纷纷逾城逃遁，延平亡在旦夕。
正月二十九日，延平城中的军械库忽然失火，火药爆炸声此起彼伏，吴军趁机发起进攻。陈友定见大势已去，遂饮毒酒自尽，其部将开城请降。等汤和率军进入城中，找到陈友定时，他尚有一口余气，被吴军救活。此间，陈友定的儿子陈海从外地自投延平，表示愿与家父一同赴难。汤和遣人将陈氏父子解送应天，这时的朱元璋已经登基称帝，国号大明。他历数陈友定残杀胡深及使者之罪。未料想陈友定竟然厉声喝道：“死耳，尚何言！”朱元璋龙颜大怒，他以其人之道还治其人之身，下令将陈氏父子绑缚于铜马之上，架火烤烙而死，遭受了胡深一样的下场。陈友定一死，兴化、泉州等路郡守将闻风归降，只有漳州守将达噜噶齐迪里密实自刎殉国，其部将献城投降。至此，八闽大地又被朱元璋收入囊中。
福建被平定之后，接下来的攻略目标就是两广之地。当初，朱元璋在一日之内连发两路南征大军，除胡美这路之外，另一路由杨璟、周德兴、张彬等人率领，出湖湘而攻略广西。他们分兵行动，周德兴、张彬等人此间已攻下全州、宝庆、道州、蓝山、桂阳、武冈等城池，而杨璟率部攻打永州，由于遭到守城元将邓祖胜的顽强抵抗，一时间被堵在这个地方。
洪武元年（1368年）二月初二，朱元璋诏令汤和提督海运，北返明州造海船，为徐达的北伐军输运粮草物资，另任命廖永忠为征南将军、浙江行省参政朱亮祖为征南副将军，率舟师自福州经海路包抄广东；同时令赣州卫指挥使陆仲亨和副使胡通，率军出韶州进击德庆，与杨璟、廖永忠等三路大军互为犄角之势，以迫降广东军阀何真。
何真乃广东东莞人，曾任元朝河源县小吏和淡水盐场管勾，后弃官还乡。至正十五年（1355年），东莞乡民陈仲玉、王成等人聚众起义，何真组织“义兵”对抗，俘杀了陈仲玉和王成。次年，惠州乡民王仲刚起义，元将黄常趁机反叛，两支队伍联合围攻惠州。何真率部斩杀王仲刚，击退黄常，元朝授予他惠州路判官之职。此后，他因镇压各地起义军有功，被升任为江西行省广东分省左丞。不久之后，江西与福建合为一省，元朝廷再度擢升他为该省左丞，未几，又升任为右丞。有了官方合法身份，又因为中原大乱，南北阻隔，何真乐得据险称霸，是不折不扣的一大地方军阀。
为避免不必要的流血牺牲，朱元璋决定对何真同样以招降为首选策略，他特意遣人致书廖永忠，分析何真的境况，为南征大军做战略谋划：“王者之师，顺天应人，所以除暴乱，解羊倒悬，以慰民望。朕昔平定武昌、荆、湘诸郡，皆望风款附，常遇春克赣州，南安、岭南数郡亦相继来归，此无他，师出以律、人心悦服故也。今两广之地，远在南方，彼此割据，民困久矣，定乱安民，正在今日。彼闻八闽不守，湖湘已平，中心震慑，无固守之志，若先遣人宣布威德以招徕之，必有归款迎降者，可不劳师旅。慎勿杀掠，沮向化之心，如其拒命，举兵临之，扼其险要，绝其声援，未有不下者。且广东要地，惟在广州，广州既下，则循海州郡，可传檄而定，海南、海北以次招徕，留兵镇守，仍与平章杨璟等合兵取广西。用师方略，率用是道，肃靖南服，在此一举。”
廖永忠牢牢记着皇帝的嘱咐，一面遣人致书劝降何真，一面令舟师向前推进，作蓄势待发之状。正如朱元璋所言，何真闻报建陈友定灭亡，新生的明帝国以数路大军来伐，早已恐惧不安，及至明帝国的使者到来，一番辞令之后，何真审时度势，爽快地答应献地投降。
三月，廖永忠、朱亮祖率师抵达潮州，何真遣都事刘克庄送去象征权力的印绶及所辖郡县的户籍图册，奉表请降。廖永忠表奏朝廷，朱元璋十分高兴，下诏褒奖，把李真的附归比为汉将军窦融归附光武帝、瓦岗寨首领李勣（即徐懋公）归附唐高祖，曰：“朕惟古豪杰，保境安民，以待有德，若窦融、李勣，拥兵据险，角立群雄间，非真主不屈，此汉、唐名臣，于今未见，朕方兴嗟。尔真连数郡之众，乃不烦一兵，不费一镞，保境来归，虽窦、李奚让焉！”并下诏召见。何真率官属入京，被授予江西行省参政之职，此后又被封为东莞伯，得以善终。
四月，廖永忠、朱亮祖兵进广州，元朝守将卢左丞、张元帅率所部投降。与此同时，陆仲亨和胡通率领的部队已接连攻下英德、清远、连州、肇庆、德庆等郡县，到达广州与廖永忠部会师。两路大军在广东靖剿负隅顽抗者，元朝广州参政邵宗愚、新会守将黄彬、南海守将麦康祖、河源守将曹文昌兵败被杀，九真、日南、儋耳等三十余城皆纳印请降，广东全境均告平定。此间，杨璟已于四月十七日攻破永州，然后挥师进入广西，围困静江（今广西桂林）。朱元璋诏令廖永忠、朱亮祖引兵西进，配合杨璟荡平广西。
廖永忠、朱亮祖率军从广州出发，溯珠江而上，于五月抵达梧州，元朝守将达噜噶齐拜珠不战而降。元朝吏部尚书普颜帖木儿当时正巧在广西藤州出差，听说明军来了，准备就地募兵迎敌，结果无人响应，只好带着所部百余人马逃到郁林（今广西玉林），朱亮祖率追兵赶到，将其斩杀。之后，廖永忠令朱亮祖率部北上，会同杨璟围攻静江，他自己则率本部人马西向进攻南宁。
静江就是现在的桂林，枕山带江，地势险要，素为兵家必争之地。元朝广西行省平章也儿吉尼镇守此城十余年，多次修缮城防工事，深挖护城河，城池十分险固。
闻明军将至，也儿吉尼派儿子不花帖木儿前往肇庆请吏部尚书普颜帖木儿发兵相救，结果中途被明军俘虏。明军到达之后，把不花帖木儿缚至城下，打算以父子亲情招降也儿吉尼。没想到也儿吉尼竟然下令：“有能射杀吾子者，赏五十金！”不知是诸将不忍，还是不花帖木儿运气好，结果“射之无中者”。明军见此计不成，只好围城攻打。杨璟驻扎北门，张彬驻扎西门，朱亮祖驻扎东门象鼻山下，围城二十余天，却久攻不下。
杨璟经实地勘察，心生一计，他对诸将说：“彼所恃西濠水耳。决其堤岸，破之必矣。”于是令部将丘广领兵攻打叚口关，杀掉守堤士兵，决堤放干濠水，然后筑土堤五道通向城墙，令将士沿堤登越城墙，攻克北门月城，也儿吉尼仍旧固守内城不降。
六月下旬，也儿吉尼令部将出战，被明将胡海杀败，万户皮彦高、杨天寿被俘。杨璟让皮彦高劝说也儿吉尼的部将总制张荣为内应，里应外合，攻入城内。也儿吉尼逃出城外，最终被俘；其部属陈瑜、刘永锡、曾尚宾等，皆全家自杀殉城。值得一提的是，杨璟派人将也儿吉尼解送京师，因其誓死不降，被朱元璋杀掉。
攻克静江之后，杨璟等移师徇郴州，郴州守将黄英、岑伯颜等人献城投降。此间，廖永忠也平定了南宁、象州等地。到洪武元年（1368年）七月底，广西全境悉数平定。
§§§第四节 驱逐胡虏，克复大都
为平定福建及两广地区，朱元璋先后派出数路大军南征，经过九个月的征讨，将士们圆满实现了朱元璋所制定的战略目标，大体上荡平了元朝政府除云南以外的地方势力。接下来说说由朱元璋派出的主力部队——徐达、常遇春所率领的北伐军的情况。
读者知道，朱元璋是一个稳重谨慎的人，在长期的战争实践中，他基本上都是以“稳妥持重”为战略指导方针，而北伐战争又是一场争夺全国最高统治权的战略决战，对此，朱元璋更是不会掉以轻心。他曾在私下场所征询刘基等谋士关于北伐中原的意见。
刘基虽被后世传言得神乎其神，而实际上并非如此。比如针对这个重大战略谋划，他的意见是：现在我们“土宇日广，人民日众，天下可以席卷矣”，建议乘新灭张士诚之余威，以迅雷不及掩耳之势，“乘胜长驱中原”。朱元璋当场批评了他的轻敌思想，说：“土不可以恃广，人不可以恃众。吾起兵以来，与诸豪杰相逐，每临小敌，亦若大敌，故能致胜。今王业垂就，中原虽板荡，岂可易视之？苟或不戒，成败系焉！”然后根据元朝各地军事势力如山东王宣、河南王保保、关中李思齐等互为犄角的局势，进一步教训说：“深究事情，方知通变。彼方犄角，岂得遽云长驱？必凭一战之功，乃乘破竹之势。若谓天下可以径取，他人先得之矣。”这番有理有据的宏论，说得刘基心悦诚服，北伐中原的战略构想就此在朱元璋的脑海中逐渐成熟。
至正二十七年（吴元年，1367年）九月，平江城破，张士诚覆灭，北伐中原已被列为议事日程。为了分化蒙古贵族，并向天下昭示自己是正义之师，朱元璋令人将在平江缴获的被张士诚所软禁的元宗室神保大王等九人送回大都。
十月十七日，朱元璋召集文臣武将，再行商讨北伐事宜。常遇春率先发言：“今南方已定，兵力有余，直捣元都，以我百战之师敌彼久逸之卒，挺竿而可以胜也。都城即克，有破竹之势，乘胜长驱，余可建瓴而下矣！”其观点与前番刘基类似，颇有轻敌思想。朱元璋以特有的谨慎和卓识，指出了这一方案的漏洞，他说：“元建都百年，城守必固。若如卿言，悬师深入，不能即破，顿于坚城之下，馈饷不继，援兵四集，进不得战，退无所据，非我利也。”告诫诸将要打有准备之仗，做到“进能攻、退能守”，不犯轻敌冒进之错。
接下来，朱元璋提出自己酝酿已久的作战指导方针——先翦其羽翼，再捣其腹心，即：“先取山东，撤其屏蔽，旋师河南，断其羽翼；拔潼关而守之，据其户槛。天下形势入我掌握，然后进兵元都，则彼势孤援绝，不战可克。既克其都，鼓行而西，云中（指山西大同）、太原以及关陇（关中和陇西），可席卷而下。”这个作战方针与当初消灭张士诚的类似，它着眼一个“稳”字，如蚕食桑叶般稳扎稳打，进退有据，众人齐声赞同。
至正二十七年（吴元年，1367年）十月二十一日，朱元璋共派出三路大军北伐南征。徐达、常遇春率领的这路大军共二十五万人，系灭元的主力部队，其进攻方向是：由淮入河，北伐中原。
出师之前，朱元璋不厌其烦地诫谕北伐军诸将道：“征伐所以奉天命，平祸乱。故命将出师，必在得人。今诸将非不健斗，然能持重有纪律，战胜攻取，得为将之体者，无如大将军达。当百万之众，勇敢先登，摧锋陷阵，所向披靡，无如副将军遇春。然吾不患遇春不能战，但患其轻敌耳。吾前在武昌，亲见遇春才遇数骑挑战，即轻身赴之。彼陈氏如张定边者，何足称数，尚据城指挥。遇春为大将，顾与小校争能，甚非所望，切宜戒之！若遇大敌，遇春领前锋，当与参将冯宗异（冯胜）分左、右翼，各将精锐击之。右丞薛显、参政傅友德，勇略冠诸军，可使独当一面。或有孤城小敌，但遣一将有胆略者，付以总制之权，皆可成功。达则专主中军，策厉群帅，运筹决胜，不可轻动。古云：‘将在军，君不御者胜。’汝等其识之。”
接着特意叮嘱徐达，要他带兵在外注意严明军纪，当断自断，审时度势，灵活变通，作战原则是，“我虚而彼实则避之，我实而彼虚则击之”；并着重作为军中主帅，要保持自己的威信，他告诫说：“将者，三军之司命。立威者胜，任势者强。威立则士用命，势重则敌不敢犯。吾常与诸豪杰并驱，观其取败者，未有不由威不立而势轻也，汝其慎之！”这些观点，可谓字字珠玑，远见卓识！
最后又对傅友德说：“此行汝当努力。昔汉高祖与项羽争衡，彭越宣力于山东。今用师自山东始，汝其勉之。”这些叮咛和勉励，显示出朱元璋对这次战役的重视和慎重，诸将无不备受感动和鼓舞。
出征之际，朱元璋再度向诸将约束军纪，要求他们“所经之处及城下之日，勿妄杀人，勿夺民财，勿毁民居，勿废农具，勿杀耕牛，勿掠人子女；民间或有遗弃孤幼在营，父母亲戚来求者，即还之。”
大军出发之后，朱元璋令中书省派人晓谕襄阳、安陆、黄州、庐州、濠州、安丰等与元朝接壤一线城池守将，令他们严加警备，防止元军南下袭扰，以保障主力部队侧后两翼的安全。同时，大军出发后的第三天，朱元璋又发布了一篇以“驱逐胡虏，恢复中华”为思想主旨的讨元檄文——《讨蒙元檄》，以图在政治舆论上压倒元朝，争取中原人民对此次北伐战争的支持。檄文如下：
自古帝王临御天下，皆中国居内以制夷狄，夷狄居外以奉中国，未闻以夷狄居中国而治天下者也。自宋祚倾移，元以北狄入主中国，四海以内，罔不臣服，此岂人力，实乃天授。彼时君明臣良，足以纲维天下，然达人志士，尚有冠履倒置之叹。自是以后，元之臣子，不遵祖训，废坏纲常，有如大德废长立幼，泰定以臣弑君，天历以弟鸠兄，至于弟收兄妻，子烝父妾，上下相习，恬不为怪，其于父子君臣夫妇长幼之伦，渎乱甚矣。夫人君者斯民之宗主，朝廷者天下之根本，礼仪者御世之大防，其所为如彼，岂可为训于天下后世哉！
及其后嗣沉荒，失君臣之道，又加以宰相专权，宪台抱怨，有司毒虐，于是人心离叛，天下兵起，使我中国之民，死者肝脑涂地，生者骨肉不相保，虽因人事所致，实乃天厌其德而弃之之时也。古云：“胡虏无百年之运”，验之今日，信乎不谬。
当此之时，天运循环，中原气盛，亿兆之中，当降生圣人，驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民。今一纪于兹，未闻有治世安民者，徒使尔等战战兢兢，处于朝秦暮楚之地，诚可矜悯。
方今河、洛、关、陕，虽有数雄：乃忘中国祖宗之姓，反就胡虏禽兽之名，以为美称，假元号以济私，恃有众以要君，凭陵跋扈，遥制朝权，此河、洛之徒也；或众少力微，阻兵据险，贿诱名爵，志在养力，以俟衅隙，此关、陕之人也。二者其始皆以捕妖人为名，乃得兵权。及妖人已灭，兵权已得，志骄气盈，无复尊主庇民之意，互相吞噬，反为生民之巨害，皆非华夏之主也。