1919年，五四运动爆发。邵飘萍出于爱国义愤，亲自参加了5月3日晚在北大举行的大会，并作了重要发言。在发言中，他介绍了山东问题的内容，分析了其性质，号召大家外争国权，内除国贼。他办的《京报》多次发表评论，揭露卖国贼曹汝霖、陆宗舆、章宗祥等的罪行，抨击反动军阀军府，支持学生的反帝爱国行动。它和全国其他进步报刊一起，造成了声势浩大的舆论，对推动爱国群众运动的深入开展起到了积极的作用。6月4日，邵飘萍在《为学生事警告政府》一文中，批评政府漠视学生的爱国行动，“罢课之举遍地皆有”，而政府仍采取敷衍态度，为曹、章等卖国贼辩护。他警告军阀政府，若以“军警之办法”对付学生，必将激起更加强烈的爱国风潮。邵飘萍的这些言行，触怒了段祺瑞政府。8月初，段政府下令查封《京报》，并派军警包围报馆，要逮捕邵飘萍。邵飘萍仓促避入东交民巷，《京报》编辑潘公弼被捕。随后，段政府以扰乱京师治安的罪名，下令通缉邵飘萍，并照会各国使馆要求引渡。邵飘萍被迫化装成工人，逃出北京，经天津前往上海。不久，他接受日本大阪《朝日新闻》社的邀请，前往日本，担任该报的中国问题顾问。
邵飘萍到日本后，一面当记者，一面注意研究各种思想和社会政治问题。1920年，他写成了《综合研究各国社会思潮》和《新俄国之研究》两本书。前者介绍了西方流行的各种社会政治学说，对马克思的社会主义理论着墨尤多。他详细介绍了社会主义的概念与历史，指出俄国革命成功后，对社会主义进行研究实为“急要”，并主张在研究中“时时勿忘中国之实情”。后者专门介绍十月革命后俄国的政治、经济、文化、教育、外交等各方面的制度和政策。指出十月革命是“历史上之一新纪元”，各国反动派散布的对新俄国的种种诬蔑，纯属荒谬无稽。该书出版后，受到读者的热烈欢迎，很快销售一空。
1920年下半年，邵飘萍自日本返回祖国。这时段祺瑞政府已经倒台。北京反动当局想收买邵飘萍，以政府的名义赠给“二级勋章”，各部官员亦争相与之交往。邵飘萍一面与他们周旋，广为交游，一面积极筹措资金，准备再建报馆。在他的努力下，《京报》终于复刊。邵飘萍坚持进步的办报方针，声明“本报对社会之各项重大问题有直言纠正之责”，“愚个人既素无党派，更不欲以特殊势力为报纸之后盾”，“崇拜真理，反对武力，乃《京报》持论之精神”。由于《京报》一贯鲜明地反对帝国主义和封建军阀，使它拥有广泛的读者，获得了广泛的称赞。
1921年7月中国共产党成立后，中国人民的革命斗争进入了一个崭新的阶段。在中国共产党的领导下，全国的工人运动出现了第一次高潮，工人的罢工运动此起彼伏。这时，邵飘萍追求进步、同情革命的倾向更趋明显，他主办的《京报》也成为北方进步舆论的一个重要阵地。1923年2月，京汉铁路总工会在郑州召开成立大会，军阀吴佩孚竟以武力横加禁止，激起了京汉铁路全路工人的总同盟罢工。7日，吴佩孚悍然下令在汉口、长辛店等地对罢工工人进行血腥屠杀，制造了“二七惨案”。邵飘萍支持工人的正义斗争，义愤填膺地在《京报》上发表文章，怒斥反动军阀的暴行。
1924年1月，国民党第一次全国代表大会在广州召开。孙中山对国民党进行了改组，确定了联俄、联共、扶助农工的三大政策，实现了国共合作，随后建立了广东革命政府。邵飘萍对南方革命形势的发展一直持欢迎态度。这年11月，冯玉祥发动北京政变，囚禁了贿选的总统曹锟，并把清废帝溥仪驱逐出宫，宣布废除帝号。对这一行动，邵飘萍给予了高度的赞扬，北京政变后，冯玉祥、张作霖、段祺瑞在天津举行会议，决定组织中华民国临时执政府，以段祺瑞为临时执政，同时电邀孙中山北上和谈。孙中山在收到冯玉祥等10月23日的主和通电后，分别致电冯玉祥和段祺瑞，表示“拟即日北上，晤商一切”。冯玉祥等也复电孙中山，表示盼孙中山“早日莅都，指示一切”。11月10日，孙中山发表《北上宣言》，离开广州前往北京。邵飘萍以舆论相配合，热烈欢迎孙中山北上。《京报》每日都有关于孙中山的消息，并以“全国景仰”为题，刊出孙中山的照片，表达了对这位伟大革命家的高度敬仰和爱戴之情。但是段祺瑞表面上欢迎孙中山北上主持召开国民会议预备会，却又声称“外崇国信”，执行媚外亲帝的外交政策，企图用所谓“善后会议”来抵制国民会议。根据段政府的规定，能够参加这个会议的，绝大多数都是军阀、官僚和附属于他们的知识分子。对段祺瑞这个偷天换日的阴谋，邵飘萍进行了深刻的揭露和批评，他指出“所谓善后会议者，不过一班寒酸措大，聚讼之庭，嚼字咬文，与人民之实际生活有何关系？”他还写信给胡适，劝告他说进步青年十分不满他参加善后会议，并表明自己的态度说：“微闻当局对弟极为不满，此固意中，亦无所惧”。
1925年5月30日，帝国主义在上海血腥屠杀游行示威的群众，制造了震惊全国的“五卅惨案”，激起了中国人民的强烈愤慨。邵飘萍在《京报》上连续发表文章，痛斥帝国主义的残暴罪行，强烈谴责帝国主义“是已退化于野蛮阶级之人中豺虎，自称文明绅士之强盗化身”；揭露帝国主义和军阀以“排外”、“暴动”、“赤化”的罪名，作为屠杀中国人民的借口；指出英日等国政府应负杀人罪责；提出“打倒外国强盗，严办外国凶手”的口号。“五卅惨案”发生后，在中国共产党的领导下，各阶层人民展开工人罢工、学生罢课、商人罢市的“三罢”斗争，掀起了规模空前的五卅反帝爱国运动。这时，邵飘萍发表《愿国民注意根本问题》的文章，指出斗争应以废除不平等条约为最终目的。他的这些言论，对人民群众的反帝运动起到了鼓动、激励和支持的积极作用。
“五卅运动”后，在中国共产党的领导下，工农群众的革命斗争一浪高过一浪。国共合作下的广东革命政府成为一个稳固的后方基地，大革命的序幕徐徐拉开。革命形势的日趋高涨，引起了帝国主义和封建反动势力的极度恐慌。他们打起“讨赤”的旗号，联合发起了对革命人民的猖狂进攻。这时，邵飘萍勇敢地站出来，在《京报》上发表了《中国今后之趋势》一文，深刻地分析了所谓“讨赤”的巨大欺骗性和它的反动实质。他指出，帝国主义、军阀、政客以广东革命政府为赤化的“祸源”，然而这个政府的“治绩为全国第一”。他满怀信心地展望将来道：“腐旧的军阀必归失败，帝国主义者必遭覆没，革新派虽困苦艰难，千回百折，而最后胜利必归于革新者。”
1925年11月，奉军内部发生了郭松龄倒戈事件。邵飘萍支持郭松龄倒戈，并多次指名谴责奉军首领张作霖投靠日本帝国主义的卖国罪行。张为此对邵飘萍怀恨在心。
1926年3月，日本帝国主义炮击大沽口炮台，并纠合英、美、法、意等八国公使以维护辛丑条约为由，向段祺瑞政府发出最后通牒。大沽口事件和帝国主义的通牒激怒了中国人民。18日，约3万群众在天安门前召开国民示威大会。会后组织了2000多人的请愿团，赴铁狮子胡同执政府和国务院请愿。段祺瑞悍然下令府院卫队展开大屠杀，造成了“三一八惨案”。邵飘萍对这一事件极为愤慨，连续在《京报》上发表评论文章，严厉声讨段政府的罪行，揭露其对帝国主义奴颜婢膝、对爱国人民穷凶极恶的反动嘴脸；指出段祺瑞是惨案的祸首元凶，应当逮捕法办。段祺瑞恼羞成怒，对邵飘萍恨之入骨，把他列入通缉的秘密名单，欲置之死地。
1926年春，奉军、直军、直鲁军联合向国民军发动进攻。这时，冯玉祥已宣告下野，国民军面临着十分不利的形势。“三一八惨案”后，国奉战争继续进行。奉军和直鲁军先后进占滦州、唐山、天津、丰台等地。4月15日，国民军被迫退出北京。奉系军阀控制了北京政府的实权。奉鲁军进入北京后，即封闭报馆，钳制舆论，残酷地镇压爱国运动。北京卫戍总司令王怀庆公然布告：“宣传赤化，主张共产，不分首从，一律处死刑。”中国北方自此沦入奉系军阀的黑暗统治之中，“北方民众革命运动概受摧残，革命的民众领袖概被通缉，左倾的报馆被封，左倾的进步的新闻记者被枪毙。”当奉军入京时，邵飘萍为免遭迫害避入六国饭店。但张作霖没有放过他。4月24日，奉军设计将邵飘萍诱捕，同时查封了《京报》馆。为免夜长梦多，军阀政府不经审判，即以“勾结赤匪，宣传赤化”的罪名，于4月26日将邵飘萍杀害，时年42岁。