崇祯十七年（1644年）三月，李自成攻克北京城，明朝最后一个皇帝朱由检被迫自杀，不久清军攻进北京，李自成逃奔西安。明朝灭亡后，明朝的残余力量在南方建立了南明政权，即福王朱由崧的弘光政权、唐王朱聿键的隆武政权、桂王朱由榔的永历政权、韩王朱本铉的定武政权，前后经历十八年，方告结束。崇祯十七年四月，凤阳总督马士英把朱由崧迎接到南京，五月即位称帝，年号弘光，任史可法为兵部尚书，高弘图为户部尚书，马士英为大学士，依旧掌管凤阳军务，派史可法督师江北，防御清军。顺治二年（1645年）四月，史可法在扬州兵败，被清军杀害，王应熊（四川巴县人）继任兵部尚书，总督四川、湖北、云南、贵州四省军务。这年五月，清兵攻克南京，朱由崧被俘，遣送至北京。六月，南安伯郑芝龙（郑成功的父亲）等人，拥戴朱聿键在抗州即位称帝，年号隆武，实权掌握在郑芝龙手中。次年（1646年）八月，隆武政权被清兵破灭，朱聿键被俘，死于福州，郑芝龙兵败降清，后被清廷所杀。十一月，两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜与明朝老臣吕大器等人合谋，将桂王朱由榔从梧州（今广西梧州市）迎接到肇庆（今广东肇庆市），即位称帝，年号永历，史称永历帝。顺治十五年（1658年）三月，清兵分三路进入云南，次年（1659年）正月，永历帝逃往缅甸避难。后在康熙元年（1662年）四月，被降清叛将吴三桂杀害，至此，南明政权所残存下来的最后一簇火花，也终于完全熄灭。
李乾德在偏沅巡抚任上，闻听崇祯帝自缢煤山，痛不欲生，设崇祯帝的灵位，恸哭祭奠。探知福王朱由崧在南京称帝，便带了家小与部从，去到南京投奔弘光帝，并将携带金银全部献给朝廷，在王应熊部下任职。顺治二年（1645年）春，弘光帝任命李乾德为四川西北巡抚、总督与兵部总制。这年五月，清兵攻陷南京，弘光帝被俘，李乾德带着部队投奔了永历帝朱由榔。顺治七年（1650年），永历帝任命李乾德为兵部尚书，经略陕西、河南、四川、湖北、云南、贵州六省军务。李乾德进谏永历帝说：“如今南明虽统辖数省，不及清朝强盛，皇上要爱护将士，关怀黎民，方能国强民富，抗御外侮。从前庄烈帝（朱由检）虽励精图治，却误信谗言，错斩忠良，冤杀兵部尚书袁崇焕、郑从俭和总督熊文灿、陈新甲，并诛戮了都御史颜继祖、总兵官倪宠等三十三人。兵部尚书杨嗣昌闻襄阳失陷，气死荆州；兵部尚书洪承畴在松山兵败，被迫降清；督师尚书孙传庭战死潼关，太子太傅左良玉病逝九江，这些都是明朝的忠臣啊！国无良将，焉能安邦？这些往事，当引为借鉴，国家方能长治久安。”永历帝听后，大为赞赏。顺治三年（1646年），张献忠殉难西充，他的四员亲信大将孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇与白文远，冯双礼等人，率部自重庆往南攻破遵义，进入贵州，都投奔了永历帝，联明抗清。永历帝亦想利用义军的力量来抗清复明，遂封孙可望为秦王，李定国为晋王，刘文秀为蜀王，艾能奇为定北王，分别镇守要地，防御清兵入侵。永历帝还重用郑成功（郑芝龙的儿子），封他为延平郡王，攻克了厦门与漳州等地。后来，艾能奇病逝，刘文秀驻兵四川。孙可望拥有重兵，权顷云贵，日思夜想，要逼迫永历帝让位，由他来当皇帝。唯有李定国忠心事主，一再保护永历帝，驻于云南。顺治十五年（1658年）三月，清兵分三路进攻云南，次年（1659年）正月，明永历帝逃奔缅甸避难，后被平西王吴三桂所擒杀。