崇祯九年（1636年）秋七月，张献忠在宛城（今河南阳市）被明将左良玉打败，砍伤面部，遂率兵退于谷城（今湖北谷城县）潜山的天王古寨。这时候闯王高迎祥在陕西周至县，被陕西都御史孙传庭打败被俘，押解京师杀害，众推李自成进位为闯王。朝廷命熊文灿为总督，前往河南张贴檄文招抚义军，刘国能（闯塌天）因与张献忠有嫌隙，带头投降了熊文灿。张献忠身上的箭伤和面部的刀伤未愈，不能作战，只好偃旗息鼓，休整寨中，处境十分困难。好在他有孙可望、李定国、艾能奇、刘文秀四员猛将和三千精卒，有恃无恐。还有一个姓薛的偏将是当朝首辅薛国观的侄儿，很有计谋，日夜劝说张献忠以约降取富贵。张献忠便命他携带了很多金银珠宝，到京城去贿赂薛国观，薛国观大悦，便奏请崇祯帝恩准，下达了诏文，密令熊文灿对张献忠抚而不杀。崇祯十一年（1638年）春，张献忠得知陈洪范在熊文灿手下任总官，派人去对陈洪范说：“我张献忠是承蒙你的大恩才留下一条命的，你大概还没有忘记我吧？我很愿意率部投降，为国家效力。”陈洪范很高兴，立即转告熊文灿，熊文灿已得崇祯诏命，又闻张献忠请降，便答应了他的请求。张献忠投降明军后，仍然驻军谷城，请求朝廷拨给十万人的粮饷，熊文灿无法满足他的请求。次年（1639年）春，义军首领射塌天、混十万、过天星、罗汝才等人，也先后投降明朝。总督洪承畴和巡抚孙传庭，在潼关原大破李自成，义军残部被迫隐藏进崤、函山中。崇祯帝闻听四处告捷，义军或降或败，扑剪殆尽，大悦。又闻人言，张献忠在谷城拥兵万人，训练兵卒，购置甲仗，颇疑其欲反。兵部尚书杨嗣昌对崇祯帝说：“熊文灿在总督两广军务时，招降了郑芝龙（郑成功的父亲），平定了东南沿海的海盗，近又招降了张献忠和罗洪才等首领，皇上还担心什么呢？”其实熊文灿并不是一个足智多谋和文武全才的人，他在崇祯十年（1637年）四月，被委任为兵部尚书兼右副都御史，总理河南、山西、陕西、湖广、四川军务。他在北上到达庐山时，前去看望了老朋友空隐和尚。空隐和尚见到他后，迎面说道：“你可犯了个大错误呀！你自己估计一下，凭你所有的兵力，足以致贼（义军）于死命吗？”熊文灿说：“当然不行。”空隐又问：“在你的将领中，有谁能担当大任，独挡一面，不烦你指挥就能对付敌人的吗？如果你的兵将都不足以平贼，皇帝对你的期望甚高，你却无法满足他的期望，一旦使他失望，将有杀身之祸。”熊文灿听后，吓得目瞪口呆，问道：“硬打是不行的，那就招抚好了，你看如何？”空隐说：“招抚固然好，不过，中原流寇比东南的海盗更为狡猾，你可要谨慎从事啊！”因此，熊文灿到达安庆时，便张出檄文招抚义军，并派人去招降张献忠和刘国能，刘国能先降，不久张献忠也投降了，他心中暗自高兴。崇祯十一年（1638年）九月，熊文灿驻屯襄阳，罗汝才、一丈青、小秦王等义军首领来降，遂回营驻于郧阳，次年三月，马进忠和李万庆（射塌天）也来投降。这样一来，各部主要义军几乎全部降明，熊文灿更为高兴，他将此事奏报崇祯皇帝，崇祯帝大加赞赏，下诏褒奖他优招的功劳。
