4月28日，天津万兴房地产公司与日本微笑堂（香港）有限公司签约成立天津万笑饭店有限公司，注册资本1500万美元，双方各占50％的股权。
5月，万科东北经营管理本部成立，统管东北地区房地产项目，标志着总部对外地公司的业务管理逐步走向成熟化与规范化。
5月，集团控股公司沈阳万众股份有限公司参股锦州港，并派出管理人员对其进行改组，输入现代企业经营管理机制，以少量资金激活存量，使锦州港当年赢利大幅上升，被政府及媒介称为“万科模式”，成为改造国有大中型企业的成功范例。
8月，集团颁布《职员职务行为准则》，成立监察委员会，负责内部监察工作，并在集团内深入开展反腐倡廉活动，要求员工恪守职业道德，同时严格相关制度，防患于未然。
9月23日，青岛银都花园竣工。该项目为集团第一个全面竣工的大规模住宅区。青岛银都花园的开发成功，为万科以合资方式开发房地产提供了宝贵经验。
9月，万科投资拍摄的影片《兰陵王》在上海举行首映，并开始在国内发行。《兰陵王》获得多个国际电影节的参展邀请，在美国SANTA CLARITA电影节上获最佳外语片奖，在夏威夷电影节上获最佳摄影奖。
10月9日，公司召开第二届特别股东会议，通过了关于修订“职员持股计划”期权行使价和对章程及细则作相应修改的议案。职员持股计划第一阶段期权全部行使后，公司股本最多将增加900万股，占总股本的3.2％。行使后之普通股将申请于1996年起上市流通。
11月，深圳天景花园、青岛银都花园被评为“全国物业管理优秀住宅示范小区”。
1997年
上半年，集团顺利实施配股计划，共募集资金3.83亿元人民币，用于深圳房地产项目开发及土地储备，配股资金的到位为集团重点投资深圳房地产市场的经营决策提供了有力的资金支持。
7—9月，王石第一次休长假，历经青海、西藏、四川以及云南等省。
10月，集团协议转让下属的两个工业项目——深圳万科工业扬声器制造厂和深圳万科供电服务公司，至此，集团基本完成对非核心业务的调整。
11月，鉴于万佳百货经营规模及利润回报的稳定增长，以及集团对深圳零售业务市场前景的乐观判断，董事会决议增持万佳百货股份由60%至68%。
年内，集团总部实施电脑化办公管理，并开通和全国各分公司的电子邮件等沟通渠道，提高了管理效率。
1998年
1月，王石受到******副总理******接见，******对王石有关房地产市场走势和发展的看法给予充分肯定。
4月，董事会决议减持银都置业有限公司股权及增持深圳海神置业有限公司股权，完成对房地产投资的地域调整。
11月，集团正式委托香港美联物业代理万科俊园并在香港举办展销会，标志着万科地产开始利用市场资源拓展新的销售网络。
11月，董事会决议转让集团下属的广告公司——深圳国际企业服务公司，完成业务架构的调整。
12月，王石入选中央电视台为纪念改革开放20年拍摄的大型电视人物传记片——《20年20人》。
1999年
2月，鉴于集团业务架构调整的完成和职业经理队伍的成熟，董事会决议接受董事长王石辞去公司总经理职务的辞呈，并聘任姚牧民为总经理，同时聘任郁亮为公司常务副总经理兼财务负责人。
4月，王石参加世界经济论坛——'99中国企业高峰会，并代表中国房地产界在论坛上做专题发言。
5月，王石参加由中国房地产业协会主办的'99中国住房发展论坛，在论坛上第一次提出“城市空心化”概念。
7月，为进一步提高万科地产开发水平，丰富万科品牌内涵，增加项目开发科技含量，公司董事会决定成立万科建筑研究中心。
9月，王石应邀出席'99《财富》论坛，并做专题演讲，呼吁21世纪的中国房地产企业走产业化、规模化的发展道路，适应新世纪、新市场的挑战。
第四季度，王石发起组织“中国城市房地产开发商协作网络”，并被推举为首任轮值主席，致力于重建行业秩序和公信力，推动中国城市住宅产业的良性发展。
2000年
1月，集团顺利完成增资配股工作，配股资金6.25亿元陆续投资于深圳、上海及北京的住宅项目及零售业务。
6月，王石发起组织“新住宅论坛”上海大会，倡导和推动“新住宅运动”。
12月2日，公司董事会发布公告，提出通过向华润集团定向增发4.5亿股B股引入战略控股股东的方案。由于不同的投资者对该方案的理解以及对该方案将对公司产生影响的认识存在差异，12月25日，董事会决定放弃上述方案。
8月及12月，中国华润总公司先后受让深圳经济特区发展（集团）公司及添发庆丰（常州）发展有限公司持有的51155599股及26920150股，成为公司第一大股东。截至2000年底，华润集团及其关联公司持有的万科股份占万科总股本15.08%。
2001年
2月，公司将下属的深圳万科精品制造有限公司的100％股权，以接近2000年12月31日账面净资产作价转让给广东旭丰贸易有限公司和香港宇宙兴业有限公司。
3月起，集团人力资源部与国际知名管理咨询机构翰威特公司合作，对公司的薪酬体系进行了全面评估，并根据评估结果对薪酬体系进行了调整。
9月，公司2001年度第二次临时股东大会通过关于转让万佳百货股份有限公司股权的议案。至此，公司历经多年的专业化战略调整已全部完成。
2002年
1月，公司办公地点搬迁至深圳福田区梅林路63号万科建筑研究中心。
6月，公司发行可转换公司债券方案经中国证监会核准实施，共向社会公开发行1500万张可转换公司债券，每张面值100元，发行总额15亿元。可转换债券的成功发行有力支持了公司的规模扩张。
11月，公司全资子公司深圳万科房地产有限公司根据董事会授权，竞得佛山市南海区黄岐泌冲岗地块，由此进入珠江三角洲市场。
2003年
5月22日，52岁的王石成功登顶珠穆朗玛峰，成为中国年纪最大的珠峰登顶者。
7月4日，深圳市当年最大一宗政府出让商住用地——龙岗区坂雪岗华为地块公开拍卖，经过80余轮的激烈角逐，万科最终以9.7亿元人民币竞买成功。
10月，在胡润制作的“2003中国百富榜”子榜“2003房地产影响力人物五十强”上，王石位居榜首。
11月20日，由英国《投资者关系》杂志主办的第三届亚洲区最佳投资者关系奖在上海举行颁奖典礼，万科获得了中小型公司最佳投资者关系奖。
11月30日，在2003年环海南岛国际大帆船拉力赛中，深圳市浪骑游艇会组队的“中国一号”夺得全程比赛总分冠军，实现了中国大帆船航海拉力赛历史零的突破。国家体育总局水上运动管理中心在深圳举行记者招待会，宣布了这一结果。而王石以“中国一号”见习水手身份参赛，被授予“启航奖”。
11月，第五届中国（深圳）国际住宅与建设科技博览会专门授予王石2003年度中国房地产特别贡献奖。
12月16日，王石动身前往南美洲的智利，元旦前后将攀登南极洲最高峰文森峰，随后还将挑战南美洲最高峰阿空加瓜峰。王石和他的队友们有信心在2005年前登遍七大洲最高峰，实现中国业余登山者在这方面的零的突破。