东汉早期道教中流传的《太平经》，就明确地把人体的精、气、神作为修炼对象，提出”爱气、尊神、重精“的原则，并介绍了瞑目入静、守一、存神、胎息、内视等古朴功法。其中说：”瞑目还自视，正白彬彬。若且向旦时，身为安著席。若居温蒸中，于此时筋骨不欲见动，口不欲言语。每屈伸快意，心中忻忻，有混润之意，鼻中通风，口中生甘，是其候也“（《太平经合校》第11页）。这其实是丹家”活子时“的火候景象，汉代道学中传有真气运行法应无疑意。《太平经·八卦还精念文》云：”玄子共身，周流相抱，极阴生阳，名为初九。一合生物，阴止阳起。受施于亥，怀妊于壬，藩播于子。子子孙孙，阳入阴中，其生无已。思内洞外，寿命增倍，不可卒致，宜以长久。“（《太平经合校》第338页）丹家修炼法诀在于静极必能生动，身中真阴真阳运行，真精返还，按八卦方位逆转，其景象可以和《参同契》互参。丹家要诀在于气人体精、气、神的凝合，合则为仙，离则为鬼，《太平经》对此讲得也很清楚。
早期道教的教科书《老子想尔注》中，也以结精、炼气、守神为要法，”谷神不死“句注云：”精结为神，欲令神不死，当结精自守。“法琳《辨证论》云：”其法真诀，在于丹田。“”实髓重精；仙家之奥旨。“可见三张所传之法诀亦是意守丹田，”为柔致气，法儿小时“（”专气致柔“句注），不外丹家返还之道，并注意到老子的同类阴阳功夫。
东汉魏伯阳著的《周易参同契》，是第一部专门论述内丹法诀的仙学著作。《参同契》以周易象数学的卦爻作符号，以日月运行的规律作理论框架，以外丹炉火的铅汞反应作模型，来论述阴阳交感男女合炁的秘术。《参同契》之学认为炉火烧炼的地元丹法、阴阳栽接的人元丹法、清净孤修的天元丹法是相通的，可以统一在《参同契》的体系之中。《参同契》将男女双修的阴阳派丹法秘诀用隐语记载下来，贯通清修丹法和外丹炉火，被后世丹家尊为”万古丹经王“。易学中的乾坤配合之理，天道中的日月出没盈亏之象，炉火烧炼中的采铅伏汞五行生灭实验，都隐藏着宇宙中阴阳交感的根本规律。这就是《周易参同契》仙道理论的核心。《参同契》的传世标志着内丹学的形成。
自魏伯阳以隐语将同类阴阳交感的秘传仙术记录下来，”密示青州徐从事，徐乃隐名而注之“（彭晓《参同契解义序》），郑樵《通志·艺文略》录《阴阳统略周易参同契》三卷，题徐从事撰；又见于《道藏阙经目录》（此书目未著撰人），可知徐从事的《参同契》注本是产”以阴阳注之“的。其中”阴阳“二字，只能和马王堆汉墓竹简《合阴阳》是同一个意思，即男女合炁之术。《参同契》云：”物无阴阳，违天背元，牝鸡自卵，其雏不全。“说明男女同修的阴阳丹法是符合大自然本身的规律的。《参同契》中还有”同类易施功，非种难为巧“的话，指示人元大丹须用”竹破竹补，人破人补“的同类阴阳栽接之术才能奏效。魏晋时，葛洪力倡外丹学的金液还丹为登仙之阶梯，将《参同契》之学解为外丹炉火，影响到隋唐。其《神仙传·魏伯阳》云：”而世之儒者不知神丹之事，多作阴阳注之，殊失其旨矣。“足见葛洪之前尚不乏《参同契》的同类阴阳丹法注本，可惜此后这些古注失传了。而今马王堆汉墓出土的竹简《十问》、《合阴阳》、《天下至道谈》等，使今人得见古仙所传男女合炁之术的真面目，并且证明早在汉初仙家就视此术为”天下至道“了。这些竹书和《黄帝内经》、《道德经》、《参同契》一脉相传，学术研究中可以相互参照。
葛洪虽以炉火之金丹大药为升仙之要，但在《抱朴子内篇·微旨》中竟将同类阴阳丹法的采药秘诀留传下来。其一为”真人守身炼形之术“，原文如下：
或曰：”愿闻真人守身炼形之术“。抱朴子曰：”深哉问也。夫始青之下月与日，两半同升合成一。出彼玉池入金室，大如弹丸黄如橘，中有嘉味甘如蜜，子能得之谨勿失。
既往不追身将灭，纯白之气至微密，升于幽关三曲折，中丹煌煌独无匹，立之命门形不卒，渊乎妙矣难致洁。此先师之口诀，知之者不畏万鬼五兵也。“
其功法乃以两目存思日月，使光与身合，内视丹田，口吞彼津液入心室，调和如日月同升之元气，使神炁凝结合为一团，如开花结实，孕育佳味，温养勿失，得药之后，使其化为纯白之气升透三关，在命门处结成”中丹“。此丹法和《黄庭经》中之功法相一致，又和孙思邈《千金要方·房中补益》之道相合。其二为”二山求生之道“，亦载于《微旨》篇，原文如下：
或曰：”窃闻求生之道。当知二山，不审此山，为何所在，愿垂告悟，以祛其惑。“抱朴子曰：”有之，非华、霍也，非嵩、岱也。夫太元之山，难知易求，不天不地，不沉不浮，绝险绵邈，崔巍崎岖，和气氤氲，神意并游，玉井泓邃，灌溉匪休，百二十官，曹府相由，离坎列位，玄芝万株，绛树特生，其宝皆殊，金玉嵯峨，醴泉出隅，还年之士，拒其清流，子能修之，乔松可俦，此一山也。长谷之山，杳杳巍巍，玄气飘飘，玉液霏霏，金池紫房，在乎其隈，愚人妄往，至皆死归，有道之士，登之不衰，采服黄精，以致天飞，此二山也。皆古贤之所秘，子精思之。“
人们不难看出，魏晋以前仙道中秘传的”二山求生之道“和宋明间内丹家留传的”三峰采战之术“，有着某种若明若暗的联系。这段文字又和《参同契》中文字风格相类，实际上”二山求生之道“即是《参同契》中的男女交感合炁丹法。由此可知，中国内丹学中关键的丹道法诀，在魏晋时早已在仙道中秘传。
魏晋时传世的《黄庭经》也隐藏有内丹法诀。《黄庭经》已开始将内丹称作”子丹“、”玄丹“，重点研习了存神、意守三丹田、内视、调息为主的清修丹法。《黄庭外景经》云：”明堂四达法海源，真人子丹当吾前，三关之中精气深，子欲不死修昆仑。“强调了头部泥丸宫在炼神功夫中的作用。丹家从修持实践中认识到”神在泥丸“，脑为思维器官，也比古医家只讲”心主神明“进了一步。其中”中有真人巾金巾，负甲持符开七门，此非枝叶实是根，昼夜思之可长存“，和瑜伽术修七轮功夫暗合，为中黄直透丹法。《黄庭内景经》已有”玄丹“之名（”若得三宫存玄丹，太一流珠安昆仑“）《抱朴子内篇·微旨》也有”中丹“之说（”中丹煌煌独无匹，立之命门形不卒“），实际上已将真气运行法称作炼丹了。《南岳思大禅师立誓愿文》中天台宗三祖僧人慧思引道入佛，”为护法故求长寿命“，”借外丹力修内丹，欲安众生先自安“，使外丹、内丹之名见于史籍。
隋唐时期，《周易参同契》在社会上公开传布，促进了内丹学的发展。据《罗浮山志》载，青霞子苏元朗于隋开皇中，来居罗浮，归神丹于心炼，”自此道徒始知内丹矣“。
唐代道书《通幽诀》云：”气能存生，内丹也；药能固形，外丹也。“内丹之名在唐代初传，多数道士尚不明底细，由于真正得丹诀者甚少，使内丹和一般行气、导引之术相混。直至唐末外丹黄白术中毒事件时有发生，在社会上造成恐慌，迫使道士借外丹之名而论内丹，以维护仙学之声誉，内丹学才渐为世人所知。唐代高道司马承祯著《服气精义论》以及《大隐子》、《坐忘论》等，将佛教禅宗的止观、禅定法融入内丹学，是内丹学的一大发展。司马承祯本人修持功力甚高，入睡时脑中发诵经声，”额上有小日，如钱，光耀一席“（《续仙传》）。他将修仙过程分为斋戒、安处、存想、坐忘、神解五道”渐门“，又以信敬、断缘、收心、简事、真观、泰定、得道为修道七阶次。清代方维甸《校刊抱朴子内篇序》云：”迨及宋元，乃缘《参同》炉火而言内丹，炼养阴阳，混合元气，斥服食胎息为小道，金石符咒为旁门，黄白玄素为邪术，惟以性命交修，为谷神不死，羽化登真之诀。其说旁涉禅宗，兼附易理，袭微重妙，且欲并儒释而一之。“方氏不懂仙道，其述仙道源流多谬，然局外人看内丹学之旁涉禅宗，兼附易理，”欲并濡释而一之“，形成自己的理论体系，却是在唐代就完成了。
今人读古医经和丹经，见其叙人体经脉甚详，精气神修炼之道精密，往往拍案叫绝，惊为神授。其实学者细加考据，即知古人初对人体经络之见解，本不一致，后逐渐形成共识，才有定论，丹经亦然。观唐人所著丹道著作，即知内丹学之形成和完善，本有一个过程，乃古时丹家递代精进而成，决非如江湖中人所云是古神仙口口相传而来。观《道藏》中唐人最初的丹经《养生咏玄集》，即可知丹道本是一种学术，是可以考据出其发展演化脉络来的。
唐代仙道由外丹学转为内丹学，并出现了一批内丹家，如刘知古、吴筠、罗公远、叶法善、张果、陶植、羊参微等。陶植《还金术》云：”凡言水银可以为金丹者，妄人也；言朱砂可以驻年者，不知道也。“然张果等内丹家亦兼炼外丹。内丹著作亦大量出世，其中有《日月玄枢篇》、《通幽诀》、《元阳子金液集》、《上洞心经丹诀》、《大还丹金虎白龙论》、《真龙虎九仙经》、《还丹金液歌》、《南统大君内丹九章经》、《大还丹契秘图》等。唐人将男女双修同类阴阳丹法亦称阴丹，有《阴丹慎守诀》、《王屋真人口授阴丹秘诀灵篇》等书传世。需要指出，唐以前丹法虽较古朴，但易修炼，无太多秘诀，故成道者亦多，这是不容忽视的。孙思邈没有丹经传世，但依古法修炼得道，寿过百龄，亦非后世一般丹家可比。故唐代盛行的守一、吐纳、辟谷、胎息、房中、存思诸法门，皆可激发人体真气，入内丹仙道境界。