距此次并购发生不到一年的时间，辉煌一时的活力门公司就遭遇了重创，崛江贵文也面临牢狱之灾。
2006年1月16日晚，东京地方检察院“特搜部”以“粉饰决算”、涉嫌违反《证券交易法》为名，突然袭击，强制搜查了位于东京最时尚的商业街六本木山的著名IT企业活力门的总部及其老板堀江贵文的私宅，搜查活动一直持续到翌日凌晨。因堀江其人的名人效应，此事被守候在现场的媒体记者在第一时间报道，在日本国内引起了雪崩般的连锁反应。
检方宣称的具体搜查事由是活力门公司进行了虚假交易。2004年10月，活力门公司控股75％的日本“价值点击公司”（后更名为“活力门市场公司”）与“金钱生活出版社”（MoneyLive）进行等价交换，将金钱生活出版社变为自己的全资子公司。此外，价值点击公司在同年11月的结算短报中，虚增业绩，以推动股价上升。
此前，活力门公司的股票一直受到中小投资者的追捧，但搜查事件发生之后，17日日本股市刚刚开盘，日经平均指数即下跌了115.96点，而与活力门有关的一些市场股价指数也纷纷下挫。当天下午收盘时，活力门股票报收596日元，较前一交易日下跌100日元，东证日经平均指数报收于15805.95点，下跌了462.08点。
而到了18日，消费者们的恐慌情绪非但没有得到缓解，反而有愈演愈烈之势。日经指数在刚刚开盘后就大幅下挫，而在随后的交易当中，东京证券交易所出现交易量大幅放大的势头。上午收盘时，交易量达到232万笔。到了下午，投资者不安情绪大幅蔓延，交易量猛增至400万笔，直逼系统最大处理能力的450万笔。
为防止系统处理能力超负荷并引发故障，下午2点40分，东京证券交易所在收盘前20分钟采取了全面停止交易的紧急措施。这是该证交所成立以来首次因系统处理能力超负荷而全面停止交易，该现象不仅在日本史无前例，在整个西方国家亦属罕见。日经指数当天下跌464.77点，最后报收于15341.18点，跌幅为2.94％，这也是自2004年5月10日以来单日最大跌幅。
在这两天之内，以在东京证券交易所交易的225种股票算出的日经平均股价狂泻900多日元，两天之内下挫5％强，被看成美纳斯达克“日本版”的创业板JASDAQ更下挫超过10％。大量投资者纷纷抛售与活力门相关的持股，发生了类似银行挤兑的骚动。《朝日新闻》翌日发表的社论开宗明义：《东证大混乱，国际资本市场的看板在哭泣》。据初步统计，因该事件造成的投资恐慌，使日本股市在短短三天内“缩水”3000亿美元——相当于瑞典一年的国民生产总值。
而这仅仅是事件的开始，接下来又有更坏的消息传来。据日本共同社2006年1月19日报道，东京股市狂跌3000亿美元市值后，经手活力门公司股票的HS证券公司副总裁野口英昭18日下午割腕自杀。
自杀身亡的野口英昭今年38岁，与活力门有着千丝万缕的联系。据HS证券公司说，野口英昭曾经在活力门的子公司任总经理，和堀江贵文以及活力门董事宫内亮治关系密切。2002年6月，野口英昭进入HS证券公司，主要负责活力门的收购和合并事务。活力门董事宫内亮治一直负责和野口英昭直接联系。
命案发生不久，活力门公司也于2006年1月19日发表声明，承认正在面临检察机关和证券市场监督机构的调查。检察机关当日也宣布，检察人员将就活力门涉嫌做假账等问题对其高层管理人员进行传唤问讯，包括社长堀江贵文、财务总监宫内亮治和网络广告子公司活力门市场公司社长冈本文人。活力门公司销售主管已经受到检察机关问讯。东京证券交易所发言人三和光雄于2006年1月19日表示，证交所要求活力门向投资者如实通报更多信息，如果活力门被查出确实违反《证券交易法》，交易所将采取措施使活力门股票停牌。
东京证券交易所董事长西室泰三在新闻发布会上表示：“目前的局势是我们完全没有料到的。我个人推测是对活力门公司的调查在散户中造成了恐慌，并让他们做出了抛售大量股票的决定。”此外，西室泰三还称如果有必要，东京证交所可能会考虑缩短19日的交易时间。
一时间，日本经济企业界对堀江贵文一片抨击之声，倒是西方媒体对他抱有一些同情。英国《金融时报》18日发表一篇题为《老朽们的复仇》的社论。社论说，在日本，今后仍旧需要堀江贵文社长那样的旧体制破坏者。眼下活力门出事后，日本“企业社会的体制派们一定在享受复仇的滋味”。
活力门造假案似乎是一起单纯的经济案件，但如果考虑到堀江贵文的背景就不难发现，在经济案件背后有很深的政治原因。很多观看了当天晚间新闻的日本民众表示，整个突袭行动有很强的政治意味。日本媒体似乎早已得到消息，第一时间等在“活力门”总部外准备报道这个将掀起千层浪的大新闻。2006年1月18日美国《纽约时报》评论说，堀江贵文走入今天的窘境，是因为他在商场上的放肆大胆触动日本传统政治势力的利益。《纽约时报》认为一年前活力门对日本放送的那次收购行动才是引发活力门造假事件的真正原因。
2006年1月23日，东京地方检察院以堀江贵文董事长、负责财务的宫内亮治董事、兼任关联企业活力门市场公司总经理的冈本文人董事以及子公司活力门金融公司总经理中村长也等人涉嫌违反《证券交易法》为由，将四人逮捕。2006年3月13日，东京证券交易所宣布，活力门以及活力门市场两家公司的股票自2006年4月14日起下市。
活力门违规事件还没有完全结束，村上基金又被列入调查行列。而这次调查的原因，明确告之是与活力门并购日本放送有关。在日本传统势力的眼中，村上基金是那次并购的重要帮凶，活力门正是在村上基金的帮助和指点下，才利用场外交易系统，在极短的时间内购进日本放送35％的股份的。经调查显示，它不仅就收购方法对活力门进行了具体指导，还为活力门介绍了多名持有日本放送股份的股东，因此，村上基金罪不可赦。
村上基金的总裁村上世彰也是日本新兴经济势力的代表，是近来日本资本市场风头最劲的人物之一。他于1999年成立村上基金，随即于2000年1月发起首宗日本公司敌意收购案，一举奠定市场地位。在日本公司近年盛行的治理结构改革的潮流中，村上乘势而起，一手高举“股东利益至上”大旗，活跃于媒体，以传统“日本株式会社”的挑战者自居；另一手，则以收购者的面目出现于业界，数年间频频出手，在日本放送、大阪证券交易所、阪神电气铁道株式会社等著名交易案上斩获累累。至2006年3月底，村上基金规模已达到4444亿日元（约合40亿美元），是日本最大的本土收购基金。
因此，同堀江贵文一样，村上世彰也是典型的日本传统势力的反叛者，检察方认为他在活力门收购日本放送一案中涉嫌内幕交易。日本证券法律规定拥有超过5％的股权视同引发全面收购，知悉这一信息的人士不得据此买卖股票，否则即为内幕交易。2005年2月4日，堀江贵文收购日本放送股票越过5％门槛。有证据显示，2005年2月3日至7日之间，村上向堀江建议，可通过东京证券交易所场外交易系统，一举拿下大量日本放送股权，因为包括村上基金在内的多家“友好”基金愿意在此市场对活力门释出所持日本放送股票。一般认为，在2月8日之前，村上已知活力门持股5％以上的信息，却提前买入日本放送股票，仅此一项，即属内幕交易。一个更严重的指控是，整宗收购案均出自村上的策划：村上以日本放送第二大股东的身份，策动堀江贵文发动收购，协同其他基金向其出售部分股权使其成为第一大股东，触发收购战，导致股价大涨，随后尽数售出，完成“漂亮”的套现。
2006年6月5日下午4时40分，东京地方检察院特别搜查部、日本证券交易等监督委员会以涉嫌违反《证券交易法》为由，逮捕了村上基金的法人代表、46岁的村上世彰。
据说检察方逮捕村上世彰也颇费了一番心思。日本《证券交易法》167条规定，在知道了有人要公开买进或中止买进上市企业的股票的未公开消息后，在消息公布之前购入该企业股票，才算内线交易。活力门购买日本放送股票是在正常交易时间之外，是否算公开买进很难说。最后东京地检特搜部和证券交易等监视委员会一起，将活力门购买日本放送的股票定为“准公开买进”，才算在法律上摆平，以此种方式追究内线交易，在日本尚属首次。
从这件事上也可以看出，日本传统势力惩治“反叛者”的决心。它们想以此提醒那些日本的新兴市场力量以及后者的可能效仿者们，究竟谁才是日本社会的主宰者，警告它们不要妄想挑战权威，否则将会落得和堀江贵文、村上世彰一样的下场。同时也是在警告西方的资本势力，日本强大的财团势力是不容易被打败的。