《道德谱系》于1887年11月出版，是《善恶的彼岸》的续篇，全书由三篇论文构成。“第一篇论文是讨论基督教的心理状态：基督教起源于憎恨的心理，而不是像一般人所相信的产生于‘圣灵’。第二篇论文是讨论良心的心理学：这也不是一般人所相信的，以为它是‘人心中的上帝之声’；它是一种残忍的本能，当它不能向外发泄时便转向自己。残忍性之为最古老文化的基础，在这里第一次被阐明。第三篇论文是对出世的理想、教士的理想的动力来源问题给出答案。这些理想是有害的，那是一种绝灭和颓废的意志。这本书说明了教士的最初心理状态。”
《偶像的黄昏》写于1888年8—9月，针对瓦格纳《众神的黄昏》而写的，真理的偶像，真的是“一向被称为真理的东西”，偶像的黄昏，是指这些“陈旧真理行将灭亡”。“世界上偶像多于真身”，作者要用铁锤砸向那“永恒的偶像”，具有非常强的颠覆性。尼采对“锤子”的比喻非常得意，在后来的著作中多次解释这个比喻。他认为，具有“现代精神所有特质的人”，并没有足够的力使现代精神“变得完全健壮”，他必须借助于这个特殊的手段来完成自己的使命。他要用锤子使欧洲面临这样的结果：“防止平庸，（或）宁可没落下去！”
作者是怀着高昂的激情来“重估一切价值”，他要用铁锤向这些价值提问，对一切有害于生命的虚伪的价值绝不宽容。
尼采首先表达了自己对苏格拉底为代表的智者的厌恶和反感。这些人漠视生命，哼哼叽叽，充满着对生命的厌倦情调，是颓废的、迟暮的、只对腐尸感兴趣的乌鸦，最典型的莫过于苏格拉底，出身低贱，长相丑陋，是否是希腊人的纯种都让尼采怀疑，“典型的罪犯是丑陋的”，苏格拉底的内心就充满着罪犯感，他有着一种在众人面前夸夸其谈、卖弄风骚的不良嗜好。其实，真正高贵的人是不需要说话的，他用自己的身体和行为就证明了自己的价值，只有“贱民才凭借辩证法”说来道去，以此来获得人们的青睐。“辩证法家在那里就是一种丑角，人们嘲笑他，并不认真对待他。”苏格拉底通过辩证法来证明“对手是白痴”并以此激怒对手，使其陷入绝望境地，“在苏格拉底身上，辩证法只是一种复仇的方式”。他让青年贵族放下了手中的剑，沉湎于嘴巴上的虚幻的胜利。他用所谓的理性遏制人的本能和激情，理性变成了专制的暴君，本能在节节退步中使生命走向衰竭。希腊人的衰竭是随着辩证法地位的提高而走向衰竭的。苏格拉底不是社会疾病的诊治者，他使希腊文化走向了颓废，他是一个气力衰竭、丑陋的、充满犯罪感和色情狂的病人。
从此，理性主义占主导地位的哲学家们，一个个变得“缺乏历史感”和“仇视生命”，他们宁肯相信自己头脑中编造出来的所谓“存在”之类的概念，并在里边像蜘蛛那样用自己吐出的丝编织着虚幻的世界之网，结果把自己也缠绕其中不能脱身。他们从根本上忽视了从自己身体中发出的生命的信息、感觉、体验等。“而我们的感官是多么精致的观察工具啊！比如鼻子，还不曾有一个哲学家怀着敬意和感激谈论它。”结果，理性造成了多少错误啊！它把本来完整的世界拆分成对立的“此岸”和“彼岸”，并把现象与本质赋予了各自。其实在尼采看来，此岸不假，彼岸不真，更没有存在的意义，这只是康德为了掩饰人的生命虚弱的一种方法，是颓废的一个预兆。还有，在因果关系上，在人和生命之外设置一个“因果关系”，把世界和自己生存的命运交付给它来决定，这是多么的懦弱和自欺啊！
更糟的是，人们在因果关系上常常犯着四大错误：（1）“倒果为因”。尼采认为，这是“理性的真正堕落”，究其原因，是“把结果混同于原因了”。这种错误也常被宗教、道德所引用，如“你这样做，就有福”；“你那样做，就有罪”。做和福、罪之间有必然的因果联系吗？在尼采看来根本没有，纯粹是人主观设定的。在尼采看来，造成人的错误的并不是对上帝和道德之类的东西违背，而是生理上的原因。“当一个民族衰微，在生理上退化，接踵而至的便是罪恶和奢侈。”个人也如此，“他生病，他不能抵抗疾病，这本身已是一个衰败的生命。”尼采最后总结道：“任何意义上的任何一种错误都是本能衰退和意志解体的结果。”（2）“虚假因果关系”的谬误。许多因果关系都是由“内心事实”来确认，而“内心事实”即“意志、精神、自我”等之类的东西，笛卡尔就是以“我思的清楚明白”来确立因果关系的。尼采则认为：“根本没有什么精神的原因！这方面的全部所谓的经验都见鬼去吧！这就是结论。”（3）“幻想原因”的谬误。尼采的批评更多是从心理学方面着手的，人们习惯于通过记忆和动机来确认原因，这种“因果说明的习惯由此形成，它实际上阻碍甚至杜绝了原因的研究”。这种说法很类似于休谟的“习惯是人生的伟大指南”，只不过尼采对此所持的是否定态度。（4）“自由意志”的谬误。在尼采看来，人根本就没有什么自由意志，所谓的自由意志只是上帝让人们独自承担责任的借口，“实质上是为了惩罚，即为了寻找罪恶的愿望，而被发明的。”而对宗教而言，“凡有要人承担责任的意图，往往可以发现那里有惩罚欲和审判欲的本能。”尼采认为我们只有否认这种宗教化的自由，才能“否认上帝要人们承担的责任”，最终应该把自由还给人们自己。尼采认为，“没有谁能把人的特性给予人……没有谁可以对以下情形负责：他存在了，他是被造成如此这般的，他处在这样的情形和环境中。”人的自由就在于对自己有限责任负责。所谓自由就是“一个人自己承担责任的意志。就是一个人坚守分离我们的距离。就是一个人变得对艰难、劳苦、匮乏乃至对生命更加不在意。就是一个人准备为他的事业牺牲人们包括他自己。自由意味着男性本能，好战喜胜本能支配其他本能”。尼采的自由显然服从于他的强力意志，人只有在生命的强力中才可能表现自己的自由，所以“自由人是战士”，他的自由程度是与他对克服生命的阻力成正比，“自由人的最高类型必须到最大阻力恒久地被克服的地方去寻找：离暴政咫尺之远，接近被奴役的危险。”而“危险迫使我们坚强”。所以，尼采认为，自由对人来说是“具有又不具有的东西”，它是一个人所“想望”的东西，但它并非唾手可得，它需要你在斗争中来“赢得”。为自由而战斗，在战斗中赢得自由，赢得尊严，赢得胜利。这是尼采的主张。
至于道德和宗教，这是尼采的老问题。他认为，我们思考问题必须超越道德，要学会站在道德的彼岸看问题。因为，在他看来，道德是违背生命原则的，一切道德的驯化都使生命弱化，它使人在恐惧、沮丧、疼痛、创伤和饥饿中变成一个“病兽”，相比之下，印度的种姓制度要比基督教的道德好些，它起码保持了生命的遗传因素方面的优势，而基督教的价值其实是“贱民价值的胜利”，可以这么说，“迄今用来使人类变得道德的一切手段归根到底都是不道德的。”当尼采用铁锤砸向基督教时，他对这个即将被毁灭的对象有着清醒的认识。他认为，基督教是一个完整的体系，但它致命的地方是对上帝的信仰。因为基督教前提是“人不知道”。这样对善恶、好坏、真假的判断就只能仰仗上帝了；“基督教道德是一个命令；它的根源是超验的；它超越于一切批评、一切批评权之外；唯有当上帝是真理之时，它才具有真理性，——它与对上帝的信仰共存共亡。”所以尼采说：“上帝死了！”这对基督教无疑是釜底抽薪，给予毁灭性的一击，
在反对宗教方面，达尔文的进化论起了很大的作用，尼采也从其中吸收了很多的营养，包括他的超人思想。但这并不妨碍尼采对达尔文的批判和超越。他认为达尔文的“生存竞争”“与其说它已被证明，不如说它是一种武断”。与叔本华不同，他认为“生命的总体方面不是匮乏和饥饿，而是丰富、奢华乃至荒唐的浪费——凡有竞争之处，都是为强力而竞争”。这又与叔本华的“生命意志”区别开来。“物种并不走向完善：弱者总是统治强者，——因为他们是对数，他们也更精明……达尔文忘记了精神（这是英国式的），弱者有更多的精神……一个人需要精神，才能获得精神，——当他不再需要它之时，他就失去它了。谁强大，谁就放弃精神。当然，这里所说的精神，是指预见、忍耐、狡计、伪装、巨大的自我克制以及一切是模仿的东西（所谓德行的大部分都属于这一项）”尼采区别于达尔文的进化论和基督教的价值观念。
谈到教育，尼采认为，德国在战争中获得了权力，但这并不意味着它拥有了高级文化。相反，“获取权力要付出高昂的代价：权力使人愚蠢。”德国人在呼喊着“德国高于一切”的同时，却放弃了文化的创造和追求，结果使热情严肃的文化迁到了巴黎。德国的教育也被人遗忘和丢失了，没有伟大的教育家，德国的高等教育“成了一种残忍的驯化”。为了工业的需要，高等教育在普及中日益世俗化，进而在暧昧的中庸中走向衰落。因为，在尼采看来，“一切伟大事物、一切美丽事物从来不是公共财产：美属于少数人。”而在德国的教育里，国家官员是完人，死记硬背是方法，通过义务教育使人开始厌恶自己，等考到了博士，一个活生生的人就变成了机器。
在尼采看来，对受教育者而言，要想学到高贵的文化，除了有称职的教育者外，它本人必须完成三项任务，即学习看、想、说与写。“学习看，就是学习使眼睛习惯于宁静、忍耐，让事物靠近自己；学习不急于作出判断，从各个角度观察把握个别事例。对一个刺激不立刻作出反应，而是具备一种阻碍、隔离的本能，这是走向精神性的第一个预备教育。”“学会想，思考需要一种技术，一种教程，一种获得技巧的意志。”“学会思考就要像学会跳舞一样，思考是一种舞蹈。”尼采这里的舞蹈不仅仅是一种比喻，它隐含着生命活力在内。尼采这里的思考，不是康德式的单纯的冷静的理性思考，这里的思考，是全身心的，是一种冲动，是一种疯狂，是一种韵律，是一种活力，是“精神轻捷的足带给全身肌肉的那种微妙的战栗”。当然，除此而外，人还得学会表达，学会用优美的语言和文字表达自己的一切感受。
在《偶像的黄昏》一书中，尼采对美学思想也有重要的阐述。我们知道，在《悲剧的诞生》中，尼采就阐述了他的美学思想，即建立在日神和酒神对立基础上的艺术观，尼采在这里又有所发展，把强力意志、永远循环、重新估价一切价值与狄奥尼索斯精神结合起来了，这既丰富了他的美学思想，又保持了体系的统一性和完整性。
美是什么？尼采首先否定了康德的“自在之美”，认为世界无所谓美不美，美完全是由于人自身的原因造成的，即处于族类的虚荣心，人把自己看做“是美的”，并“把自身树为完美的尺度”，然后再把美赐赠与世界。在人化的世界里，人“把自己映照在事物里，他又把一切反映他的形象的事物认作美的”。在这里，尼采把美当做“人对自身价值的一种判断”。他的判断的标准和尺度使我们想起了古希腊哲学家普罗泰哥拉的著名命题：“人是万物的尺度，是存在者存在的尺度，是不存在者不存在的尺度。”将尼采上述美的思想套在这个公式里就是：人是美的尺度，是存在者美之为美的尺度，是存在者丑之为丑的尺度。不过尼采这里的人，不仅仅是认识的感性主体，他更是充溢着强力意志的生命主体。因而，这里的“人”就不是一般意义上的人，而只是少数的伟人和英雄。“美属于少数人。”当然尼采认为，既然美是以人为尺度的，它就既有绝对性又有相对性，美属于强力意志的生命体，这是绝对的；但这种美的尺度毕竟是相对人来说的，在超人或具有“更高的趣味判官眼里”，那可就不一定是美了。
尼采由此推出美的基本原理，并在真的意义上肯定了美的存在：“没有什么是美的，只有人是美的；在这一简单的真理上建立了全部美学，它是美学的第一原理。我们立刻就补充上美学的第二原理：没有什么比衰退的人更丑了。”
人是美的，但并不是所有的人都美，而且即便是那些身上充溢着强力意志的人，也不是纯粹意义上的美，在他们身上也存在着一种使生命走向衰竭的丑的因素。生命敌视衰竭，因为它是与生命强力意志相反的一种力量，衰竭了的生命就是丑。丑就意味着我们身上的强力感、强力意志、勇气和骄傲都随之而跌落。人开始出现“枯竭、笨重、衰老、疲惫的征兆，美中身不由已，无论痉挛或瘫痪，特别是解体和腐烂的气味、颜色、形状”等，这些令人憎恨和厌恶的特征都是丑。所以，美和丑其实是丰富地积聚在人的本能之中的东西。美是生命的机能，美就是本能的释放。
叔本华从生命意志出发，以一种忧伤的激情来谈论美。他看到了美之中的生殖冲动，但他却认为这种性冲动带给人的是更多的焦虑和痛苦。尼采从强力意志出发，认为一切美都刺激生殖，人在性欲冲动和生殖冲动中体验到的是生命的强力所带来的快感，这不正是美吗？“艺术是生命的伟大兴奋剂”，审美是肉体的活动，其中性欲占着非常重要的地位。艺术家往往都是些性欲旺盛的人，美的价值是对生殖欲望的肯定。在悲剧艺术中，虽然个体的生命在悲剧中毁灭、死亡，但它肯定的却是“超越于死亡和变化之上的胜利的生命……真正的生命即通过生殖、通过性的神秘而延续的总体生命”。这便实现了生命的永远循环。个体的英雄死了，但英雄还在继续，生命还在强化。在古希腊人那里，生殖、怀孕和生育受到崇拜，“产妇的‘阵痛’圣化为一般的痛苦，——一切生成和生长，一切未来的担保，都以痛苦为条件……以此而有永恒的创造喜悦，生命意志以此而永远肯定自己。这是一种深邃的生命本能，求生命之未来的本能，求生命之永恒的本能。”这不就是狄奥尼索斯精神的实质吗？尼采在这里对酒神精神进行了新的界定，“生命意志在其最高类型的牺牲，为自身的不可穷竭而欢欣鼓舞——我称这为酒神精神。我把这看做通往悲剧诗人心里的桥梁。不是为了摆脱恐惧和怜悯，不是为了通过猛烈的宣泄而从一种危险的激情中净化自己（亚里士多德如此误解），而是为了超越恐惧和怜悯，为了成为生命之永恒喜悦本身——这种喜悦在自身中也包含着毁灭的喜悦……”尼采在这里又回到了他原来的出发点，他认为，在《悲剧的诞生》中，就已经开始了对一切价值的重估：生命在强力中实现永远循环。