正当护国军大举进攻泸州的前一天，北京新华宫里，袁世凯四面楚歌、焦头烂额——反对他登基当“中华帝国”大皇帝的声浪推波助澜，甚嚣尘上！而前后有十省高举义旗，宣告独立。单只是为了“重赏之下，必有勇夫”，维持川南一角的战费和“恩赐”，竟使国库枯竭，各部官员一概暂停发薪，最后更使两家银行——中国与交通宣告停止兑现。北京官场有如大难临头，北洋政府的官太爷纷纷弃职离京。袁世凯迫得下令禁止私逃，不许辞职，派遣大批暗探、军警出动拦截，但是没有用，官太爷们会化了妆逃跑。
所以，在三月二十二日那天，袁世凯为缓和咄咄逼他的空气，寻求国人“宽恕”，承认“爱国非其道，转足以害国”，“万方有罪，在于一人”，发表通电，宣布取消帝制，距密锣紧鼓、粉墨登场、图穷匕首见的“应筹安会之请，允就帝位”的皇帝梦，一共做了83天。
“取消帝制”的电讯传来泸州前线，时间已在泸州大战的后一日，泸州城外的护国军，歌声盈野，炮竹喧天，城里的北洋军则懊恼嗒丧，钳口不语。双方不约而同地停止军事行动，等待进一步的消息或命令传来。
四月二十二日，袁世凯任命段祺瑞为国务总理，兼陆军总长，是为段祺瑞继承北洋系领袖，皖系当权的发轫。五月二十二日，四川宣布独立，六月六日，凌晨三时，一代枭雄袁世凯，羞愤致卒，政府公报说他是“以尿毒症薨逝”，得年58岁，临终之前他说了一句话：
“他害了我。”
此公在咽气的最后一刻还要演戏，故布疑云，企图诿过，因为尽人皆知，害了他的正是他自己。
曹锟和吴佩孚在泸州等下文，等得恓恓惶惶，恐惧紧张。好不容易，六月二十四日，继任大总统的副总统黎元洪下了这么一条决定第三师全体命运的委令：
“任命蔡锷为益武将军，督理四川军务，兼四川巡按使。任命曹锟会办四川军务。”
蔡松坡和曹仲珊，本来是两军对阵，要斗个不是你死便是我活的仇敌，如今由于袁世凯一死，北洋政府一纸令下，居然一个当督办，一个当会办，成为同僚，而且还携手合作，一正一副的兼管起来了。其实，自从袁世凯的死讯传到四川，不仅蔡松坡那边“三军雀跃，万众腾欢”，便是困守泸州的张敬尧、曹锟和吴佩孚，又何尝不喜出望外，如释重负。曹锟、吴佩孚因为第三师又吃败仗，带进四川的队伍，伤、亡、溃、散，损折了一大半，袁世凯在泸州危急的时候一死，一了百了，曹、吴不必再怕泸州失陷。张敬尧呢，他早在蔡松坡进逼泸州之前，已经奉了冯国璋、段祺瑞的密令，从三月底到五月底，双方休兵停战两个月。六月初，他又瞒着曹锟、吴佩孚，跟护国军私通款曲，正在商议如何再行停战十天，等袁世凯遵守诺言，宣告退位。六月四日，他和蔡松坡隔一道城墙，通过电话，又接见了化装入城洽商条件的护国军梯团长刘云峰，他不敢公然反对帝制，通电独立，但是蔡松坡偏偏以此为停战先决条件，张敬尧正在进退维谷，焦头烂额，袁世凯病逝的消息一到，怎不叫他高兴得呵呵地笑。
老袁死了，曹锟面临的困厄豁然解除，起先有点轻松，但是继而一想，自己的后台垮掉，部队又打得所剩无几，除了第二路副司令、第三师长的名义，他在北洋系中是既无地盘，又乏防区的方面大将，展望前途，实在是危险已极。他为此忧心忡忡，日夜不宁，几度找吴佩孚偏室密谈，商议今后的大计。吴佩孚则认为眼前这个动荡不安的乱局，惟有掌握实力者，方始可以拣到便宜。他将北京城里的未来政情变化，推断得既准确而又详细，黎元洪虽然继任大总统，可是他一人民国便始终吃亏在无兵无勇，袁世凯可以把他软禁在瀛台，段祺瑞更决不会任他当权，这一个北洋系的傀儡，似可不予考虑。袁世凯手下的三员大将，王龙、段虎、冯狗，王士珍这个人生性比较淡泊，军人本色，不长于争权夺利，段祺瑞是现成的国务总理，兼陆军总长，大权在握，炙手可热，曹锟也就不能不敷衍，不过，段祺瑞乡土观念很重，对于北方老乡，人情味不如直隶河间府人氏的冯国璋来得浓，这是不可不防的一点。尤其，曹锟一向跟冯国璋近乎，冯国璋又是跟老段竞争的惟一对手，吴佩孚指出，在这种情形之下，老段对第三师可能虚与委蛇，尽量拉拢，但是决不会寄予信任，像皖系大将徐树铮、段芝贵、张敬尧、吴光新等人视同心腹肱股。
听吴佩孚如此分析，曹锟大喜，北京政情，他比吴佩孚懂得多多，明修皖段的门路，暗度直冯的要津，这是他在大靠山袁世凯死后，所必须采取的径途。难得吴佩孚，忠诚事上，心无旁骛，一脑门子的算计，都在以他的利益为前提。泸州两次大战，已使曹锟认定吴佩孚是他麾下了不起的将才，今后事事都得倚仗他的大力，吴佩孚和他自己同心同德，他便可以放心大胆地干下去了。
果然。段祺瑞远远地从北京向曹锟送秋波、拉近乎，放个顺水人情给他做，作为争取曹锟，离间他和冯国璋关系的序幕。四川督理蔡松坡抱病讨袁，喉疾严重，段祺瑞从北京请了名医，却要曹锟送到蔡松坡的军中。七月一日，医生带着器械医药和段国务总理的殷殷慰问到了泸州，曹锟不敢怠慢，亲自摇电话给蔡松坡，立刻便将医生送去。蔡松坡甚为感激，亲笔拟个电报，向段祺瑞道谢。曹锟受段祺瑞之赐，总算敲开了蔡松坡的友谊之门。
北洋军和护国军握手言和，一致停战，但是，川中又爆起了新的战争。六月中旬，川军第一师师长周骏，得到重庆镇守使王陵基五营兵力之助，从资中、内江向成都进攻，扬言逐走袁世凯派的四川督军陈宦，自领川督。陈宦派冯玉祥应战，冯玉祥临危拿桥，经陈宦苦苦哀求，方始领兵迎敌，他为保全实力，故意节节败退，使周骏、王陵基兵临成都城下。蔡松坡认为周、王是为“个人权利部落主义”而战，极表痛恨，他派护国左翼军司令罗佩金相机会剿。当这一场战事进行期中，吴佩孚建议曹锟和蔡松坡取得协调，以“四川军务会办”的名义，进驻重庆，截断周骏、王陵基的后路，并且让出泸州城池。
蔡松坡慨然应允，于是曹锟、吴佩孚离了一住五个月，大战三四次的川南重镇泸州，开到四川第二商埠，人烟稠密，地方富庶的山城重庆。不久，周骏、王陵基兵败，穷蹙思遁，打电报给蔡松坡，改变初衷，拥护蔡松坡进成都。
自民国以来便你争我夺，征战不休的成都、重庆这两处重镇，天府之国两大富饶肥沃的地盘，蔡松坡和曹锟竟然弃之如敝屣，根本不发生兴趣。蔡松坡是因为喉疾严重，不能发音，荐罗佩金自代，他离川赴日治疗，十一月八日死在日本福冈医科大学医院，得年三十五岁。曹锟则由于段祺瑞有心拉拢，故意示惠，当北政府派冯国璋为江苏督军，他密令曹锟将第三师带回河北，仍旧驻扎保定，他许曹锟以直隶督军一席。
直军回省，吴佩孚打算在保定长住，船过武汉，他将留在岳州的张夫人接来，同去保定，赁了一幢房子住下。九月十六日，段祺瑞言而有信，发表曹锟为直隶督军，曹锟抓住自己的队伍不放，仍兼第三师长。
旧地重游，吴佩孚头一件事便是招兵买马，使第三师迅速恢复旧观，并且尽力扩充，第三师的部队，在四川作战半年多，原有的弁目兵丁，损失了三分之一，只有成军初期的三分之二。吴佩孚得到曹锟的全力支持，先则募兵补足缺额，继而裁汰营中的老弱伤残，他埋头补充编练，使第三师焕然一新，又成一支劲旅。
由于曹锟深切同意吴佩孚“扩充基本武力”的主张。吴佩孚才得以大募其丁，大练其兵。第三师的编制满了，往后数年，他再一口气成立七个混成旅，使曹锟的武力骤然扩充三倍半，与此同时，曹锟的部队，也因而渐渐地落入吴佩孚的掌握中。
七个混成旅之中，至少有六个完全听从吴佩孚的指挥，而且一向都是只听他一个人的。因为，吴佩孚开始有了高级军官干部，他的麾下，多了一批能征惯战的大将——在泸州之战受了重创的王承斌，字孝伯，辽宁人，陆军大学毕业，骁勇善战，机智深沉，他本来是吴佩孚第六旅的两名团长之一，曹锟带了他的队伍出击打了败仗，伤亡极多，曹锟对他深表抱歉。吴佩孚便把握机会，收容其他北军的溃兵，同时在四川就地征募。他帮王承斌先后成立了两个团，机枪、炮兵各一营，骑兵两连，工程、辎重各一连，由于扩充得太大，只好改制“补充旅”，一到保定，吴佩孚便保举王承斌为直隶陆军第一混成旅旅长。
第三师编制补充完成，兵员还有多余，吴佩孚有第一混成旅的例子在先，相机成立第二混成旅，而派后来做到陕西督军的阎相文为旅长。民国六年三月，成立于河北保定。
六月和十二月，吴佩孚又将保定的若干巡防营加以改组，先后成立了第三、四、五，三个混成旅。第三混成旅旅长萧耀南，字珩珊，湖北黄冈人。他跟吴佩孚一样，是个秀才，后来投笔从戎，在湖北将弁学堂毕业，他当过曹锟的参谋，也曾继王承斌之后当第六旅的团长。萧耀南有肺病，还抽鸦片烟，可是他极富权谋，在吴佩孚麾下是上马领军、下马治民的人才，所以吴佩孚对他极为赏识提拔。
第四混成旅旅长曹镆，天津人，曹锟的介弟，新建七旅之中，惟有这位爷们站在跟吴佩孚分庭抗礼的地位。曹镆无意升官，只想发财，因此惟独他那一旅空额累累，官兵的薪饷粮秣，有不少进了他的腰包。民国十年左右，有人统计他的财产，他已敛集了大洋两千万元。
第五混成旅旅长商德全，原是第三师军官出身，成军于民国六年十二月。到了民国七年初，吴佩孚竭尽所能，在保定成立最后一个补充旅，第一补充旅旅长龚汉治，这一旅编制不全，兵员不足，只有两团步兵，两个机枪连，兵额只有六成，每一个营仅只300来人。
吴佩孚练兵，力避北洋军的恶习，他以军纪为第一，他悬有五大禁例，违者概以军法从事。这五大禁例是：一、不得懈怠防务，托故告假。二、不得向民间赊欠挪借。三、不许动民间一草一木。四、驻区人民必须保护。五、遇匪应即奋力扫除。
讲究军纪，着重训练，吴佩孚带的队伍当然好。