一
旅顺攻陷，俄军总司令投降，日俄战争展开了第二阶段，由北而来的俄国援军和东北境内的残余之众合了流，日军必须进行扫荡。
在芝罘，工作十分轻松，47位情报员，等于是在给假休息，但是隔不多久，他们又被调出关外。吴佩孚由守田指派，率领由王怀庆、孟恩远、陈大有、陈中孚、崔子尉、崔子肃、宫天鹏等十个人编成为一组，以吴佩孚常驻锦州为联络中心，王怀庆他们分头搜集情报，然后交给吴佩孚研究判断，再转交关东军的一位福岛参谋。
吴佩孚知道，这是守田鉴于他新婚燕尔，洞房花烛才个把礼拜，便又被派出来担任第一线的情报员工作，因而特地派给他这个差使，固然是要利用他分析判断的长才，同时当然也是为了减少他往返于敌阵之间，出生入死的危险。但是，守田的这一番好意，反而险乎送了他的一条性命，累他坐了三个月的牢，而且被宣判了生平惟一的一次死刑。
锦州当时是在中国军队的管辖之下，因为它在辽河以西，照说，吴佩孚的处境相当安全。可是，十月间有一天，他接到福岛参谋的通知，命他携带一批情报和重要参考资料，到新民屯去参加一项秘密会议。
福岛选择新民屯为开会地点，一方面是因为那儿距离战地近，使那些战地指挥官便于往返，另一方面便基于安全的理由——新民屯也在中国军队之手，而且按照三方协定，不得列为战地。新民屯恰好在辽河的西岸，而辽河则为日俄战争的“楚河汉界”。不许双方侵犯。
吴佩孚拎了一小箱文件，干脆便以中国军官的装束上了火车。都已经过了白堡旗快到新民屯了，铁路两旁突然响起了枪声，俄而蹄声如雷，一似万马奔腾，然后便是火车紧急刹住，探首车窗一望，大队的俄国骑兵纷纷下马，攀上火车来检查。
这是俄军无数次的违约事例之一，俄国人的不守信义，粗暴凶残，东北人早已司空见惯。
起先以为俄兵拦路行劫，但是看看他们严肃的面容和认真检查状，似乎又有点不像，吴佩孚不由提高了警觉，他悄悄地把膝上的小皮箱放到地上，然后，用脚暗暗的向后座推移。
说来也真凑巧，他的后座是一个女学生，十七八岁，长得清秀文静，当满装地图文件的皮箱从她的座位底下搜了出来时，老毛子翻了翻，顿时哇哩哇啦一阵骂，顺手便甩了那女学生一嘴巴。
女学生脸都给打肿了，又惊又怕，放声大哭，这时候，检查的老毛子发了狠，抓住头发，直将那女学生悬空拎了起来。满车厢的人，一个个神情大变，大惊失色。
“慢着！”吴佩孚无法坐视，他猛地一声吼，迈一步走向俄兵，伸手一指箱子：“你们别欺侮女人，这箱子是俺的！”
连通译都用不着叫了，两名老毛子抢上来，把吴佩孚一夹，推推拉拉地下了火车。
自忖准定是就地枪决，吴佩孚心里在想，堂堂大清军官，死也要死得像样，所以他腰挺背直，傲然屹立。
然而，奇迹出现，检查他那只小皮箱的，是俄军一名中级军官，他一看那些地图文件，就知这回抓到了大间谍。于是他立刻派一班人，火速把吴佩孚押到奉天，俄军新成立的总部。这位俄军中级军官非常兴奋，因为他是奉命拦阻火车，检查有无日本便衣，暗藏枪械混入俄军阵地，担任游击；这几乎是一种例行的检查，他深喜自己获得了意外的功劳。
俄军总部据报，捕获一名中国上尉，身携大批战地地图和情报文件，显然是在为日本人担任间谍。他们也是兴奋不已，深知吴佩孚这个人“奇货可居”，从他的身上，一定可以大做其国际交涉，迫使中国做某种让步的大文章。
与此同时，吴佩孚的被捕，使日本军方和袁世凯总部都大为着急，只要他一招认，他是奉命参与日方的谍报工作，这与大清陆军派一个人跟一万人并无二样，显然有悖中立立场。
俄军总部的军法人员，决定对吴佩孚施以优待，希望他能激起求生的欲望，感激俄方的恩惠，进而坦白招供。
吴佩孚在他的单人房间里不食不眠，他在苦苦思索，如何避重就轻，应付审问。
他终于决定了四项原则：
第一，他承认，他是大清军官，官拜北洋督练公所上尉候差员——这是事实，俄军方面只要一查便知。
第二，他强调，候差员是有级职而无官守的，他不归谁管，同时也没有事干。他来一趟东北，搜集日俄之战的资料，仅只是他私人的研究兴趣，因为，他刚出军事学校校门不久。
第三，他说明，他不认识任何日本人，跟日本军方更是风马牛不相干。
第四，他指出，他的私人行动和中国军方也无关，因为，他正在婚假期中——这也是事实，北洋督练公所的档案里有，吴佩孚的婚假并未届满。
想定了，他把卫兵留下的食物饱餐一顿，然后，抱头呼呼大睡。
翌日一早，卫兵叫醒了他，开始冗长而繁琐的审问。吴佩孚被带到一间布置华丽的小客厅，有烟有茶也有酒，还有好几位和颜悦色的俄国军官。
翻来覆去，吴佩孚就只有他那一套话。
俄国人客客气气，他这么说；动了真火，他也这么说；诱以重利，他一字不改；临以酷刑，他还是一字不改。
实在拿他无可奈何，狡狯的俄国人，想了许多妙招。譬如，为了查证他是否真的不懂日本话，埋伏了人，趁他靠在床上沉思，突如其来的，用日本话高喊他一声，吴佩孚动也不动——他真的不懂，他所交接的日本“同事”，中国话都很流利。守田喊他“吴样”，那是守田独出心裁的中日混合语，在袁世凯派去的十六位中国情报员中，只有陈中孚和崔子尉，才是懂得日本话的。
又譬如：你私人来研究日俄战事，你能够把你所测绘的地图，所记载的情报，就你战略和战术的观点，一一加以分析解说吗？当俄国军官这么问他，那可正好问到吴佩孚的专长上来了，他能用一个钟头，讲解一次战役，而且条分缕析、头头是道。俄军失利的关键何在，日军得手的理由云何？原原本本，如数家珍。本来嘛，吴佩孚于公是在为日军搜集情报，于私，他何尝不在冷眼旁观，潜心研究，从实际的战事，加深他的战术造诣。
说的人天花乱坠，鞭辟人里，听的人兴趣盎然，衷心佩服。吴佩孚像是在为俄军法官们上战术课，上得他们迷迷惑惑，后来竟渐渐相信吴佩孚所供纯属事实，并无虚假了。
俄军总部觉得很失望，在吴佩孚身上做不出文章，审案的人都对吴佩孚表示同情，他们签拟吴佩孚应该宣判无罪释放。总司令一看发了火，拿起鹅毛笔来一批：“应予枪决！”
几乎就要绑赴刑场，一枪毙命了，驻在哈尔滨的一个俄军情报单位，不知怎的起了研究吴佩孚的兴趣，他们来公文，借提吴佩孚到哈尔滨，查问过后，即由该单位负责执行死刑。
很交了不少老毛子朋友，军法官们破格予以优待，给吴佩孚这名死囚以俄军的待遇。从奉天到哈尔滨，照俄军上尉出差费，发给食宿代金20卢布。
吴佩孚还是一个子儿也不花。
押解他的两名俄国兵，简直是一个模子里浇出来的，有很大的烟瘾，却是极其吝啬，视钱如命。吴佩孚暗中定计，身上只有20卢布，钱打不倒他们，只怕香烟还可以。火车开出奉天不久，经过一个小站新台子，从不吸烟的吴佩孚，掏出10个卢布，向车站月台上叫卖的小贩，买了一大堆香烟，他既不自己拆开一包来抽，也不说是要送给那两名俄国兵，两个老毛子望着大堆的香烟，眼睛里喷出了火，吴佩孚佯作视而不见。火车在向铁岭疾驶，途经乱石山，因为要爬坡，还得转一个大弯，照例得逐渐减缓速度。就在这时，吴佩孚作手势说他要如厕，两个老毛子给大堆香烟吸住了，谁也不肯奉陪，于是挥挥手，叫吴佩孚自己去。
吴佩孚经由甬道，穿过车厢，他没上厕所，回头一望，俄国兵背对着他安然不动，头顶上飘起袅袅烟雾，准是拆开他买的香烟在抽了。他耸肩笑笑，走到车门口，看见有两个挑担子的东北老乡蹲在地上，便不慌不忙，跟他俩打个招呼，挪动两副担子把里门一挡。拉开车门，卷进来一阵寒风，吴佩孚紧紧身上的棉大衣，觑准一片草地，踏下承足就跳，先是往地面一滚，接连地翻了几个身，待就地坐起来看时，火车已经绕到山角那头去了。
站起来，张臂踢脚，喜在毫发无伤，这一下，算是从鬼门关逃回来了。吴佩孚兴奋得很，精神一振，他心想：两名俄国兵，在车上发现他跳车逃掉，决不至于下车来追，不过到了得胜台或铁岭，准会打电话通知各站缉拿，因此他决定投荒而走，一路向西。
翻山越岭，披荆斩棘，这一下午的亡命奔跑，他大概跑了五十多里。黄昏时分，日薄崦嵫，先是看见一条河流，缓缓流向西南，俄而又见一个小镇，上前问讯，原来这儿正是辽河之滨，名叫三面河，顺流而下，只有六七十里便到新民屯。瞎摸乱闯，居然路线十分正确，吴佩孚当时不禁喜出望外，再一打听，三面河每天都有帆船开航，镇上没有栈房，他便寄宿在一艘运豆饼的船上，船资饭账和宿费，居然也可以用卢布支付。
当晚便到巨流河，又回到京奉铁路线上，距离新民屯，只有一站。吴佩孚堂而皇之地买了车票上车，到新民屯找日本人的秘密联络机关，一索便得。吴佩孚竟然以一名俄军死囚，跳车脱逃，安然无恙的归来，尤其他在奉天监狱里拘押两个月，俄国人对他威胁利诱，无所不用其极，他终能虚与委蛇，不曾泄露中日之间“通诚合作”的秘密。消息迅即传往中日方面，从上到下，没有一个人不对他表示衷心敬佩，守田少佐和吴佩孚的伙伴们，更是欢呼雀跃，兴奋若狂。
旋即被调回锦州，而且继续担任第一线的情报工作，在日军三路进兵，会攻辽阳之前，吴佩孚他们经常出没于俄军战地。三路进兵三条路线上的俄军虚实，由于他们的出生入死，冒险犯难，几乎尽为日本大本营所侦知。
俄国陆军，以辽阳为中心，分向东南、西南，展开其辐射式的防线。日本大本营根据守田小组所搜索的情报，以第一军为右翼，自义州渡鸭绿江，连克九连城、凤凰城、宽甸、摩天岭（其实只有560米高）、本溪湖，进抵辽阳正东。中路以第四军为主力，登陆辽阳正南的大孤山，仰攻岫岩、分水岭、析木城，再绕过千山而与左翼在海城会师。左翼则以第二军登陆于复州半岛的貔子窝，西略金州，沿南满铁路北攻，吴佩孚便配属在这一路，充任侦探及向导工作。他曾引领日军连克复州、熊岳、盖平，俄军在大石桥据险而守，日本第二军攻坚摧锐，勇不可当。俄军因而大败。
日本这三路兵马，由于左翼和中央在海城会师，成了两路，一自南，一自东，两路夹攻辽阳，鏖战十天，俄军方始败退奉天。再经过天崩地坼的一场“奉天大会战”，俄国兵死伤十余万。日俄战争打到这儿，胜负已判，俄国固然全面惨败，日方也是损失奇重，精疲力竭。于是，由美国的老罗斯福总统Theodore Roosrelt出面调停，双方息争议和，订立日俄条约。俄国承认日本独占朝鲜为合法，让出俄国在辽东半岛上的军事、经济、交通等各项特权——俄国人对东三省的独占和封锁。至此完全打破。
光绪三十一年乙巳（1905年），三月初，日军举行“沈阳入城式”，由大本营参谋总长大山岩侯爵亲自主持，儿玉大将和乃木大将一同列席。在这一庄严肃穆的典礼中，有一个极其惹人注意的节目，那便是大山总长亲自将勋六等的证书，交给一位黑黑瘦瘦的中国上尉，同时，在他的胸前佩上一枚“单日光旭日勋章”，这位接受殊荣的中国上尉便是吴佩孚。他在佩戴生平第一枚勋章时——据他后来自称，心中很不是滋味，因此，他的表情一定也是尴尬的。
一直到光绪三十二年丙午（1906年），吴佩孚方始脱离日军情报单位，如逢大赦般的被调回保定，派在第三镇候差。
袁世凯在小站练兵，光绪二十八年（1902年）九月，练成了北洋常备左镇（又称北洋常备兵第二镇），亦即后来的北洋第二镇（师）。第二镇的兵都是从各州府县招募来的，编成以后由天津讲武堂出身，原任常备军总参议的王英楷当统制（师长），部队驻防在山海关里的迁安。光绪二十九年（1903年）冬天，庆亲王奕勖和袁世凯挑选旗丁，成立京师常备军（后改京畿第一镇，又改北洋第一镇），以旗人户部尚书，后来当到军机大臣、内阁协理大臣，日本士官学校第一期毕业的铁良为统制（师长），这北洋第一镇驻防北平，自统制以至兵丁，清一色的是旗人。
光绪三十年（1904年）日俄之战，袁世凯以北洋防务日亟为词，奏准清廷，把他的武卫右军和自强军合并，成立北洋第三镇，以他的得力助手，亲信干部段祺瑞为统制，驻扎保定。同时又招募新兵，编成北洋常备右镇（后改北洋常备军第二镇，又改北洋第四镇），派袁世凯家里奶妈的儿子，自小在袁家当长随，后来历经行伍出身的吴凤陵为统制。
由此可知，在光绪三十年（1904年）成立的北洋四镇中，惟有北洋第三镇是袁世凯当山东巡抚时带去的老底子，一向和他渊源最深，可以说是袁世凯的嫡系部队。
吴佩孚是开平武备和保定速成两个淮军——北洋军学堂的学生，他出道比段祺瑞、王士珍、冯国璋他们略晚几年，但他毕竟是北洋正统，地位至少应该跟曹锟、王怀庆等人相埒，何况他奉袁世凯的密令帮过日本人，历经艰危，建立殊勋，抛开一切学识、能力、履历和年资不谈，他由关外调到保定第三镇，段祺瑞再怎么说也得给他一个好差使。
然而当这两个十多年后的死对头，挑起直皖战争的祸首见了面，吴佩孚诚然可以侃侃而谈，吐露他胸中的韬略与才学，可是段统制对他的印象却不佳，连个实缺都没给他——他叫吴佩孚仍以上尉原级职，充任候差员。
吴佩孚能不满腹牢骚，一心怨怼？
北洋新军，名字叫得好听，可是一开头便由于当时的政治环境，及袁世凯的天大野心，搞出重重弊病。头一桩，慈禧太后受尽洋人的气，她要发奋图强，迎头赶上，所以把全部希望都寄托在这支新建的武力上，于是新军全部仿效西洋新制，兵弁俸饷，武器配备，一概求其尽善尽美。为了小站练兵，慈禧曾派户部尚书铁良，专程南下，分赴各省尽量搜刮经费，仅只近畿六镇的军饷，一年即达纹银九百零四万二千余两之巨。
新军如此之肥，清廷中的“大力人士”，当然会垂涎三尺，亟想分一杯羹，以逊清政治之腐败，自袁世凯以次诸将领，哪个敢不应付敷衍那些权贵。段祺瑞是在德国学过军事的，在北洋军要中，素以管军严明，纪律整齐，丝毫不容苟且著称。但是，当他在担任教练新军的时候，每一年，他要孝敬庆亲王奕勖和慈禧最宠的太监总管李莲英等人，一应“开支”三百余万两！