同治年间，即1862年至1874年，回民暴动起义的浪潮席卷大西北。残酷的回汉冲突在甘肃持续了13年之久，土地抛荒，白骨撑天。根据一位基督教传教士记载，民族仇杀导致甘肃总人口从1500万锐减到300万。
中国人口学家则认为，甘肃人口在1862年应该为1470万，到1874降至460万，最严重的一年是1870年，共有200万人丧生。
当新任陕甘总督左宗棠平定战事后，甘肃已经一片荒芜，千村薜荔。
在这场冲突中，大川遭到了严重破坏。离大川不远的一个地方是河州，今称临夏，别称“中国小麦加”。发迹于河州的“三马”——马海宴、马千龄、马占敖——作为西北回民起义中最著名的三大领袖，以河州家乡为武装根据地。在向左宗棠投降之前，这三位本地回民领袖领导的武装与清军以及汉族团练发生惨烈的战事。在今日的永靖县、临洮县、东乡县所辖区域，汉民在三位孔姓人的带领下结成了军事同盟，这三个孔姓人中有两个是大川人。
激战中，双方付出巨大代价。根据县志记载，仅在1864年就有1000多汉族乡勇被杀，其中130来自大川。
同年，大川一带的村庄的防御工事被回民军队攻破，有更多的妇孺死于非命。在与孔家有血缘或婚姻联系的妇孺当中，600多人被屠杀、被焚致死或被迫跳河自杀。
兵刃之下，大川孔庙遭焚毁。
令人回味的是大川劫难与当地一桩婚姻相关。在我的田野调查中，这件事情是我遇到的老年被访人起初不愿讲述的一段村庄秘史。但最后我还是收集整理出了一部分口述资料。这些资料证实，大川河对岸的一个回民姑娘嫁到了大川孔家的第四门。这桩回汉结合的婚姻恰恰发生在民族紧张即将导致战争的前夕。
研究西北回民问题的专家乔纳森·利普曼认为，发生在十九世纪中叶的回汉冲突与中亚苏菲派在中国的传入与发展纠结在一起。他认为，起初“来到中国的苏菲派互为仇敌、互相攻击，而没有针对政府或汉人”。他补充说，苏菲派的内部集团因“争夺礼拜寺建筑权、地盘、对不同先知的效忠以及为仪式问题而动武”。
此外，代表“新教”的苏菲派与代表“老教”的传统教派，因对教义的理解不同形成对立而不断发生摩擦，最终引发暴力冲突。之后，回汉冲突围绕各种利益问题时而发生。地方官府对各类冲突的处理不当，对回民领袖的处罚极为残酷，引发了官军与回族的武装冲突，因而加重了原有的回汉矛盾。
一些老人从父祖辈听到过到1864年发生的大灾难，按照他们的说法，当时回汉联姻生出的子女已有300人左右。在访谈中，他们把这些孔回婚姻的后代称为“孔回回”。据说，回汉联姻生下的子女一般皈依了伊斯兰教，有单独的居所、清真堂，还在大川村边建立伊斯兰墓地。这块墓地而今已是一块农田，但大川人继续称之为“回回台”。
但大川在1864年遭难的决定因素在于孔姓人领导的民团与清军协同作战。对于河州的回民军队领袖来说，攻破大川就意味着铲除一个心腹之患。与派遣而来的官军不同，大川人领导的团练非常熟悉黄河沿岸的每一道峡谷，已将所有山口变为战略要地。换句话说，对于以河州为根据地的回族武装而言，来自大川的威胁过大，对大川发起进攻是迟早之事。
对今天的大川孔家人来说，谈起1864年就会使人想起那些皈依伊斯兰教的自家人。在这些人中，一部分人有可能加入到了河州回族阵营，因此对手足兄弟之死可能负有一定责任。至少在大川人的历史记忆中，回汉通婚被阴影所笼罩。而今的“孔回回”住在河对岸的高山里，居住地的地名是“新寺”。他们断然否定自己的祖先曾攻击过大川的亲戚。其解释是皈依伊斯兰的祖先们由于惧怕官军报复，早已逃离大川。解放前后，“孔回回”曾两次要求回到大川。一次是在1948年要求回大川重建祖坟，被大川孔氏拒绝。一次是在1956年要求回大川定居，被镇政府拒绝。至今，“孔回回”只有一家人在70年代回到大川。这家的男人当时在刘家峡公社任要职，直接管辖大川，因而在行政职位调动的政策保护下举家迁到大川。