当光绪帝力图通过大刀阔斧地鼓励天下臣民上书言事，把变法维新引向社会之时，他又乘势要把改革向更深的层次推进。光绪帝在酝酿采取两项直接改革清政权的重大举措。
一是准备模仿西方资本主义国家，设立“议院”。资产阶级维新派在宣传与组织变法时，曾把“兴民权”、“设议院”，作为变法维新的重要内容与目标。但是，从光绪帝颁布《明定国是诏》宣告变法以来，康有为、梁启超等，鉴于守旧势力根深蒂固，并看到变法维新步履维艰的现实，便放弃了这一主张。不过在推行变法新政的过程中，内阁学士阔普通武在七月初三日（8月19日）递上的奏折中，又提出请仿泰西设立议院的主张。随后，镶白旗蒙古生员诚勤也提出了这一要求。阔普通武的具体建议是，“请设立上下议院，无事讲求时务，有事集群会议，议妥由总理衙门代奏，外省由督抚代奏。可行者，酌用；不可行者，置之。事虽议于下，而可否之权仍操之自上，庶免泰西君民争权之弊”。可见阔普通武要求设立的这种议院，只不过是一种辅助皇帝的咨询机构。它仅有议事的义务，但没有任何否决权，更起不到立法作用。然而在封建专制时代，在朝廷设立这么一种评议国事的常设机构，对于皇权至上的清廷，无疑也是一种较大的改制。特别是这一建议的要点，又在于选用议员的条件上。阔普通武说：“惟议院之人实难其选，必须品端心正，博古通今，方能识大体，建高议。此泰西议员，必由学堂出身者，一取其学贯中西，一信其风有操守，亦防弊之深意也。”按照这种标准，显然是为维新派和其他新人物进入上、下议院，提供了有利的条件。所以这一改革，虽然还基本是停留于形式上的改变，但也涉及到变革清王朝统治体制的问题。不言而喻，这种议院，在当时的中国，毕竟是一个具有“民主”气息的新事物；也可以说它是一种“兴民权”的低级形式。正因如此，当这一改革主张提出之后，便遭到了一切维护封建专制体制的人的拼命反对。张之洞在其《劝学篇》中竟以骂街的口气对“兴民权”、“设议院”之说进行了恶毒的攻击；湖南的守旧势力也借此来诽谤维新派人士。一时间，反对设议院，又成为攻击变法的集中点。从来自反对派势力的强烈反应中，也可见设议院问题所具有的分量。
对于设立议院，光绪帝无疑是有个认识过程的，也势必会有一个思想酝酿阶段。可能就在其酝酿的过程中，逐渐“决欲行之”。而大学士孙家鼐竟出来说：“若立民权，君无权矣。”光绪帝却斩钉截铁地指出：“吾欲救中国耳，无权何害！”他坚定地表示，宁愿大权旁落也坚持这一改革。
到了9月中旬，当光绪帝在政治领域进行雷厉风行的改革时，他对设议院的态度也越发坚定了。但在这时，康有为鉴于“今守旧盈朝”，认为设议院“万不可行，上然之”，乃作罢。但是，光绪帝却未因此而放弃设议院的念头。他在接受了康有为的建议后仍然表示，“待后数年乃行之”。表明，到这时光绪帝对设议院的态度仍未动摇。而这种坚定性，显然是来自对变法维新的决心和对世界大势的认识。
其二是，议定开懋勤殿以议制度。
关于开懋勤殿的用意，除康有为说“以议制度”之外，梁启超又作了具体说明。他说：
“上既广采群议，图治之心益切，至七月二十八日，决意欲开懋勤殿选集通国英才数十人，并延聘东西各国政治专家，共议制度，将一切应兴应革之事，全盘筹算，定一详细规则，然后施行。”
另据王照记述，当开懋勤殿事宜议定之后，康有为前来见他时“面有喜色”，并向他透露，开懋勤殿初用的“顾问官”“业已商定”。其中，包括了康有为和梁启超。
原在7月中下旬之间，当请设制度局的建议因遭到顽固派官僚的拼命抵制而难产时，康有为、梁启超等在为此细续争取实现之际，又在筹划补救措施了。此间，梁启超受康之命为李端棻草拟了一件奏折，在其中提出“一曰御门誓群臣；二曰开楸勤殿，以议制度；三日改定六部之则例；四日派朝士归办学校”等四条要求。这是准备为在请设制度局建议被否决后，再要求采取有利于变法维新的补救办法。但当李端棻递上后，尤其对请开懋勤殿以议制度的要求，庆亲王奕劻与大学士孙家鼐等权贵，又颇为敏感地力予“阻之”。从而，这一新建议又遭厄运。进入七月下旬（9月），光绪帝大力反击守旧势力和极力动员中下层官吏与民众支持变法，表明其“图治之心益切”。在此情况下，康有为等维新派人士、特别是刚被任为“四卿”之中的谭嗣同、林旭，均受到鼓舞，进一步激起其革新热情。因此，在他们准备设议院的努力被康有为劝阻后，又当即重新议起开懋勤殿之事。与此同时，极欲大举新政的光绪帝，也对此颇为赞同“决意开之”。
懋勤殿，位于清宫内的乾清宫西廊，原是一所供清朝历代皇帝“燕居念典”的宫殿，到同治以后便已逐渐虚废。自从议设制度局流产、拟开议院作罢以来，经康有为等维新派人士的多时筹议、酝酿，到此又在谭嗣同、林旭的推动下，光绪帝决意要重开懋勤殿。其实，这是想用旧瓶装新酒的办法，以设“顾问官”的方式把康有为、梁启超等维新派的领袖、骨干人物集聚起来，组成一个最高的筹划、指导变法维新的核心班子。虽然对康有为等人和光绪帝来说，要开懋勤殿都想使之起到制度局的作用，但从其组成人员和赋予它的使命来看，开懋勤殿、设“顾问官”，既与他们设计的“议院”不同，也较原议的制度局有所区别。这个班子不仅包括了维新派领袖康有为、梁启超，而且还具有了一定的独立议定权，显然这是为适应当时光绪帝要大举新政的需要而设计的。尤其是这次准备开懋勤殿，从筹议到决定，根本没有通过原来的王公大臣，而是由光绪帝和维新人士单独议定的。所以，无论从哪个角度来说，决定开懋勤殿，必将大大加强变法维新的最高指挥力量，为把变法继续向前推进提供了重要的保证。当然，这也将在一定程度上，改变了清王朝的施政体制。显然，它具有更加明显的政治改革意义。表明变法到此已在新的深度和更高的层次上运作了。
可是，就在光绪帝到颐和园拟向西太后“禀请”开懋勤殿及推进变法等事宜时，发现有变。这一天，慈禧太后勃然大怒，表示坚决不同意开懋勤殿，她痛斥光绪皇帝：“小子为左右荧惑，使祖宗之法自汝坏之，如祖宗何？”慈禧太后还警告光绪皇帝，如果再超越权限，那么皇位就一定保不住了。光绪皇帝只好哭着辩解说，时势至此，敌骄民困，就是祖宗在世，也必定会变法的，我这样做是对得起祖宗的。慈禧太后听了，继续斥责他。最后，两人不欢而散。