在经济方面的改革，照样是阻力重重。固然从甲午战败之后，在清朝统治阶层当中，主张设厂、开矿、筑路、兴商的人确实多起来了。可是如前所说，那些顽固派权贵的目的，也仅仅是为维护其统治而欲开阔财源罢了，并不是要以此来改造整个社会。洋务派官僚确实是“西学”的积极倡导者，然而如张之洞仍在竭力强调所谓“官权”的重要性。在他看来，“华商素鲜钜资，华民又无远志”，好像中国商民根本没有创办工商的能力。因此，张之洞认为，要开矿设厂、发展工商，离开“官权”必然“无益”。张氏之此见，固然反映了近代中国在资本积累方面的一些特点。但他限制商办工商，却是有碍于国家富强。事实上，张之洞还是在继续维护“官办”或“官督商办”的老路；并且他的这种观点，在洋务派中是有代表性的。
资产阶级维新派，强烈要求仿照外国发展近代农、工、商、交通等事业，其目的是力图以此来改造衰弱的中国。因此他们特别强调“商办”或“民办”，力求普及，为民族资本主义的发展开辟道路。
光绪帝在经济方面的改革，虽然也基本是通过其原来的国家机构及各级官吏来推行的，但是，他对民间著书、制器和商办工、矿、交通、商业等却给予了充分的重视。在推行变法新政初期的7月5日，光绪帝即颁谕号召破除“旧习”，宣布“各省士民著有新书，及创行新法，制成新器，果系堪资实用者，允宜悬赏以为之劝”。并且又决定，凡“所制之器，颁给执照，酌定年限，准其专利售卖”。此后，他又多次降谕“奖励”“各省士民著书制器”。同时还谕令各省将军督抚“严饬各该地方官，务须体察商情，尽心保护”商贾。当他得知粤人爱国华侨张振勋在烟台创办酿酒公司、道员吴懋鼎在天津筹款设厂制造时，便颇为关注。
张振勋（1840-1916），字弼士，广东大埔人。张振勋自幼“家贫”，为了谋生于咸丰六年（1856年）飘洋过海到了时称“南洋”的荷兰属地巴达维亚（今印尼雅加达）。他在此艰辛创业，后来成为一个“南洋巨富”。张振勋在国外致富之后，仍对“振兴祖国实业，尤具热忱”。因此，从光绪十七年（1891年）起，张振勋就利用回国探亲之便，到山东烟台考察葡萄的种植情况。到甲午中日战争后，他便在国难日深之际于烟台筹办“张裕酿酒公司”。
吴懋鼎，安徽人。早年曾为上海汇丰银行副买办，后在洋务运动期间被李鸿章任为道员，督办关内外铁路。他从光绪二十三年（1897年）起在天津筹资建毛织厂。变法新政推行后，吴懋鼎便积极地向光绪帝建议“在中国各地筹办商会”，参预了变法维新。
当时光绪帝认为，中国人建厂制造，既可“不致利权外溢”；又能“渐开利源”。于是，他当即命直隶总督荣禄令张振勋、吴懋鼎“切实筹办以收成效”；并责成荣禄将办理情形“随时奏报”。在7月29日，光绪帝对宋伯鲁提出“各省举办铁路矿务，官不如商，亟宜及时鼓励”的建议，给予了明确而及时的支持。后来，光绪帝又采纳康有为的要求，指令在民间停办“昭信股票”。实际，上，这是“以惠民困”，为了促进民间农工商业的发展而采取的另一项具体措施。
总之，光绪帝对“士民”发明制造给予奖励，授予专利权；对于向资本家转化的“官绅”和一些上升的商人力行保护。说明他对私人投资发展近代农工商交通事业，采取了鼓励的政策。
同时，光绪帝又据康有为等人的建议，在7月24日降谕指出，“振兴商务，为目前切要之图。……泰西各国，首重商学，是以商务勃兴，称雄海外。”从而命刘坤一、张之洞“拣派通达商务、明白公正之员绅，试办商务局事宜。先就沿海沿江如上海、汉口一带，查明各该省所出物产，设厂兴工，使制造精良，自能销路畅旺，日起有功。应如何设立商学、商报、商会各端，暨某省所出之物产，某货所宜之制造，并著饬令切实讲求，务使利源日辟，不会货弃于地，以期逐渐推广，驯致富强”。可见，光绪帝的此谕令，说得十分明确，即要大力发展近代工商业。到8月2日，光绪帝又以康有为的《请兴农殖民以富国本折》的奏请，为了统一“倡导与”振兴“农、工、商业，决定在京师设农工商总局。命各省、府、州、县”一体认真举办“然而，在经济改革方面，亦由于光绪帝所走的道路与维新派的主张脉脉相承，因而它便超出了顽固派和洋务派设下的界限。正是由于这种缘故，在经济改革的过程中，光绪帝不仅与顽固派也与洋务派发生了正面的冲突。因此，直到在北京设立了农工商总局之后的8月29日，对于光绪帝要求先在长江流域一带试办商务局大兴工商的一系列改革诏令，张之洞一直在”观望“刘坤一也”藉口部文未到，一味塞责“两广总督谭钟麟对此更是”置若罔闻“他们都一致的既无行动又不回复。至于距北京近在咫尺的直隶总督、西太后的亲信官僚荣禄，更是静坐”迟玩“蓄意顽抗。尤其是，这些地方的权势者虽一再受到光绪帝的”诘责“但他们却仍然”藉词宕延“无动于衷。这些身居要职、高唱”西学西法“的洋务派官僚和也曾鼓吹过”开矿制械的荣禄等人尚且如此，其他地区（除湖南的陈宝箴略有动作之外）的情况，更是可以想见的了。
康有为为发展近代工商业排除障碍，曾极力要求废漕运、裁厘金。对此，遇到的难题更为复杂。梁启超说，本来康有为提出的“请裁漕督”的建议，“上（光绪帝）知而决行之”；在其他材料中也说康有为要求“裁厘金”等“帝皆嘉纳之”。光绪帝在颁发的许多上谕中，也一再指出过“厘差，勒索工商”，厘金“弊端丛集”，则宏次谕令要“整顿厘金，严杜中饱”。关于废漕，光绪帝后来又降谕指出，“漕督一缺，究竟是否应裁”，命两江总督、江苏巡抚“详议且奏”。在这期间，光绪帝已经清楚地知道厘金危害工商的严重“弊端”，可是他只提出“整顿厘金”；对于废漕，他在后来的态度似乎也不明朗了。
其实，康有为提出这两项建议都在8月末，已经到了“百日维新”的末期。这时光绪帝已经发现西太后“不愿将法尽变”，正在策划绞杀变法维新的阴谋。他们之间已进入了“决战”阶段。当时，光绪帝确已无力兼顾“其他”了。再者，漕运“宦竖旗人，多食于此”。因此，废弃漕运牵动颇大。厘金，虽已“积弊日深”，但由于新开财路的改革均未见成效，所以它却仍是清政府的重要财源之一。而且在这期间，一方面清政府的“帑藏奇绌”；另方面，还要大加兴举，“需饷浩繁”。显然，光绪帝所以未能断然废漕、裁厘，除反映了他在当时还缺乏果断性之外，也有其切实之难。
此外，光绪帝为了挽救国家的危亡，力图把中国引向“富国强兵”的道路，又频频颁谕指出，“思御外侮，则整军经武，难再视为缓图”。故命各地将军、督抚应迅急整顿武备，对海陆各军“裁弱留精”，仿照外国“勤加训练”以成“劲旅”。可是，各将军、督抚亦无视光绪帝的“诰诚谆谆，仍复掩饰支吾，苟且塞责”“不肯实力奉行”。从而，光绪帝的军事改革与整建计划，也未得到切实的贯彻邢实施。
光绪帝要整顿吏治，杜绝“吏胥因缘为奸，舞文弄法”，命所有衙门删减繁琐的治事“规则”，另订新章。结果，各衙门“藉口无例可援，滥引成案”加以抵制。甚至有些地方督抚，竟借口整顿吏治而营私舞弊。因此，到六月末（8月初）光绪帝又就此降谕严肃指出，“朝廷于整顿吏治，不啻三令五申，乃各省大吏，往往粉饰因循，于所属各员，不肯认真考察，以致贤者无由各尽其长；不肖者得以自匿其缺，甚至案关吏议，尚不免巧为开脱。误国病民，皆由于此。著各省督抚，嗣后于属员中，务当详加考核。……振刷精神，秉公举劾，以期吏治日有起色”。但各地方官，依然对此置若罔闻。
另方面，已实施改革的废八股改试策论等，两广总督谭钟麟仍在图谋复旧；其他地区的守旧势力也在伺机反扑。新、旧势力之间的对立与斗争，在日益加剧。