当谭嗣同接到谕令让他进京的时候，因身体有疾，无法成行。他只好回湖南浏阳老家养病。光绪帝见谭嗣同推病未曾奉诏，又再次电催谭嗣同“迅速来京，毋稍迟延”。这让谭嗣同深受感动，万分感激，连连称颂光绪帝“圣恩高厚”。于是抱病动身，赶紧进京赴诏。而此时谭嗣同的妻子李闰心中却有一种巨大的不安。
出身书香门第的李闰对于湖南推行的维新活动有过热情。为了帮助自己的丈夫谭嗣同办《湘报》、南学会、不缠足会、浏阳算学会等维新活动，她不惜捐出自己的私蓄和嫁奁。可是，湖南后来的局面让她们家在湖南几乎无法立足，这让她感受到了社会的险恶。身处自己的家乡推行维新变法尚且遭到如此的结果，她无法不为远赴京城去从事变法活动的丈夫担心。
事实上，当谭嗣同接到谕令时，他既兴奋同时又感受到了危险。他预感到自己的前途吉凶未卜。难能可贵的是谭嗣同为了变法，没有丝毫的犹豫和迟疑，正如他评价佛教所说的那样，“佛门之局量，勇猛无畏最大”，要做到这一点就要有普度众生的信念。要懂得“蠢尔躯壳，除救人外，毫无用处”。为了普度众生，他已经将生死置之度外。他安慰自己的妻子说：“朝廷毅然变法，国事大有可为。我因此益加奋勉，不欲自暇自逸。”同时希望李闰能够视荣华如梦幻，视死辱为幸事，无喜无悲，听其自然。
1898年8月21日，谭嗣同到达北京，住在北半截胡同的浏阳会馆，与康有为住的三条胡同内的南海会馆相距不远。在南海会馆，谭嗣同第——次见到了心仪已久的变法舵手康有为。
谭嗣同在会见康有为的过程中，与康有为广泛地交流了变法思想和具体的变法主张，同时结识了一大批维新变法人士。1898年9月5日，光绪皇帝在勤政殿召见了谭嗣同。光绪帝仔细询问了谭嗣同在进京沿途中看到和听到的“明定国是”诏书颁布后人们的反应。谭嗣同据实作了回答，同时提出了自己关于变法的忧虑，认为要使变法成功，必须具备四个条件：第一，有一支强有力的辅佐集团，形成强硬的中枢，紧紧把握住决策和号令的大权；第二，必须有一支亲兵劲旅，使它进足以慑服反对势力，退足以保卫皇帝和新政中枢的安全；第三，妥善安置王公大臣，以减少变法的阻力；第四，必须外交制胜，取得各友好国家的声援和支持。谭嗣同还以日本明治维新为例，分析了明治天皇成功的原因，包括伊藤博文经过游历欧美，研究各国宪法后回国，以他为中心形成了新政中枢；用西乡隆盛和板垣退助组成参谋部，训练了8000名步骑亲兵作为御用军；封赠旧日诸藩和王公大臣为华族，宠以虚荣，保其福禄，而削其实权等措施。谭嗣同指出了光绪皇帝的变法条件不如日本的成熟和有利，所以局势危急，但如果能够亡羊补牢，通过在军事上物色人才，充实近卫，逐步削弱荣禄等守旧派的兵权，内政上选用才俊作为辅佐，同时妥善安置王公大臣和各级权贵，外交上联合英国和日本等对抗沙俄等虎狼之国，那么，中国的维新变法事业，同样具有成功的希望。
光绪皇帝在听了谭嗣同的分析和建议之后，感慨万千，推心置腹地对谭嗣同说，自己做了30年的罪人，白白害苦了自己的子民，不是自己不想让百姓富强，更不是自己想被世人骂为无道昏君，只是太后不主张变法，满洲诸大臣又总是要求固守祖宗之法，实在是没有办法。
召见了谭嗣同之后，光绪帝发布谕旨，授予谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第四人为四品卿衔军机章京，也就是处理军机处文件的官员，人称“四京卿”。光绪帝还鼓励他们尽力赞襄新政，不要有所顾虑，所有奏折，都由他们四人阅览，凡有上谕，都由他们起草。并口谕“四京卿”凡有变法主张，可以随时上奏，自己必定依从，即便是自己有了过失，他们也可以当面指出，自己会马上改正。
光绪帝的谕令显示了对谭嗣同等人无比的信任，也表达了自己锐意变法的诚意。这让谭嗣同坚定了变法的信心，决心要竭尽全力推行新政。
当光绪皇帝决定重用谭嗣同等人的时候，维新派和守旧派之间的斗争也已经到了非常激烈的时刻。
我们总是说守旧势力是既有的政治制度、伦理道德、观念文化的既得利益者，为维护自身的既得利益，一定会坚决反对一切变革。因为守旧派的地位是依靠现有制度保障的，他们的地位、权力、威信和经济利益都蕴含在原有的体制、道德、文化、观念所构成的一套社会系统中，因为他们符合这套系统衍生出来的评价标准，熟悉这套系统的规则和潜规则，在这个系统中他们具有合法性并在应对它的时候，显得游刃有余。这就是他们的既得利益。而一旦进行变革，整个系统将发生变化，评价标准、规则和潜规则都将随之变化，原本被人尊重的道德、知识、能力、行为都可能因此而被轻贱。
围绕在慈禧太后周围的人，包括慈禧太后本人就是典型的既得利益者。他们身居高位，大权在握。他们的地位和权力来自祖宗之法的规定，他们的行为方式符合旧有的体制和标准，因而具有合法性。而没有权力的光绪帝希望通过变革来改变现有局面的时候，权力在此过程中就必然发生转移和变更，他们的既得利益就必然受到侵犯，所谓的既得利益也将因此而失去，所以他们不遗余力地反对变革。
1898年6月15日，慈禧太后强迫光绪帝将翁同龢革职赶回老家常熟的同时，任命其亲信荣禄为直隶总督，统帅董福祥之甘军、聂士成之武毅军和袁世凯之新建陆军的“北洋三军”掌握军权。6月16日，慈禧又命刑部尚书崇礼兼署步军统领，夺取了北京的警卫大权。6月24日，慈禧派刚毅掌管八旗兵中具有特种兵性质部队之健锐营，命令怀塔布管理颐和园的八旗官兵、包衣三旗官兵及鸟枪营事务，更换了一些要害部门的八旗统领。与此同时，慈禧用光绪帝的名义宣布，今后凡赏加官吏品级，补授文武一品和满汉侍郎，任命各省将军、都统、督抚、提督等官都必须到太后面前谢恩，也就是这些官职的任免没有慈禧的同意不能算数。这实际上剥夺了光绪帝对官员的人事任免权。与此同时，慈禧太后派八旗兵统领带兵把守紫禁城，严密监视光绪帝的动静。
1898年9月4日，光绪帝革去了抵制新政的怀塔布等六名守旧大臣的职务。9月7日，又将慈禧最为倚重的大臣李鸿章撵出了总理衙门，一时朝野震动。守旧官员们最直接的既得利益受到侵犯，他们纷纷来到颐和园，跪请慈禧太后废掉光绪皇帝，再次“训政”。守旧派与维新派的斗争进入白热化的程度。
谭嗣同等被任命为军机章京后到军机处供职，受到了旧有军机大臣的百般刁难。他们对“四京卿”讽刺挖苦，傲慢无礼，甚至根本不为他们准备办公桌案。谭嗣同不为所动，无所畏惧地坚持在军机处阅览全国奏折，并上疏提出处理变法的意见，推进变法的展开。不过，在守旧势力的百般阻挠下，变法活动举步维艰，维新派内部也出现了不和谐的声音。“四京卿”内部也是意见不同，态度不一。先是刘光第看到变法推行艰难，缺乏成效，开始对变法丧失信心，萌生退意。另一位章京杨锐，本系张之洞的门生，思想上更倾向于洋务派的“中学为体，西学为用”，对变法主张总是以“过激”为由，提出反对意见，在平日的议论中，也多次诋毁康有为，因此与另一位激进的章京康有为的学生林旭总是意见不合，时常争吵，矛盾日深。谭嗣同面对维新人士的分裂状况，也难有作为。
与此同时，顽固势力对维新派的攻击一浪高过一浪，侮慢康有为的声音越来越响，湖南邵阳的举人曾廉甚至上疏光绪帝，称康有为妖言惑众，乱圣人之道，并列举了康有为的一系列罪行，请光绪帝杀之以谢天下。北京还到处传说，“湖南欲杀谭复生”。街头巷尾谣传光绪皇帝“病重”。所有迹象表明，维新派的处境艰辛，形势危急。
地方督抚中，像刘坤一、张之洞等人都是久经官场，善于察言观色、见风使舵的人，眼见光绪帝与慈禧太后态度不一致，所以对于无权的光绪帝发布的谕旨，采取敷衍拖延的办法，没有进行实质性的行动。