谭继洵就任湖北巡抚以后，一方面感到他与原配夫人徐五缘所生的三个儿子，只剩下谭嗣同一个人了，对他寄托着深切的厚望；另一方面，由于谭嗣同打心眼里厌倦经书八股，虽然在他的督促下又参加过五次科举，但都没能考中，又发誓永不考科举，这让他感到非常的失望。
虽然他深知八股取士的荒谬和科举制度的积弊，但是儿子放弃科举不入仕途，这会引起官场间的轻视。既然谭嗣同不愿意再参加科举，就得想办法走其他的途径进入仕途。
在清朝想要进入官场的有三种主要途径：
第一就是通过科举考试进入官场，这叫正途，是当时最受人尊重的。
另外一种途径就是由捐钱而获得功名进入官场，这叫异途，人们对这种出身是看不起的。
还有一种就是靠军功人仕的。
谭继洵看到儿子不想走正途，军功人仕又不可能，只能走异途了。他花钱给谭嗣同捐了个候补知府的头衔，但是想要当正式知府，还要等待别人的位置空了才可以。
1896年，谭嗣同到南京充任候补知府，实是迫于父命。到达南京后，在官场上的所见所闻更令谭嗣同心灰意冷。所以在南京的那段为官时期，谭嗣同没有为官场做一件事。因为这一时期正值维新变法的低潮，谭嗣同除结交朋友外，埋头著书，写成了他最重要的著作《仁学》，完成了对自己思想的梳理和转变。
1897年11月，德国强占胶州湾，划山东为势力范围；俄国占领旅顺、大连，划东北为其势力范围。此后，英国强租新界，将长江流域划为自己的势力范围；法国强占广州湾，将广东、广西和云南划为自己的势力范围；日本也在这一时期将福建划为自己的势力范围。帝国主义在这一时期掀起了瓜分中国的狂潮，中国亡国灭种的危机形势再度严峻，全国要求维新变法的呼声再度高涨。
热衷维新变法，渴望经世救国的谭嗣同那颗炽热的报国之心被点燃，他激动、不安、悲愤而又焦灼。他给汪康年的信中说，想到时下之局势，心中惆怅痛苦，直想大哭一场。他在《湘报》上发表文章，沉痛地指出，中国时局已经到了不能再危险的程度，变法图治已经到了最必须的时候。中国目前不仅是藩属尽被剥夺，本土也已难保。
同一时期的康有为，作为提倡维新变法的领袖人物，深感时局的危急，在1897年冬天匆匆赶到北京，第四次给光绪皇帝上疏，请求光绪皇帝立即变法，挽救危亡。康有为在奏折中指出，各国报馆议论纷纷，都在谈论瓜分中国的事情。瓜分危机如箭在弦上，随时都有可能发生，目前国内一片混乱和惊慌，不法之徒蠢蠢欲动，暴乱随时可能发生。倘若不抓紧变法，改变局势，皇帝的地位不仅难保，恐怕到时想做一介平民都不能了。
康有为在他的奏折中提出了上、中、下三套变法方案：上策是效仿法国、俄国、日本的变法模式，也就是完全改变政治体制，把原来的君主专制制度变为君主立宪制，来解决目前的危机；中策是集中朝中有识之士出谋划策，进行变法；下策是听任各地的封疆大吏自行变法。对这三套变法方案的效果，康有为也作了说明，他认为能够实行上策，则中国可以富强；如果实行中策，中国还能维持现状；如果实行下策也不至于让中国彻底灭亡。总而言之，只有进行变法，才不至于亡国，如果不变法，则中国必亡无疑。
自登基以来一直处于无权地位的光绪皇帝事实上不甘心碌碌无为，更不甘心做一个亡国之君。康有为的奏折极大地刺激了光绪帝，他决心当家做主支持康有为进行变法，所以令王公大臣传召康有为到总理衙门问话。在问话的过程中，康有为与保守派展开了激烈的舌战，批驳了以荣禄为首的顽固派关于“祖宗之法不可变”的论调，同时批评了李鸿章维持现状的思想，并讲述了自己变法的措施和主张。他的言论得到光绪帝的老师翁同和的赏识。翁同和给光绪皇帝做了奏报和推荐，让康有为统筹全局，进行变法。
光绪帝的态度让沉寂了一段时间的北京城再度出现了维新变法的热潮，各地的维新人士也随之活跃起来。1898年春节的爆竹声迎来了维新变法的高潮。此时还身处南京官场的谭嗣同再也无法继续原来的生活，他要投身到轰轰烈烈的维新变法中去，要脱离死气沉沉、污秽不堪的官场。
此时的谭嗣同，思想上已经发生了剧变，不再屈服于父亲的命令和意愿，不再受伦理纲常的束缚。他要冲决网罗挽救民族危亡，致国家富强，出民众于水火，投身到维新变法的事业中。他萌生了辞官的想法，准备回到家乡湖南，到那里去从事一番轰轰烈烈的事业。