1864年11月8日，进行全国大选。当天午夜，虽然全部票数还没有统计完，但可以肯定林肯已经再次当选了。凌晨两点，林肯在陆军部门口对一群欢呼的人群发表了讲话。他说：“如果正像你们给予我们保证和现在看来可能会出现的情况那样，那么，我真诚地相信，即使这次选举的结果说不上是对国家的真正拯救，也将对国家有着长远的好处。……我不去指责反对我的任何人的动机。对我来说，战胜任何人并不是一种快事。然而，选举结果证明人民决心要站在自由政府和人类权利这一边。”
最终结果，林肯击败民主党候选人麦克累伦，再次当选为总统。格兰特认为，“对国家来说，这次胜利比战场上取得的一次胜利更有价值。”
11月10日晚，林肯在白宫的草坪上发表了演说，“长期以来一直存在着这样一个重大问题：如果一个政府对保障人民的权利拿不出十分强大的力量来，那么它在危急的关头是否能有足够强大的力量来维护其自身的存在呢？在这一点上，当前这场叛乱使我们的共和国经受了一次严峻的考验。……这次选举是必要的。不进行选举我们就不可能有自由的政府。如果这场叛乱能迫使我们提前或推迟全国大选的话，那完全可以断言，它已经征服和打垮我们了。……人们本性是不会改变的。当今后经历任何重大的民族考验时，那时的人们与经受这次考验的人们相比，他们中同样会有软弱的人和坚强的人；有愚蠢的人和聪明的人；有坏人和好人。……黄金诚然是宝贵的，但是，生气蓬勃、勇敢的爱国者却比黄金更为宝贵。……现在，在结束我的讲话时，请允许我请求你们，向我们英勇的陆海军士兵以及他们勇敢的、富有经验的指挥官们，由衷地欢呼三声吧。”
当时北部的土地上到处都是救死扶伤的医院，家家户户都在为自己战死的儿子哭泣，但人民依然选择了林肯，而选择了林肯，也就是选择了把战争继续进行到底的决心，选择了消灭奴隶制。事实已经证明或即将证明的是，这个怀有崇高目标和具有极其顽强精神的人，尽管有点不修边幅，甚至有时缺乏当机立断的才能，但他仍不失为这个处于生死存亡关头的国家的最好代言人，最重要的一点就是因为他的言行代表了人民的意愿和决心。在困难面前，需要的就是坚持，而坚持正是林肯的优秀品质之一。
远在欧洲的马克思代表第一国际**********给林肯发来了贺信。信中说：“如果说您在第一次当选时的适中的口号是反抗奴隶主的权势，那么您在第二次当选时的胜利的战斗口号则是‘消灭奴隶制！’自从巨大的搏斗在美国一展开，欧洲的工人就本能地感觉到他们阶级的命运是同星条旗连在一起的。”
1864年9月间，有人把一份请求书送到林肯的办公桌上。这是安德鲁州长替一个住在波士顿市的寡妇比克斯比夫人送来的。这个寡妇曾送了5个儿子参加联邦军，而且他们都在战斗中牺牲了。11月21日林肯写了一封慰问信。信中说：“我感到，对于你遭到如此巨大的损失而引起的深切悲痛来说，我的任何安慰话都只会是多么的软弱无力和毫无用处。但是，我仍禁不住要向你表示安慰，这是你可以从共和国对你的感谢中感受到的。你的儿子们就是为拯救共和国而捐躯的。”“我祈求我们的上帝减轻你失去爱子的痛苦，而留给你的只是对于他们的缅怀和神圣的自豪感。由于你在自由的祭坛上付出了如此昂贵的牺牲，因此，这种自豪感必定是属于你的。”这封信很简短，但是情真意切，动人心弦。报纸发表后在全国引起了反响。蕴含在这封信中的含意要比葛底斯堡演说还要深刻，即人类的自由常常是用极大的痛苦换来的。
1864年是决定性的一年。林肯第二次当选为总统时，奴隶制度在美国已是摇摇欲坠了。这时得到解放的黑人奴隶已达130万，也就是说每三个奴隶当中就有一个获得了自由。在战俘营，有个黑人卫兵突然看到他从前当奴隶时的主人，便禁不住高声喊道：“喂，老爷，倒过来啦！”
黑人奴隶确实得到了他们从前连想都不敢想的东西。但是他们的尊严只是在国家的战时政策上得到了确认，并未得到法律上的保障。1865年1月31日，在林肯的竭力推动下，国会通过了第十三条宪法修正案，规定“在合众国境内或受合众国管辖的任何地区内，除了惩罚已正式判决的罪犯外，不准有奴隶制度或强迫劳役存在。”消灭了奴隶制，也就是消灭了国家****和冲突的一个根源，“一切人生来平等”也从此变得名符其实了。
英名垂青史
1865年3月4日，林肯宣誓就职，连任美国总统。并发表了意味深长的第二次就职演说。4月9日李将军率部投降，不久，南、北卡罗来纳州的同盟军也全部投降。几周内，南北战争宣告结束。这是美国历史上划时代的大事，它是独立革命的延续与深入，为资本主义的发展开辟了广阔的道路，因而也被称为美国“第二次革命”。1918年8月20日列宁在《给美国工人的信》中曾高度评价这次战争，指出南北战争具有极大的、世界历史性的、进步的和革命的意义。他还在这封信中强调，“为了推翻黑奴制度，为了推翻奴隶主的政权，就是使全国多年进行国内战争，遭到同任何战争分不开的无穷的破坏、摧残和恐怖，也是值得的”。
北部的胜利维护了以联邦为形式的国家的统一。在战争期间，林肯还制定了新的关税法，设立了国家银行，鼓励移民，开始兴建横贯大陆的铁路等，这些民主改革措施，为工业的迅速发展铺平了道路，为20世纪90年代美国工业生产跃居世界第一位打下了基础。林肯感到禁止奴隶制度在宪法中尚无依据，担心根据《解放宣言》获得自由的黑奴会再次沦为奴隶，因此，他极力主张修改宪法。1865年1月，国会通过了《宪法第十三条修正案》。这是他对解放黑奴斗争的又一贡献。
在内战时期，林肯工作繁忙。为了整顿政府，他在1639名官员中，撤换了1457人。他处理问题秉公而坚定。例如，事实证明约翰·耶比尔是帮助“南部同盟”的间谍和海盗。在比尔被判死刑后，一大帮头面人物出来说情，他们通过总统的私交来影响总统，但结果还是失败了。
林肯对自己要求严格。有三次他站在旅馆阳台上检阅部队。突然大雨滂沱，士兵浑身湿透。站在他身边的人劝他进屋躲雨，他回答说：“既然士兵受得了，我想我也受得了。”1863年，他说服妻子让儿子罗伯特参军。他对妻子说：“玛丽，多少可怜的母亲已忍痛作出了牺牲，送走了她们的每一个儿子，而且永远失去了他们。”儿子参军后，他又写信给部队司令官要求不要让罗伯特当军官。作为总统，林肯年俸为25000美元，但是，他在四年中，用这笔钱购买了75000美元的国家公债券。
1864年11月8日，在尖锐的政治斗争形势下举行了四年一度的总统选举。由于北部转败为胜，以及左翼力量对全国联邦党（共和党人为了争取民主党人的支持而暂时改用的名称）的支持，林肯以压倒优势的票数击败了他的对手民主党的乔治·麦克莱伦而再度当选为美国总统。
南北战争期间，南部奴隶主放火烧毁种植园，使南部经济遭到严重破坏。战后，恢复经济成为全国最迫切的任务，林肯酝酿重建南部的计划。
1865年4月14日内阁会议结束之后，林肯为了缓解疲劳，同夫人前往华盛顿戏院观看三幕喜剧《我们的美国表亲》。晚上约10点半，正当演出达到高潮时，在内战中同情南方的名演员约翰·威尔基斯·布斯经过周密准备，右手持枪，左手持刀，潜至林肯包厢后面，一枪击中林肯后脑。林肯应声倒下，昏迷不醒，经过一夜抢救未能脱离危险，于1865年4月15日清晨逝世。
林肯逝世后，几乎所有的都市和乡村都响起了哀鸣的丧钟，处处都挂满了黑纱与黑色的饰物。沉浸在悲哀之中的人们从四面八方赶来瞻仰林肯的遗容。5月4日，林肯的灵柩由华盛顿送到他的家乡伊利诺斯州斯普林菲尔德的橡树岭公墓安葬。行进的路线正是四年零两个月前林肯赴任时所走过的，沿途各站站满了悲痛、哀悼的人群。人们将永远怀念他：他一生的生活及其意义和光辉。
全美国以至全世界在当时和以后都对林肯给予了高度的评价。有人说他是“历史的奇迹”，有人认为他是“新时代的国家统治者的楷模”。林肯的故事和传说开始在全世界广泛传播。俄国作家列夫·托尔斯泰说，林肯由于具有独特的精神力量和伟大的人格而成为世界人民心目中的传奇人物。“他的地位相当于音乐中的贝多芬，诗歌中的但丁，绘画中的拉斐尔和人生哲学中的基督。”
数以千计的评论一致认为，林肯本身体现了两种成果——解放和联邦，林肯所领导的这两个事业使这场战争最终取胜。这场战争还结出了另一个硕果——美国将屹立于世界强国之林。马克思认为，林肯“是一个不会被困难所吓倒，不会为成功所迷惑的人；他不屈不挠地迈向自己的伟大目标，而从不轻举妄动，他稳步向前，而从不后退；他既不因人民的热烈拥护而冲昏头脑，也不因人民的情绪低落而灰心丧气；他用仁慈心灵的光辉缓和严峻的行动，用幽默的微笑照亮为热情所蒙蔽的事态；他谦虚地、质朴地进行自己宏伟的工作，决不像那些天生的统治者们那样做一点点小事就大吹大擂。总之，他是一位达到了伟大境界而仍然保持自己优良品质的罕有的人物。这位出类拔萃和道德高尚的人竟是那样谦虚，以致只有在他成为殉难者倒下之后，全世界才发现他是一位英雄。”