这段时间内，邓肯除了演出外，大多数时间在工作室里潜心探索着她的舞蹈理论。邓肯的舞蹈理论虽然很难用语言表达出来，但当她在舞蹈训练班里，面对最幼小、最无知的孩子们：用你的心灵来聆听音乐。现在，你一边聆听，一边是不是感受到有一个内在的自我在你的内心深处觉醒？——正是由于它的力量，你才昂首举臂，你才缓缓走向脚灯——她们都能领会。这种觉醒就是邓肯所设想的舞蹈的第一步。
在邓肯研究和总结自己的舞蹈理论的时候，母亲不知疲倦地帮助她，鼓励她，为她一遍又一遍地弹奏《奥菲乌斯》的整个钢琴曲，直到窗户上曙光闪耀。工作室的窗户很高，覆盖着整个天花板，没有窗帘——因此母亲一抬头总是能看到天空、月亮、星星——有时大雨倾盆而下，雨水的细流就淌到地板上。到了冬天，朔风凛冽，冷得可怕，而夏天则闷热得像蒸笼一样。全家人在这样的工作室里生活，其困难可想而知；邓肯在这样的工作室研究，困难可想而知；母亲在这样的工作室里为儿女服务，其刻苦耐劳、自我牺牲的精神可想而知。
除了潜心感悟外，邓肯还求助于图书馆。那里的管理员对她的研究工作非常关心，不管什么样的书籍，只要是关于舞蹈的，关于希腊音乐和戏剧艺术的，都搬出来让她随意选用。邓肯聚精会神地阅读上自古埃及，下至当代的一切有关舞蹈艺术的书籍，边读边记。在阅读中，她发现自己能够求教的大师只有三人——卢梭、惠特曼和尼采。
在巴黎，邓肯全家的经济状况很不宽裕，无论是王公贵族们的赏识，或是邓肯本人名声的与日俱增，都不能解决温饱问题。但邓肯抵制住了金钱的诱惑，潜心于她的舞蹈理论。
玫瑰正红
一天，美国现代舞的另一位奠基人洛伊·富勒找到了邓肯的工作室。她是开创舞台艺术光色变化的先驱，正经营着日本舞蹈家贞八重子的演出，准备去柏林。柏林并没有好消息等待着她。
贞八重子的演出也许是曲高和寡，富勒遭到了惨败。邓肯呆不下去，只好转道布达佩斯，找一位邂逅过的匈牙利剧场经理亚历山大·格罗斯。
于是，邓肯有了第一次在剧场为观众献舞的机会。合同一签就是30个晚上。
果然，30个晚上，场场爆满。
格罗斯带她去市面上的一些小餐馆进餐。在那里，可以听到吉卜赛人美妙的演奏。踢踏的快板，含有飞扬尘土的乐曲，让人联想到马车团队和林荫大道的天籁。邓肯尝试着把吉卜赛管弦乐队搬上舞台，为她伴奏。这种长期以来为贵族们嗤之以鼻的下里巴人的音乐一登上大雅之堂，即以其无拘无束的形体语言和奔放浏亮的音乐表现风靡全城。邓肯也常常陷入那种充满渴望与动荡不安的旋律里不能自拔，她就是从那时起开始穿上红色舞衣。
因为，红色象征着火一般的热情和不屈的意志。
在匈牙利，伊莎多拉·邓肯的名字简直有了魔力。
到匈牙利后不久，邓肯便陷入了情网之中，不能自拔。她和青年演员赫曼·巴尔爱恋着一段时间，但赫曼·巴尔很快就移情别恋，使得邓肯非常伤感，大病一场之后，吸取了惨痛的教训，邓肯发誓再不背弃艺术去追求爱情。邓肯把烦恼、痛苦和爱情的幻灭都转化为艺术，把伊菲吉尼娅在祭坛上跟生命告别的故事编成舞蹈。为减轻邓肯的悲伤，这时格罗斯又安排邓肯到慕尼黑去巡回演出。
在德国演出期间，邓肯开始学习德语，并阅读叔本华和康德的原著，以便丰富自己的舞蹈理论基础，进而从中找到灵感的启迪。
在柏林演出成功后，邓肯的弟弟雷蒙德也从美国来到了德国。姐弟团聚后，兴奋不已，他们提出了孕育已久的计划——去朝拜最神圣的艺术圣地——雅典。于是经过一个短短的柏林演出季节后，他们不顾经理人格罗斯的恳求和惋惜，坚持离开了德国，全家人登上了去意大利的火车，经过威尼斯，前往雅典。
在雅典，邓肯希望恢复原来的希腊合唱队，为此，她组织并选拔了10个全雅典声音最美的男孩组成一个合唱队，并进行了多次演出，最后以失败而告终。在雅典，邓肯对梦想已久的创办舞蹈学校的欲望再一次被激发出来。这对以后她创办舞蹈学校有了思想和理论基础。
雅典失败后，邓肯不得不重新回到德国旅行演出。
1905年，邓肯第一次去了俄国。
在圣彼得堡演出一个星期以后，邓肯到了莫斯科。这里的观众不像圣彼得堡的观众那样热情，但她的舞蹈却在斯坦尼斯拉夫斯基的剧院引起巨大反响。
在访问莫斯科之后，邓肯在基辅作了短暂停留。一群群学生站在剧院门口的公共广场上拦住她，热情地请求她在广场上举行一次表演，让他们这些买不起票的穷学生一饱眼福。于是邓肯在雪橇上站起来向他们讲话。她说：“如果我的艺术能够鼓舞俄国的青年知识界，那我将是何等自豪和高兴，因为世界上没有一个国家的学生能像俄国学生那样关心理想和艺术。”
邓肯对俄罗斯的第一次访问，由于不得不履行原有访问柏林的约定而中断。临走以前，她签订了春天再来演出的合同。尽管这次演出时间较短，但给邓肯留下了极为深刻的印象。围绕着她的理想发生了不少争论，有赞成的，有反对的。在狂热的芭蕾舞迷和热心邓肯艺术的人之间真像是进行了一次决斗。也正是从邓肯在俄罗斯访问演出之后，俄国芭蕾舞开始采用肖邦和舒曼的音乐，穿古希腊服装。某些芭蕾舞演员甚至走得更远——脱下了她们的舞鞋和舞袜。
舞蹈学校
回到柏林，在莫斯科皇家舞蹈学校见到的情景依然历历在目。邓肯决意马上创办一所学校。再也不能拖延了！
她和姐姐伊丽莎白在格吕内瓦尔德的陶登大街买了一栋新落成的别墅，又订购了40张小床加上布帐。学校就有了。
布置好学校后，在夜深人静的夜晚，邓肯开始为学生们备课，她写出了自己对练习体操和舞蹈的基本设想。
舞蹈讲究和谐的境界。为了达到这一和谐的境界，学生们必须每天做些按照一个目标选编出来的练习。而这些练习则一定要设计得与他们内心的愿望相吻合，使他们能够情绪饱满，非常热心地去完成它们，而不是感到枯燥乏味。每个练习不仅应该是达到某一目的的手段，而且本身也是目的，这一目的就是使生活日趋完美和幸福。这些练习就其本质来说乃是按照身体发育的每一种状态，把它变成尽可能完善的工具。变成一种用以表达和谐，并与自然融为一体的工具。这些练习开始是训练肌肉的简单体操动作，其目的是获得肌肉的柔软灵活和刚健有力。只有经过这些体操练习之后，才可以开始学习舞蹈。
邓肯认为体操是一切形体训练的基础。体操教师的责任就是循序渐进地引导身体的发育，并挖掘和发挥身体的有生力量，促使身体最充分地发育。身体和谐发育到最大限度，舞蹈精神才能进入身体之中。体操能手和舞蹈演员的区别在于：体操能手对身体的动作和素养的训练本身就是目的，而舞蹈演员对身体的动作和素养的训练只是一种手段，演员们只有把身体忘掉，把它看成是一个已经和谐、而且调理得恰到好处的乐器。身体的动作不像体操那样仅仅表现身体的动作，只有这样，舞蹈演员才能通过身体表现心灵的情感和思想，从而产生优美和谐的舞蹈。邓肯认为学习舞蹈的第一步是学会有节奏的简单步伐行进——合着简单的节奏缓缓移动，再按照比较复杂的节奏快速走步或行进，然后才是跑步，先是慢跑，最后是在节奏的某一段中慢慢地跳。通过这样一些练习，人们可以学习乐音音阶的音符，学生们则可以学习动作音阶的音符。因此，这些音符可以代表最不相同、最微妙的结构的和谐。然而，这些练习只是她们学习的一部分。在运动时，在操场上，在森林里散步时，孩子们穿着宽大雅致的薄纱舞衣，无拘无束地跳和跑，直到他们学会轻快自如地用动作来表达自己的感情，正如别人用讲演和歌唱来表达自己的感情一样。
邓肯还认为学生们的学习和观察，应不局限于艺术的某种形式，应提倡多种方式，而首先是从自然界各种运动出发的。风吹云朵，树木摇曳，禽鸟飞翔，树叶飘落，这些现象都应该对他们有特殊的意义。他们必须学会观察每一运动特有的性质，都要在自己的灵魂中感觉到一种对别人来说是无法理解的秘密的媒介物，引导他们进入大自然的奥秘。因为他们身体的各个部分已受训练，柔软灵活，能与大自然的旋律相呼应。同它一起歌唱。