到了1789年，贝多芬通过很多方式广结贵族及社会地位崇高的家庭，他希望擢升自己地位的欲望开始在许多方面萌动出来。该年年底时，他成为一家之主，得以将他父亲一半的薪俸加到自己的薪俸上。此时约翰已是风烛残年，加之继续酗酒，贝多芬时常要从警方手中把他领回来，因此宫廷方面解除他的职务在所难免。除在管弦乐团演奏或履行其他的宫廷义务之外，贝多芬利用一切时间作曲。在1790年，他写了两首康塔塔，一首纪念约瑟夫二世溘然长逝，另一首则是为利奥波德二世即位所写。他还依据美因兹选帝侯宫廷乐长黎基尼的主题，写了一组24首的变奏曲，献给哈兹费尔德女伯爵。接着在1791年3月6日嘉年华会的星期天，表演了一曲骑士芭蕾，这是描述“古代日耳曼人喜爱征战、狩猎、爱情与饮酒”的假面哑剧，但属佚名之作。其他的作品包括歌曲、钢琴及室内乐。草稿簿（贝多芬早在当时便已使用草稿簿）上记载着一首小提琴协奏曲和双簧管协奏曲的构想。另外记录他很早就想写作的一些大型作品，比如C小调交响曲早在1788年至1789年便已开始构思。
至于出版物，哥兹于1791年8月在《维也纳日报》发表《黎基尼》变奏曲。斯特克尔神父是当时盛名的键盘乐手之一，他看到了这首变奏曲。大约一个月后与贝多芬见面时，便怀疑这位年轻的作曲家是否真的能够弹奏这些曲子。贝多芬面对这种诘难，以他惯有的桀骜不驯的态度，不但尽可能凭记忆弹奏这些变奏曲（因为斯特克尔找不到谱），而且还完美地弹了其他同样难度的曲子，令听众大感意外，而且他在演奏的气势上和斯特克尔一样迷人。
不久之后，贝多芬以宫廷管弦乐团的团员身份沿着他最喜爱的莱茵河旅行，前往摩根特姆，马克西米利安·弗朗茨在此担任条顿骑士团的最高长官，举行骑士与司令的会议。
第五届戏剧季在10月份开始，也是贝多芬在选帝侯管弦乐团演奏的最后一季。然而旧日秩序发生了变化，气氛比较紧张，失去了往日的轻松欢乐。对法战争打了一段时间后，美因兹和莱茵河左岸失陷，波恩街头挤满了难民和葬礼行列，有钱人家被迫收拾细软，急忙撤离，贝多芬去维也纳投靠海顿，时为1792年11月2日，从此告别了波恩。
多产年代
自1792年11月2日，贝多芬离开波恩前往维也纳后，便一去不复返，再没回来过。
为了适应维也纳的新生活，他分秒必争。当时的维也纳似乎就是欧洲的心脏，富丽辉煌，如磁石般吸引着才子和名流。这位身形矮胖，衣衫褴褛的年轻人买了几身新衣服，花钱精打细算。他还去上舞蹈课，可他从没在舞池里成功过。
可是，他到达维也纳后没多久，就收到一封信，说他父亲去世了。这是一段悲伤又令人忧虑的时光。他担心父亲死后，他那笔抚养孩子的养老金也将付之东流。贝多芬马上写信给选帝侯，结果令他宽慰的是这笔钱不但不会停发，而且还要增加—倍。可见，选帝侯还在期待他能返回波恩。虽然他的音乐当时还不很受听众接纳，《维也纳日报》仍然报导“著名的贝多芬获得大众衷心的赞赏”。
次日还有另一次慈善演出，这次贝多芬即席演奏，他长期沉浸在这项艺术中，颇见他的艺术功力。三重奏代表着卓越的成就，1795年的夏天由阿塔利亚出版，预约名单达123人。正如罗宾斯·兰登所说，这名单囊括奥匈贵族精华，这些人都在贝多芬的生涯中起过重要的作用。结果共计卖出241份，贝多芬获益不少。在他来自波恩的经济援助停止之后，赞助人之一的李希诺夫斯基亲王帮了不少忙，使他脱离经济窘境，并不断给他鼓励使贝多芬获得一种安全感。就目前所知，他并没有要求贝多芬承担什么义务。1794年，拿破仑率领的法国军队横扫欧洲。科隆的选帝侯——贝多芬昔日的雇主被赶出波恩。他和贝多芬的许多老朋友——法兰兹·魏格勒，瓦尔德斯特伯爵，史蒂芬·冯·布朗宁等都定居维也纳。
1795年，二十四岁的贝多芬第一次公开露面，这与以往在宫廷或私宅里举办的音乐会大相径庭。面对观众，他的反应可能有些局促不安，听说他在音乐会结束时站了起来，大喊大叫并爆发出大笑。谁知观众们对此却泰然处之，认为这不过是艺术家的气质和风度而已。
同年，他发表了他的作品1号——三首钢琴三重奏曲。紧张而忙碌的一年即将结束，贝多芬最终获得了公众的认可。
贝多芬的作品独特、具感召力、令人震惊。他堪称是一位深受欢迎的钢琴家。1796年他两次到布拉格、德累斯顿、柏林和匈牙利巡回演出。
可在他周围——争夺欧洲的战争还在继续，拿破仑率领的军队所向披靡。1797年，奥地利被迫与法国签定和平条约。从此贝多芬和他的许多朋友一样，不再把拿破仑视为敌人，而视他为一个把欧洲从保守、狭隘的道路上解救出来，并给他们带来新的自由和希望的英雄。
1797年，二十六岁的贝多芬染上了一种很危险的病，叫斑疹伤寒。不但发高烧，还神志不清，胡言乱语，这病影响着他的一生——但只要他感觉好些，他就会重新回到紧张的教课、音乐会和作曲生活中。他需要为音乐工作，他还需要收入。
1797年贝多芬有更多的作品问世：两首大提琴奏鸣曲于2月出版，加上歌曲《阿黛莱德》。同年10月有羽管键琴或钢琴的大奏鸣曲，献给巴贝提·冯·克格勒维兹伯爵夫人，此曲表现独特，以其古典主义色彩以及更前卫的持续音部分著称。贝多芬教女伯爵弹钢琴，根据她侄子描述，贝多芬“习惯奇特，其中之一是因为他住在她对门，居然穿着睡衣、拖鞋、睡帽就来授课”。1796年9月23日保罗·瓦尼兹基的芭雷舞剧《林中少女》在肯特纳门剧院上演，贝多芬以其中的俄罗斯舞曲谱成变奏曲，大受欢迎。这些变奏曲是献给安娜·玛格丽特·布朗伯爵夫人的，她是最早订购钢琴三重奏的人之一。
1797年有两场音乐会。4月6日星期四，包括舒帕契赫在内演奏贝多芬钢琴及管乐五重奏，这首作品师法莫扎特，献给贝多芬另一名早期的赞助人约瑟夫。史瓦森伯格亲王，玛格达莲娜·威尔曼在这场音乐会中独唱。她是贝多芬在波恩的故交，贝多芬可能向她求过婚，不过被拒绝了，原因是贝多芬长得丑陋，还有那不拘小节的性格。11月再度演出他于1795年完成的迷人的舞曲，这又是一项成就。
1798年是高潮迭起的一年，3月39日贝多芬及舒帕契赫再度参加慈善音乐会，演出贝多芬尚未完成的小提琴奏鸣曲中的一部分（这作品到1798年底发表，阿塔利亚注明是献给萨利里的）。那个年代里，音乐家一般只在私人沙龙而很少在公众场合演出，因此这种演出自然不比寻常。
交响回旋
1800年4月2日，贝多芬的第一次个人音乐会上，他公开献上了自己的第一交响曲。当时他才二十九岁。
对贝多芬来说，这一年是他最忙的一年。他发表了第一交响曲，独奏奏鸣曲，几篇钢琴小品，一首圆号奏鸣曲，六首弦乐四重奏曲，一首七重奏曲和三首协奏曲。而贝多芬自己特别喜欢他的第22号奏鸣曲。
另外，他还受托为芭蕾舞剧《普罗米修斯》写曲，他以前没有为舞台剧写曲的经验。这个剧一年内演了二十三场，这在当时那个时代可是个了不起的数字。亲王李赫诺夫斯基从此每年付给贝多芬一大笔钱，但它并不是贝多芬的唯一收入来源。他还通过作曲、举办音乐会和教学生来挣钱。他虽然获得很大成功，但情绪始终不稳定，时好时坏，性格怪怪的。
甚至在李赫诺夫斯基举办的家庭音乐会上，贝多芬都要在进门前把“头伸进去看看有没有他不喜欢的人”，否则不进门。其他作曲家在这样的场合都会穿着优雅，贝多芬却“衣冠不整，头发乱蓬蓬地披在脸上。”据说他说话时乡音很重，而且举止粗野、傲慢——不错，如果他不情愿时，便拒绝钢琴演奏。
虽然贝多芬体格健壮，骨架子大，肌肉发达，但多年来，他一直被反复发作的胃病折磨，体力逐渐不支，影响了工作。那时没人懂得这些，但这很可能影响了他体内维他命和蛋白质的吸收，从而加重了他的动脉疾病。
就在他经受反复发作的病痛折磨时，更严重的问题发生了。他开始注意到自己的听力在衰退。贝多芬变得越来越焦虑，他认为自己的耳聋多多少少和他的胃病有关，很可能是这样。可他的胃病治愈之后，他的听力却愈发差了，这时他害怕起来。
对于他这样一个声音比任何事物都重要的人来说，即将面临的却是一个永久寂静孤独的世界，这多么可怕啊！
名医法兰兹·魏格勒是贝多芬在波恩时的朋友。他不遗余力地帮助贝多芬，建议专家为他会诊。可是到了1801年，贝多芬的听力更差了。7月里，贝多芬告诉魏格勒说他的耳朵“嗡嗡作响，日夜不停”。人们正常的谈话声他几乎听不清，可人们朝他大喊又令他痛苦，忍无可忍。他求魏格勒替他保守秘密，不要把耳聋的事告诉别人——以免别人取笑他。