秋天来临的时候，忽必烈皇帝带着马可他们一起迁回了南边的大都（即今天的北京）。大都比上都更雄伟更壮丽，世界上的任何一个首都都没法和元朝的大都相比。
在忽必烈皇帝过寿的那一天，马可和爸爸、叔叔都被赐予了描着图腾的官服，这预示着他们也在元朝享受了官员的待遇。
马可在皇宫里亲眼看到了忽必烈皇帝赏赐手下文武百官的场面。那场面才真叫宏伟呢！皇帝把无数的金银财宝、绸缎贡品赏赐给贵族、将军和侍臣们，一点儿都不心疼。这要放在欧洲，无论哪个国王都不敢这么做，他们简直与忽必烈皇帝没法比。马可心里说。
就这样，马可他们留在了忽必烈皇帝的身边，住了下来。
忽必烈通过多次对马可进行观察，他发觉马可·波罗是个品行端正、有勇有谋的人才，而且是个让人信赖的人。忽必烈决定让马可以游者的身份到全国明察暗访，以摸清国情。
马可高兴地听从忽必烈的命令，带了几个随从就上路了。
出京城往南约十七八里有一条河，叫芦沟河。马可带着人来到这条河的时候，被河上架设的一座石头桥深深地吸引住了。
这座桥由大理石砌成，桥面非常宽，可以容几辆车同时并进。这座桥尤为引人注目的是桥两侧的石柱上，雕刻着数不清的石狮子。这些石狮子神态各异，大小不同，塑造得活灵活现。
马可在这座桥边观察了很长时间。他深深地惊诧于中国人的创造力，他为中国人高超的雕刻艺术陶醉了。这简直是世界上的一大奇迹。
（马可在他著述的《东方见闻录》里记述了此桥。欧洲人为纪念马可的功绩，把该桥叫做“马可·波罗桥”。但是这座桥有它自己的中国名字——芦沟桥，而且经过专家们详细研究，知道这座芦沟桥上千姿百态的石狮子共有485个。）
越过芦沟桥，马可·波罗又先后游历了太原和平阳，然后渡过黄河到了古都西安。
在西安，马可也游历了中国历代的古建筑和西安优美的风光。同时他还看到了老百姓安居乐业的生活。
之后，马可又巡游了成都、昆明和大理等城市，然后一路向西，走入了西藏。
从成都往西藏，山高路远，荆棘丛生，异常难走。而且常有狼虫虎豹出没，走路要特别小心。最危险的是夜晚，若宿在野外，就要防止野兽的袭击。马可在跟随父亲来中国的途中，学到了用篝火预防野兽袭击的办法。这次，他也如法炮制，点起了熊熊的篝火。火焰跳跃着，火光照亮了周围很大的一块地方。马可觉得这样就可以放心了。没有料到的是亮亮的火光，却招来了狮子的怒吼和熊的咆哮。马可他们机智地躲开了凶猛的野兽。
平常的方法用不上，这使马可有些发愁。马可在行进途中，曾遇到牧民，他向牧民讨教了对付狮子的办法。他们随身带上了许多竹子。晚上休息的时候，他们就把竹子扔到火堆里，或用火烤竹子。竹子立刻就发出噼哩啪啦的声响。这一下可好了，再凶猛的野兽也只能躲得远远的，不敢靠近他们。
马可经过四个月的明察暗访，了解到元朝西南方向的许多风土人情和人们的生活状况。马可把了解到的事情都做了详细的记录。回到大都以后，他如实地把自己的所见所闻向忽必烈皇帝做了汇报。
等马可讲完，忽必烈拍了拍手，一名内侍捧来一个托盘，上面金光闪闪，马可不敢细看。“马可，为了褒奖你的勇敢，朕特赐你一套子孙服。”
此后，马可越来越受到忽必烈的赏识，并且经常作为皇帝的使者到元朝各个地方去视察。
由于忽必烈对马可的信任，他交给他一个使命。对马可来说，这可真算是一个美差。他奉命要到南方去进行一次调查，去了解南方的生产、工业及农业的生产能力概况。
这时，南宋遗臣吴生，这位含蓄而博学的老人已成了马可的私人助手，他们带着一支强有力的护送队启程了。
因为要走遍南方地区要花上许多年，马可就决定考察东部地区。他们向东南方向出发，从汗八里（即大都）到了卡拉莫伦大河——汉人称为黄河——最后渡过黄河，到了江南的淮安洲。这是一个繁荣的海港和贸易中心。是早年宋元的边界，再向前就进入了富丽的蛮子省了。这一带，战争的影响似乎没有全部消除，不时可见一批批全副武装的军队守卫着道道关卡要塞。马可沿宝应、高邮、通州、真州，直抵商业城市扬州。也许是因为前两年战线推进很快，也许是因为南宋放弃抵抗，越向前，城镇保存得越加完好，尤其是扬州城，由于全国的统一，反而更为繁盛。真是天下三分明月夜，二分无赖是扬州。
马可第一次看到了长江，从前，他看到过底韬里斯河，看到过黄河，看到过许多河流，但从没有看见过一条江的江面有八里宽。
它真像大海。江面的水路交通十分拥挤繁忙，有些帆船也是他们有生以来看到的最大的船只。在东面的河港真州，马可数了一下，这一天当中就有5000只船在港口停泊，装卸货物。有一个水上官吏告诉他，这儿每年有20多万只船往上游行驶。
扬子江，是中国的主要水上商业通道，被称为长江。马可亲自做了核实。长江长3500多里，发源于神秘的吐蕃雪山，汇合700多个支流，流经16个省份，两岸有200多个城市。它浩浩荡荡，向东流去，是上天赐予中国的最珍贵的礼物。它还有一个特点也极其珍贵，那就是常年刮着逆风，船可以借风力逆流而上。
马可接着又花了三个月时间，勘测南京和襄阳府到重庆长江中游这一带工业中心。重庆上游的长江称为金沙江，淤泥中盛产金沙。马可在重庆坐船顺流而下，穿过了两岸高耸入云，史前时期就已存在的峡谷。两岸有神龛古庙，栖于悬崖绝壁之上。可爱而富于蛮荒气息的自然景色，宏伟壮观，深深印入马可的脑际，使他不能忘怀。
他乘船行驶了30天之后，又到了开阔的长江下游地区。他们一行下了船，骑马往南，到了贸易中心的镇江府。从这里，取道于因盛产丝绸和生姜而驰名的美丽城市苏州，最后到达南宋的京城，汉人称为杭州的地方。苏州的意思是“地上之城”，而杭州却有“天国之城”之称。博学的吴生告诉马可说，这名字不是随便取的。同样，马可也认为的确到了天堂，他足迹遍天涯，其后数年间，他多次访问过杭州，但他始终对“天、地”之称号深表赞同。
多少世纪以来，杭州就是江南的首府。它位于广阔的长江和巨大的淡水湖之间。因为杭州是和印度、阿拉伯进行贸易的首屈一指的中心，所以，从珠宝、酒类、时装到波斯地毯和舶来香料等，所有的东方财富全都在这儿陈列着。满面胡须和缠着头巾的商船船长到处可见。
杭州城为宋朝所建。宋人富有文化教养，爱好游乐。市内建有许多宏伟的府邸和宫殿，书院，庙宇，和一些公共建筑。
六月的西湖，山色叠翠，水光潋滟。他们顶着倾盆大雨在一艘画舫里，倘徉在接天莲叶无穷碧的荷海中。推窗远望，把酒临风，环湖瑰丽的宫殿、寺庙和亭台楼阁尽收眼底，湖上三三两两的画舫载着游湖行乐的人们穿梭往来，此情此景，怎不令马可心旷神怡，醺醺欲醉。
时光飞逝，转眼间马可在杭州已住了十几天了。这天，总管派人告总诉他，大汗前来检查赋税的钦差大臣已到，请他一同前往衙门一叙。
杭州的官员逐一向钦差大臣禀报了一年来的赋税征收情况，钦差大臣边听边不时地翻阅呈交给他的各类帐册。
市舶司官员开始禀报关税情况，接着又是盐税、农产税、粮赋等等，一天核对下来，马可发现，除了年收入640万德克（金币名）以外，杭州的其他收入竟然高达1680万德克。这天文数字令马可目瞪口呆，他简直不敢想像大汗有多少财富。同时，马可也发现市舶对商船的什一税比较稳定外，其余虽有标准，但执行起来随意性很大，于是他准备回大都后建议大都制定合理的标准，参照南宋朝廷的档案，这样既使百姓安居乐业，而赋税又可以得到保证。
杭州视察结束后，马可一行骑马向东南方行进，经过衢州、福州，到达重要的商港泉州。与历史文化名城杭州相比，泉州是地地道道的商业世界。街道两旁满是茂盛的刺桐树，花开时节，如火一般的刺桐花将全城染成一片红色的世界。
印度的香料、宝石，波斯的地毯、银器……泉州就像一个巨大的商品博览会。来自海外的商人汇集于此，交换或购买各自的商品。港湾内，桅杆如林；码头上，货物堆积如山。市舶司的官吏们每天都忙得焦头烂额。马可对泉州最深的印象，就是整座城市像大汗的聚宝盆，说它日进斗金绝不夸张。
考虑到东南沿海似有残余的南宋军队在活动，马可准备在泉州结束这次的使命。他告别了热情相送的泉州各官员，带着三名随从匆匆北返。
1282年，忽必烈的十二宠臣之一阿哈马遇刺身亡。
这次事件平息后，忽必烈经过仔细的调查研究，发现自己宠爱的大臣阿哈马原来是个欺下瞒上，侍弄专权的奸佞小人。阿哈马背着忽必烈对百姓横征暴敛，积攒了无数的财富，却置百姓于水火而不顾，使百姓处于饥馑之中。然而他在忽必烈面前，却百般献媚讨好，而且屡进谗言，搬弄是非，消除异己，并任用心腹之人，结党营私。
忽必烈知道了阿哈马的为人之后，非常后悔自己重用外邦之人，弄得朝政腐败。由于一时激忿，忽必烈下令处死阿哈马家族所有的人，并且对外帮之人逐渐变得不信任了。
马可基于忽必烈皇帝的这种态度，感到自己的处境也令人担忧了。
由于马可平时为人谨慎，处事圆滑，并没有被人抓住什么把柄。虽然如此，从皇帝忽必烈对待他们的态度也可以看出，忽必烈对待马可他们冷淡了许多。出于对马可卓越才能的欣赏，忽必烈让马可当了管理扬州的官员。
扬州地区生产出的财富是惊人的。然而，对大部分老百姓却无利可言。财富都直接进入可汗的国库或落入蒙古贵族手中。他们拥有许多工场和巨大的庄园。中国是统一了，但江南并未得到治理，而是作为奴役劳动力的来源，单纯被剥削着。
有一件事一直在马可的脑际萦绕着。他和马窦有一次站在港口上，看到一条货船装载大米。农民们爬上一根竹子搭的跳板，把背的大米，从袋中倒进船头很高的船舱里面。他们劳动的样子，就像辛勤的蚂蚁，排成连绵不断的行列。可汗的卫兵在监视着他们。没有暴力行动，只有无尽无休的苦役。有一个农民倒空了米袋，又从跳板上走下来。当他到了河岸边时，一个卫兵拦住了他，拿过那个空瘪的米袋，又倒了一遍。有一些米粒掉在地上。那个卫兵二话没说，打着手势，就有另一个卫兵走了过来。他们两人用长矛推戳着那个农民，把他赶进了竹林中，毫不留情地将他痛打起来。理由是，他很可能一直在计划着要藏起一些大米。那个农民默不做声。马窦这时不得不拖住他，马可才没有去干涉。
自此以后，每当马可想起那个农民，他就记起了他在蒙古人统治江南这个过程中所起的作用。他对自己过去的作为，越来越感觉不到有什么可以值得自豪的了。
此外，由于蒙古人怀疑汉人文职官员是暗地组织反抗势力的中坚，所以把他们统统黜退了。有许多本应由他们来完成的工作，现在都落在马可身上，加上还要接受诉讼，进行仲裁，做出奖赏、赈济和惩办的决定，他实在太忙太累了。但无意中他却卷入了上面提到过的“政治刺杀事件”。
这期间，由于忽必烈的重臣阿哈马被刺事件的原因，他还是受到了影响。这时节，汗八里成了死亡的都城。忽必烈的另一个重臣八思巴被授权执行对这一事件的野蛮的镇压政策。马可的几个朋友都被斩首了。他不断地恳求八思巴帮助，但是八思巴总是反复地回答他：“我没有别的办法。我必须服从大汗的旨意。他没有因为你跟刺杀阿哈马的人关系不错而惩罚你，你足够幸运的了。”
1281年，马可又领到了命令。这时，他除了服从，别无选择。
大汗命令他率领帝国使出使印度和锡兰。
马可拜别了大汗，辞别了父亲和叔叔，匆匆南下，于1289年春率领一个小小的船队悄然出航了。
此次出使东南亚，他还是很有兴趣的，因为可以全面领略一下这条航线。上次来元朝时，没有从忽里模子坐船，对他一直是个遗憾。虽然这次航程可能只会到印度，但毕竟最艰险的路就是这一段。
海蓝蓝，宁静而温柔。春风吹送着他们飞快地向南方驶去。
马可一行一帆风顺就到了印度大陆的东南端马八儿王国。马八儿的珍珠宝石、炎热的气候、狂热的宗教信徒和复杂的宗教仪式都让马可难以忘怀。当然，他和察罕不会放弃这次良机，每个人的囊中都装了不少马八儿的珍珠。
在马可儿时，马可还专程去玛德拉斯城瞻仰了圣托马斯墓。圣托马斯是耶稣的十二门徒之一，公元一世纪时，他从巴勒斯坦出发到东方传教，最后被人误杀，死在马八儿。作为罗马教皇使节的马可自然不会放过这次千载难逢的机会。
马八儿国王拒绝向忽必烈献贡，但又很担心，不想冒犯这样一个强大的君主。他发誓要和元帝国签订永久友好条约，给马可的船装上了大量珍珠和稀有的布匹。
马可感到满意后，就动身北行，到达孀妇女王黛维统治的默感菲里王国。自从她所崇拜的丈夫死后，她拒绝再婚。由于她以公正平等治国安邦，政绩斐然，成了有名的女王。她也发誓要和忽必烈修好，赠送给他一大箱子从葛康达矿采来的华丽钻石。