在《悲剧的诞生》中，尼采将日神与酒神的美进行对比又对等视之。“像玫瑰花从有刺的灌木丛里生长开放一样”，希腊民族如此敏感，欲望又如此强烈，因而特别容易痛苦，酒神的护伴西勒诺斯对找寻世间最好的东西的国王说，那最好的东西是世间众生根本得不到的，这就是“不要降生，不要存在，成为虚无”，而次好的就是“尽快去死”。因此，唯有在日神精神的明丽阳光下，人才会渴望生存下去，像荷马的英雄一样悲叹与生命的分离。静穆柔和的梦境，时刻保持着美丽光辉的尊严，日神本身被看作个体化原理的神圣形象，他的表情和目光向人们表现着外在的全部喜悦、智慧及美丽。日神文化体现为希腊的史诗、雕刻和绘画艺术，这完美的静观世界诞生于苍茫的宇宙，升起了一个幻觉般的新的世界，“它闪闪发光地飘浮在最纯净的幸福之中，飘浮在没有痛苦的、远看一片光明的静观之中”。
《悲剧的诞生》是尼采对古籍深入钻研后的一部学术著作，文学味十足，毫无学究气息，其想象力与洞察力被20世纪英国古典主义学者称为“整整一代的学术所望尘莫及之作”。然而当时一般古典学者对此书都表现冷淡，其中第二部分大谈悲剧的重生与瓦格纳的音乐，招来许多人不满，标新立异、才高招嫉的现象再一次出现于尼采身上。一时间，他陷于孤立被动的局面，虽然有朋友为他出面辩护，哲学界却敌意难消，尼采的学生甚至也被动员不来上课。表现最兴奋的则是瓦格纳自己，尼采把艺术的理想寄托在他的身上，认为他的歌剧是德国文化的希望，《悲剧的诞生》的现实意义即在于此，所以，瓦格纳在看到这部书后，在给尼采的信中高度评价这部书：“我从来没有读过一本像这样好的书，简直伟大极了！”
在《悲剧的诞生》的基础上，循着对于科学和知识问题的思路，尼采深入探讨了哲学的功能、性质和特点。
尼采认为，哲学的主要功能就是对知识冲动进行约束和控制。自苏格拉底以来，人类求知的欲望形成了一股狂潮，知识被滥用为可以解决一切、压倒一切的东西，由此给人类带来错觉和灾难。科学不惜任何代价冲向一切可认识之物，而哲学思维总是立足于对事物本质和核心的认识。他说：“只有这才是伟大的，只有这才值得认识！”由此来提升人类超越自身盲目无羁的求知欲，把它限制在一定的范围内。
尼采并不一般地反对科学和知识，而只是在它们遮蔽了生命本能的情况下他说：“为了反对中世纪，历史和自然科学曾是必不可少的。知识反对信仰，我们现在用艺术来反对知识。回到生命！控制知识冲动！加强道德和美学本能！在我们看来，德意志精神将由此获得拯救，从而再次成为拯救者。”
哲学凭借什么来控制知识冲动？凭借它的体系中的艺术因素。一个哲学体系只是一个幻想，一个骗过知识冲动和仅仅暂时满足它一下的非真理。在这种满足中，哲学的价值与其说来自知识王国，不如说来自生命世界。生命意志利用哲学以达到更高形式的存在，哲学仅仅证明了幻想的必要性和艺术的必要性。
哲学的性质介乎艺术和科学之间。就目的和结果说，它是艺术。但它又与科学使用同一种手段——用概念表述。因此，哲学有时是科学，有时是艺术。
不仅如此，就哲学是超越经验的创造、神秘冲动的继续而言，它与宗教也有血缘关系。哲学同宗教一样，有着自我消费的功能，也就是可以在内部得到一种满足，而这在科学和艺术中是充全不可能的。
哲学与这几种因素都有不可分割的关系，同时对它们实行制约：它用艺术控制知识冲动，反对科学独断论，又用概念控制宗教的整体冲动，反对宗教造成的自然形象的混乱。
真理问题显然是哲学的根本问题，尼采对此作了大量思考，而且有许多非同一般的见解。在尼采看来，世界上唯一的真理就是根本没有真理这回事。世界作为一个盲目的意志的体现，人类根本无法参透它。存在的形而上学意义、伦理意义和美学意义全部都是不能证明的。我们平素所说的真理，根本不是指的这个。
我们通常说的真理，只不过是我们已经忘掉其为幻想的幻想，或忘掉其为谎言的谎言。它们实际上是一种人类关系，或是共同的约定，或是通行的隐喻，在长期存在之后，由于无意识和健忘，人们把它们当成了真理。它们与人类其它的幻想和谎言没有任何实质的不同。
但人总是感觉到自己有一种寻求世界真理的欲望，相信自己最后总会找到真理。其实他渴望的不是真理本身，而是对真理的信仰，因为这种信仰可以给他带来快乐。一个人如果不相信自己拥有真理，就不可能有纯洁和高尚的生活，因此他需要信仰真理。人的真理冲动具有明显的道德因素或起源。
从这个意义上说，根本就没有什么真理和知识冲动，实际上只有对真理信仰的冲动。尼采指出，人在本质上是不诚实的，因为他是乐天的，作为个体他具有必然毁灭的命运，而他竭力逃避这一不可避免的结局。他永远也不可能知道世界的真谛，而他却深信通过认识能够达到真理。但认识不过是使用最称心的隐喻，是一种不再被认为是仿制的仿制，它无法达到真实的深处。他需要对真理的信仰，没有这个，就既不会有社会，也不会有文化。
人类一切信以为真的东西，都是幻想，都是谎言，不过在这些幻想和谎言之间还是有区别的。尼采对艺术特别推崇，尽管它也是一种幻想，因为艺术家是把幻想当做幻想，而不是把幻想误认为真理。艺术家仿佛是对睡梦中的人说：“让他继续把梦做下去吧！不要去叫醒他！”因为人既然已经活在这个世界上，他就得继续活下去。
然而哲学却把幻想当做真理，充满真理感的哲学家仿佛在对睡梦中的人喊道：“快醒来吧，不要再做梦了！”其实当他相信自己是在唤醒沉睡者时，哲学家本人却在沉入更深的奇异睡眠中：他也许梦到了不朽或理念。而这不朽或理念，恰恰与人的最根本的真实。一人终有一死——相反。
视幻想为幻想，视谎言为谎言，这才是唯一的真实；而这，只有当人处于酒神状态，以悲剧来观照人生时，才可能做到。只有把整个世界都当做一个幻想来思考的人，才有资格不带任何愿望和冲动地看待它。尼采的真理观同他的整个哲学思想是一致的。
通观尼采这一时期的哲学研究，与写《悲剧的诞生》的时候相比，深入了许多。有不少是属于自己独创性的见解。当然，这种研究也继续发挥了以前的若干基本思想，如酒神意识，反科学主义等等。不过有一个方面似乎没有什么新的发展，这就是对于艺术的态度。在这一时期，如同以前一样，尼采仍然相信，艺术是体现了生命本质的活动，是人唯一的形而上的慰藉。
1872年，作为尼采生活中的一个转折点，不仅在于他在精神上开始求变、求新，完全跳出了语言学专业的束缚，还在于由此开始，他的身体健康也每况愈下了。此外在瓦格纳离开托里普森后，尼采的人际关系也发生了许多变化。
5月22日，尼采出席了拜洛特举行的奠基仪式。在这个活动中他最大的收获就是结识了一个新朋友玛尔维达·冯·梅森布格。玛尔维达五十多岁，也是瓦格纳的崇拜者。7月，瓦格纳的《特立斯坦》在幕尼黑公演，尼采去了，再次同玛尔维达见面，一起度过愉快的几天。通过深入的交谈，他们成了知心的朋友。玛尔维达是尼采唯一的女性挚友，像大姐姐那样关心和帮助着他。他们的友谊一直保持到尼采去世。
10月，尼采休假后回到巴塞尔。这时他同大学的同事奥弗贝克和罗蒙特的关系已经十分密切了。在给罗德的信中他写道：“奥弗贝克和罗蒙特是我生活和思想的同伴，是我世界上最好的朋友，和他们在一起我不再感到忧伤和愤怒。奥弗贝克是极其严肃和没有偏见的哲学家，也是最单纯可亲的人。他有那种激进的勇气，而一旦人们缺乏这一点，我就无法同他友好相处。”
转眼到了1873年，尼采准备写他的题为《不合时宜的思想》系列论著的第一部，材料都弄得差不多了，作了大量笔记。5月初，正要开始动笔写的时候，突然身体变得很坏：头痛剧烈发作、眼睛不能经受任何光线，几乎成了瞎子。他完全无法工作。
在众口一辞的颂歌声中，尼采写作了著名的《不合时宜的思想》，由四篇很长的论文组成，对现代德国文化进行了深入的剖析和尖刻的批评，矛头直指向普法战争以来德国人当中弥漫的那种粗俗的傲慢。
第一篇《耶稣传》曾经传诵一时，作者以因果关系来研究圣经故事，由其中的逻辑矛盾说明，耶稣的神性并不可靠，他的所谓独特性、完满性、绝对性等说法也不成立，《耶稣传》历史地考证圣经文书，不再赋予它神化色彩，在基督教国家中引起了轰动。然而岁月流逝，昔日活跃的思想纳入了寻常的轨道，沸腾的血温凉了。1872年，施特劳斯出版了他的最后一部著作《旧信仰与新信仰》，宣称要建立一种积极的有教养的人的世界观，提出“以艺术代宗教”，通过艺术欣赏来获得感化与提高，为此他用很大的篇幅向人推介“我国的伟大诗人”、“我国的伟大音乐家”。在尼采看来，斯特劳斯的广泛影响在教育上造成了平庸化，以庸俗化为代价拉近了艺术与人生的距离，在德国人心中造成了一种呆笨的自以为是，扼杀了活力洋溢的思想，德国的教育“无意义、无实体、无目的”，是一种纯粹的所谓“公共舆论”。
这部书的第二部分《历史对人生的利弊》之不合时宜在于它“指明了我们科学活动方式的危险性”，现时代的非人化齿轮装置、工人的非人格化、劳动分工毒害了生命的因素，而德国知识界仍然埋头于烦琐的历史文物当中，兢兢业业地证明每个时代所谓固有的权利和条件，以便为这个现实世界将来要面临的审判做好准备。但是，历史的研究应当回应挑战，尽管让弱者经受不住历史的考验，随时间流逝灰飞烟灭去吧，却要促进强者的发展和人格的升华。
第三篇《教育家叔本华》把矛头对准了各所国立大学，叔本华的遭遇证明了一点，哲学的发展一贯是在学院高墙以外进行的，而国立大学支持低劣的哲学家已成习惯，御用的大学教授只知致力于低劣的人生价值的灌输。在这种管理机构之下，学者只剩下了政治狂热症患者和形形色色的写作匠，在呼吁提高群众整体水平的同时反而降低了个人的价值。