跟随他而去的学生尼采，离开波恩的深层原因同样是人际关系问题。他来这里整整一年，竟没有结交上一个知心朋友。在小学有宾德和克鲁格，在中学有杜森和戈斯多夫，而在波恩什么人都没有。越是离群索居的人，越是需要一两个知心密友。尼采在大学的第一年感受的是一片友谊的沙漠。
尼采坐船离开了生活一年的波恩。这是他临离开时的心境：“一切都干涉我，我无法有效地主宰周围的一切。我觉得自己对于科学无所作为，对于生活无所事事，只是以各种谬误充塞自己，想到这些，我感到心情沉重。轮船驶来，载我离去。在潮湿阴暗的夜色中，我一直站在驾驶台上，注视着那些勾勒出波恩城河岸的小灯渐渐消失，一切都给我一种逃亡的感觉。”
尼采一来到莱比锡就马上去莱比锡大学注册。他来的这天正好是学校的校庆日，校长正在向学生们训话，他告诉学生们，在一百年前的今天，歌德曾经和他们的前辈们一起在这里注过册。“天才自有其各自的道路，”这位谨慎的校长随即补充说：“沿着这些道路走是危险的。歌德不是一个好学生，在读书时代，你们不要以他为榜样。”“嗬！嗬！”青年人欢快地高呼，被人群淹没了的尼采恰好在这样一个纪念日到达莱比锡，这种巧合使他感到十分快活。
他烧掉了一些夹在作业本里的诗，重新投入学习，并训练自己以极其严密的方法研究语言学。可是，唉，厌倦不久就卷土重来。他害怕波恩那一年的情形重演，他的书信和笔记里又写满了大段大段相同的抱怨。好在过了不长时间发生了一件解救他灵魂的大事，从而结束了这些抱怨。他在书摊上偶而看到一本书，这是当时对他来说还很陌生的亚瑟·叔本华所写的一部著作《作为意志和表象的世界》。他看了几页，就被那文章的风格、美妙的词句所感染。他写道：“我不知道是什么精灵在对我悄悄耳语：‘带上那本书回家去吧。’刚跨进房门我就打开这本这样得来的宝贝，并渐渐感受到那种充满激情而又极其忧郁的天才之强大力量。”
这本书的序异常丰富，其中包括那位被忽视的作者在间隔较长的时间里分别为1818年、1844年和1859年三个版本所写的三篇序。这些序文傲慢而尖刻，但是没有丝毫焦虑不安，它们富于深刻的思想和辛辣的讽刺，呈现出歌德诗歌的抒情风格与俾斯麦敏锐的写实主义相结合的倾向，它们具有那种在德国文学中罕见的典雅而富于韵律的美。尼采被书中的高尚气质、艺术情感以及纯粹的自由精神打动了。
在其后的两个星期中，他一直陷于对叔本华哲学的反复阅读和思考。这个狂傲而不幸的人，这个被家庭、学院抛弃而又以更激烈的语言和更彻底的方式疏离社会的人，这个地地道道的德国人却不放过任何机会抨击德国，他的一切都如磁石般吸引着尼采。
叔本华是这悲惨世界的代言人，而尼采在他的书中也观照出内心忧郁的本质，在一段时间内，他与要好的朋友一起研读叔本华哲学，并放弃了生活中的享乐，节衣缩食，律己甚严，以至于不许自己每天睡眠超过四个小时。
其实叔本华这种阴沉的基调一直存在于尼采心中，即便他以后否定了叔本华的隐忍放弃，而把悲观主义宏扬为悲剧英雄主义，但是哲学家的平静心绪始终与他无缘。也同叔本华一样，尼采始终认为音乐是最有哲学深度的艺术门类，音乐解放精神，为思想添上双翼，“抽象概念的灰色苍穹如同被闪电划破；电光明亮足以使万物纤毫毕露；伟大的问题伸手可触；宛如凌绝顶而世界一览无遗”。
尼采是个天生的布道者。在他的宣传下，妹妹伊丽莎白，好友戈斯多夫、杜森都成了叔本华哲学的信仰者。这位叔本华迷几乎可以在一切地方看到他所敬仰的大师的踪迹。当朗格的《唯物主义史》出版时，尼采十分兴奋，认为它是为叔本华哲学张目的，在哲学史上具有划时代意义。其实朗格在这书中宣扬的是康德哲学，一种新康德主义，同叔本华的东西区别很大。
这一年复活节尼采回到瑙姆堡，他的心中充满欢乐。在给戈斯多夫的信中他描述了自己的心境：“有三件事成了我的安慰，多么难得的安慰啊！这就是叔本华、舒曼的音乐以及孤独的散步。”
尼采从叔本华的哲学中获得一种类似佛教的顿悟。虽然在大约十年以后，他开始与叔本华彻底分手和决裂，把叔本华视为最大的颓废者，但直到他有理智生活的最后两年，在谈到叔本华时，他仍然承认叔本华是自己的先驱，自已是他的继承者：“我的先驱是叔本华。我深化了悲观主义，并通过发现悲观主义的最高对立物才使悲观主义完全进入我的感觉。”当然，他同时又是彻底的批判者。他对于叔本华的批判是一种扬弃，而不是简单的抛弃。原因就是，在骨子里，他和这位悲观主义大师有着无法分割的同一性。
由于叔本华，原先枯燥单调的语言学课程再也不是不可忍受的了。尼采以愉快的心情投入到这种专门的研究活动之中。
李奇尔教授向他的学生提出一个建议：成立一个由爱好语言学的学生组成的语言学研究会，以此来推动这一方面的学术活动的开展。尼采积极响应导师的号召，参加了筹备工作。
1866年初，语言学研究会成立，共有11名成员。在尼采的感觉中，这个组织有些类似他在中学自发建立的“日耳曼尼亚”，是可以视为由一批志同道合的朋友在一起进行自由精神活动的场所。
尼采的书斋生活在语言学与哲学之中消磨，他是李奇尔教授非常赏识的一个学生，然而又像被叔本华勾走了魂一样迷恋他的哲学。当他准备攻读博士课程时，来自军方的一纸命令将这个文弱书生招入军队。
由于尼采骑马出了事故，军训提前结束了。他前胸受伤，痊愈很慢。因此，直到服役期满，尼采都在休病假。现存一帧摄于那时的照片，他满身戎装，手握一柄出鞘的军刀，这模样可能很适合当时的照像习俗。这是一位乔装打扮的学者的留影。尼采可以利用他的病假去学习紧张的语文学专业。1868年秋，他胸有成竹地又回到莱比锡度过了最后一个学期。他的学业已近结束，然而李奇尔的嘉许仍然惠顾于他，他展望将来有一个教学生涯。正如他对罗德所承认的，他对此没有任何“奢望”。当然，他视在大学授课的前程为一种能使自己有闲暇进行研究的生活，也会在政治上、社会上得到保障。
尼采不仅理所当然地抱有这种希望，而且比他预期的时间来得更加迅速。1868年至1869年的冬季，当他计划同罗德一起到巴黎旅行的当儿，在李奇尔的倡导下，他被推荐到巴塞尔大学担任古典语文学副教授。
1869年2月，在尚未取得博士头衔之时，他就接到了去巴塞尔大学就职的正式聘书。于是，莱比锡大学据尼采已发表的著述，未经其他考试就授予他博士头衔，同时还免去了去巴塞尔大学任教资格的种种手续。这样，尼采以34岁半的年龄，在大学学习过后未经任何过渡就出任了副教授之职，一年之后转为正教授。
初识瓦格纳
1869年4月，尼采来到巴塞尔大学，就任语言学副教授之职。巴塞尔是瑞士的城市，尼采很自然地加入了瑞士国籍，成为一个瑞士公民，他对于此点没有什么不安。在他的印象中，他既属于德国，也属于整个世界。他的先祖就是一个斯拉夫民族的波兰人。
正像以前每到一个新环境一样，开始时尼采努力适应新情况，参加各种社交活动，宴请、舞会、拜访同事，但不久他就感到厌烦，满目所见都是无聊和庸俗。他对同事的态度渐渐冷淡了下来，别人自然对他也热乎不起来。于是他又把自己放在一个孤独的境况之中。
到巴塞尔不久，在给罗德的信中反映出他此时的心绪：“除了您以外我再没有更亲近的人可以谈心了，我生活在一片孤独的灰云里，特别是在聚会的时候，我无法拒绝人情应酬的压力，不得已在会场上和形形色色的手拉在一起。在这样的聚会里，我总是听到吵吵嚷嚷的声音，而找不到自己的知音。这些人称呼我教授，他们自己也被这头衔冲昏了，他们以为我是太阳底下最快乐的人。”
为了排遣心中的烦闷，尼采常常一个人去附近的峡谷和森林散步，在大自然的环境中，他的心情稍稍感到好一些。童年在乡村度过的那一段美好幸福的时光浮现在回忆中，成为对孤寂生活的一种抚慰。
5月2日，尼采在巴塞尔大学博物馆主厅作了就职演讲，题目是《荷马与古典语言学》。在这里，他一开始就提出了自己以后一直坚持和努力深入的基本学术思想：语言学不是一门纯科学，而是与艺术紧密交织重叠在一起的。它的新颖性给听众留下了印象，反响是热烈的，这次演讲奠定了他在巴塞尔大学的教师地位。尼采每星期有六次课，关于古希腊文，但选修这门课的学生并不特别多。
作为教师，尼采在巴塞尔大学是受到欢迎和尊重的。一年后他被提升为正教授，以后又给他加了薪水。1872年由于他拒绝受聘到另一所大学，作为回报，巴塞尔大学又把他的薪水提高到四千法郎。
年轻的尼采教授现在已经有了一个人们通常会羡慕的地位和前程。如果他安于现状，循此渐进，就会有一个安稳、舒适、受人尊敬的生活条件，在学术界也会像他的恩师那样成为这个专业的权威——李奇尔教授在给巴塞尔大学的推荐信中所预言的那样。
但尼采没有顺应这个预言，他的天性使他注定要走另一条道路，那是充满孤独、坎坷、困苦的道路。他从来不是一个肯安分的人。
对尼采来说，这期间比较重要的友谊是同比他年长31岁的理查·瓦格纳的交往。当时瓦格纳住在卢塞恩·的特里普森，1869年，尼采到瓦格纳家中做客，当时为瓦格纳操持这个非同寻常家务的是考西玛。考西玛·冯·比洛夫是李斯特的女儿，是瓦格纳一个任乐队指挥的朋友之妻，尚未与瓦格纳成亲。1866年，瓦格纳的前妻去世，为躲避经济、政治及社会诸方面的困境（这种情形曾发生过多次）由慕尼黑迁居瑞士。紧随其后，考西玛带着她的孩子达尼拉和布兰迪内·冯·比洛夫，又带上她与瓦格纳所生的伊佐尔德来到瑞士。1867年，他们二人又生下了女儿埃娃，两年之后又生下儿子齐格弗里德。
理查·瓦格纳和考西玛对这位年轻的学者颇有好感，双方很快密切起来。没有多久，尼采就在一定程度上成了这个家庭的一员，而且可以长期使用两个房间，随时随地进进出出，留居悉听尊便。在这里，他不只是接近了这位备受尊敬的音乐天才，而且也在这个非小市民家庭气氛中感到十分惬意。早在学生时代，尼采就崇拜瓦格纳的音乐作品，这时则对瓦格纳的为人也很醉心。
尼采被这种友谊弄得着了迷。他自童年到现在第一次有了宾至如归的感觉，他陶醉了。瓦格纳的性格有着阴暗的一面：专横跋扈，自私自利，肆无忌惮，挥金如土，可尼采则没有觉察。
这种宾至如归的幸运，对尼采来说持续到了1872年的4月，也就是说将近三年时光。后来，瓦格纳迁居拜罗伊特。尼采于同年5月22日为参加音乐节大剧场的奠基仪式才又在那里拜访了瓦格纳，这种相处在1870年8月至10月才告中断。这短短几年却是尼采生命中弥足珍贵的记忆，他分享瓦格纳儿子出生的喜悦，还应邀在瓦格纳家度过了他在巴塞尔的第一个圣诞节，参加了拜律特剧院的奠基仪式，在音乐与哲学的欣赏中共同探讨艺术与人生，愉快的时光，可爱的人们，这样的快乐为什么总是不长久呢？
思想的凝聚
在对希腊文化和瓦格纳越来越深厚的情感中，尼采构思着他的第一部著作，关于悲剧艺术的古代辉煌与现代重生。对古籍的分析加深了他对现代文化的做作虚伪的反感，而他选择的领域是德国人相当熟稔的希腊文化。18世纪以来，相继出土的古代遗址备受关注，温克尔曼《古代艺术史》开启了哲学家与艺术家研究美学问题的新视野，歌德、席勒均以人与自然、理性与感性的和谐来解说希腊艺术繁荣的原因。尼采则另辟蹊径，指出希腊人看清了人生的悲剧意义，其内心的矛盾冲突激荡不已，方才产生了作为调和的艺术。
艺术的持续发展是同日神与酒神的二元性相关的。日神阿波罗是光明之神，是一切造型力量之神，同时是预言之神，支配着内心幻想世界的美丽外观。酒神狄奥尼素斯的精神体现在春日照临、万物欣欣向荣的激情之中，物我两忘、沉醉狂欢的境界。日神如梦，酒神如醉，梦与醉的艺术世界结合起来，产生了阿提卡的悲剧作品。