根据史籍记载，为了让人相信五世达赖仍旧健在，桑结嘉措和一干心腹每天照常出入达赖寝宫，有时在不得不接见某些重要人物时，还会让年龄和长相与达赖相像的僧人装扮成五世达赖代为接见。期间，第巴还指令重要宗教人物时不时散布五世达赖喇嘛的消息，以打消日益浓重的西藏地方政府官员中的怀疑气氛。
就这样，在五世达赖喇嘛圆寂后的不利形势下，桑结嘉措不仅保住了格鲁派的一切既得权势，而且变本加厉，和硕特汗权旁落大半。
不过，另一方面，精明的桑结嘉措也开始着手寻访五世达赖的转世灵童，以备日后政治应对之需。
仓央嘉措就是在这种情况下，被认定为五世达赖转世灵童，在两三岁的时候即被秘密保护起来，直到15岁时才诏告天下，坐床继位。
3、 灵童转世
据专家引述有关历史文献记载，1685年，仓央嘉措在家乡长到两岁的时候，第巴桑结嘉措秘密派曲吉卡热巴·多伦多吉、多巴·索朗查巴二人，授给前世殊胜尊者（指五世达赖）的佛珠等日常用具，下令筹措随从、马骡等事，秘密寻觅灵童。这一秘密使命，对外宣谕是为了藏区幸福而去朝圣。后来，为了不致引发怀疑，第巴还特意指示秘密小组增加了一项更为贴近的名义：寻找另外两位活佛的转世灵童。
这一年的6月5日（藏历，下同），曲吉卡热巴·多伦多吉等人从拉萨出发，开始秘密寻觅第五世达赖喇嘛的转世灵童。
当寻访小组把仓央嘉措降生时的种种灵异征兆上报之后，第巴桑结嘉措立即下令封锁消息，并要求进一步秘密查证。寻访小组通过问卜，决定将灵童一家先从乌金凌迁至没人认识他们的夏沃，并按照程序进行核实。
幼小的仓央嘉措被迎至夏沃后，第巴桑结嘉措派人携带五世达赖的遗物和印有吉祥太阳标志的哈达、砖茶、一匹象征成就诸事的绿色绸缎等物前往夏沃，对外则称是为了保护另一位活佛转世的灵童。
有不少专家认为，仓央嘉措被选定为达赖喇嘛，固然与他出生时的种种奇异现象有关；同时，也与西藏地方政府重视和加强对门隅这一重要边境地区管理的需要不无关系。六世达赖喇嘛在门隅的秘密寻访和对仓央嘉措的认定，在客观上也加强了西藏地方政府对门隅的统治。
专家认为，门隅地处边疆，又是通往印度阿萨姆平原和连接不丹的传统商道，位置十分重要。正因为如此，五世达赖以及第巴桑结嘉措不断颁布法令、封文，派遣官吏，加强对门隅的统治。六世达赖喇嘛出于门隅，至少在客观上使后来的西藏地方政权不能不重视门隅，因门隅是六世达赖喇嘛的故乡。
根据第巴桑结嘉措在其所著《金穗》一书中的记载，仓央嘉措出生时的种种奇异传到他耳边后，他曾多次秘密问卜，结果都是吉兆。于是他即指示对外以另外一个活佛转世灵童的名义把仓央嘉措迎请到外地，并在这一过程中“尽可能灵活机智、保守秘密”。
没想到，当时的官员曲解了桑结嘉措的意思，他们将仓央嘉措及其父母接走后，长期严密软禁起来。由此，有专家认为，仓央嘉措自小就生活在严厉的管束之下，经受孤独和枯燥的学经生活，这即为他日后青年时期的反叛埋下了伏笔。
12月11日，护送人员抵达夏沃后，向灵童的父亲转献谕旨和灵物。据称灵童看到五世达赖的遗物说：“这是我的印章，你们得福啦！”大家都十分惊异。除了桑结嘉措等人的回忆录，有一本《不尽智慧所指经藏》中的描写更是灵异：他（仓央嘉措）能回忆起前世的住地，在什么地方，是什么名字，种姓、家族、颜色、相貌，等等。他一开始说话就讲：“我不是小人物，而是三界的怙主，殊胜尊者阿旺罗桑嘉措，我是从拉萨布达拉来，所以要尽快回去了，久已把第巴和众多僧侣抛弃了，也应去见见了。”
为了慎重并能日后让众人信服，1686年4月10日，桑结嘉措又派曲吉卡热巴·多伦多吉和多巴·索朗坚参等人带着供辨认的真假物品、衣物用具、若干加持物、净水、茯茶以及“吉祥日哈达”等，再次前往夏沃认定转世灵童。有关文献记载，每次辨认遗物时，仓央嘉措都能准确无误地把真的物件挑选出来，并且连同进餐礼仪和抓糌粑的姿势他也同五世达赖一模一样，这使得前去辨认的曲吉和多巴等人十分信服。
此后，灵童的一切生活均由曲吉、索朗坚参和两名朗生（佣人）服侍，他人不得接近，就连灵童的父母也不例外。
1688年3月7日，仓央嘉措即将年满5岁的时候，第巴桑结嘉措听取了索朗坚参关于灵童身体形态、言谈举止、神情观感等方面的情况汇报，“欢快异常，百感交集”，认定秘寻灵童成功。
3月25日，桑结嘉措再次派人送了大批祜佑神像、净水、茶叶等礼物给新选定的灵童，并且安排人把专门供奉布达拉宫的精细糌粑以供神的名义定期定量送往灵童暂居地。至此，仓央嘉措正式被认定为五世达赖的转世灵童，开始接受严格、系统的教育。
1688年10月1日，仓央嘉措正式启蒙，开始学习藏文30个字母。教授他的老师都是由布达拉宫派出的最优秀的学者。根据有关对布达拉宫的汇报，灵童“聪明异常”，很多内容就像过去已经学习过一样。
从1689年开始，6岁的仓央嘉措开始同前世一样，自觉地修持午后不食的戒律，祭奉“九大舞姿神女”之像，并且表现出预测吉凶的能力。
1690年8月5日，第巴桑结嘉措派曲吉、珠坚林巴·罗桑欧珠等学问精深的高僧担任经师，指导灵童正式闻习佛法。
1691年2月8日，第巴桑结嘉措收到了灵童的亲笔信，报告其近况。随即，他回赠给灵童一批唐卡、哈达、佛祖释迦牟尼像、法王宗喀巴大师像、莲花生大师三尊像、制胜女神像及平常所用的7副本尊护法神像等物。从此，幼小的仓央嘉措与第巴之间有了书信往来。
这一年的10月2日，仓央嘉措开始学习《内、外、别三种时轮》，背诵《九九表》，练习算术和粉板字。
自1692年起，布达拉宫对小仓央嘉措的照顾更加周密，各种制作精美的各地风味食品、水果、衣服及用具等源源不断地从拉萨运来，而且逢年过节都有贺信和礼品。小仓央嘉措的学习也更加勤奋，他系统学习了五世达赖著的《菩提道次弟论讲义》、仁蚌巴著的《诗镜注释》、《除垢经》、《释迦百行传》等，并在此期间完成了《马头明王修行法》一文的撰写。
1695年，12岁的仓央嘉措已经可以亲自主持隆重的供祭法事，祭奠众护法神。比如，这一年，他主持向护法神母进行了五次祭祀。
4、 在布达拉宫司西平措大殿坐床
就在桑结嘉措几乎独揽实权之时，对他的挑战也悄然而至。1688年，蒙古准噶尔部首领噶尔丹东侵喀尔喀部后，开始南下进犯，被清军打败。在噶尔丹作乱的战争中，桑结嘉措始终偏袒并站在噶尔丹一边，甚至多次假借五世达赖之名在清廷为其开脱和掩护，所以噶尔丹的失败让他感受到了空前的威胁。另一方面，五世达赖业已圆寂的消息日益难以遮掩。在这种情况下，如何选择时机向清廷靠拢并促使新立的达赖喇嘛顺利坐床就职，成为桑结嘉措的一大心事。
根据史籍记载，就如何迎请灵童来拉萨并公开五世达赖喇嘛圆寂一事，第巴桑结嘉措、曲吉卡热巴·多伦多吉、曲本·阿旺西绕、格隆·甲央扎巴、塔姆瓦、阿衮等人曾聚集在大灵塔——宗喀巴塑像前，诚心祷告，敬请神灵抉择。最后确定迎请的时间为藏历火牛年（1697年）。问卜神旨还称“应首先将灵童迎至布达拉宫，时间应为藏历10月下旬10日内。根据五世达赖与管家索朗绕丹摄政王第一次见面的地点，在聂塘扎西岗地方举行首次会面礼仪为好”。
1696年即康熙三十五年，康熙皇帝亲征准噶尔，翌年，噶尔丹兵败自杀，准噶尔全军覆没。噶尔丹被消灭本身已对桑结嘉措极为不利，而恰逢此时，康熙皇帝又从俘虏口中得知五世达赖喇嘛早已圆寂的消息。康熙十分震怒，立即致书第巴桑结嘉措严词责问，“命理藩院檄青海萨楚墨尔根台吉等，谕以噶尔丹败逃及达赖喇嘛已死十六年（死亡当年算一年，实际为15年），第巴匿之，假其言诳诱噶尔丹作乱之故”。
桑结嘉措接到康熙皇帝的责问书信后，立即派尼玛塘呼图克图等人前往北京解释，正式报告五世达赖喇嘛已于康熙二十一年（1682年）圆寂，并称当时“即欲奏报，恐生他变，且有达赖喇嘛遗言和护法王之授记，言必至相合之年岁始闻天朝皇帝及众施主，现六世达赖喇嘛（将）于康熙三十六年十二月二十五日坐床（此为预计日期），乞皇上暂隐之，勿闻于众”。
康熙皇帝在权衡了五世达赖死后西藏的复杂政局面之后，“许为秘之”，并默认了新达赖喇嘛仓央嘉措的合法性。
随即，第巴桑结嘉措在西藏从小范围到大范围陆续公开了“第五世达赖喇嘛业已圆寂，六世达赖喇嘛已经降临人世”的消息，并解释说，早年乃两大护法神曾郑重降旨，“此事与政教大业攸关，必须严加保密”，现在，神已经允许公开。
1697年3月，第巴桑结嘉措从拉萨派出了和硕特蒙古军首领扎西嘉措以及朗热僧·旺杰多吉、门巴帕姆·阿旺桑波、唐穷瓦·洛桑等作为迎请六世达赖喇嘛的先遣人员。随后，又从藏军中选派了贡布人嘎恰巴·丹增多吉等人担任护卫任务。
4月29日，桑结嘉措首先向一部分高级官员公开了“秘密”，并严令暂时仍须守口如瓶。此前不久，仓央嘉措一行起程前往拉萨时，也没有举行大规模的仪式，只是给前来送行的父母、亲戚、官员等人一一摩顶，并回敬哈达。灵童一行经过吉宇、噶举宫、哲古扎西塘、拉钦地、索凯、绒布热玛霍、达龙扎西林、占堆塘等地，经过9天的行程，于5月4日到达浪卡子。
5月17日，护送人员代表曲吉来到拉萨，向布达拉宫的世界庄严大金塔、天成殊胜自在佛像、大昭寺和小昭寺内的释迦牟尼金像等敬献哈达，并向第巴桑结嘉措详细汇报了灵童行程的情况。
6月23日，曲吉返回浪卡子，带去了第巴桑结嘉措赠送给灵童的衣服、用具和赠给其父母的装饰物等，并向灵童报告拉萨方面的情况。
8月25日，灵童在浪卡子会见了嘎察寺活佛白玛赤列、管家格隆屯丹、珠林寺活佛久米多吉及其弟迥·贡嘎等人，并赠送了礼品。
29日上午，第巴桑结嘉措派近臣丹增旺波和公觉绕丹在拉萨主持召集了色拉寺和哲蚌寺的高级首领会议，由恰嘎尔瓦·白玛索朗主持召集布达拉宫等处僧俗官员会议，两处同时宣布：五世达赖喇嘛实系观世音菩萨，不受生死的限制，但是为了显示当今人的寿命为百岁之限，已于水狗年圆寂。如今达赖喇嘛的灵童不仅已经降临人世，而且将在燃灯节（为纪念宗喀巴大师而设的节日，时间为每年藏历十月二十五日）就要迎请登临无畏雄狮宝座之上，要排除一切悲痛，庆贺登位典礼。
宣布完毕，会议主持人传达了记述六世达赖喇嘛转世情况的《悦耳妙音》，并给内部知情喇嘛和高龄喇嘛等赠送了橛印图、观世音的塑像等。
这天下午，第巴派恰嘎尔瓦·白玛索朗和察囊·白玛次仁到哲蚌寺，派拉康巴·多吉诺布和昌杰夏巴·恰多边巴到色拉寺，分别召开僧众会议，传达了五世达赖圆寂的文告及《悦耳妙音》等，并赠送了达赖喇嘛塑像。同时，还派曲水·乌西瓦到甘丹寺，日喀则宗本门朱巴·仁钦扎西到扎什伦布寺，分别向僧众传达了《悦耳妙音》等，并向寺僧作了布施、赠送达赖塑像。
拉萨市的俗官香仲瓦·多吉和夏尔·扎西二人，也在梅朵董热塘广场，向拉萨市民传达了《悦耳妙音》。同时，为了给灵童传授沙弥戒，第巴还派冰都达汗翁布前去扎什伦布寺迎请五世班禅罗桑益西。
9月10日，五世班禅一行抵达浪卡子，当地为他举行了隆重的欢迎仪式。17日，仓央嘉措在丹增颇章寝宫内与班禅会面，磕头，互敬哈达和礼品。入夜时分，灵童净化沐浴后，在曲吉卡热巴·多伦多吉、比丘降尖扎巴、塔姆瓦·罗桑曲扎、密宗大师降央群培等高僧面前剃度为僧，随五世班禅罗桑益西出家，受沙弥戒，取法名为“罗桑仁钦仓央嘉措”。
沙弥戒是最基本的出家人应该遵守的戒律，受此戒即表示愿意接受修持，出家为僧。沙弥戒一般不超过十条。此后随着修持的深化，一个优秀的僧人还需要受具足戒，即戒律多达数百条的“比丘戒”。
1697年9月18日，浪卡子地方的民众向仓央嘉措敬献了哈达及礼品。20日，西藏地方政府举行了隆重的庆典，达官显贵及僧俗人众参加，格西恰巴群培致颂词，班禅赠给仓央嘉措一条印有文字的长哈达、一尊释迦牟尼佛像，以及金塔、金曼札、金瓶、法衣、白玉茶碗、念珠、缎垫褥、缎靠背、经典书籍等。仓央嘉措回赠了许多贵重礼品，并且请班禅登上法座，磕头礼拜，以示感谢。班禅走下法座，磕头还礼。庆典上还表演了音乐、舞蹈，最后进行了诵经等佛事活动。
21日，浪卡子各地百姓煨桑、诵经，鼓号齐鸣，旗幡林立，在扎什伦布寺管家的引香带领下，迎请灵童的马队缓缓上路。行至达布龙地方午餐。尔后经过牙尔斯、岗巴拉山下、强塘地、强典林寺、德瓦塘等地方，沿途百姓僧俗顶礼膜拜，呈献了大量的哈达、金银等礼品。
9月27日，仓央嘉措一行来到了当年五世达赖喇嘛居住过的聂塘扎西岗。这时，丹增达赖汗、第巴桑结嘉措等率领蒙、藏僧俗官员及三大寺代表1000多人前来迎接。他们向仓央嘉措敬献了哈达、无量寿佛像、长寿经咒、殊胜塔等礼品。
28日，仓央嘉措再次与五世班禅会面，并共同在聂塘扎西岗居住近一个月，除诵经、讲经、摩顶等法事活动外，还同第巴桑结嘉措等共同商定了前往拉萨的路线、时间及坐床仪式等事宜。
10月24日，迎请灵童的马队继续前进。中午时分，康熙帝的使臣章嘉呼图克图及扎萨克喇嘛等带领百余人前来迎接，同时赶到的还有哲蚌寺的仪仗队。当天，大队人马夜宿姜塘岗的吉赛鲁定。
1697年10月25日，由第巴桑结嘉措引香带路，即将年满15岁的仓央嘉措被迎至布达拉宫噶当姆其寝宫内少憩后，来到布达拉宫司西平措大殿。经过消灾、驱邪、沐浴等仪轨后，登上无畏宝座，举行了隆重的坐床典礼。
典礼之后，扎什伦布寺的总管洛桑贡布代表五世班禅敬献了珍奇宝物、绫罗绸缎等大量贺礼。章嘉呼图克图呈献了皇帝封诰、贺礼和敕书，并授予封文，正式认定仓央嘉措为第六世达赖喇嘛。
西藏三大寺的住持、活佛、各级僧俗官员、民众代表及青海蒙古代表等参加了庆典，敬献贺礼。这天下午，在德央厦广场上，举行了跳神和歌舞活动。晚上，为纪念当天宗喀巴大师忌辰，已成为六世达赖的仓央嘉措到布达拉宫神殿朝圣，并在自在观世音佛像前同僧众一起进行了祷告。