——市（地）机关机构改革。杭州、宁波、温州为一类市，党政机关机构数控制在55至60个；台州、嘉兴、湖州、舟山、绍兴、金华、衢州等为二类市，党政机关机构数控制在45至50个。丽水地区党政机关机构数控制在35个左右。通过改革，全省市（地）机关行政编制由34463个减少为28450个，减幅达16％。其中，杭州、绍兴、舟山市减幅超过20％。市（地）级部门领导职数2至3名，内设机构领导职数一般为1至2名；城区各部门领导职数1至3名；地区各办事机构领导职数一般为1至3名，内设机构领导职数1至2名。
——县级机关机构改革。浙江省对县级机关在分类的基础上，按照不同的限额进行设置。其中党政机关机构设置限额：二类县级市和总指数高于300的一类县设35个左右，三类县级市和总指数低于300的一类县设30个左右，二、三类县设25个左右，四类县设20个左右。县级机构分为必设机构和因地制宜设置机构两类。同时，二类县级市按总指数的高低定编。三类县级市总指数超过170的，按800人左右定编；总指数在150至170之间的，按750人左右定编；总指数低于150的，按650人左右定编。一类县按750人左右定编，总指数在300以上的可适当增加编制；二类县按650人左右定编；三类县按500人左右定编；四类县按350人左右定编。县级政府工作部门领导职数1至3名。
——乡（镇）机关机构改革。根据乡（镇）人口、工农业总产值和土地面积等因素，按中央规定的标准，由省将乡（镇）机关人员编制总数统一下达到县（市）。各县（市）按一、二、三类乡（镇）不同的机关人员编制标准进行核定。全省核定乡（镇）机关行政编制64938名。
这次改革的最大亮点是强调了政府职能转变。特别是为促进建立现代企业制度，把直接管理企业的职能转移出去，把直接管钱、管物的职能放下去。对专业经济管理部门，将条件成熟的转为经济实体，除了在过渡时期承担部分行业管理和服务职能外，不再承担行政管理职能；部分行业管理任务较重的部门，保留精干的机构，实现由只管部门所属企业转向全行业管理。同时，这次改革还与推行国家公务员制度相结合，促进了干部队伍结构的优化。
3．1999年的政府机构改革
这次地方政府机构改革是中央在世纪之交审时度势作出的一次重大战略抉择。根据1999年1月《****中央、******关于地方政府机构改革的意见》，浙江省首先从省级机关开始，然后在各地逐步铺开，到2000年末基本结束。这次改革的目标是，建立办事高效、运转协调、行为规范的行政管理体制，完善国家公务员制度，建立高素质专业化行政管理干部队伍，逐步建立适应社会主义市场经济体制的行政管理体制。应该说，这无疑是具有全面行政改革性质的制度创新。
——省级机关机构改革。一是理顺职能。进一步实行政企、政事、政社分开，加强和改善国有企业监管方式，清理整顿和规范发展经济鉴证类社会中介机构，努力把政府职能转到经济调节、社会管理、公共服务等方面上来。合理划分省与市、县政府事权，理顺部门之间交叉重复的职能，按照上下对口以及“一件事情由一个部门主管”的原则，省政府转移、下放、取消148项职能，协调界定了100多项交叉职能。二是调整机构。省政府设工作部门40个，即省政府办公厅和组成部门24个，直属机构16个，比原有部门减少11个；另设新闻出版局和3个部门管理机构，2个议事协调机构。省监察厅与省纪律检查委员会机关合署办公，列入省政府工作部门序列。精简省级各部门内设机构，对职能相近、职责单一、分工过细、工作量不大的内设机构进行归并、压缩。通过改革，确定省政府各部门内设机构492个。三是精简编制。省政府机关行政编制由原有4804名减至2498名，减少2306名，精简48％。省公安厅、国家安全厅、司法厅和监狱管理局机关（不包括公安派出所、监狱和劳教所等基层一线执法单位）政法专项编制由原有4804名减至1214名，减少426名，精简26％。各部门领导职数一般为3至5名，个别任务特别重的部门适当增配，由省统一掌握职数总额。
——市、县（市）、乡（镇）机构改革。一是理顺市县乡的事权和同级政府部门之间的关系，合理设置政府机构。大城市政府工作部门精简为22个左右，中等城市为30个左右，小城市为22个左右。较大的县政府工作部门精简为22个左右，中等县为18个左右，小县为14个左右。地方税务、工商行政管理、质量技术监督、药品监督管理部门实行省以下垂直管理。城建、文化、农口等方面的机构，实行综合设置，避免多头管理、交叉扯皮。二是乡镇机构改革与农村税费改革相结合，主要是理顺县乡关系，规范机构设置，减少财政供养人员。乡镇职能机构设置，一般乡镇设5个左右，规模小、经济不发达的乡镇，机构设置应更精干；少数经济发达、规模较大的中心镇，机构设置可适当放宽。对达到一定规模的县（市）政府及市辖区政府驻地镇，经省政府批准，可撤销镇建制，设立若干街道办事处，为政府派出机构，承担社区管理服务职能。同步推进乡镇事业单位改革，将过多、过散的“站、所”归并成综合性的农业服务中心、文化服务中心等，有条件的走企业化、社会化的路子。三是市、县（市）、乡（镇）各级行政编制的精简比例，杭州、宁波、温州三市为18％，其他市和县（市）为20％，乡镇为23％。市、县（市）、乡（镇）三级编制不能混用。实行省以下垂直管理的工商行政管理、质量技术监督、药品监督管理部门的人员编制，分别按市、县（市）编制总数的3％、2％、1.5％的比例上划后，按同级机关的比例精简。经过改革，全省市级机关行政编制由原有30774个减少到23966个，精简18.7％。
这次改革是历次机构改革中涉及面最广、精简力度最大的一次，其重点体现在：第一，调整和优化机构设置，不再保留工业经济管理部门和行政性公司，基本解除政府部门与所办经济实体的行政隶属关系，把政府机关的一些辅助性、技术性和服务性事务交给事业单位。第二，规范党政之间的工作关系，理顺政府部门之间的职能分工，合理划分省与市、县的职责权限。第三，改革行政执法体制，综合设置精干、统一的行政执法队伍，实行相对集中的行政处罚权制度。第四，调整和优化了机构设置，进一步优化干部结构，较大幅度地安排了机关分流人员。
需要说明的是，******还在1988年和2003年进行了机构改革，但这两次机构改革没有在地方政府全面推开，有的仅仅是个别机构的局部调整。如2004年7月，浙江省国有资产监督管理委员会成立；目前全省除舟山市以外，其余10个设区市都组建了专设的国有资产监管机构。市、县组建文化广电新闻出版局后，改变了原先广播电视“局台合一”的体制，有效地促进了文化领域政事分开、管办分离。经过近30年的改革，浙江省地方政府机构已改变了计划经济体制下形成的按照“产业门类、部门管理”原则设立的格局，综合经济部门不断强化，专业经济部门持续削减，社会服务部门逐步优化，执法监督部门明显增强。总的来看，浙江省地方政府改革是按照中央政府的统一部署展开的，其制度变迁的轨迹与全国其他省（区、市）是完全契合的。
三、政府管理方式的调整
市场化改革不仅改变了人们的利益追求和思维方式，而且越来越影响地方政府公共权力的配置方式和运行规律。随着社会主义市场经济的发展，浙江省地方政府日渐明确了自己的角色定位，并逐步从原先运用行政手段、实行直接管理为主，转向更多地运用经济手段、法律手段进行间接管理。地方政府管理方式的调整突出体现在：
1．改革行政审批制度
行政审批制度与计划经济体制有着很深的渊源。行政审批制度改革，就是把不该由地方政府审批的事项减下来，让企业拥有生产经营和投资决策的自主权，让非政府组织和社会公众更好地自我管理。从浙江省行政审批制度改革的进程看，主要分四个阶段：（1）局部试点阶段。1999年6月，省政府印发了《关于开展省级政府部门审批制度改革试点工作的通知》，提出了改革的主要内容和基本要求，并确定省计经委、外经贸厅、人事厅、劳动厅、文化厅、工商局、土管局和宁波市进行试点。其中，省政府7个试点部门减少审批事项124项，减幅达53％。（2）全面推行阶段。1999年10月，省政府在全国率先对所有职能部门实行审批制度改革；2000年4月，这项改革又在市、县政府逐级展开。2001年10月，该省又制定全国首部行政审批规章——《浙江省行政审批暂行规定》。（3）第二轮改革阶段。2002年3月，按照“巩固、深化、提高”的总体要求，浙江省推行第二轮行政审批制度改革，省政府随后又出台《浙江省行政审批制度管理暂行办法》。到2002年末，省级部门共取消、下放及调整行政审批事项2120项，减幅达70％左右。（4）深化改革阶段。自2004年《行政许可法》实施以来，改革逐步迈入了法制化轨道。2005年12月，省政府办公厅印发《关于进一步清理和规范行政许可项目的通知》。经过清理和规范，确认67家省级单位具备法定行政许可主体资格；全省10个设区市和丽水地区共废止规范性文件2191件，涉及行政许可（审批）项目2562项，取消自行设定的行政许可（审批）项目558个。
削减审批事项是行政审批制度改革的重要内容，但绝非改革的全部。
近年来，浙江省地方政府不断创新行政审批方式。其中，对清理后保留的每一个审批事项，着力规范设立依据、对象、条件、时限等各个环节，并制定具体的操作流程。为贯彻《行政许可法》，各部门还建立了统一受理行政许可申请、统一送达行政许可决定等配套制度。同时，自1999年绍兴上虞市创建全国第一家综合性行政审批服务机构以来，浙江省普遍设立了“一门受理、规范审批、限时办结”的各类“便民服务中心”。这些机构将过去分散在政府部门的行政审批事项予以集中，并建立了首问责任、服务承诺、限时办结等制度。据统计，目前全省已有75个综合性行政审批服务机构，基本形成了覆盖所有县级以上部门的政府“服务网”。