明朝的开国皇帝朱元璋祖籍句容（属金陵地区），他在元末农民起义的群雄逐鹿中，成为军事实力最为强大的一支力量。洪武元年（1368年），朱元璋攻下元大都，统一了中国，下昭“其以金陵为南京，大梁为北京”。1378年，朱元璋宣布废去北京，改南京为京师，正式定都南京，这是南京第一次成为真正的全国的政治中心，朱明王朝则是第一个立都江南而完成统一大业的王朝。
朱元璋为何相中了南京城
早在元朝末年，朱元璋起兵之时，儒士冯国用、陶安、叶兑等人就纷纷主张取南京而定天下。《明史·冯国用传》记载冯对朱元璋说：“金陵龙蟠虎踞，帝王之都，先拔之以为根本。”邓伯言云：
朱元璋曾命儒士为钟山赋诗，“鳌足立四极，钟山一蟠龙。”这是一句极赞南京有帝王之气的诗，朱元璋听后不禁拍案叫绝。
朱元璋登基之后听从了儒士的建议，由刘基等人相地，精心营建南京。明代的封建文人认为，天下能够作为帝王之都的地形不过两处，一是南京，一是北京。引明代云：雄伟壮《日下旧闻考》《杨文敏集》“天下山川形势，丽，可为京都者，莫逾金陵。至若地势宽厚，关塞险固，总扼中原之夷旷者，又莫过燕蓟。虽云长安有崤函之固，洛邑为天下之中，要之帝王都会，为亿万年太平悠久之基，莫金陵、燕蓟若也。”所以，明代一直有建都北京还是建都南京之争，明成祖后来终于迁都北京，但仍在南京留下了一套中央机构，负责南方事务。
朱元璋确定南京之后，随即对南京旧城进行了大规模的规划改造，其宫城位置的确定，则是规划和改造的核心议题。宫城的选址，殿宇宫“以乘王气，阙规模宏壮，象法天地，经纬阴阳”，深受堪舆理论的影响。当时，曾征召数百名通晓阴阳地理的人，汇聚南京，为新都规划集思广益。在明代，堪舆理论应用于都城的选址规划，除了注重、之外，“龙脉”“王气”“龙脉”还强调（中轴线）必须要对准某座山峰（祖山、镇山、靠山），以引入山川的灵气。《明实录》记载了元至正二十六年（1366年），朱元璋修筑城墙和宫殿的情况：庚戌朔，建康旧城西北控大江，东进白下门外，距钟“八月，拓建康城。初，山既阔远，而旧内在城中，因元南台为宫，稍庳隘。上乃命刘基等卜地，定作新宫于钟山之阳，在旧城东白下门之外二里许，故增筑新城，东北尽钟山之趾，延亘周回凡五十余里。规制雄壮，尽据山川胜焉。”在解释拓建新城的原因时说：其一，无法将钟山的灵气引入城中；“距钟山阔远”按照堪舆的理论来讲，其二，因元南台为宫，如果进行“旧内在城中，稍庳隘”就是说这里是老城区，扩建改造，会面临大量的拆迁问题，受到这样那样的困扰而施展不开；其三，朱元璋对定都应天，曾经有过“六朝国祚不永”的忌讳，如果将大内建筑在六朝宫城的固址上，他当然会更加忌讳。这样，新城的选址就特地强调与钟山的联系，新宫不仅位于“钟山之阳”，而且在增筑新城时，还特地把“钟山之趾”（即富贵山）围了进来，既有防御的因素，也有风水象征的考虑。富贵山位于钟山龙脉向西延伸的支脉方向上，号称“龙尾”，刘基将它定为新宫的“镇山”，使新宫的中轴线对准它，目的就是引钟山的灵气入宫。
刘基虽然堪称一代风水大师，但是，要为朱元璋选择一块真正的风水宝地，也并不容易。
南京有“虎踞龙盘”的说法流传已久，其“四灵”的位置也已确认：玄武湖在北为玄武，钟山在东为青龙，秦淮河在南为朱雀，清凉山在西为白虎。因此，大内的“龙穴”就只能在“四灵”框定的区域里来寻找。秦淮河以南聚宝山一带，岗阜起伏，溪流交错，在水之南属于“阴地”，而且与旧城区构成“坐南朝北”的格局，自然要排除。
旧城外西北方靠近清凉山、石头城一带已经屯驻了不少军队，而且这里山冈密集，地域也不开阔，它濒临大江，当时南京主要的外部军事威胁就来自长江，因此，在临江一带建都就没有防御的纵深。
六朝宫城固址一带，虽适合“择中立宫”的传统，但是地处旧城之中，同样面临拆迁等等问题，而当时拓建都城只为新建皇宫，原则上对旧城要尽量的保留。
如果按照北宋东京或元大都的三套方城、“宫城居中”的传统，或者按照《周礼·考工记》的要求建设方形或矩形的外城，然后在中央布置皇城、宫城，工程量将十分浩大，这是明初的经济实力所无法承受的。最后，刘基等人决定放弃从聚宝山到玄武湖的旧城轴线，而在旧城以东，背靠“钟山之趾”的地方另设了一条新的轴线，填平钟山之阳燕雀湖作为宫城“龙穴”，这在当时的历史形式下无疑是一种最佳的选择。这个地方当时还是一片农田，燕雀湖就位于其中，青溪与其支流蜿蜒而过。填湖筑城，皇城在旧城之东，既避开了繁华的市区，保留了旧城，又迎合了朱元璋建立新王朝的意愿。堪舆理论认为，南京处在长江以南，来自西南的长江在此折而东去，在这里结了一穴，南京之地在水之南，总体上属于阴性。因此，选择钟山之阳的燕雀湖结穴，正所谓“阴中之阳”；钟山是其祖山，其龙脉向西延伸，依次形成富贵山、覆舟山、鸡鸣山等，是所谓“龙尾”；新宫的中轴线正对龙尾的富贵山，这样就确保将钟山的灵气引入“龙穴”；新宫的中轴线使六朝以来的玄武湖至聚宝门的旧的中轴线落于西位。
风貌独具南京城
朱元璋修建南京城用了整整二十一年的时间，南京的城墙不仅在全国首屈一指，而且是世界上最大的一座砖石城。其“高坚甲天下”，六百年来，历经战乱和人为的破坏，现在仍有四十里的城垣巍然屹立。
朱元璋营建的南京城，在形制上并没有拘泥于方正的老规矩，而是依山傍水，尽得山川形势之利。因此，南京城看上去并不规则，而是由三个方形组合起来的。一个是中部和南部（包括西南），原六朝建康城和南唐金陵城构成的方块；一个是东边接上去的明代皇城，略呈长方形；另一个就是后来修筑的“后湖城”，也大体接近方形。明代南京城，把“方正”和“自然”两种建筑传统结合起来，山、水、城、林融为一体，可谓风貌独具。
宫城区避开了城市中轴，即避开六朝与南唐的宫城遗址以及由此而产生的“国祚不永”的忌讳。宫城西部繁华的市区，在明洪武十三年（1380年），璋下令“改作为京街衢及军民庐舍”，对市区做了一次规划调整，一则规范了城市格局，二来便于统一户籍的管理。市区中除了百姓住宅区外，同时还是手工业、商业集中之地。市区的范围大约东起大中桥，西至三山门（今水西门），北起北门桥（今珠江路），南至聚宝门（今中华门），其中贵族的府第大多位于城南与城中。明朝在改造金陵城的同时，对城市居民的结构也作了调整，原有的居民被大批迁往云南、江北等地，又从全国调集工匠与富户来京居住。当时全城人口达到百万之多。匠户按行业分编于各街坊，商人的铺行沿官街起盖，官府还成批建造“廊房”（铺面）和“塌房”（货仓）出租给商人，又在城外秦淮河沿线水陆码头附近的商贾集结地段造酒楼十五座，成为南京繁华兴盛的一个标识。
明朝所造南京城有宫城、皇城、都城及外郭四道城垣。皇城区，位于南京城的东部，以皇城与宫城为主体，一系列的宫殿建筑都旨在突出皇权的“神圣”，是全国最高中央行署机构和大明王朝的核心区域，也是明初南京城的核心所在。
宫城和皇城的选址，既要讲求“风水”，选在钟山之阳，又要避开市区和前朝的亡国之宫，就只能选择在城的东部。这里本来有燕雀湖，亦名前湖，为了修宫城而填平此湖。
明南京皇宫规模宏大，布局严谨，可以说是后来北京皇宫的母版。明南京皇宫由内宫城和外皇城两部分组成，都坐北向南。宫城亦名紫禁城，设置六门，分别为午门、左掖门、右掖门、东华门、西华门、玄武门。宫城内有前三殿和后二殿，均压在南北中轴线上。前三殿为奉天殿、华盖殿、谨身殿；后二殿为乾清宫、坤宁宫。其余大殿以中轴线为中心，对称布局。
明南京宫城的正南第一座城门是承天门（位于今南京外五龙桥偏北，现无存），沿着承天门向北的中轴线分别建有端门和午门。午门，因其在宫城大门前两侧建有楼台，故又称“阙门”，或称“观门”，其地位和作用超过宫城中其它任何一座城门。因此，从功能上说午门是明宫城（即“大内”）的正门。
“午门”一名，被冠于宫城正门，始见于南京，之后，为明、清两代北京宫城正门所沿袭。午门（包括宫城）建成于1367年3月1日。仅过了十年，朱元璋就下令重新修建宫城及午门。重建的宫城，不仅“规模益闳壮”，而且还“稍加增益”，这当然也包括了午门。重建后的午门，包含午门两翼的“阙”和五个拱明南京皇城示意图门：中间三门，在东、西两阙的外侧分别为左、右掖门。午门城上，还建有高耸南京午门遗迹的“五凤楼”，朱元璋曾多次登临过此楼。在正月十五的晚上，皇上兴起，还会亲率嫔妃们在楼上观灯。1421年，朱棣迁都北京后，南京午门随同南京城一样，地位开始下降，维修工程也趋缓。如今“五凤楼”早已毁圮了，仅留下正楼和稍后的东西两角楼的石柱础，成为午门的一景。
宫城之外为皇城，设置四门，正南门为洪武门，正对正阳门。东为东安门，西为西安门，北为北安门。皇城，是护卫宫城最近的一道城垣，环绕宫城等距而建。永乐年间拓皇城西垣，致使西华门至西安门的距离要比东华门至东安门的距离长一倍左右，平面呈倒“凸”字形。
都城，是护卫皇城的城垣，它的周长近七十里，城墙高达十四至二十米，城基宽十四米左右，顶宽四到十米，全部采用条石及大块城砖砌成。皇城东北两面约十里长的一段城墙采用砖实砌而成，其它地段为土墙外包砖石。用砖量巨大，所有城砖来自二十八府、一百一十八个县，所烧砖块规格统一，长四十至四十五厘米，宽二十厘米，厚十厘米，每块城砖上都印有承制工匠和官员的姓名。城墙上共设垛一万三千余个，窝铺二百余座。有城门十三座，都设瓮城，其中聚宝、三山、通济三座门有三重瓮城（即四道城门），设防之坚，为历代仅见。十三座城门依次为：“南曰正阳（今光华门），南之西曰通济，又西曰聚宝（今中华门），西南曰三山（今水西门）、曰石城；北曰太平，北之西曰神策（今和平门）、曰金川、曰钟阜；东曰朝阳（今中山门）；西曰清凉，西之北曰定淮、曰仪凤（今兴中门）”。城内平面布局大体上可分为三区，即军事区、商业区和行政区。
军事区位于全城西部，即紧邻玄武湖的城墙以西地区。这里有十数个军卫和军仓，以密集的岗阜作为凭藉。商业区位于全城中部和西南部，即旧城区和秦淮河沿岸。这一带人口稠密，交通方便。店铺多沿街道布设，城中部的成贤街、北门桥，城南部的大中桥、镇淮桥、聚宝门、三山门、石城门一带，都是热闹的去处。城东部的钟山之阳就是皇城、皇宫所在地，皇城之南御道东侧为五部（礼、吏、兵、工、户），西侧为五府，即五军都督府（左、右、前、中、后），只有刑部、都察院在京城北门太平门外以西地区，不在城内。由于明南京城有明显分区，功能各异，街道布局也就各有特点。
当时的街道为分三等，即官街、小街、巷道。
南京城的居民区城内“曰坊，近城曰厢，乡都曰里”，基本上按职业分类居住。仅城南十八坊中，就居住有十余万手工业工人，包括织锦坊、鞍辔坊、弓匠坊、箭匠坊、铁作坊、银作坊、毡匠坊、杂役坊等。全城由附郭县上元（管东北部）和江宁（管西南部）两县管理。明代南京城还设置五城兵马司，目的是“巡捕盗贼，疏理街道、沟渠及囚犯火禁之事”，后来还兼理“市司”。永乐以后才专理“刑名盗贼，如两京知县”，五城兵马司管理的事情很多，接近于今天的市政机关。中城兵马司在内桥北（城中部），东城兵马司在太医院南（皇城东南），西城兵马司在三山门外，南城兵马司在聚宝门外，北城兵马司在鼓楼北（神策门西南）。
在都城的外围还有一道土城，即外郭城。长约一百二十里，明初设郭门十六座，后又有所增减而成十八座，当时关于南京城门有“里十三，外十八”的民谣。外郭城大抵依山带岗，将紫金山、雨花台、幕府山等山丘都包括在内。外郭的形状呈菱形：最北的城门为观音门，最东的城门为麒麟门，最南的城门为夹岗门，西边的外郭城垣未合围，留下的南北豁口分别延伸至长江边。外郭利用丘陵岗阜的有利地势建造，墙体以构筑土墙为主，所以有“土城头”的俗称。外郭的建造，主要出于军事防御的考虑。
明代南京城的规模相当宏大，不仅为明中叶后南京经济的繁荣打下了基础，而且至清朝乃至民国年间，南京的城区仍未超出明南京城的范围，其中部分道路骨架及地名也一直沿袭至今。
南京国子监，我国最大的国立大学
明代南京也是全国的文化中心。明代国子监，是十四五世纪我国最大的国立大学，遗址位于鸡笼山南，规模很大，其范围东至小教场，西达英灵坊，北至鸡笼山下，南临珍珠桥（今浮桥），东为覆舟山（今小九华山），西为钦天山（今北极阁），相当于今成贤街东、西和东南大学所在地。元至正二十五年（1365年）朱元璋在元集庆路学校基础上改应天府学为明初最高学府，洪武十四年（1381年）改称国子学，十五年更名为国子监。永乐元年（1403年）设北京国子监，十九年（1421年）迁都后始有南、北国子监之称。南京国子监在学学生人数相当多，其中以永乐二十年（1422年）为最多，达九千九百七十二名，不但有全国各地的学子，还有许多外国留学生。他们除了教堂授课，还整理、编辑、刻印了大量书籍。这些书籍，一般叫“南监本”。特别值得一提的是，当时以南京国子监为中心，编成了世界上最早、最大的一部百科全书《永乐大典》。朱棣为修纂该书，召集了朝臣文士、四方宿学老儒达二千一百六十九人，分别担任编辑、校订、绘图、圈点等工作。朱棣还专门派人到外地广收博览，将南方各地宋、元以来的书版，集中到南京国子监，以备参考。《永乐大典》于永乐三残存的《永乐大典》
年（1405年）开始修纂，永乐五年（1407年）定稿，永乐六年（1408年）完成，前后不过三年时间，共二万二千八百七十七卷，目录六十卷，分装成一万零九十五册。全书编成后，由于部头太大，没能及时印刷，收藏在南京文渊阁。永乐迁都后，陆续运到北京文渊阁保存。清朝咸丰十年（1860年）英法联军和光绪二十六年（1900年）八国联军占领北京期间，《永乐大典》两次遭受洗劫，几乎丧失殆尽。
1644年“闯王”李自成攻占北京，闯进皇宫，崇祯帝朱由检自缢，明灭。而后太平天国洪秀全再次定都南京并更名天京。可惜义军为酒色沉迷，纸醉金迷，不思进取，洪秀全大兴土木，不理朝政，山河日下，都城不久被湘军攻陷，钟灵毓丽的南京城又遭一次劫难。