在晋代，不仅有很多道观被建立起来，很多教派也相继形成。
天师道经过张道陵及其子孙历代天师的创建和发展，逐渐扩及全国。从晋代开始，天师道在青城山便兴盛了起来。在天师道兴盛的同时，上清道也逐渐形成。
上清道起源于东晋，是由杨羲手书的《上清经》传播后形成的道派。此派以存思为主，不主张金丹术，宣称修行得道，可升入“上清天”，比天师道理想的“太清境”更高，所以自称“上清家”。
至南北朝期间，天师道逐渐形成了两个道派。南北朝北魏嵩山道士寇谦之创立了“北天师道”，南朝庐山道士陆修静“祖述三张，弘衍二葛”，融符篆、丹鼎两派，创南天师道。从此天师道渐渐分成了南天师道和北天师道，青城山所传为“南天师道”。
青城山的南天师道名人辈出，后来的唐代著名道士薛昌和宋代著名道士勾台符均属南天师道。
至隋朝，距离建福宫约2千米的天师洞建立了起来。
天师洞建在白云溪和海棠溪之间的山坪上，相传东汉末年，天师道创始人张道陵曾在这里修炼布道，俗称“天师洞”。原观早毁，后来在清代重建。有殿三重，名三清殿、三皇殿和黄帝祠。
三清殿是主殿，是一座重檐歇山顶楼阁式建筑。殿前铺设通廊石阶9级，前檐排列大石圆柱6根，殿堂横列5间，正中高悬后来清朝康熙皇帝的御书匾额：“丹台碧洞”。殿前高悬几副对联，其中一副写道：
一生二，二生三，三生万物，地法天，天法道，道法自然。
三清殿中供奉的是道教至高无上的3位尊神，即居于玉清仙境的元始天尊、居于上清仙境的灵宝天尊、居于太清仙境的道德天尊。天师洞另一座主要殿堂乃三皇殿，殿内供奉伏羲、神农、黄帝石刻造像各一尊，高约1米，是唐代雕造，皆为坐像。
道教以黄帝、老子为祖师，相传黄帝曾在青城山跟随仙人宁封子学道，宁封子还协助他打败了蚩尤。
后来黄帝功德圆满，乘龙升天成仙，宁封子被封为青城山的主治神仙。黄帝在此山自然也有突出的地位。故而在青城山不仅三皇殿供奉黄帝，并且还单独为他修了一座黄帝祠。
黄帝祠左侧有一洞，相传乃张道陵修炼之处，此即人们所说的天师洞。洞窟的最上层有一石龛，其中供奉着张天师石像。
这个张天师石像面有三目，神态威严。左手掌直伸向外，掌中握有天师镇山之宝“阳平治都功印”，洞外还有张道陵第三十代后嗣、宋代虚靖天师张继先的塑像。
天师洞三面环山，一面临涧，古树参天，十分幽静。在天师洞门前有一棵古银杏树，高50余米，据说此树乃张天师亲手所植。