永州的州治在零陵，位于湖南和广东、广西的交界处，当时还是一个相当荒僻落后的地区。柳宗元所担任州司马的职位，名义是个小官，实则是个没有什么实际工作的罪犯。那一年的冬天，他侍奉着六十七岁的母亲，跋涉了万水千山，来到这里，寄住在一座叫龙兴寺的和尚庙里。
贵族大官僚集团对柳宗元等人的迫害在继续着。公元806年，宪宗改年号为元和，并宣布大赦。但接着下诏：左降官柳宗元等八人“纵逢恩赦，不在量移（调升）之限”。就在这年，柳宗元的母亲因水土不服和缺乏医药条件而病故，王叔文被朝廷处死，被贬为连州司马的凌准也因忧愤而生眼病去世。有些竭力反对革新的人还经常对柳宗元进行种种无中生有的人身攻击，一些趋炎附势的人更捏造出许多污蔑柳宗元的谣言来讨好他们的主子。柳宗元几乎被他们说成为一个“怪民”。过去和柳宗元相交的一般亲友，这时也不敢再和他通讯交往了。这几年里，永州还常常发生大火灾。五年中，柳宗元的住所倒有四次被火灾延及，有一次他仓皇逃了出来才算保全了性命。残酷的、长期的政治迫害，使柳宗元痛苦、忧郁，身体也急剧地衰弱；但这种生活也使他获得更多的锻炼和体验。他进一步接近了人民，了解到人民的生活痛苦和思想感情，更深刻地认识到权贵们的丑恶面貌和社会上种种不合理现象。这时他又有机会广泛地钻研古今典籍，并加以批判吸收，因而大大地提高了认识水平和文学修养。于是他勇敢地拿起了笔，写出大量的理论着作和文学作品，批判黑暗的现实和宣传进步主张，提倡散文革新。他的着名作品如《贞符》、《非国语》、《天说》、《天对》、《捕蛇者说》、《段太尉逸事状》、《三戒》、《送薛存义之任序》等以及许多优秀的山水游记、诗歌、辞赋，大都是在这时期完成的。它们在思想史和文学史上闪耀出灿烂的光芒。
柳宗元尽管遭受到了沉重的政治打击，但始终坚信自己和王叔文等所实行的政治改革是正义的，是符合国家利益的，是“唯以中正信义为志，以兴尧、舜、孔子之道，利安元元《老百姓》为务”（《寄许京兆孟容书》）的。他始终不动摇自己的政治理想：“虽万受摈弃，不更乎其内（不改变自己的主张）”（《答周君巢饵药久寿书》）。柳宗元被贬往的湖南，正是战国时候伟大诗人屈原活动和行吟过的地方。他看到连绵的山峰，浩渺的洞庭湖，奔流的湘江，听到嗷嗷的猿啼，啾啾的鸟鸣；这一切正是屈原诗歌中描绘的景色。他诵读屈原的作品，追想屈原的遭遇和高尚人格，对照自己的身世，更增强了对腐朽势力的憎恨，更坚定了追求理想的意志。柳宗元曾经到屈原投水自沉的汨罗江去凭吊，缅想过去，抚感当前，不禁热泪盈眶，写下了一篇沉痛的《吊屈原文》。文中强烈地鞭挞了当时颠倒黑白的社会，对屈原的爱国精神和为自己的理想而献出生命的行为表示无限向往，最后愤激地说：吾哀今之为仕兮，庸有虑时之否臧。食君之禄畏不厚兮，悼得位之不昌。退自服以默默兮，曰“吾言之不行”。既风之不可去兮，怀先生之可忘！
这里谴责了当时一批只顾私利而不关心国家的官僚，表扬了屈原，也反映了作者不因个人得失安危而放弃与现实斗争的意志。柳宗元在永州时还学习屈原《离骚》的精神和艺术技巧，写了许多辞赋。在一篇《瓶赋》中，把一些损人利己、投机取巧的人比作“鸱夷”（一种盛酒的皮囊），他指出酒囊虽然博人宠爱，看起来似乎很“智”，可是它却使人喝得酒醉糊涂，不辨是非，甚至损害集体，败坏国家，这种“智”是要不得的；因此接着指出：不如为瓶，居井之眉。钩深挹洁，淡泊是师。和齐五味，宁除渴饥。不甘不坏，久而莫遗。清白可鉴，终不媚私。利泽广大，孰能去之。绠绝身破，何足怨咨。功成事遂，复于泥土。归根反初，无虑无思。何必巧曲，徼觊一时。子无我愚，我智如斯！
这段对于瓦瓶的赞美和表白，用简练有力的文笔，形象化的比喻，显示了他光明纯洁的胸怀，高尚无私的品质和坚定不移的意志。他觉得象瓶那样从深深的井中打起纯洁的水，可以用来调和各种滋味，解除人们饥渴，对人类的利益何等广大。尽管淡水不甘甜，可也不会腐坏，而且清清白白不向谁献媚。即使有一天吊瓶的绳索断绝，瓶被打破，瓦瓶本是泥土所做仍旧回复为泥土，就好比回到老家恢复自己本来面目，也没有什么值得怨恨，为了有利于社会大众而献出自己一切，正是份所应当。由此看来，庸俗的人们以损人利己、投机取巧为“智”，这恰恰是他所不齿的；庸俗的人们以不顾自己而为大众服务为“愚”，这恰恰是他所向往的。他在被贬黜时期中经常自称“愚”，甚至把所住的地方都题名为“愚”，这不是对自己过去遭受挫折感到后悔或自我责备，恰恰是表示他对庸俗社会的鄙视，对自己坚持正直操守的自豪感，反映了他坚贞不拔的斗争意志。从这里我们看到，柳宗元和那些“智巧”的统治者距离远了，却与被他们视为“愚氓”的民众近了，有了不少共同的语言。