但自冯玉祥国民军进入西北地区之后，马麒在青海的统治碰到了危机。1926年9月17日，冯玉祥誓师五原，任国民军联军总司令。将西北马家部队悉数编入。任马麒为暂编第二十六师师长，马麟为副师长，下辖第七十六、七十七、七十八3个旅，以马步青、马步元、马元青为旅长，马步芳等为副旅长。冯玉祥令刘郁芬为驻甘总指挥兼代甘肃军务督办，刘率孙良诚、张允荣、吉鸿昌、赵席聘、孙连仲等所部进驻兰州。马麒在国民军优势兵力压迫下，表示奉命惟谨与世无争。与其智囊黎丹商定，为表明心迹，由黎丹辞去西宁道道尹，请冯玉祥派员接任。实际双方权与地之争，难以调和，此后文章甚多。冯以其西北边防督办公署边事处处长林兢为西宁道道尹，旋改为西宁行政区，林任行政长。林开办讲演会，每周两次，主讲《三民主义》、《国民军史》，为国民军进驻西宁制造舆论。不久，冯撤销马麒的甘边宁海镇守使暨蒙番宣慰使职务，改任为宁海护军使。实际是剥夺了马拥有的实权，仅留有名义而已。1927年6月，甘肃省改为委员制，成立省政府，刘郁芬任省主席，马麒为九委员之一。刘促其到兰就职，马麒岂肯离开西宁老巢！推以因病难以成行，但终不安于心，又派黎丹到兰探听虚实，就中活动。黎返西宁后，向马叙述冯玉祥实力雄厚，不可力敌，力主服从。时甘肃八镇中，六镇均经西北军易人，仅有马麒、马廷勷两镇仍依其旧。马麒因风转舵，速发专电，欢迎国民军进驻西宁。冯则复电马麒，仍请其依旧维持地方治安。马麒如坐针毡，心神不安，遂密赴皇城滩，与凉州马廷勷会晤。二人同病相怜，相对欷歔，商定于不得已时以武装对抗的计划，并抱《古兰经》盟誓共同进退，被称之为皇城滩盟誓。实际“二马”还有打算，其时冯玉祥部队即将赴中原与张作霖作战，“二马”见有机可乘，准备出兵袭击冯军之后，即派马辅臣、敏雅庵（洮州人，马廷勷的代表）赴北京通过韩海容，与张作霖联系，张许以马麒为甘肃军务督办，马廷勷为甘肃省长。“二马”正在窃喜之间，不意奉军败北，张作霖退回关外，被日本人炸死于皇姑屯。此着全失。马麒采取的是两面三刀手法，一面向国民军表面表示拥护，一面向奉方活动，一面则唆使部下以“叛乱”姿态扰乱地方。马仲英之起事，马麒实有以致之，后面我们将另行交代。同年7月，马鸿宾受刘郁芬派遣前来调解，马麒前往享堂与马鸿宾晤面。马麒委托其转向刘郁芬表达自己唯命是从之意。刘郁芬一面虚与委蛇，一面报请冯玉祥进兵西宁，先从军事上控制，以策万全。当时西宁谣言丛生，一夕数惊，惶惶不可终日。官兵中有回家的，有哗变的。马麒的第一营青马队即自行开往河州。镇守使署顾问朱绣力主和平：“当前大难临头，危机四伏，一触即发，如逞匹夫之勇，铤而走险，何异负薪救火；今既卵不敌石，孰若请降，以观时变，万全之策，莫善于此。”黎丹亦附会朱议。马麒身处危境，嘱托朱绣为首席代表，会同镇守使署总务处处长周希武、西宁县县长赵从懿、士绅基生兰和蔡占珽，前往兰州接洽。并派马麟率骑兵一排护送。实际朱绣归附冯玉祥之倡议，深为马麒部下所忌，认定朱是内奸，于是秘密商定，中道剪除之。8月2日朱等于西宁起程，4日经老鸦峡，朱绣等方抵峡中莲花台，遭伏兵突然袭击，枪杀了朱绣、周希武。赵从懿惊恐落马，辗转崖下，抱头佯死，基生兰、蔡占珽幸免于难。凶手呼啸远扬，在后作礼拜的马麒方始赶来。1928年4月1日，马仲英在河州起事。国民军调兵围剿，双方混战，后马仲英转进河西走廊。马仲英的起事，一方面相对缓和了马麒与国民军的对立；另一方面，使国民军进一步认识到马家在西北地区的分量，未可等闲视之。这对马麒的处境是有利的。10月初，孙连仲令鲁崇义、安树德两旅进驻西宁，高树勋旅先驻川口，后驻碾伯。15日，鲁、安率部举行入城式，士卒阵容整齐，大炮机枪成列，自晨迄午，陆续不断，军威甚壮，居民聚集街头围观，笼罩西宁城头乌云为之一扫。马麒派出代表欢迎。孙连仲则于11月初到达西宁，随调高树勋旅亦驻西宁，马麒被迫交出军政权，退居东关私邸。时国民军分布于兰州、西宁、凉州、河州、永登等地，马麒唯有蛰伏听命之一途。
但马麒在家并未闲居，仍在展施手段。孙连仲派高树勋到化隆、循化清乡，马麒令在化隆的马步芳向高树勋行贿。马步芳急忙拼凑银币15万元、骏马100匹，送给高树勋，并对高奉承备至，对高的随从，也称兄道弟，体贴入微。为取高的信任，马步芳又将曾在凉州围攻国民军的原宁海军营长马伏良、马朝佐（均为马步芳族叔）诱捕，关押于国民军军法处，2人旋被枪决。马步芳还将9个参加河州起事的农民枪杀，悬首于伊麻木河沿树上示众。高树勋返回西宁，即向孙连仲疏通，允许马步芳收集流落于循化、化隆的宁海军余众，编成3个步骑混合团、两个独立营（总数不及1000人、马四五百匹），孙授予国民革命军第二集团军独立第九混成旅番号，任马步芳为旅长。1928年9月，国民党中央决定设青海省，组织省政府，旋任命孙连仲为委员兼主席，委员共7人，马麒为委员兼建设厅长，马麟、九世班禅额尔德尼等为委员。马麒称病，保留委员名义，建设厅长由马麟充任。1929年9月4日，由于冯阎对蒋中原大战，孙连仲奉命率部移驻兰州；10月，中原战事吃紧，高树勋亦奉命率部离开西宁。高临行时，马麒贿以重金。高即以青海局面不稳，非马麒出主省政，地方难以安定，以此转报冯玉祥批准，马麒即暂代青海省主席职务，又以防务空虚，调马步芳部由化隆移驻西宁。之后，冯又将第九混成旅改为第二方面军第二师，以马步芳为师长。至此，马麒在行将山穷水尽之际，又轻而易举地恢复了在青海的统治。
中原大战，不知鹿死谁手。青海每月向国民军汇银币5万元的“前防接济费”，马麒尚需听从冯玉祥的指挥。但他同时在密切注视时局，与黎丹、李乃棻等收集各地战况，观察大局变化，把握时机。1930年3月，孙连仲率部由兰州进驻西安，甘肃省政交由王桢暂代，群龙无首，人心不安。马麒应王桢之请，派马麟率部进驻兰州维持局面。马麟先任甘肃剿匪总司令，旋改任甘肃全省保安司令，兵权在握，成为举足轻重的人物，王桢唯马麟之命是从，甘肃大绅也纷纷攀附。马麟趁风张帆，组成甘肃骑兵暂编第一师，自任师长，下属两个团，以马忠义、苏彦龙为团长。与此同时，马麒在西宁亦组成青海暂编第一师，设青海省会城防司令部，以马步芳为师长兼城防司令。西宁根基既已稳固，便极力向外扩张，派第二团马为良部占据河州，成立河州警备司令部；又乘河西走廊空虚，派第一团马驯部占据凉州，成立凉州城防司令部。人员既扩充，地盘亦扩大。
早在中原大战正酣之际，马麒即曾派人秘密向蒋介石通款曲，及至蒋军得胜，马麒急忙揭起拥蒋反冯旗帜。1929年11月专电蒋表示拥戴之诚，电文中申述前曲云：“麒倾心向南，唯冯军来甘，遂致倾向之忱，无由上达。冯且蓄意剪除异己，只得曲意周全。”真个是巧舌如簧！与此同时，马步芳派人携重金到河南，向蒋之心腹顾祝同行贿，托其转达对蒋的衷心拥戴之诚。不久，汪精卫在北平召开扩大会议，马麒派李天民等前往参加，携带由马麒、黎丹、马步芳署名的致蒋介石的密函，托人转呈。
马麒还吁请早已成为南京要员的马福祥为之说项，不言而喻，马福祥自然会为其尽力周旋。其实，马麒是什么态度，蒋介石一清二楚，只以西北初定，根基未稳，权且利用之，遂于1930年1月6日，由国民政府明令发表马麒为青海省政府主席，孙连仲正式卸任。从此“青马”又攀附于蒋。1931年7月，蒋又以马步芳部为新编第九师，马步芳为师长；马步芳更急于打开蒋的门径，以其参谋长王廷瑞系保定军官学校出身的因缘，派王与顾祝同、陈调元、何应钦联络。
马麒本有腿疾（俗称人面疮），1931年7月初，由其三子马步瀛陪同，到大通上五庄水峡风景区避暑，又染中风症。8月4日，马步芳自河西返回西宁，前往水峡探视父病。并向马麒陈述在河西驱逐马仲英入新疆的经过，洋洋自得，语多高傲。马仲英何人？亦为其马家骨肉，且马仲英之起事，马麒实为始作俑者。今骨肉相残，儿子态度如此，实伤其心，故立即昏厥不省人事。医师谢刚杰急促马步芳将马麒送至西宁抢救，医药罔效，遂于8月5日上午11时去世，终于62岁。“青马”奠基人、一代军阀即此收场，蒋介石闻讯，给予治丧费3000元，并赠以手书“勋业炳彪”的挽幛。
六、施政撮要
马麒主青期间，施政之可述者，厥为以下数事。
（1）禁种鸦片。陆洪涛督甘后，大开烟禁，用以征收烟亩款，以补军饷之不足。因为烟税大于农业税数倍。斯时陇上八镇已成各自为政的割据形势，各镇为扩充军队，增加军饷，纷纷命令农民广种鸦片，严重影响粮食生产与各族人民的健康。时西宁道7个县之中，除湟源、大通、化隆3个县因地处高寒，不适宜种植外，其他各县均广种鸦片。据当时估计，每年产烟土约700万两。由于耕地多种鸦片，少种粮食，致使军粮不能自给，兵源补充也颇感困难。为此，采纳黎丹、李乃棻等人的建议，马麒决定禁种鸦片。1915年，北洋政府严令禁种鸦片，马麒遂令其宁海军马队到各地踏毁烟苗，迫令种烟户缴纳罚款。到1918年底，为今乐都、民和等地种鸦片的最后一年，次年即全部改种粮食作物。马麒禁种鸦片时，设立“官膏局”，实行烟膏公卖，垄断经营，不准私人贩运。所收购的烟土，则运销华北各地，用以换取军械弹药。因此，禁烟虽然是不彻底的，但毕竟使鸦片泛滥之势为之减杀，对发展农业生产和保障人民健康是有积极作用的。
（2）兴办教育。清廷于1906年裁撤各省学政，改设提学使司。次年，西宁道各县的儒学、书院、社学、义学先后改为学堂。马麒到西宁后，接受幕僚建议，在西宁先后创建中学、师范、女子师范、职业学校各1所。另有乐都县在县长梁炳麟倡导下，改文庙为乐都中学，又兴办小学。马麒对回民教育十分注意，在西宁东关设立同仁小学1所，聘请邵鸿恩为校长，积极劝说回民子弟入学，并亲自送本家族子弟入该校就读，以为提倡。至于马步芳弟兄，则专请邵鸿恩、姚钧等人教授。1921年，又令邵鸿恩、冶生禄、朱富贵、苏兆泉等筹备宁海回教促进会，次年5月正式成立，马麒自任会长，以西宁东关清真大寺教长马骏为副会长，制定会章，以促进回族青年学习文化知识和宣扬回教真谛为宗旨。该会先在西宁、湟源、大通、贵德、碾伯（今乐都）、巴燕戎格（今化隆）、循化各设立小学1所，以招收回族学生为主，后来也兼收其他民族的学生。青海建省后，首任省政府主席孙连仲改该会名为“青海省回教教育促进会”，以安树德为会长。马麒就任省政府主席后，以冶生禄、刘善为正副会长，并在各县设立分会，逐步成立正规小学。另在西宁东关创办回民女子小学1所。
相形之下，蒙藏教育则成果甚微，此亦有历史和习俗的原因。青海之蒙古族有29旗，分布于海西、海北、黄南地区。清末废科举，理藩院于1910年催办蒙古两盟学堂。西宁办事大臣庆恕在西宁设立蒙古半日制学堂1所，专收蒙古王公子弟。而各王公深恐子弟入学被留为人质，多以每年二三十两白银雇用汉民学生顶替。有的则以送礼行贿手段，使其子弟免于入学。1913年，该校改称蒙番小学校，兼收藏族学生。1920年添设师范讲习科。1927年改称青海筹边学校，两年后又改为青海筹边中学。
（3）安辑蒙藏。清时青海境内沿袭土司制度和蒙藏王公千百户制度。马麒时期，青海境内主要有16家土司，大体分布于东部农业区。马麒不让各土司领兵随征，无形中解除了土司之兵权。而征粮征税又由县政府经办，故土司制名存实亡。1926年，马麒令西宁农会会长蔡有渊出面，呈请甘肃省政府仿西南各省“改土归流”办法，取消土司制度。省上批复则希望各土司“自动请求改土归流”。到1931年8月，即马麒死后的一年，南京政府才正式“明令撤销土司案”。至此，青海地区沿袭560年的土司制度彻底废除。
马麒却极力维护蒙旗王公制度和藏族千百户制度，以巩固其统治。青海之蒙古族为29旗，各旗均划定游牧地界。旗设旗长（札萨克），下设协领、副协领、参领各1员。每百户编为1佐领，不满百户的为半佐领。佐领下设副领、骁骑校各1员、催领4员。藏族各部落划分为玉树二十五族、环海八族、果洛九族及河湟各族。部落设总千户、千户、百户，百户之下又设若干百长及干保若干人。马麒派其弟马麟到蒙藏地区四处活动，结交、拉拢宗教寺院上层和蒙古王公、藏族千百户，笼络他们安边固圉，保境安民。这些做法，比起其兴兵烧杀来，对蒙藏人民多少有些好处。
马麒还十分重视“祭海会盟”。一般每年都亲自主持这一大典。马麒利用这一形式，做四件事：一是收受各旗、各部落送献的金银财宝、牛羊马匹、珍贵特产等礼物；二是向他们赏赐物品，以笼络上层；三是向各部落、各旗传达政令，下达任务（如摊派草头税等）；四是调解民事纠纷。这对巩固其统治提供了极大的方便条件。