马麟出生时，其家已开始发迹，故自幼是少爷生活，虽从8岁就开始读私塾，但学无所成，素不知文。光绪二十一年河湟事变，曾积极参加回民反清斗争，后以其父奉清廷之命剿办，故得庇护，未受牵连。此后即追随父兄变反清为事清，并入京参与庚子之役。董福祥被革职后，马麟返乡经商，往来于甘南牧区，贩卖羊毛及土特产品，牟取暴利。所以，此后马麟即以爱钱著名。他的性格为人，有持重平和的一面，在各方面的政争中，曾几作解人，调和矛盾；但也有凶狠嗜杀的一面，在多次战争中，杀戮、抢掠甚多，为世所诟。但他一直追随于兄长马麒之后，大抵马麒为决策者，马麟为执行者。两人默契配合，创立“青马”基业。故其单独主政之后，无甚建树可言，且行动迟钝，心劳日拙，不得不让位于乃侄马步芳。马麟对伊斯兰教信奉甚笃，助马果园新新教派的推行，固然有政治上的需要，与信仰的需要也大有关系。
一、民族屠杀
马麟在辛亥革命之际，对宁夏、陕西义军及百姓的烧杀抢掠，在平定吕光之乱中对无辜百姓的屠杀，在两次镇压拉卜楞中的烧杀，前已述及。兹再举其大者。
1．征剿阿曲乎藏族部落
阿曲乎部落为环海八族之一（在今青海省兴海县境内），原辖大小7个部落，3000余户，9000余人。历天灾人祸，于辛亥革命后，户降为两千余，人口降为7000余。1912年底，该部落阿勒格率200余人劫掠行商，击毙商人7人，劫获货物价值白银6000余两。事报至北洋政府，北洋政府转令马麒查办。马麒遂令马麟拼凑马队1000余骑，于1915年驰至阿曲乎部落所在地大河坝进行镇压。该部落千户卓加早有所闻，率所属牧民3000余人，扼守要道。是年11月间，双方接触，起先马麟部死伤20余人；之后，马麟奋力反攻，相持三四天，马麟以优势火力，将卓加及其子角哲击毙，阿曲乎部落因大多火枪刀矛之类，不能支持，向马麟求降，并贿赂马麟的帮办马全喜，请代为说项。马麟准降，令其赔偿劫去货款银6000两、7人命价银4200两。又经受贿后，另委相松木承袭卓加的千户之职。从此，相松木俯首听命，马麒即在大河坝构筑营盘，控制枢要，打通西宁至玉树的通道。事后，马麒向北洋政府报告时，竟称“商民毙命实只一人，按照《番例番规》，应缴命价银六百两……商民均各欣然遵领银物以去”云云。其余大批白银，括入“二马”私囊。
2．镇压果洛贡玛仓藏族部落
马麒到西宁后，在马沁雪山开金矿，其部队护送驮运，向沿途藏民强派乌拉差役，勒索抢掠。果洛各族不堪其扰，组织力量对抗。1920年8月，上果洛贡玛仓头人尕日吐麻多率众杀死马部官兵10余人，抢劫牦牛粮物，并捣毁金矿，驱杀采矿人员。1921年6月，马麒任马麟为“征果洛司令”，率宁海军全部骑兵3000余人向果洛进攻。果洛女王路吉卓玛率2万余人迎拒。马麟以贡玛仓为果洛诸部落之首，亲率主力进攻贡玛仓。时贡玛仓头人尕日吐麻多已死，其子丹智合率众据山抵御。农历六月十九日，双方激战3小时，马麟以大炮轰击藏军阵地，贡玛仓部全线溃退，马麟穷追不舍，贡玛仓部伤亡600余人，退到黄河南岸，北岸寺院被马麟抢掠焚烧一空，所遗牛、马、帐房、日用品均为宁海军所有。之后，马麟向贡玛仓部招降，丹智合不屈。同月二十五日，马麟渡河进击，贡玛仓部战死500余人，被俘200余人。马麟部官兵也有很大伤亡。果洛女王路吉卓玛见非马家对手，即派人前来表示归顺。丹智合仍率数千人据守山中，二十八日，马麟派兵包围之，丹智合率数百人突围逃走，余众归降。是役贡玛仓部又战死100余人，宁海军死9人，伤10余人。
战争之后，马麟对果洛诸部落的镇压极其残酷。屠杀藏民7000多人，到处砍取藏民头颅悬挂示众。抓去妇女、儿童2000多人。寺院均被破坏，财物抢掠一空。许多妇女被奸淫致残、致死。并将许多活佛、土官拘押监禁，索要金银财物。马麟还将阿什羌头人然洛的姐姐旅德霸占，旅德不堪受辱，两次潜逃未遂，最终死于他乡。在各个部落，巧立名目，摊派税款，藏民不堪其重负。而马麟部下也多乘机强行勒索，如马全喜即骗取了大批金银财物。
马麟对果洛地区如此凶残，因而种下不解之冤。此后马步芳又7次镇压果洛，更给藏民造成无穷的灾难。
二、宗教利用
马麒、马麟懂得宗教的作用，极力利用宗教来发展、巩固其地位与势力，劫持、利用马果园，是他们兄弟的一个“杰作”。
东乡族人马万福（1849—1934）经名奴海，人称果园汉志，原系伊斯兰教北庄门宦教徒，后为阿訇。1888年到沙特阿拉伯受教，精通阿拉伯文和波斯文，在中、阿伊斯兰教中有一定声望。清末民初时，他联合十大阿訇，宣传伊赫瓦尼教派的主张，提出十大纲领，俗称“果园十条”，强调“穆民皆兄弟”的经文，信徒日多。他进一步公开号召其信徒“打倒门宦”，“推翻拱北”，逐渐形成新的一派，被称为“新教”或“新新教”。1892年，马万福回国传教，由于其教义简单，剥削较轻，皈依者甚多，引起苏菲派、阁的木派等教派上层的不满。他们以马万福曾在光绪二十一年（1895）参加过河湟地区回民反清活动的事，向陕甘总督控告，陕甘总督要捉拿马万福，马于1916年携眷到新疆，甘肃向新疆行文缉捕，1917年12月哈密县长逮捕了马万福，置入囚车押送兰州。其子马遇明跟随囚车，路过甘州，求救于甘州镇守使马璘（字玉清），未得应允。他即星夜奔赴西宁，求救于马麒。马麒欣然应允，立即令马麟部属于平番（今永登县）将马万福抢劫至西宁。为此，马万福免去杀身之祸，对马麒兄弟感恩不尽，尽力吹捧之，称其为“奴路边随尼”（意为中国的一道光）。马麒弟兄则视马万福为“贤人”，待以上宾，利用他传播伊赫瓦尼，控制信仰伊斯兰教的各族群众，以维护其统治。马麒于1913年开始倡议扩建西宁东关清真大寺（创始于明朝洪武年间），抽调军队，伐运木材，于1919年扩建竣工。即以此寺为青海的清真总寺。1922年成立“宁海回教促进会”，马麒自任会长，1924年成立清真大寺理事会，马麒复自任理事长，令马万福坐镇清真大寺，向各地清真寺派开学阿訇，强力推行伊赫瓦尼。极力培养继承人，后来培养出来的著名阿訇有临夏地区的马祥臣（尕阿訇）、马顺天、马云、尕张八、马大师傅、大八哥、尕循化、尕白庄、老阿林，青海的马禄等，人称“新十大阿訇”，从马麒到马步芳，由于强力推行新新教派，酿成不少教争以至流血事件。
1923年，尕阿訇在循化街子工总寺强制群众改信伊赫瓦尼，挑起了新老教派的群众械斗事件，械斗延续3个月之久，死伤群众数十人，焚毁房屋数十间。后来，马麒以平乱为名，派去军队镇压，杀5人。械斗平息后，在马麒兄弟支持下，新新教便在循化地区迅速发展起来。
1940年，马步青在河州地区强制各派改遵伊赫瓦尼，并派马为良前往汪百户，蛮不讲理地拆除胡门清真寺，马为良进入礼拜大殿时，被人刺死，从而使事态扩大。后来甘肃省主席朱绍良将马万良等5人及腊八阿訇缉拿处决后，才算结案。后来马步芳又派兵1营镇压汪百户群众，营长被汪百户群众打死，部队溃逃。此后马步芳增兵前往，屠杀10多次，杀害群众100多人。马步青、马步芳还多次挑起新老教教争，严重影响信教群众之间的团结和地方上的安定。
马氏父子兄弟强力推行的结果，使新新教迅速发展。在青海，伊赫瓦尼成为伊斯兰教中人数较多、影响较大的教派之一。在河州地区，河州八坊在1949年共16个较大的清真寺，其中就有12个属于伊赫瓦尼。在甘、宁、青三省以至全国各地穆斯林中，伊赫瓦尼均拥有不少信徒，据解放初期统计，伊斯兰教的信仰者中，属于伊赫瓦尼派的有100万人。
三、宦海浮沉
在宦海中，马麟听命于乃兄，是马麒的得力助手。起初多为其兄赶网，后来马麟逐渐崭露头角，但也迭经起伏升沉，并非一帆风顺。
1912年，民国初建，赵惟熙侥幸取得督甘宝座，马麒心有未甘，但以自己资历尚浅，羽毛未丰，遂极力策划抬出马安良主持甘肃省政。公开打出“甘人治甘”的旗号，指使马麟极力联络西军各回族将领，联合致电袁世凯，提出由马安良主政的问题，但因马福祥不附此议而未果。其后，马麒又令其长子马步青入京活动。但袁世凯以军人干政，恐生事端而未允。于是此议遂成泡影。
1920年甘督张广建被迫离职时，回、汉镇守使争夺甘督宝座。此时，马麒弟兄拥戴马福祥出任甘肃督军，马麟奉兄命积极联络马廷勷、马璘（玉清），合力反对陆洪涛（此在前《马福祥南京供职》中已交代，此处从略）。陆洪涛就任甘督后，立即成立甘肃陆军第一师，自兼师长，气势汹汹。陆并想进兵西宁，除其肘腋之患。马麒兄弟不甘雌伏，起而抗衡，所有向甘肃省方请饷及其他接洽事件，均改变行文程序，转由护理甘肃省省长潘灵皋咨请陆洪涛办理。陆洪涛则往往留中不发，迁延时日。马麒兄弟乃愤而截留西宁地区各项赋税。并自行任免财务人员，自行处理财政，无形中脱离陆的节制，使双方矛盾日益加深。陆吞马之意更炽，迫使马麒兄弟进一步与马廷勷联合，以相对抗。1921年9月，甘州镇守使马璘（玉清）为调解纷争，取道西宁与马麒会晤，转往兰州见陆说项，又赖士绅刘尔炘等极力斡旋，马麒才随风转舵，使矛盾表面上趋于缓和。
1925年冬，国民军刘郁芬率部入甘，对甘肃地方军采取排除态度，首先杀了李长清、包玉祥，继而解决了张兆钾、孔繁锦、黄得贵、宋有才的部队。又在1926年撤免了马璘（玉清）的甘州镇守使。灾难即将临头，马麒兄弟此时处境最为艰难。遂加紧与马廷勷联合。1926年，马麒、马麟到凉州（武威）与马廷勷商谈对策，拟定了反冯计划。1927年冬，马麒派人与张作霖通款曲。斯时，冯玉祥从西安来电，调西宁、凉州骑兵各1500名东下，准备参加北伐战争。正当凉州的马廷勷准备派兵出发时，西宁的马麒派马辅臣携带马麒、马麟署名盖章的信件和《古兰经》，到凉州策动马廷勷共同反对国民军，马廷勷立即完全同意，停兵不发。但马麒兄弟慑于国民军的威力，未敢轻举妄动，唯有内结于心的牢骚苦闷，在私室中发泄不已。他们的这种反冯情绪，激发了血气方刚、雄心勃勃的青年马仲英的义愤，马仲英遂于1928年5月发动“河湟事变”。马麒兄弟开始对此事公开表示不事干预，暗中却给以帮助（此当于后面“马仲英”部分详述）。但马仲英的举事毕竟冲淡了国民军对马麒兄弟的敌意，对他们渡过难关起到了一定的作用。
马仲英一起事，即“三围河州”，声势浩大。刘郁芬亲率大军前往河州征剿。后马仲英率部南撤洮岷一带，刘郁芬亲率部队炮轰河州西乡癿藏，时马麟适在癿藏家中。于是发生一个戏剧性的场面：马麟在家听到炮声，惊怕异常，以为在劫难逃，不得已只好听天由命。后炮声渐稀，刘郁芬带卫士数名闯入马麟家中。马一见刘，立即放声大哭地说：“我兄弟俩是好先人的后代，从来拥护冯总司令，不料侄子不听话，部队也无法约束，实在对不起督办。现在我们兄弟都老了，家口众多，还望督办照顾保护。”刘郁芬说：“你不要这样伤心，你和马镇守使对国民军的忠实拥护，我们很感激。现在战事虽然平息了，但善后事情还很多，需要你和马镇守使多帮忙。我看你不要坐在家里，还是和我们一同到兰州去，有许多事情要和你一块商量。”于是马麟破涕为笑，随刘一同到达兰州。刘郁芬对马仲英采取剿抚兼施政策，任原甘州镇守使马璘（玉清）为河州宣抚使，马麟为宣抚副使，出面收抚，但马仲英拒不受命。马麒兄弟此时见马仲英已不能与国民军抗衡，为表白心迹，消除嫌疑，决定“舍卒保帅”，向刘郁芬建议对马仲英实行军事清剿，并愿为前驱。当次年2月初马仲英率部流动于青海湟中时，马麒为洗白清楚，急令马麟前往向马仲英劝降。马麟在湟中拉鸡沟与马仲英相遇，开始马仲英还以“阿爸”相称，继而言不投机，令其士兵“把老阿爸捉住”。马麟见事不谐，慌忙勒马回奔，狼狈逃回西宁。这一遭，劝降虽未成功，“洗白”之效总收到了一些。
1928年9月5日，南京政府决定设置青海省。次年元月1日，首任省主席孙连仲到西宁就任，马麒、马麟均为省政府委员，马麒还兼建设厅长，但他一再申请辞职，后由马麟充任。但马麟当时住在兰州，由其秘书长姚钧组建建设厅。后马麟回到西宁就任，并设立一毛织工厂。未几，成立省军垦委员会，马麟兼任委员长。1930年，冯、阎倒蒋。刘郁芬、孙连仲相继率部东下。马麒任青海省政府主席，甘肃省政由王祯、杨思等委员维持局面，而兵力只有雷中田部一个团，实属单薄。时马廷贤据天水、鲁大昌占岷洮、陈珪璋据平凉，都对兰州虎视眈眈，准备劫夺政权。王祯、杨思等急切中向马麒求援，任马麟为甘肃省剿匪司令。马麟就职，令其马继融旅驻防兰州，另新编一个甘肃骑兵第一师，自任师长，下属两个团，一团团长马忠义，驻防定西；二团团长苏彦龙，驻防永登、古浪一带。当马廷贤率部扑向兰州时，即被马忠义阻截，马廷贤只好退返天水。此后，马麟又改任甘肃保安总司令，又通过其秘书长慕寿祺，与王祯、杨思等相处融洽，并且和雷中田合作。未久，冯玉祥任王祯代理甘肃省政府主席。王无实力，一切军政大事取决于马麟。因此，在兰州将近一年的时间里，是马麟生平最得意的时期。
1931年元月，马鸿宾到兰州就任甘肃省代理主席，同年8月爆发“雷马事变”，马鸿宾被扣。在此紧要关头，各马又有一致对外的倾向。马麟在不与雷中田、马文车破裂的情况下，极力营救马鸿宾，其行动甚为微妙。8月30日，马麟、马步芳给雷、马电称：
甘肃地方重要，马鸿宾既奉令管押查办，军事政事又得兰波（雷中田号）总司令、心竹（马文车号）暨各委员协力维持，此诚甘民之幸福。惟省城秩序虽已如常，导河（临夏旧称）一带骤闻兰城局面变更，人心不无浮动，拟派第九师马继融旅（时驻兰州）开赴导河，以资弹压而维秩序，想亦诸公所赞许也。至马鸿宾既经看管，仍请优予待遇，听候中央处分，勿以政局牵及种族问题。
将驻兰州之兵收缩回去，是一时不想以兵戎相见，但既关心马鸿宾处境，又点出民族问题，实是有为马鸿宾后盾之意。马文车等也深恐回族将领共起干预，连忙假省党部名义，发电解释：