平定吕光之役中，加深了马麒、马安良之间的裂痕。时马安良尚遥领甘州提督，以部将马璘（玉清）暂代，经常往返于甘州、兰州，路过西宁属境。且马麒所辖之循化，亦实操于马安良之手，凡事多为掣肘。循化边都沟尕楞卑塘藏族因不满于强征税款，起而反抗。马安良未经上报，即擅令其驻循化之管带马国良出兵弹压。马麒抓此把柄，密报张广建，张即以马安良妄生是非，呈准北洋政府令马麒查办。马麒据此王牌，以马国良有违军令，呈准褫职。马安良束手无策，徒唤奈何。1918年11月，马安良在河州大河家病故。张广建呈准以马璘（玉清）代理甘州提督，遂改为镇守使，又以马安良第三子马廷勷为凉州镇守使。新一代出台，马麒乘机改弦更张，转而修好，通使联络，与甘、凉之精锐西军订立联盟。河西系西宁地区外围，有此一转机，遂使马麒之防地益形巩固。
三、拒英保疆
1913年10月，久已插足西藏的英帝国主义勾结西藏地方政府中的亲英分子，策划在印度西姆拉召开英、藏、中三方会议，谈判所谓西藏行政区划问题。参加会议的有：英国代表、印度外务大臣麦克马洪，西藏地方代表伦青霞札，中国北洋政府代表为西藏宣抚使陈贻范、副使王海平。英唆使西藏代表提出西藏独立和西藏疆域包括西康的巴塘和理塘、打箭炉等地，中国不得在此设官、驻兵的荒谬方案。中国代表坚决不同意，争论激烈。英国代表乘机提出“折中方案”，以金沙江划界，江以西地区（包括青海玉树地区）为外藏，完全脱离中国；江以东包括青海、西康及甘肃、四川、云南之藏民地区为内藏，由中国和西藏共管。袁世凯政府不敢据理抗争，竟承认划分内外藏，只是在划界问题上与英交涉，迄示达成协议。1914年4月27日，英提出了一个已由英方和西藏地方代表事先签字的条约草案，并附有以红蓝线划出内藏、外藏疆界的西藏地图，以威吓手段，强迫中国代表签字。陈贻范被迫在草约上画行，并即声明“画行与签押，当截然为两事”。至于正式条约需经中国政府批准。但这一消息一经在国内报纸披露，全国舆论顿时为之哗然，直斥陈贻范“庸臣误国”。北洋政府在全国人民的正义谴责下，不敢批准条约，并向帝提出严正抗议。英对此竟然不予理会，并威胁说：“英藏缔约以后，以前中、英、藏三方所定草约，所有中国的特权利益，自然归于消灭。”适因第一次世界大战爆发，英无暇东顾。此一“西姆拉条约”遂未施行。
1917年9月，西藏部队与四川部队发生冲突，川军败绩，金沙江以西地方全部失守。英乘机要挟北京政府，提出重开中英谈判。此次变更花招，虽取消内外藏名称，但仍提出将德格以西各地包括当拉岭以北昆仑山以南的地区，划归西藏。北洋政府于1919年9月5日向与西藏毗连的各省通电征求意见。马麒与其幕僚商议，认为绝不能将玉树地区划归西藏，必须据理力争。于是发出“艳电”，通电全国。电文中驳斥了英所提方案在地理位置上的严重错误，揭露了英帝的阴谋。“艳电”说：“查当拉岭以北昆仑以南，东西长二千余里……玉树二十五族，耕牧相杂，物产亦称富饶，实青海菁华所在。自前清收复青海之初，即将玉树二十五族划归西宁夷情衙门管理。三百年来，此疆尔界，与西藏毫无关系。”“年来藏人虽攻陷川边十余县，而兵力尚未能越当拉岭以北。今川边划界已为奇耻，乃欲并甘肃素所管辖、藏兵力所未及之地，割以奉之，蹙地千里，辱国太甚。”并进一步提出：“西藏固中国之领土，今日虽不得已而与之划界，然异日国力发达，仍当进兵拉萨，以恢复原有之主权。”“总而言之，西藏本中国属土，年来与川边构怨，譬犹兄弟阋墙，自应由兄弟解决，万不能任他人从旁干预，吾国苟有一息生气，所有划界会议，应从根本否认。此约一签，终古难复，大好河山，一笔断送，凡属五族，谁不解体？……事关国势存亡，此而不言，将使他族谓中国无人。”
“艳电”电文据理力争，词严义正，不仅揭露了英帝侵略野心，也批评了北洋政府的腐败无能，而且回顾了历史，瞻望了将来。是当时最有说服力，最有号召力的宣言，因而发出之后，立即得到川、康、滇、甘各省及一些团体的响应，引起国人的极大关注。北洋政府不得不拒绝英帝的无理要求。由此，马麒从保住玉树地区的地盘出发，起到了阻止北洋政府签署丧权辱国条约的客观效果，从而维护了国家的领土主权，赢得了声誉。当时有人评论说：“惟甘边宁海镇守使马麒电，能援引历史和地理上的正确理据，反对将玉树地方划为内藏，不但可以使中央政府为之惶谢，英人阅之，亦当无辞复争矣。”（任乃强：《西康图经》）
马麒又上书张广建，建议派员入藏，与达赖直接联系，“做釜底抽薪之计”。取得北洋政府同意后，特派青海红教喇嘛古浪仓、玉树地区活佛拉卜尖贡仓、青海军事参事朱绣、咨议李仲连等持张广建、马麒信件，到达西藏。他们建议十三世达赖前往北京觐见大总统，坚持正义，息兵言和，并愿对西藏入京人员提供方便和保护。并与西藏上层人士广泛交往，互通声气，消除误会与猜疑。他们到1920年4月离藏返回时，十三世达赖设宴饯行，亲自交给汉藏合璧之公文一件和向张、马赠送的礼品，达赖说：“余亲英非出自本心，因钦差逼迫过甚，不得已而为之。此次贵代表等来藏，余甚感激。惟望大总统从速特派全权代表，解决悬案。余誓倾心向内，同谋五族幸福。”此后，达赖即派代表驻北京，与中央保持了联系。
马麒拒英入侵，在捍御祖国疆土上作出了贡献！
附：马麒艳电全文
顷奉钧署（甘肃督署）密令内开“与英使磋商藏界始末中，有将昆仑南当拉岭北之地作为内藏，中国不设官，不驻兵，德格归外藏”等语。捧读至此，不胜骇异。查当拉岭即唐古特大山，番名当沙马拉。西起新、青、藏之交，东迤至昌都杂楚。鄂穆楚两河之交而止，绵亘千余里，近来舆图多以此为青海、西藏天然之界线。其实青海所辖之玉树二十五族中之巴彦、囊谦、苏鲁克等土司，其地尚有错出，岭南在鄂穆楚河及索克河各流域者，今以当拉岭为青海界线，吾国失地亦属不少。况云当拉岭以北，未审以何处为止境？至于昆仑二字，尤属含糊。查昆仑老干，即新疆南部之托古兹达坂，由是东迤，横贯青海中部，绵亘二千余里，为江源河源之分水岭，所谓巴颜哈拉山者，亦有中昆仑之名。“歌电”所谓昆仑，是否即此？如果即此而尽为内藏，不驻兵不设官，是举青海大半部，玉树二十五族，纵横数千里之地，一朝而弃其主权，始虽废为瓯脱，终必被人占领，较之前清时代弃黑龙江以北乌苏里江以东者，其损失之巨，大有过之无不及。且所谓德格以西等处划为西藏云者，其辞以（已）无限制。查德格西北，即邓柯、石渠，自此以西，即青海所辖之二十五族也。该二十五族之境域，正在昆仑以南、当拉岭以西、德格以西。周特派员前勘玉树界务，所绘地图犹可复按。今既划昆仑南当拉（岭）北为内藏，又议划德格以西为外藏，同一地方，究以何处为内藏，何处为外藏耶？其故总由袁大总统派员与英使会议时，未尝详细考察青海地理，未尝电知甘边征求意见，遂至成此巨谬。若果如此议结，与将青海全部划归西藏之初议相去几何？此次继续开会，不闻根据地理与英使明辩力争，以追正前失，乃谓英使有让步。果系辗转传讹，尚未觉察耶？抑谓青海地势无关轻重也？麒忝任边寄，兴亡有责，窃有怵目刿心而不能已于言者。查当拉岭以北昆仑以南，东北长二千余里，金沙、雅砻、澜沧诸江之上游皆流衍其中，气候较青海北部为暖，玉树二十五族耕牧相杂，物产亦称富饶，实青海菁华所在。自前清收复青海之初，即将玉树二十五族划归西宁夷情衙门管理，三百年来，此疆尔界，与西藏毫无关系。入民国后，川边欲占领二十五族中之巴彦、囊谦（川边亦谓隆庆）与甘争执，连年不决。蒙钧署特派周统领务学会同川边勘界，始将情形查明入告。四年三月，奉前袁大总统命令，隆庆二十五族仍归西宁管理，是地理统治上与川边无涉明甚。年来藏人虽攻陷川边十余县，而兵力尚未能越当拉岭以北，今川边划界已为奇耻，乃欲并甘肃素所管辖、藏兵力所未及之地，割以奉之，蹙地千里，辱国已甚，此麒所谓怵目刿心而不能已于言者一也。麒自镇守宁海兼辖蒙番以来，适值藏氛日恶，川势日棘，诚恐唇亡齿寒，玉树难保，曾先后电准派马步五营，分电（驻）玉树各处，以期固我边篱，壮川声援；并安设由宁至玉台站，以利文报而便运输，又设玉树理事员管理民事。数年以来，辛苦经营，略有端绪。番兵与兵吏之感情亦日益洽浃。今若将昆仑以南划为内藏，势必撤去玉树之驻兵，取消已设之官员，不独堕国家已成之功，孤番民倚重之心，而自玉树以北，如玉树、汪什代亥、刚咱诸野番，以及循化、贵德以南番族，皆将轻中国不可复制，缓则剽掠边鄙，急则结藏入寇，河湟自此无宁日矣，此麒所以怵目刿心不能已于言者二也。西藏固中国之领土，今日虽不得已而与之划界，然异日国力发达，仍当进兵拉萨，以恢复原有之主权。而进兵拉萨，其道有二：一曰南道，由川赴藏之路是也；二曰北道，由青赴藏之路是也。前清征服西藏之时，尝两道并进，所以克奏肤功。今日川边失败，形势日非，将来南道进兵，未易造次深入，所恃以出奇制胜者，惟青海之北道耳。且昆仑以南，玉树土司为青海之门户，拊西藏之肩背，西宁为赴拉萨之要道，将来经营发展，即可倚为制西藏之策源地，若割为藏境，则拉萨之藩篱益固，西宁之距拉萨愈远，人攻我易，我攻人难，自顾不暇，焉能制藏？此麒所以怵目刿心而不能已于言者三也。尤可骇者，玉树川边吻齿相依，而德格、邓柯等县，乃玉、康往来必由之路，年来德、邓、石等县相继为藏兵占据，玉、康形势中断，其往来通信，常雇番商微服腊丸，由玉树之结古间道至川边之甘孜，五日之程，半月始达，犹被藏兵搜检以去。麒顷以中央接济川边之饷械不日到甘，而运道阻塞，日夜焦灼，正拟与陈镇守使密商川军由甘孜，宁军由结古，东西会攻德格、邓柯、石渠等县，以疏通运道，联络声气。今若将德格以西等处划为外藏，则德格等县再无恢复之日，玉、康声气从此永断，中央饷械无路得达，康定将陷于绝地，条约岂可恃哉？此麒所以怵目刿心而不能已于言者四也。拟请钧座据情转电中央，请外交部根据新旧图志，坚持力拒，不承认昆仑（南）当拉岭北、德格以西等字样。不独青藏界线应请照前清会典旧图为准，即川边与西藏亦各有定界，岂可轻易变更？总而言之，西藏本中国属土，年来与川边构怨，譬犹兄弟阋墙，自应由兄弟解决，万不能任他人从旁干预。吾国苟有一息生气，所有划界会议，应从根本否认。此约一签，终古难复，大好河山，一笔断送，凡属五族，谁不解体？四川熊督谓“西藏问题大于青岛十倍”，洵为不刊之论，事关国势存亡，此而不言，将使他族谓中国无人，麒实耻之！麒实愤之！是以披肝露胆，沥血以告。
四、肆虐拉寺
青马早在马海晏时代，即与拉卜楞寺活佛嘉木样四世互有往来。民国以后，马麒以嘉木样赞同共和、倾心民国为由，报请甘督赵惟熙转呈中央政府，加封嘉木样为“静觉妙严禅师”。因此，嘉木样对马麒甚为感激，故通过管家李宗哲，给马麒借贷黄金，使马麒得以贿取西宁镇守使的宝座。1916年，嘉木样四世圆寂，十八昂欠之首的阿莽仓任“斯姜”（即摄政），但他与掌财权的李宗哲不和，互争不下，控诉于张广建。张令马麒查处之。马麒先派原在拉卜楞寺塔哇驻防部队中任翻译的马寿前往调解，遭到阿莽仓的拒绝。马麒继派西宁道尹黎丹前往，调解无效，黎丹默返西宁，归途遭到藏民伏击，幸而脱险。马麒因而大怒，乃于1918年6月，派玉防警备司令马麟率马步千人驰赴拉卜楞，欲以武力镇压。不料马麟部队在距拉卜楞寺五六十里的甘家滩，被阿莽仓布置的藏兵包围。马麟奋战突围，西宁方面复派马海渊、马腾凤、马辅臣等率部进援，双方在甘家滩激战，后藏兵败退。而马麟原驻塔哇的步兵一营又被藏兵包围，马麟乘胜驰援，阿莽仓率部撤向东山，马麟追至曼达拉沟，被向导诱骗，西行一路误中埋伏，帮办马四虎被击毙。马麟遂进驻拉卜楞。一月之后，阿莽仓发动阿木曲乎等部落藏兵和黄南热贡部落一部合攻拉卜楞，激战数日，阿莽仓败退。是役藏兵伤亡约两千余人，马麟部亦死伤二三百人。马麟乘机纵兵抢掠，寺院和藏民损失甚巨。1918年11月，马麟又会同西军马国良部共4000余兵力，向阿木曲乎进攻，阿莽仓不能抵御，逃亡于欧拉部落。马麟率部长驱直入，焚烧阿木曲乎寺院，屠杀藏族僧俗男女700余人，纵兵大肆抢掠。阿木曲乎头人表示屈服投降，马麟才收兵回拉卜楞寺，宣布废除阿莽仓三世的佛位，焚毁其昂欠，改任贡唐仓活佛为“斯姜”。从此拉卜楞寺管理权归于李宗哲。马麟则留兵一营长期驻守。此次纠纷即告一段落。
拉卜楞寺经卜算，嘉木样转世灵童于1916年4月出生于西康理塘营官坝彩马村黄位中家中。1920年9月，黄位中家奉嘉木样五世到达拉卜楞，马麟率马步芳等部队千余人列队欢迎。同年11月，嘉木样五世坐床，马麟开始对黄家极尽拉拢之能事，与黄位中结为异姓兄弟，并命马步芳与嘉木样五世长兄黄正清亦结拜为兄弟。不久，贡唐仓要求辞去“斯姜”职位，还政于嘉木样五世，马麒表示挽留，实际不想让黄家掌权。为此，黄位中愤而要求仍携全家返回西康，马、黄之间遂生裂痕，个中症结，还在驻拉卜楞之宁海军。宁海军之马寿，经常插手于寺院两派的争端，时加挑拨、偏袒。并多方敲诈勒索，以至直接侵夺寺院某些职权，与黄氏父子形成尖锐冲突。时马麒复调西军马国良骑兵60名来驻拉卜楞，又在黑错（今合作）设茶粮局，以宁海军管带马海渊为局长。因而遭到藏民的反抗，逼使马麒调回马海渊，西军驻兵亦被藏兵赶走。在双方矛盾日趋尖锐之际，马麒则采取断然措施。1924年2月，马麒到达拉卜楞寺，命令马麟向拉卜楞寺提出以下条件：
（1）嘉木样五世家属，联络鼓动各部落藏民阴谋造反，故自现在起，不许他们再参与寺院事务；
（2）拉卜楞所属各部落枪支一律收缴，并缴出战马1000匹，以防叛乱滋事；
（3）嘉木样五世卫士80人，各缴出长枪1支；
（4）寺院僧众今后只管念经，不能再问民政；
（5）由于以寺院为中心进行叛乱活动，特罚银800秤（折合4万两）。全寺僧徒每人捐献白银50两，以赔偿宁海军的损失。
以上条件一经宣布，立即强迫执行。就连黄位中、黄正清的枪也被收缴。所罚银两，马麒暂允由寺院出具借条，以示宽延。同时，马麒还逮捕了寺院有关管家和欧拉等部落头人20余人。