马麒不甚知文，沉静寡言，善观风色，能随机应变，小心谨慎，不轻举妄动，动则务期有成。又善于使用知识分子，重大举措，得幕僚之力甚多。
一、始据青海
马麒之据有青海，颇费心机。
民国初造，袁世凯委赵惟熙为甘肃都督，李镜清为甘肃临时议会议长。斯时政局混乱，拥有实力的人物，均乘机攀附，争地争权。马麒时为马安良精锐西军的帮统，尚难独树一帜，但其雄心勃勃，意在一逞。适值西宁总兵张定邦调职，遗缺尚悬。继任者起先属意于马福祥，马福祥以服制未满，不得莅任。马麒见机，请马安良保举自己，马安良即代之向赵惟熙说项。但李镜清以马安良骄纵跋扈，荐举非人；又，宁夏人民正控告马麒在宁夏烧杀淫掠之罪行，李镜清主持正义，坚持查办。遂形成李与马安良、马麒之间的尖锐对立。马安良的精锐西军驻于兰州，一时谣言纷起，危及李镜清的安全。后来，李镜清听从刘尔炘的劝告，暂回临洮原籍，以避其锋。不料在马安良指使下，马麒弟兄阴使马同（曾任精锐西军管带）及兵痞数人乔装到临洮，身怀利刃，于7月17日深夜，潜入李宅，直扑李镜清寝室，李急起身抽刀格斗，终以寡不敌众，死于乱刃之下，年仅41岁。马同等截取李的右手返兰向马麒复命。事发之后，陇上为之震动。省临时议会立即推举议员李步瀛专程赴北京，向袁世凯控告马安良、马麒。李慷慨陈词，声泪俱下，使袁世凯亦为之动容，但袁正在笼络地方实力派以实现其奸谋异志，不肯主持公道，徒以温词搪塞而已。李步瀛不得要领，黯然返甘，避居于青海民和县川口故里。为民伸张正义的李镜清就这样白白被害，查办马家兄弟之事亦不了了之。
赵惟熙以西宁镇遗缺不能久悬，又属意于忠武军统领周务学，但周无力纳贿，无代价岂能成事？故仍不得决定。马麒转托甘肃巡警道赖恩培为之疏通，并派马麟星夜驰赴拉卜楞寺，向寺主四世嘉木样的管家李宗哲借得金佛及黄金共二百两之数，向赵惟熙行贿；同时央请督署科长黎丹从中协助。赵惟熙遂于1912年8月21日任马麒为西宁镇总兵。马麒如愿以偿，于9月20日率部进驻西宁。
青海地域辽阔，当时约计82万平方公里，但经济文化落后，且权力不集中，行政不统一。东部湟水流域历史上开发较早，为农业区，设有县治，但同时存在世袭的土司制。其余地方，则是由王公统治的蒙旗制度和由部落头人统治的藏族千百户制度。清朝时期，除设总兵主军以外，亦设海东道及青海办事大臣署主政。但实际是沿袭历代的羁縻政策，不似内地府县统治之严格。民国初建，改称青海办事长官署，长官仍为清时之大臣满人廉兴。总兵马麒到来，负有统兵守土之责，却无推行政令之权，这使他不甘于心。于是，他一方面积极扩充军队，壮大实力，以为基础；另一方面则设法攫取行政权。
马麒从扩大其在蒙藏上层中的影响着手。青海每年7月15日有个祭祀青海的大典。原来早在唐玄宗时，即封青海湖神为广阔公，此后每年秋祀，历代沿袭不改，清朝更为重视。这种祭祀在民间有很大影响，也实际是上层人物之间相互交往、商洽的一个机会。马麒即以新任总兵的身份，陪同廉兴主持这一大典，并借机对蒙古王公、藏族千百户极尽拉拢之能事，具备缎匹、茯茶、羊只等各色礼物，分别馈赠，勉慰有加。大典之后，向袁世凯电称，此次大典“宣布中央德意，使与祭王公，咸晓然于民国共和之宗旨”，表示对袁“率属以景从”。又令李乃棻多次到兰州，向先后主甘的张炳华、张广建等大量馈送厚礼。张等礼物到手，即巧立名目，设置青海蒙番宣慰使，1914年呈准袁世凯，委马麒兼任此职。
但西宁办事长官总是马麒攫取行政权的障碍，所以马麒又积极倒廉。廉兴于1914年在西宁设立皮毛公估局，规定凡销售毛皮畜产品，均须经该局估价，方能出售，该局从中抽取5％的税率，此事引起牧区蒙藏人民的不满。又，廉兴与清朝陕西巡抚升允有姻亲关系（其长女为升允之侄媳），升允于辛亥革命之际与民军顽抗失败后，逃匿于廉兴处。马麒即指使蒙藏族王公、千百户和商业巨擘李耀庭等，赴兰州督府控告廉兴窝藏清室余孽升允，设皮毛公估局筹措军费，图谋不轨（其实升允来西宁时，马麒也曾前往拜见）。由于张广建的暗中支持，北京政府命令将廉兴先行革职，即解递兰州讯办。1915年10月，又命令将西宁办事长官予以裁撤，同时改西宁镇总兵为甘边宁海镇守使，任马麒为镇守使兼青海蒙番宣慰使，至此，马麒将青海的军政大权统一于自己之手。此后，他上靠袁、张更紧，袁世凯称帝时，他追随张广建之后，上表劝进，因此得袁的封赐，授予五等勋位、一等车骑都尉世职，封锐威将军，奖以一等文虎章。
马麒的幕府中，有一个“智囊团”，其特点是，任用汉人而避用回人，任用皋兰、西宁和外省士绅而避用河州同乡。主要人物有黎丹、周希武、朱绣、李乃棻等，还有黄文浚、朱炳、赵从懿、余人、明人、魏敷泽、鲁秉周、张勤中、李士澄、李钟美、姚钧等。
黎丹字雨民，湖南湘潭人，清附贡出身，任甘肃宁州知州，甘肃督署科长、秘书。随马麒到西宁，马倚为股肱，1918年，马麒推荐黎丹为海东道观察使（后改为西宁道尹）。马麒每遇大事，必向黎求教，黎亦精心擘划。如马麒与四川争界，反对英帝西姆拉会议，禁种鸦片以及使马麒善处国民军时期等，均出自黎丹的主见，使马麒处置得宜。
周希武字子扬，甘肃天水人，清廪生出身，倾心于辛亥革命，后到西宁，参与马麒的军政决策，并常出使兰州，曾任西宁县长、任教于西宁各校。
朱绣字锦屏，湟源人，除参赞机务外，常往来于京、津、洛阳，为马麒联络曹锟、吴佩孚、冯玉祥等。
李乃棻字馨斋，陕西咸阳人，清廪生，曾任马队管带，率其队归于马麒。秉性刚直，对马麒常犯颜直谏。马的军政决策，必与之计议；重要文告，亦多出于李手。
以上黎、周、朱等多有著述，不失为一时之学者和有识之士。马麒打破历代回族统治者用人观念的束缚，谦恭礼士，被视为政治开明的标志之一。
马麒对于扩充军队，自始至终不遗余力地抓紧进行。初到西宁的当年冬天，即组织“宁海军”。原来他在兰州时仅有常备步兵1营500人、护卫步兵1旗40人、续备马队1营120人，共计马步兵660人，毛瑟枪380余支，此次马队增至两营3旗，步兵增至两营两旗；不久又增马队至5营5旗，步队至6营5旗，兵额计1000人，毛瑟枪700余支，从此即成为一方势力，将向所倚为靠山之马安良丢于脑后！此后，马麒又陆续扩充部队，1916年至1917年，马队扩充为10营5旗，步队仍为6营5旗，兵额马队1200余人，步队1100余人。1918年成立马步混合的5个营，1920年取消旗的番号，按照陆军编制成立马兵9营、步兵4营，称为“宁海巡防营马步全军”，继又设流动马队4队（矿务马队、杂务马队、台站马队、玉防马队）。同年冬又扩充为骑兵13营、步兵18营，还有炮兵营、机关枪营、特务营等。1923年增编骑兵9营（以马色分称为黑马队、青马队、赤马队、枣骝马队、银灰马队、花马队等），步兵2营，加上炮兵营、机关枪营、特务营和都兰骑兵营，共计46个营，番号甚多，兵额不足，但总兵额也达3000余人、马1500余匹，各种枪支2500余支，轻机枪12挺，还有清朝湘军遗留的土开花大炮1尊。声势浩大，实力雄厚，在当时陇上八镇中，处于优势地位。
“宁海军”的突出特点，是以马氏家族为核心，总统由马麒兼任，帮统是马麟。在前后的46名统领和营长中，马氏家族及其近亲即占32名。如其七叔马海渊，堂兄马万成，儿子马步青、马步芳，堂弟马镛、马宝、马良，堂侄马步元、马步康、马步銮、马步祥、马步云、马步州、马步斗、马步全，妹丈马朝选，婿马庆、马驯等，都在其中担任要职。所以非亲莫属，成为名副其实的马家军。这是马麒立足和起家的最重要的资本。
民国初年有川青关于玉树之争。青海南部的玉树二十五族，自清中叶以来，归青海办事大臣管辖，每3年上缴丁银1000两，成为定例。囊谦原是玉树二十五族中的大族，简写为昂千，也译作隆庆，昂千的千户，向为玉树二十五族向清廷纳贡的代表。故玉树二十五族，亦即隆庆二十五族。1913年春，川边经略使尹昌衡报请北洋政府：“隆庆二十五族报效投诚，愿归川管。”北洋政府昧于一地两名，竟下指令：“隆庆归四川，玉树归甘肃。”川军即在隆庆（实即玉树）活动。马麒以该地属于自己防区，令其部制止川军活动，遂发生纠纷，隆庆归四川之令，无由实现。尹昌衡与马麒，各向北洋政府互诉。北洋政府即令护理甘肃都督张炳华查报，张籍隶四川，偏袒尹昌衡，遂报称“玉树地区毗连川境，原可因地制宜”。马麒以“玉树二十五族划归川边，势必长藏卫之渐”为词，电北洋政府力争，并令其驻军坚守防地。1914年3月6日，北洋政府以张广建为甘肃省民政厅长兼署都督，张允马麒之请，呈准派甘肃忠武军统领周务学为勘查川陇边界大员。周偕随员周希武、牛载坤于11月26日到达玉树，川军派出石渠县县长李钅臽为勘界委员，会同勘查。经过实地考查，确认囊谦和玉树是一个部族，不能分割，按例仍归西宁管辖为宜。北洋政府根据周务学报告，遂明令玉树二十五族仍归甘肃，多年的川陇边界纠纷得到解决，确认为马麒在玉树地区的统治权。马遂于1915年底在结古（即玉树）成立宁海军玉树防务支队司令部，以马麟为司令，并由西宁至玉树沿途设置驿站，以恰卜恰、大河坝、野牛沟为重点站。其时环海八族（藏族）之一的阿曲乎部落，不服马麒管辖，称兵对立，马即派兵镇压，不久即被征服，马在大河坝建立军营，派重兵驻守。宁海军玉树防务支队司令部原来兼管行政民事，后以事务日繁，于1917年设置玉树理事（同设治局），专管玉树地区行政民事，同年秋又在都兰设理事。至此，青海北部、南部实为两大行政据点，马麒的统治日臻严密。
二、平定吕光
民国初建，一些清室贵族仍图复辟，在东北、内外蒙古一带，结成宗社党（义为恢复清室宗庙社稷，实即保皇党）。正白旗、宗社党人吕光吕光：吕光是否真名，尚无定论。一说本姓爱新觉罗，系光绪近支亲属。率20余人，在升允策划下，于1915年10月，自东北经北京、绥远、宁夏至拉卜楞，自称清室六皇子，以“承制总督内外勤王忠义马步全军一等忠顺公”名义，煽动蒙藏民600余人，组成一支反革命队伍，进行复辟活动。1916年1月，吕光到隆务寺（今同仁县），煽动蒙、藏、土族群众起事，2月在保安堡成立“王府”，公然以“宣统八年”年号，张贴颠覆民国的汉藏文文告。并操练人马，制造令箭旗牌，挂出“助清灭民”、“保国安民”多面旗帜，图谋武装暴乱。一时青海蒙古族王公藏族千百户和大通、湟源、威远堡（今互助）一带群众，受其蒙骗蛊惑，蠢蠢欲动。吕光更肆无忌惮地致函兰州仕清遗老和握有兵权的马安良，请其响应。马安良态度暧昧，模棱两可。吕光遂得以编练保安十二族群众为步骑八大营，于是年8月初陈兵循化边都沟。马麒以变起肘腋，威胁其统治，呈准派兵镇压，即令马麟率宁海军第十营出动。马麟率部行抵边都口，被吕光预伏的保安隆务昂锁勒贡部包围，击毙宁海军士兵4人。马麒闻警，电请马安良令其循化驻军救援，但马安良却按兵不动。时撒拉族群众以被围的宁海军多系撒拉族八工子弟，即于27日出动增援，其查加工、街子工民团冲上各个山头，宁海军第十营乘机突击，边都口之围始解。马安良反而以马麒“贪功冒进，在边都与事外无干之藏族开仗，致激边患”为词，电请张广建转报北洋政府加以制止。马安良此一倒行逆施为舆论所不容，且张广建素与马安良有隙，张即电北洋政府，谓“马安良无甚能为，又不明权限，妄行诬报，居心已非。若不专任一人，一国三公，军事必多贻误”。北洋政府允其所请，电促马麒查办吕光。马麒即由西宁驰至巴燕戎格，调动宁海军出动进剿。而马安良为不使马麒独收全功，亦派其精锐西军分统马占奎进行侧击。马麒遂暂缓进兵。其间张广建派其亲信、兰山道孔宪庭查办，孔乘机诈取隆务昂锁一大笔赃款自肥（有人说是白银10万两，一说1万两）。由于二马陈兵进逼，吕光站脚不稳，于1917年元月率部自保安西逃，4月10日流窜乜家沟，29日占领贵德县城，一时盲从群众达1000多人。吕光又大肆搜罗，委活佛阿勒及日卓巴为“护国禅师”，并滥委“提督”、“将军”、“总兵”、“游击”多人。西宁威远堡东沟、哈拉直沟、红崖子一带土族头人也受吕光煽动，组织“复清会”，积极开展复辟活动。马麒急令驻扎威远堡宁海军步兵第十八营管带居占鳌就近镇压。马麒又于5月15日以宁海军步兵第二营管带马麟为司令、马队第十一营管带马海渊为副司令，率马步兵分路进发，于21日黎明包围贵德城，吕光急起应战，终以不支而溃散，吕光潜逃，被追捕押解回城，余众作鸟兽散。不料马麟又纵其骄兵悍将大肆屠杀，不分良莠，挥刀便砍，杀死群众100多人；又乘机抢劫财物，奸淫妇女，致使投黄河自尽者数十人，堕井自戕者亦不少。还有数十妇女被虏至西宁迫作妻妾。贵德横遭劫难，景象至惨。6月2日，马麒驰至，宁海军参谋长李乃棻率自兼之马队第三营随行，李目睹贵德群众遭害惨状，至为愤慨，面斥马麟为“贼头”。马麟勃然变色，立即令其步兵第二营与李之马队第三营对阵，几至冲突。马麟竟将李乃棻鼻部击伤，马麒从中调解，幸未爆发。马麒本来还欲办理善后，在贵德再行捕杀。（清季以来，每逢军事结束，即办“善后”，官方乘机抄没财产，捕杀无辜。有“不怕大炮吼，只怕办善后”之谚。）但以李为自己借重的人物，且负有时誉，心虽不怿，勉强准其所请，遂使贵德劫后余生，免遭再次株连。惟马麟怀恨在心，对李攻击不已，马麒亦耿耿于怀，遂撤去李兼马队第三营管带职务。马麒返回西宁，吕光收监。马麒会同张广建所派车玉衡、龚庆霖会审吕光，吕光直认不讳。但斯时适值张勋在北京复辟，风云突变。马麒尚需观风，吕案遂拖而未决，且予以优待。吕光嗜鸦片，供应无缺，且听其公开为人书写字幅。张勋复辟破产，9月底，马麒始据甘肃都署转达北洋政府将吕光就地正法电令，将吕光绞杀于狱中。
马麒平定吕光复辟之举，有益于民国，但纵兵抢劫滥杀，又将好事办成坏事。