1998年3月19日，北京召开全国“两会”，朱镕基当选为新一届的国务院总理。在随后的记者招待会上，朱镕基即席讲了一番慷慨激昂、日后常常被人品味的话，他说：“这次九届全国人大一次会议对我委以重任，我感到任务艰巨，怕辜负人民对我的期望。但是，不管前面是地雷阵还是万丈深渊，我都将一往无前，义无反顾，鞠躬尽瘁，死而后已。”
“闯地雷阵”和“万丈深渊”的形容，将中国改革向深度拓进的艰巨性表达无遗。
也是在这次“两会”上，吴敬琏当选为全国政协常委，并任经济委员会副主任。
此时此刻，中国经济正被笼罩在一个巨大的、前所未见的风暴阴影之中，而且这个风暴来自国境之外。
从上一年的春季开始，一些美国的投资家开始在亚洲兴风作浪，其中的代表人物是乔治·索罗斯。索罗斯认定亚洲各国的经济已经整体过热，货币贬值已成事实，于是决定豪赌一场。他领导的量子基金先是瞄准了泰国，开始大肆抛售泰铢，使泰铢对美元汇率剧烈波动，泰国政府动用50亿美元外汇储备和200亿美元借款来干预汇市，但是仍不能阻止泰铢的一路下滑，到7月2日，政府被迫宣布让汇率自由浮动，一天之内，泰铢大跌20%。在狙击泰铢得手之后，国际炒家们转而攻击马来西亚、菲律宾、印尼、韩国以及中国香港，所受攻击的国家和地区均蒙受巨大的金融伤害。这场金融风暴从1997年夏季生成，历时4个多月，对亚洲各国及地区、对所有的产业都造成了重大的影响，菲律宾、马来西亚和印尼的中产阶级财产分别缩水50%、61%和37%，中国香港、新加坡和泰国的居民资产则跌去了44%、43%和41%。
东亚风暴初起之时，金融市场没有对外开放的中国内地并未受影响。1997年9月22日，世界银行在香港召开年会，朱镕基受邀发表专场演讲，他宣称，“中国将坚持人民币不贬值的立场，承担稳定亚洲金融环境的历史责任”。此言一出，在场的亚洲各国领袖大大吁出一口气，《远东经济评论》说，“中国第一次在全球性的经济危机中展现了经济大国的风范”。
吴敬琏回忆，就是在那个时候，决策层似乎还没有意识到金融风暴对中国影响的严重性，财政和货币政策仍以从紧为主。他曾多次向领导人建议放松银根。
可是接下来出现的景象完全出乎了人们的预料。进入秋冬之后，亚洲国家中经济实力最强的韩国和日本竟也被风暴击倒。9月18日，日本零售业的明星企业八佰伴公司向静冈县地方法院申请破产，紧缩效应迅速扩散到所有的产业，最终还引发了政局的动荡。韩国更惨，受到攻击的韩元在2个多月时间里疯狂贬值50%，国家经济几乎到了崩溃的边缘，韩国政府不得不向美日以及国际货币基金组织等要求紧急援助，借贷金额为创全球纪录的550亿美元，并被迫承诺实施严厉的稳定经济计划及降低经济增长率，经济自主权一度丧失。在风暴中，全国失业率高达11%，多家大公司相继宣告破产或陷入绝境。
金融风暴肆虐周边各国，自然会影响到中国的产业经济和民众心态。在全球股市的大跌风潮中，过去颇为活跃的中国股市陷入低迷，上证指数跌落到1 000多点的低水平。消费市场更是一派萧条。经过几年的宏观调控，通货膨胀的压力日渐释放，通膨率几乎下降为零，但是，消费过冷的景象却同时出现了。根据国家统计局的报告，到1997年中期，全国的工业库存产品总值超过了3万亿元，出现了“结构性过剩”的现象。朱镕基在一次国务会议上说，95%的工业品都是供大于求，“东西多了，没有不多的”。更让人担忧的是，1997年的国有企业下岗工人总数达到了创纪录的1 275万人，其中只有少数找到了新工作。
此刻，摆在决策层面前的是一个无比凶险的棋局：国内经济出现了1988年之后的又一次大萧条，而突如其来的金融风暴更是建国以后从未曾遭遇的景象。内外交困，这正是改革开放以来最危险的时刻，吴敬琏在当时的一篇文章中忧心忡忡地写道：“东亚金融危机的深度和广度都比原先估计的要严重得多，当时我们大家都没有料到。特别是没有料到日本的经济和政治危机是如此深刻……目前国际上议论纷纷，未有定论，我们也需要预作最坏的准备。”
正是在这种“稍有不慎，便可能跌入万丈深渊”的时刻，朱镕基展现了一位卓越领导人的智慧与魄力。
1998年的2月，朱镕基发挥了他当机立断、雷厉风行的风格，紧急下令执行“积极的财政政策”，首期发行1 000亿元的国债，投入于基础设施建设。吴敬琏回忆说：“发行国债是需要人代会通过的，在被批准之前，他下令先列项目单子，不能等了。整个春节，发改委的人完全没有休息，他们把原来报上来的那些项目重新排队，赶紧把单子拉出来审查，然后尽快完成立法手续，从速下拨到位。”
吴敬琏对朱镕基的紧急反应很是赞成，不过他认为，仅仅靠投资拉动显然是不够的。对于新中国经济史了然于胸的他深深知道，靠扩大投资来摆脱危机是中国经济走了很多年的老路，如果仅此一招，也许在短期内会有成效，却是把矛盾埋在未来。他在给中央的一份咨询研究报告中写道，“如只求拉动1998年的增长，不择手段，大撒大放，将不但不能促进有效率的增长，还将招致严重的消极后果”。
所以，摆脱危机的道路，只有靠市场化的改革启动企业的微观活力。
4月24日，朱镕基召集新一届国务院与全国政协常委会举办了对话会，商讨国有企业下岗职工再就业的事宜。上千万的下岗工人成为严重的社会问题，不少地方已经发生恶性事件。当时，有关部门形成了一个工作意见，主要的办法有3条，一是“有计划”地控制企业裁员；二是在企业建再就业中心，把企业下岗工人收容培训，再帮助他们找工作；三是严格控制农民工进城就业，以便腾出岗位来消化国有企业下岗人员。吴敬琏认为这些办法都行不通，因为整个宏观环境在恶化，靠“堵”的办法无法解决问题。他提出，解决下岗工人问题必须多做“加法”，要把发展中小企业作为开辟新的就业门路的工作重点。政协副主席、全国工商联主席经叔平引用数据说，在1997年，非公有制企业总共吸纳了353万个国有企业下岗职工，因此，切实为中小企业营造良好的经营环境，才是真正的解决之道。在具体的政策执行上，吴敬琏建议成立国家小企业发展促进局，同时，改善中小企业的融资、供销、交易等环境，在信贷政策上给予松动和支持。原国家工商行政管理局局长刘敏学等也提出了“民营中小企业是国企下岗职工稳流的主渠道”。董辅等学者也表达了类似的意见。
吴敬琏等人的意见当即得到了朱镕基的首肯，他指示国家经贸委尽快组建中小企业司，以帮助其发展，同时督促各商业银行对中小企业执行松动的放贷政策。吴敬琏日后说，1998年年初的一“放”（放松信贷）一“加”（加大对中小企业的扶持），为中国经济走出困局起了重要作用。
进入6月，连老天爷也来凑热闹，长江流域遭受百年一遇的大洪水，29个省市受灾，死亡4 150人，直接经济损失2 551亿元人民币。当时，全球舆论几乎异口同声地宣称：人民币如果不贬值，中国经济将举步维艰。
就在洪水刚刚退去的时候，6月30日到7月8日期间，吴敬琏南下浙江，行程一千公里，先后在绍兴、温州和义乌等地实地调研。回到北京后，他迅速写成《对经济形势的估量和对策建议》呈报国务院。
在这份报告中，他用惊喜的口吻写道，我看了一些工厂，找了许多地方干部和企业负责人谈话，我对这些地方的经济活力虽然闻名已久，但亲身了解它们的实际表现以后，仍然对其所取得的业绩感到惊讶。这些地方成千上万中小企业的生产发展、产品质量提高速度，以及它们的国际营销能力使我深受鼓舞。1998年1到5月，温州市工业增长12%，大大高于全国工业增长的平均水平，浙江省的同志们说，他们完成全省GDP增长10%的计划没有大的困难。照我看，其原因就在于广大具有很强活力的非国有中小企业已经成为浙江省经济的主力。
在乱云横飞之际，吴敬琏的发现无疑给朱镕基以深刻印象，从而更加坚定了以改革手段扶持中小企业的决心。7月23日，国务院研究室《决策参考》全文刊登吴的这份报告。根据朱镕基的亲自修订，研究室把吴给朱的信改成编者按放在报告正文的前面，其中写道：“中小企业所蕴涵的巨大的和有待开发的潜力，显然是克服当前困难、走向新的高潮所应当依靠的力量，这使我们更加坚定了对我国经济发展光明前景的信心。”
这期《决策参考》传到浙江，省里的领导也非常振奋，因为在过去几年里，他们因支持民营中小企业发展而被某些人士认定为“走资本主义道路”，现在，这顶帽子可以摘掉了。
在7月份的这篇报告中，吴敬琏还对当时呼声很高的“人民币贬值”一事提出了自己的看法，认为“近期内主动贬值显然不是时候”。理由是：我国对亚洲各国出口不振，主要的原因并不是人民币坚挺因而中国商品竞争力相对削弱，而是进口国购买力严重不足，人民币贬值并不能使这方面的状况有根本改善，反而可能造成经济上和政治上的不利后果。他给出的建议是，应当改善外贸经营，提高退税率，增加出口信贷和出口附加值，以及提高产品质量。
在提高国际金融风暴应对能力的同时，中央政府在国内市场方面采取了强有力的政策措施刺激经济增长。
从1998年到2001年间，当局发行长期建设国债5 100亿元，各大国有商业银行发放同等额度的“配套资金”，主要投资于基础设施，如高速公路、交通、发电和大型水利工程，很快刹住了投资下滑势头，同时，中央银行先后7次降低存贷款利率，增加了货币供应。
在扩大投资的同时，各项市场化的改革也迅速推进。吴敬琏认为，最重要的有四项。
一是进一步加快了产权改制，在后来的几年里，数十万家中小国有企业和乡镇企业改造为产权清晰、市场导向的民营企业。中央政府一再倡导对中小企业实施宽松的金融政策，各省相继成立了中小企业信贷担保公司和基金公司。民间投资迅速升温，1998年之后的4年中，国内民间固定资产投资的平均增幅分别为20.4%、11.8%、22.7%和20.3%。
二是加大对外向型经济的扶持。国务院相继出台政策允许民营企业自营出口，大大刺激了外贸的积极性。东亚金融危机后，“亚洲四小龙”经济元气大伤，相对而言，未受重伤的中国经济则出现了“水落石出”的效应，价廉物美的中国商品开始远征全球，从而催生了“中国制造”的繁荣景象。
三是为了扭转消费过冷现状，中央政府决定开放房地产市场。
1998年7月，国务院作出重大决定，党政机关一律停止实行了40多年的实物分配福利房的做法，推行住房分配货币化。几乎同时，中国人民银行颁布《个人住房贷款管理办法》，允许商业银行开展住房按揭贷款的服务。这两大措施，直接刺激了房地产业的复苏，从而也拉开了长达10多年的地产热。由于房地产业有广泛的关联度，特别对钢铁、水泥等资源性行业有很大的带动性，确实起到了复苏内需的作用。
四是1997年“十五大”规定的“有进有退、以退为主”的“国有经济布局调整”积极进行。
在东亚金融风暴中，日本及韩国很多奉行混业经营模式的大财团相继陷入困境，特别是韩国大宇集团的破产，给中国以很大的刺激。此后，“抓大”战略悄然转轨，国有资本开始从纺织、家电、食品等竞争性领域中次第退出，转而在资源、能源、重化等所谓战略性部门形成了主导和垄断的地位，这些领域中的国有资产进行了大规模的重组，形成了寡头经营的优势，这一格局最终在2003年定型。中国的国有企业模式焕然一新，其利其弊，又成了一个争议性的话题。
在这场大调控中，一些在过去几年争论不休的命题在危机面前赫然冰解。
谁也没有想到，在哀鸿遍地的1998年，中国经济居然能够“否极泰来”。正如全球经济史上一再发生的景象一样，一次重大的经济危机往往会伴生出一个经济强国，在危机四伏的东亚金融风暴中，中国幸运地扮演了这样一个角色，它不但没有被击倒，甚至逆流而上，竟成隆然崛起之势。正是在这一时期，中国经济日渐形成了“三驾马车”——消费、投资和出口，在此后将近10年的时间里，中国的GDP增长保持在8%的高水平上，而消费者物价指数（CPI）则始终低于3%，走出了一条高成长、低通胀的“完美曲线”。