卓尼的土司制度始于明朝。据史料记载，早在金末元初时，元忽必烈邀请西藏萨加法王八思巴去内地讲经传法，途经卓尼时，见此地风景优美，苍松翠柏，遂将原喇嘛老桑八代之密宗红教寺移建于卓尼，即今禅定寺。约在元末明初，藏王赤热巴巾派来安多地区征税大臣噶·益西达尔吉的长子些地，为了寻找宜农宜牧的地方，率部历经艰险，来到卓尼，立根创业，成为当地藏人的首领和禅定寺的施主。公元1418年（永乐十六年），些地以功被授予正千户及世袭指挥佥事兼武德将军，为第一世土司。这时的些地似衔接汉藏两种文化板块的一颗铆钉，已集族权、神权、政权为一身的世袭土司和寺主。正德元年（1505年），第五代土司旺秀承袭父职，这时，卓尼上司的势力范围已有很大拓宽，在统领境内所有藏民的基础上，还收容了明洪武初到洮洲地区充军、屯地的一些民兵。旺秀有个弟弟从小出家为僧，后来做了卓尼寺的堪布，在他的管理下寺院的发展有了很大的起色，从此形成卓尼寺堪布一职均由杨氏一门世袭的惯例，即“兄为土司，弟为僧纲”。正德三年（1508），旺秀进京朝见明武宗，赐姓杨，更名为烘。自此，历代土司沿用汉姓，有了汉名，从此达到了光宗耀祖，保证其统治地位的目的，也因此在文化方面与汉文化渐渐贴近，有了朝廷赐予的这张王牌，就可以威镇属民，牵制各地方势力间互相吞并的危险，且将下属地域武装人边疆兵奋之列，在君从臣属的前提下，形成了在政治、经济、宗教、军事上具有相对自治权力的政教合一的统治集团。
清康熙四十九年（1700年），皇帝不仅颁赐“禅定寺”匾额，还正式设立僧纲衙门为寺院政教的最高权力机构，规定卓尼杨土司逢弟兄二人时，一人继任土司职务。另一人为禅定寺僧纲；土司单传时，则可身兼二职，总领政教大权于一身。卓尼土司不仅是辖区的最高统治者，而且是最高的宗教领袖，政治和宗教地位都是由土司家族世袭继承，“政教合一制”是土司政权的核心部分。
卓尼土司实行“政教合一”的政权制度和“寓兵于民”的兵役制度，这一具有鲜明特点的土司制度作为封建国家的政权机构和地方少数民族政权，它为其统治区提供了具有共同的语言、地理环境和共同经济生活的社会物质条件，在政治上维护了中央政权的统一；在经济上稳定了社会生产并发展了民族经济；在民族关系上，能较好地处理藏族同汉族和其他少数民族的关系；在文化上，弘扬了藏族的传统文化，又重视学习吸收汉族文化，促进了其辖区社会的进步，对加强其统治区的凝聚力起了积极的作用。
卓尼土司利用宗教巩固其政治地位，并实行以教辅政、以政扶教，从政教两方面控制辖区属民，从宗教和文化纽带上把辖区属民的思想紧紧地统一在一起，加强了属民在政治上和宗教上对土司的依附性。这种政权和教权集于一身的统治制度在西南和西北的甘、青地区各土司中是不多见的。正因如此，土司制度形成了一种独特的社会文化现象，吸引着国内外有关学者专家前来研究，也吸引了更多游客前来土司故地旅游观光。
卓尼历代土司为当地社会稳定和各民族之间的团结都做出了积极努力，在安多藏族地区乃至西北地区产生过深远的影响。第十一代土司杨汝松和第十四代土司杨声在禅定寺创办了藏经刻印院，开创了私人刻版的先河，对大藏经《甘珠尔》和《丹珠尔》进行了精确的校正并编纂刻版，形成了浩繁精美且负有盛名的卓尼版大藏经。卓尼版大藏经的刻写是大藏经刻写史上的一次创举，它不仅对佛教的传播产生了极大影响，而且对藏族文化的继承发展做出了巨大的贡献，使卓尼及禅定寺因此而名扬中外。
1937年8月25日，“博峪事变”后，杨积庆和长子同时遇难。杨积庆年仅8岁的次子杨复兴继任第二十代土司并兼任洮岷保安司令。
走在今天的大地上
杨积庆被鲁大昌策划的兵变杀害后，第二十任继任土司杨复兴为人处事谨慎小心，从小聪明好学。在母亲的精心安排下于禅定寺设私塾，潜心修习国文、藏文。1947年，18岁的杨复兴，自筹路费代表卓尼48旗藏民，去南京晋见蒋介石。向蒋提出要到陆军大学学习深造的要求。翌年春，杨复兴入陆军大学将官班学习，被授予少将军衔。
1949年9月，在彭德怀、王震等人的感召下，杨复兴率部起义。
1950年，杨复兴宣布废除卓尼土司制度，从此结束了卓尼530多年的土司制度历史，成为卓尼历史上的最后一任土司。
至此，始于1418年卓尼土司制度，在先后历经了明、清和民国三朝，共20代，530多年之后，终于宣告结束。
1950年2月，杨复兴与阿拉善蒙古亲王达理扎雅之女达芝芬在阿拉善成婚。婚后，他们乘坐汽车返回甘肃途中，在西安受到中央军委副主席、解放军副总司令员、西北军政委员会主席彭德怀的热情接见。席间，彭总谈起当年红军北上途经甘南时，曾得到过杨积庆土司的大力支持，并对杨积庆土司的牺牲表示沉痛哀悼。同时还希望杨复兴继承先父遗志，为新中国的建设事业多做贡献。
同年10月，周恩来总理亲自致信杨积庆先生次子杨复兴先生。对当年杨土司让道济粮表示感谢。1994年，甘肃省人民政府追认杨积庆为革命烈士，杨成武将军亲笔为杨积庆题写碑铭。
新中国成立后，杨复兴先后担任卓尼县县长，卓尼藏族自治区行政委员会主任，历任甘肃省甘南藏族自治州副州长，甘南军分区副司令员、西北军政委员会民族委员会委员等要职。
而两度固守腊子口，企图阻挡红军北上，并阴谋杀害杨积庆土司的国民党新编第十四师师长鲁大昌，在升任国民党新编第二军军长不久，又被调任第八战区东路总指挥，从此失去实际军权。在兰州出没于高级军政官员中。做囤积居奇的生意。1949年兰州解放时鲁大昌畏罪潜逃居岷县，不久，被人民解放军某部捕获。1962年10月1日在兰州病逝。
今天，当我们专程赶往卓尼杨积庆土司纪念馆时，站在土司的墓前，自然而然地想起了《大公报》记者范长江在《中国的西北角》一书中，对当时卓尼的第十九代土司杨积庆先生的描述：
他虽身居僻壤，未迈出卓尼一步，但每天都看全国各地大小报纸。及时掌握国内外形势，他在上海、天津等地设有商行，常有书信往来。他的思想激进。易于接受新事物，推广先进技术和文化，时逢国难当头，日寇发动了侵华战争，他很关心政治时局，忧国忧民感慨激愤……
站在历史的天空下
就在林彪、聂荣臻的一军团二师四团打下腊子口，攻占大草滩的当天。陕北延川县永坪镇的广场上，也是一片欢呼声。
徐海东、程子华率领的红二十五军和陕北刘志丹的红二十六军、二十七军将在这里举行会师仪式暨红十五军团成立大会。
我手头上有一份从延安复印来的材料，可惜当时忘了注明出处，好在这段文字，记载了70年前那次会师的盛况：
1935年9月18日。陕北永坪镇。两路会师大军，在永坪镇红军干部学校门前广场上，举行盛大的联欢大会，庆祝两军会师、成立红十五军团，同时纪念“九·一八”四周年。临时搭起的席棚里。贴满了许许多多的大字标语，主席台的两旁贴着两行字迹醒目的大标语：两军亲密团结，携手作战！迎接党中央。迎接毛主席！
主席台上空张贴着“迎接红二十五军”的横幅标语。会场上红旗招展、歌声嘹亮。陕北的红二十六军、红二十七军及徐海东率领的红二十五军、还有周围几十里的赤卫军和当地群众一万余人，聚在一起，个个兴高采烈、洋溢着两支兄弟红军情同手足的战斗友谊和根据地人民对子弟兵的炽热情感。敲锣鼓，扭秧歌，喊口号，一浪高过一浪此起彼伏：
“热烈欢迎英勇善战的红二十五军！”
“庆祝两路红军大会师！”
“庆祝红十五军团成立！”
“中国共产党万岁！”
“中国劳苦大众革命万岁！”
主席台上，徐海东、刘志丹、程子华、郭述申、聂洪钧、习仲勋、高岗、朱理治等一字排开，个个精神抖擞，满面春风。
紧挨徐海东右侧的瘦高个刘志丹说：“海东，你先讲几句！”坐在主席台中央的徐海东红着脸，歉意地说：“还是你东道主先讲吧！受到你们这样隆重的欢迎，我们惭愧呀！你先讲！”他诚恳地看着刘志丹。
刘志丹也是个爽快人，没再推辞，他大声地说：“陕北红军胜利地迎来了屡建奇功的英雄部队——红二十五军！现在，我宣布：根据鄂豫陕省委和中共西北工委研究决定，陕北红军和红二十五军合并组建为红十五军团！军团长徐海东！”说到这里，全场掌声雷动，经久不息。
刘志丹接着说：“政委程子华、副军团长兼参谋长刘志丹，政治部主任高岗、副主任郭述申！……下辖三个师，共七千余人！”
刘志丹身着深蓝色军服，腰扎皮带，斜挎手枪，讲话中不时地挥动着双手，这使他那瘦瘦的个子不仅更显得挺拔，而且富有风度。
他最后说：“金松山（敌人的一个师长）被我们打败了，又来了个高桂滋。他吹牛三个月消灭我们，现在三个月过去了，我们更加强大了！红二十五军来了，我们要携手打大胜仗！”
刘志丹毕业于黄埔军校第四期，不但军事才能出类拔萃，而且还有思维敏捷、善于演讲的天赋。在他讲话期间，台下的掌声几乎没有停止过。群情激昂、兴奋不已。
徐海东不习惯讲长话，精炼干脆，他说：“我代表红二十五军全体指战员，对陕北根据地党政军民的热烈欢迎表示衷心感谢！”这道出了红二十五军全体指战员的共同心声。他最后说：“我们两路红军，一定要打一个漂亮仗，迎接党中央！”
会场上又一次响起了足以使敌人吓破胆的掌声。
朱理治、聂洪钧、郭述申分别代表中共西北工委、西北革命军事委员会、鄂豫陕省委讲了话。号召全体军民互相学习，加强团结，积极参加抗日救国运动，坚决粉碎敌人对陕北根据地的第三次围攻，为巩固、扩大陕北根据地，迎接党中央而奋斗。
永坪庆祝大会霎时成了战斗动员大会。红十五军团全体官兵个个摩拳擦掌、跃跃欲试。
至此，红二十五军全军从1935年8月1日，在陕甘交界的双石铺，消灭胡宗南部四个连后，经凤县西进入甘肃。8月3日，攻克两当县城。然后挥师北上，夜袭天水北关，乘胜北渡渭河，克秦安，逼静宁。由于得不到党中央和红军一、四方面军的消息，决定前往陕北，与红二十六军会师。东进途中，红二十五军不断与前来围追堵截的毛炳文部六师十七旅，马鸿宾部三十五师一○五旅、骑兵团和一○四旅展开激战，军政委吴焕先在战斗中不幸牺牲。1935年9月7日，部队抵达陕北根据地豹子川，随后又到达延川的永坪镇，与刘志丹领导的红二十六军、红二十七军会师，合编为红十五军团。红二十五军在甘肃境内活动一个月零五天，边战边进，行程1500余公里，牵制了大量国民党政府军，截断西兰公路交通20余天，为红军长征的整体胜利作出了巨大的贡献。