到1525年3月，六支起义军的领袖在梅明根举行集会，制定出一个纲领《十二条款》。这《十二条款》的内容有恢复农民人身自由、解除农奴制的束缚，对地租、劳役进行限制，把贵族霸占的农村公社的土地收回交给农民，把什一税用于支付教士的薪水及公共事业，农民自己选举本地宗教管理人等。
当时，与士瓦本地区起义农民作战的将领是特鲁赫泽斯，他见到农民军的《十二条款》后，一笑说：“这些条款出来了，就好办了。他们要求的东西原来也不过是这么一点点。”于是，特鲁赫泽斯派出使者分头去与六支起义军谈判。在使者出发前，特鲁赫泽斯义反复交待他们：“《十二条款》你们都已知悉。这些条款，你们一条一条去与他们慢慢地谈，谈他个十天半月都可以，到最后，各条条款你们都可以完全答应下来。同时，要求他们休战。我有十天半个月的时间，人马就可调齐，你们就说要把谈判结果带回去，让上级颁行，你们也就能安全离开农民军所在地。当然，你们在谈判期间，还应当注意搜集农民军的一些情况，如将领之间有无矛盾，总兵力多少，装备如何，战斗力怎样等等。这样，等你们回来后，我好采取各个击破的方法，只须几次战斗，就会把他们全部消灭。”于是六个谈判使者分头出发，去与六支起义军首领谈判，谈来谈去，有几支起义军头领同意休战，有几支一直不同意休战。
特鲁赫泽斯的使者回去后不几天，镇压起义的大军就向那些不同意休战的农民军杀过来，由于措手不及，被杀得一败涂地。随后，特鲁赫泽斯又挥军向同意休战的几支农民军杀去，由于他们没有准备，也被杀了个落花流水。到1525年4月，士瓦本的农民起义军失败了，只有寥寥无几的零散农民队伍残存下来。
在特鲁赫泽斯镇压士瓦本起义农民之际，在士瓦本以北的弗兰科尼亚也爆发了农民起义，时间是1525年3月末，到4月份便迅速扩大。
弗兰科尼亚的起义来势迅猛，一连烧毁了几百座城堡和修道院，杀死了一批人们痛恨的大贵族。那里的封建主们惊惶不安，其中一些善于投机的封建主，表示支持起义，有的还参加了起义队伍，更多的则是为了保全自己的利益而把自己的粮食、武器、马匹献给起义军。没落的骑士们也成批加入起义军，不少城市也倒向了起义者。由于这种情况，起义军虽然人马众多，队伍庞大，但各有想法，各趋其利，显得很涣散。
当时，起义的重要领导人之一希普勒，因出身于贵族，便主张争取贵族和市民的力量，对农民利益重视不够，加之他又任命了骑士贝利辛根为指挥，更引起农民不满，结果，一部分起义军分裂出去。
再说镇压农民起义军的特鲁赫泽斯，在击败士瓦本的农民军后，便于1525年4月调兵北上，去镇压弗兰科尼亚的农民起义。他仍旧采用进行欺骗性谈判与各个击破的故伎，打败了几支农民起义军。1525年5月，特鲁赫泽斯的大部队，以骑兵为先导，兼程向海尔布隆逼进，而后，在离海尔布隆不远的树林中隐蔽、休息。
特鲁赫泽斯严密封锁了通往海尔布隆的各条路，不让走漏消息。同时，又派了七八个亲信，假装成农民军士兵，大摇大摆地向海尔布隆走去，一路上只说“农民军取得了胜利，把特鲁赫泽斯打跑了”。这七八个人进入海尔布隆城后也这么说，弄得海尔布隆城内的农民军失去了警惕。
这一天，海尔布隆城内的起义军正在召开会议，会上起义军的首领们在讨论由希普勒起草的《海尔布隆纲领》，大家议论纷纷，七嘴八舌，争执不休。有的说：“为什么要建立强有力的中央政权？不要中央政权也没有关系！”有的说：“废除国内关税，和我们农民没有关系，反正我们也不去贩卖货物。”有的说：“统一货币和度量衡的内容不错。”有的说：“不能笼统地讲保证骑士从被没收的教产中分得土地，而只应当是给参加了起义的骑士分土地。”分歧最大的是关于农民可以用常年租税二十倍的赎金摆脱封建义务的提法，许多代表认为这条一般农民做不到。吵来吵去，几个农民代表把桌子一拍，就往会场外面走。
希普勒忙笑着拦住，劝说道：“这个《纲领》提出来，是请大家商量、讨论，何必如此激动呢？”这样，那几个要离开会场的代表又坐下来，但他们心里老大的不舒服。讨论会一直开到天黑，吃过晚餐又继续开。
海尔布隆城内的起义军首领们还在为《纲领》而争执不休，特鲁赫泽斯的部队已趁夜色宜逼城下。特鲁赫泽斯派进城内的人和一些对起义军不满的市民打开城门，特鲁赫泽斯的骑兵一拥而入，步兵随后冲进。骑兵直扑农民军领袖们的会议厅，步兵分头围剿农民军。
农民军首领来不及去组织调动自己的部队，只能匆匆向北逃去，农民军也乱纷纷地向北逃跑。他们逃到维尔茨堡，希普勒把队伍重新集合起来，约有二万多人，但内部分裂，无法统一指挥。
起义军的指挥贝利辛根，见起义军难以成事，便秘密派亲信去与特鲁赫泽斯联系，表示自己要投奔他。特鲁赫泽斯打发来人回去，答应给贝利辛根许多好处，叫他先稳住起义军，到时候里应外合，一起消灭起义军。贝利辛根得到这个消息，很高兴，便照办了。
特鲁赫泽斯的军队向北推进，一路烧杀抢掠，把许多起义农民吊死的树上，甚至把一些没有参加起义而被认为可疑的人也吊死了。1525年7月，弗兰科尼亚的农民起义军在内奸贝利辛根和强敌特鲁赫泽斯的双重袭击下失败了。希普勒也被捕，死于狱中，他临死前说：“没有想到我信任的人变成了通敌奸细。”特鲁赫泽斯镇压了弗兰科尼亚起义后，又转回士瓦本，扑灭了那里农民军的残余部队。
与弗兰科尼亚起义差不多同时，闵采尔于1525年到了图林根。3月，就在缪尔豪森城领导了起义。这里与萨克森毗邻，除了农民外还有许多采矿工人与手工业工人，他们都是起义的参加者或支持看。
缪尔豪森起义爆发后，推翻了城市贵族统治，建立起“永久议会”，闵采尔被选为议会主席。这样，缪尔豪森就成了德国中部的起义中心。
闵采尔领导的起义军，在图林根和萨克森地区不断攻占敌人的城市和庄园，攻击城堡，攻击修道院，把教会的土地和财产分给农民和城市贫民。
闵采尔的军队打到哪里，老百姓都出来欢迎。闵采尔便大声地对欢迎的农民、手工业者们宣传，他说：“要消灭领主。人人都平等。财产应当实现公有。我们要向前，向前，现在到了像打狗一样穷追猛打恶棍的时候了。不能让他们有喘息的机会，也不要受他们花言巧语的欺骗。我们若不趁热打铁把他们消灭掉，他们磨快了刀剑就要来屠杀人民。我们而今既然举起了起义火炬，拿起了起义武器，就不要让自己冒着复仇火焰的刀剑冷却、变钝！”人们听罢闵采尔的讲演，纷纷加入起义队伍，起义队伍日渐扩大。
不久，闵采尔得到士瓦本农民军失败的消息，叹息道：“可惜，落入敌人的骗局了！”此时弗兰科兰亚的起义还未失败，闵采尔便派使者去与他们联络，一面把自己的部队向弗兰肯豪森集中，为联合作准备。
此时，德国宗教界的所谓改革家马丁·路德见各地起义风起云涌，尤其是闵采尔领导的起义方兴未艾，就大骂起义军是“疯狗”，骂闵采尔是“大恶魔”。他恶狠狠地说：“那些反叛作乱的人，应当受到肉体和灵魂的死刑！我们无论是谁，只要力所能及，都必须公开地或暗中地痛打、杀戮他们。你不杀戮他们，他们就会咬你，他们是一群丧心病狂的疯狗。”马丁·路德的咒骂、叫嚷，在不少群众中产生了影响，不少农民和手工业者的斗志被削弱甚至被瓦解了。
与此同时，德意志中部的诸侯，也急忙调集部队来攻击闵采尔。
5月，闵采尔的部队与前来围攻的诸侯部队，在弗兰肯豪森进行决战。当时，闵采尔直接指挥的农民只有八千余人，而诸侯军有几万。有人劝闵采尔先撤出弗兰肯豪森，与其他军队会师后再决战，不必硬拼，闵采尔不听，说：“豺狼已经从四面扑来，我们只好作殊死战斗。与其生活在恶魔当道的世界上，不如与强盗们同归于尽。”闵采尔四面御敌，敌军用大炮猛轰，而后以骑兵为先导向农民军冲击。农民军训练不够，武器不足，闵采尔在敌众我寡、初战失利的情况下，不肯及时突围撤退，结果，起义军失败了。
闵采尔被敌人俘获了。他与当年“鞋会”的头领密特里关押在一起。敌人劝密特里投降，密特里大笑道：“我不知道什么叫投降。我就是死了，也要去捣毁上帝的炼狱！”敌人杀害了密特里。敌人又逼劝闵采尔投降，闵采尔愤怒地说：“如果我会投降，上帝也会向你们投降了。”敌人对闵采尔施用各种酷刑，闵采尔宁死不屈，大骂教皇、贵族，壮烈就义。
此后，德国农民战争虽然还持续了几个月，但已是尾声了。农民起义失败后，贵族地主杀害了十多万农民。