忽必烈还是迟到了一步。留镇漠北的弟弟阿里不哥乘机控制了漠南，被部分贵族抢先拥立为大汗了。忽必烈则在其他贵族的支持下成为新大汗。从此，忽必烈与阿里不哥持续四年的汗位之争正式开始。1260年夏，忽必烈率军征讨阿里不哥，取得激战的胜利。阿里不哥先是败逃到自己的封地谦谦州（今叶尼塞河上游），后来又流窜到察合台。最后，阿里不哥众叛亲离，走投无路，只得向忽比烈投降。忽必烈成为真正的大汗。忽必烈在巩固权位后，迅速集合重兵南下，发动对南宋的最后一战。
1268年，蒙古大军围困隔汉水相望的襄、樊重镇。襄樊军民拒守孤城达6年，最后城破投降。次年6月，忽必烈命伯颜督诸军，分两路大举南进，南宋诸帅皆不战而降。那个以优厚条件“请”忽必烈撤退的贾似道当时已经当了宰相，被迫督诸路精兵，集合南宋最后的主力抵御蒙古军队。可惜，贾似道一点长进都没有，仍然企图奉币称臣议和。伯颜断然拒绝。结果发生了一场大战，南宋败得一塌糊涂，丧失了抵抗的能力。临安的南宋幼帝奉表投向，南宋灭亡。1271年11月，忽必烈昭告天下，正式定国号为“大元”。第二年，改都城中都（今北京）为大都。元朝正式建立。
蒙古人的成功和元朝的建立至此在表面上结束了，王朝衰亡的厄运种子也已经孕育生长开来了。
黯淡的刀锋
一
元朝建立后，忽必烈将蒙古的矛头对准了海外。元朝初期，对邻近诸国发动了一系列战争。日本、安南、缅国、爪哇都在征伐名单之上。可惜，所向披靡的蒙古军刀似乎“钝”掉了。虽然蒙古民族的血液还在沸腾，但是他们的扩张受到了阻挡。阻挡蒙古的敌人不是汹涌大海和恶劣的天气，暗淡军锋的主要因素是人，而不是物。
简单的说，元朝统一了中国，但并不了解没入历史的南宋和占人口多数的汉族的心理。
中国的政治和文化发展到唐宋，已经达到了繁荣的顶端。制度完备，文化灿烂，老百姓的生活也相当自在。政治上的制度历经修正，已经覆盖了任何可能的政治内容；思想上由南宋的朱子理学对先前的思想文化进行了完善的归纳总结，注重内敛和个人修为，号召存天理、灭人欲。南宋虽然灭亡了，但这些政治和文化智慧却是永恒的。之前入主中原的少数民族不少，都尊重并吸收了这些遗产。
元朝的情况不一样。辉煌眩目的胜利不断强化了他们对本民族制度和文化的自信心。
成吉思汗的祖先们世世代代以游牧、捕猎为生。弱肉强食的掠夺就是他们的生存方式。蒙古人在其中耳濡目染，他们在军事上的才能可想而知是惊人的，要远远强大于遵纪守法，精耕细作的汉族人。但是他们在文化上的落后也是惊人的。在占领中原之前，蒙古根本没有法律、赋税的概念，掠夺就是法律。元朝建立后，蒙古采用了部分汉族的政治制度，但并没有从骨子里接受汉文化。比如蒙古人基本都不会汉话，不识汉字，基层官吏如此，贵族显贵也如此。元朝的皇帝们也几乎不会汉话和汉字。忽必烈虽有一定程度的汉语水平，但仍不能完全脱离翻译。元朝之后最后两个皇帝——文宗和顺帝，因为在中原时间久了，才能摆脱翻译与汉人进行交流。
最致命的错误是，元朝实行民族歧视政策。成吉思汗时期，蒙古就在《大札撒》中规定：杀蒙古人偿命，杀中亚人罚黄金四十巴里失（一巴里失大概折合二两银币），而杀死汉人只要缴纳一头毛驴的价钱就可以了。汉人和蒙古人、中亚人相比，是三等公民；其中北方（原金朝统治地区）的汉人的地位又比南方（原南宋统治地区）的汉人的地位要高。这里要插述一下，所谓的《大札撒》是成吉思汗的语录，记录了几乎所有成吉思汗颁布的制度和法令，从官员礼节到死刑标准不一而足。每代蒙古大汗即位或处理重大问题，都必须诵读《大札撒》条文，以表示遵行祖制。蒙古人没有正式的成文法律，《大札撒》就相当于元朝的“法律全集”。汉族人的三等公民地位是在法律上被承认的。
历史经验反复证明：歧视一个民族就不可能统治好这个民族。
二
元朝的许多制度在汉族人看来，是荒唐无理的，打心底里接受不了。
忽必烈夺取汗位后，多少采取了部分汉族的政治外壳，包括改国号、建元、迁都等等。作为统一王朝，忽必烈需要这么做，使元朝作为中国历代王朝的延续。在中央，元朝建立起中书省、六部、御史台、宣抚司、翰林兼国史院等带有明显汉族色彩的政治机构。但忽必烈立孙子铁穆耳为皇储的时候，却授给他“皇太子宝”。元朝还残存着“兄终弟及”的继承方式，皇帝也往往册立自己的弟弟为“皇太子”。这在汉族制度中是荒唐的事。蒙古人简单地将皇太子等同于继承人，让我们看到了他们对汉族制度的“学习成果”。
在地方上，元朝保留了路、府、州、县，却设置了达鲁花赤，还在军事上设置了万户、千户、百户、总管、总把等。各地官吏多数由蒙古人担任，少数由中亚人或畏兀儿人担任。蒙古人的官职大多数是世袭的，即无论年纪和能力，各州县的长官都由同一家的蒙古人担任。这就等同于恢复了封建采邑制度，辖境内的汉族人等同于了这个蒙古家族的农奴。这样的制度，汉族早在战国时期就已经废除了。
在蒙古贵族看来，汉族人就是被征服者，是本民族的“战利品”。既然汉族人是战利品，那么附加在上面的制度、文化和心理等内容自然不需要给于充分的关注。元朝常常将大片的土地连同土地上的人口赏赐给皇亲国戚，多者上万户，少者百户或者数十户。顷刻之间，农民们不仅失去了对土地的所有权，而且连人身自由也失去了，成为了陌生的蒙古贵族的农奴。这一切是法律，是不可更改的，而且没有任何预兆。对于那些侥幸保持自由之身的百姓，元朝政府严格限制了他们的自由。汉族人被禁止打猎、习武、持有兵器和自由集会，还被限制迁徙和从事商业。在基层，元朝推行保甲制度。如果没有“甲长”的担保，居民的任何权益都得不到保障——当然甲长总是由蒙古人担任；即使进入了保甲制度，如果任何一个蒙古人想随意侵占汉族人的农田和房屋（蒙古人习惯畜牧，往往侵占汉族的农田来种草养马），受害人也无处申诉。
元朝从建立之初就腐败横行。腐败不是因为元朝政府的财政制度混乱，而是因为元朝根本就没有财政制度。
在草原上，部落的公共开支就是简单的索取和消耗的关系。王朝建立后，蒙古人仍然将国家财政赋税简化为简单的索取。成吉思汗曾规定了“酒课验实息十取一，杂税三十取一”的简单税法。即使如此简单得不能再简单的税法也没有被他的后代执行。蒙古最初采取的是“包商制”，就是政府将赋税承包给专门的税商。第二任大汗窝阔台就曾打算把帝国的赋税以一百四十万两银币的价格包给巨商，因为大臣的反对而作罢。可是当有巨商将价格提高到二百二十万两后，窝阔台不顾反对立即把国家赋税承包了出去。元朝建立后，蒙古皇帝们对财政的理解还只是简单的索取剥削，根本不知道鼓励农业生产、促进流通等概念。辛勤劳作的汉族人是最好的征税对象。如果元朝要对外征战的时候，皇帝就会简单地下令：征收所有汉族人的马匹。皇帝们根本没有意识到这种命令有什么不妥之处。
蒙古人的专权和制度的简陋打开了元朝贪污腐败的大门。元朝官场的腐败现象是空前绝后、绝无仅有的。《窦娥冤》中有个情节：窦娥去打官司的时候，审判的父母官要给来打官司的人下跪。这是真实的历史情节。因为元朝官场对每个来打官司的人都索取巨额贿赂，原告和被告反过来是主持公道的父母官的“衣食父母”。蒙古大汗铁穆耳曾想整顿吏治。结果初步一查，就抓出了一万八千四百七十三名贪官，铁穆耳不知如何应对，只好大事化小小事化了，不再去反腐倡廉了。最后发展到腐败叠床架屋、公然畅行。每道手续都由若干官员管理，每个官员都要从中捞取好处。自然，每个蒙古官员都是百万富翁。
三
汉族人并不像蒙古统治者想象中那么容易奴役。
1279年，南宋和蒙古军队在崖山爆发了最后一战。残余的南宋军民再次让蒙古人见识了汉族人的血性和顽强，可惜同样没有引起蒙古人的注意。
当南宋残军全军覆没的时候，宰相陆秀夫满怀悲伤之情，先把自己的妻子儿子赶下海去，然后对末帝赵昺说：“事已至此，陛下当为国捐躯。先帝已经受到了蒙古的极大侮辱，陛下不可再辱！”他叫人服侍赵昺身穿龙袍，胸挂玉玺，然后抱着小皇帝跳海自尽。当场官兵、妇女也纷纷随之跳海。战斗结束后，崖山四周海面上到处漂浮着死尸，难以计数。崖山之战前后，文天祥作为俘虏被押在元朝战船上“观战”。一天夜里，蒙古舰队经过珠江口外的零丁洋时，张弘范要文天祥写信劝降张世杰劝降。文天祥拿着纸笔，面对夜幕下的零丁洋，写下了千古名篇《过零丁洋》：“辛苦遭逢起一经，干戈寥落四周星。山河破碎风抛絮，身世飘摇雨打萍。皇恐滩头说皇恐，零丁洋里叹零丁。人生自古谁无死，留取丹心照汗青。”这位状元出身的宰相拒绝了上至忽必烈，下至已经投降的同僚的劝降，在大都慷慨就义。
即使在元朝统治最为平稳的13世纪末，南方地区的起义也没有停止过。蒙古军队只会简单地用武力镇压，没有深想起义背后的原因和深入的对策。结果镇压越多，起义也如星星之火燎原一般，越来越多。
1344年，黄河在河南决堤，河水泛滥所及，饥民遍野。元朝政府征调汉族人兴修水利，修补黄河。结果，这次“官方集会”为“红巾军起义”准备了舞台。当时距离元朝的建立，不过短短七十年时间。
元朝的建立和危机告诉我们，简单的武力征服对于王朝命运来说是次要的，寻找到正确的统治方法是主要的。蒙古人在十三世纪缔造了一个空前庞大帝国，展现了高超的政治才能，但他们的政治才能是落后，思想文化更为落后。蒙古人的成功更多的是草原民族本性的宣泄。这种成功强化了他们的自豪与自信，堵塞了他们及时反省和汉化的机会。“立国的失误”让占王朝人口多数的汉族人遭受了沉重的迫害，也让元朝付出了短命的代价。