范旭东的科学救国之心十分炽热，他曾在一次演讲中说：“中国如其没有一班人，肯沉下心来，不趁热，不惮烦，不为当世功名富贵所惑，至心皈命为中国创造新的学术技艺，中国绝产不出新的生命来。”从1930年起，他就想建设中国的硫酸产业。他向南京实业部提出申请，希望财政拨出2 000万，600万办碱厂、800万办硝酸厂、600万办硫酸厂。然而，政府给出的批复公文却句句空话，无一实事，让他的指望完全落空。后来三年，他奔波于各家银行之间，竭力融资促进这个项目，终于在1933年获准成立南京厂，设计能力为年产硫酸铵5万吨。1937年2月的投产成功让他非常兴奋，他在日记中写道：“列强争雄之合成氨高压工业，在中华于焉实现矣。我国先有纯碱、烧碱，这只能说有了一翼；现在又有合成氨、硫酸、硝酸，才算有了另一翼。有了两翼，我国化学工业就可以展翅腾飞了。”
在1937年7月之前，除了中国的企业家们之外，绝大多数外国观察家也对这一年的中国经济充满了乐观的展望。美国驻华大使詹森在4月份的报告中说：“不能不给予中国政府以积极的热情，在农业、工业和交通等所有战线上，发展的计划正在推进。在国民政府的领导下，一个经济发展的时期现已到来。”英国驻中国商务参赞也在报告中说：“中国私人资本家是能够使他们适应现代经济需要的，这一点的表现在于私营华人企业，例如面粉工业、纺织工业、电气工业以及其他许多工业数目都见增长。这种增长体现了中国人自己，以及全世界大多数人对于这个国家的未来所抱信心。”
然而，7月7日的炮火打断了这所有的一切。
荣家经略了30多年的庞大产业聚集于上海和江苏，全数都在日军的炮火覆盖之下。淞沪会战时，日军与抵抗的十九路军在闸北和沪东一线展开激战，荣家的几家工厂都在战区内，均为日军攻击的目标。
8月13日，申新五厂遭到攻击，中日军队在厂区附近激烈交战，工厂停产，日军占领厂区，所有设施全部被毁。随即，申新六厂、七厂被战火烧毁，多部机器被日军拆毁；福新一、三、六厂被日军强占为办事处和军用材料的仓库。日军轰炸机向设备最为先进的申新一厂、八厂投下了18枚炸弹，当场炸死70多人，伤350多人，荣德生的大儿子荣伟仁险遭不测。日军把纱料当被子，把机器和面粉包当掩体。
11月，上海失守后，荣家在上海的最强对手日本丰田纱厂——就是两年前竞购申新七厂未遂的那家日资企业——乘乱雇了一批日本浪人和流氓冲进申新八厂，用重磅榔头把残余的126台精纺机尽数砸毁，车头、马达、油箱全部敲烂，皮带盘、滚筒也都打得粉碎，还把仓库里的棉花、棉纱、棉布全都掠走。11月15日，无锡沦陷，日军抢走茂新一厂仓库里的4万袋面粉，然后放火烧毁厂房机器，大火烧了半个月，荣家的发祥地变成一片瓦砾。申新三厂曾经为国军制造过军用服装，更成日军报复对象，他们用硫磺火药和柴油焚烧了工厂和仓库。
战事中，无锡、上海两地企业设备被毁纱锭18.7万枚、布机2 726台、粉磨36部，荣家产业三去其二。面对惨景，荣家兄弟束手无策，他们唯一能做的事情是，尽量把工人疏散到安全的地带，把茂新四厂库存的几万包面粉和数千担小麦，全部运出来给中国军队做军粮。
范旭东的化工厂在战争中也几乎全部沦入敌手。
卢沟桥事变前夕，日本军舰已经开入天津塘沽港，范旭东恐有大变，当即组织人员拆迁设备，撤出工厂。工程师们将留在厂内的图纸有的烧毁，有的秘密保存，以为日后重建作技术准备。工人们拆散了石灰窑顶部的分石转盘及遥控仪表、当时代表最新技术水平的蒸馏塔温度传感器以及碳化塔的部分管线。拆下来的仪器和图纸分批乘船南下，经香港转道武汉和长沙，之后又陆续转移进川，成为大后方重建的重要财富。
1937年秋，日本军部华北开发公司授意其下属的兴中公司夺取永利碱厂。由于永利碱厂在国际上负有盛名，日本人希望通过合法手续，“名正言顺”地得到产权。兴中公司代表刀根曾几次“拜访”留守的李烛尘，大谈“日中亲善”，企图与永利合作。李烛尘置若罔闻。刀根又请三菱公司出面商谈，提出由三菱以民间财团的名义提供技术和资金，由两家合办永利。李烛尘以公司章程明文规定“必须是华籍人士才能入股”为理由拒绝。日方还不善罢甘休，又几次找到范旭东，要求把永利碱厂买下来。范旭东回答：“厂子我不卖，你要能拿走，就拿走好了。”日本军部终于失去耐心。1937年12月9日，刀根拿着预先拟好的将碱厂交给兴中公司接办的协定文本，逼迫李烛尘在文本上签字。李烛尘忍无可忍，一改往日斯文儒雅风范，怒斥：“世界上哪有强盗抢了东西还要物主签字的道理！你们做强盗也太无勇气了。”第二天，日军下令强行接管永利碱厂，刀根及日本兴中公司的人员进入厂内。范旭东在塘沽的产业就此全部落于日本人之手。
南京厂同样没能逃脱被夺厄运。这个刚刚建成的工厂已经达到国际水准，能够生产制作武器所需的化工产品。日军逼近南京时，有意将这个亚洲第一流的大厂完整保存下来。他们通过各种不同渠道，逼范旭东就范，只要他愿意合作，就可保证工厂的安全。范旭东断然拒绝，答复说：“宁举丧，不受奠仪。”
南京战事打响后，范旭东下令将凡是带得走的机器材料、图样、模型都抢运西迁，搬不走的设备也要将仪表拆走，哪怕是搬不走的主要设备，也要或埋起来，或尽可能拆下扔进长江，以免为强寇所用。8月21日、9月7日、10月21日，日机三次轰炸南京厂，厂区共中87弹，狼藉一片。与范旭东一起把工厂苦心建起的科学家侯德榜痛不欲生，他每天在被毁的车间里转悠，摸摸这，摸摸那，像疯了似的，人人知他心碎，莫敢劝。直到南京沦陷的前夕，侯德榜才最后一个登上撤离的最后一班船。随同者后来回忆，那天下雨，侯德榜痴痴眺望工厂，全身尽湿，竟浑然不觉。
日军进城后，三井公司将南京厂据为己有。1942年，日人又将该厂的设备拆运到日本，安装在九州大牟田东洋高压株式会社横须工厂，为日军生产炸药。
卢沟桥事变后，日军必将南下进攻上海、南京，国民政府决定内迁至重庆。这时候，局势仍然十分危急，日本军舰一定会沿着长江水路快速西进，攻克重庆也是指日可待。日本军部的“三月灭国论”应是据此推算出来的。于是，如何阻断长江，已成当务之急。如果要靠军队在水面上或沿线狙击日军，几乎没有任何胜算。于是，沉船断流成了唯一的选择。中国的航运企业在这一时刻拯救了国家。
在长江中下游地区，最重要的轮船公司分别是国营的招商局和两家民营轮船公司，即虞洽卿的三北公司和杜月笙的大达公司。早在8月12日，国民政府就实施了“江阴沉船计划”，三家公司的24艘船只，计4.3万吨，就被凿沉于江阴黄山下游的鹅鼻嘴，其中，招商局沉船7艘，计1.37万吨，占公司江海大轮总吨位的1/4，三北和大达的沉船吨位分别为2万吨和1万吨。“江阴沉船”原有两个战斗目的，一是隔断航线，让日本军舰无法从东海攻入长江流域，二是将长江内已有的日本军舰“关门打狗”。可惜，这个秘密计划被一个叫黄秋岳的汉奸出卖给了日军，使得日舰趁着江面还没有完全堵塞的时候，连夜逃出长江，计划功败垂成。黄秋岳后被砍头示众。
12月，日军攻克上海、南京后，政府在江西马当组织第二次沉船。1938年4月，沉船18艘，计2.5万吨，参与企业除了上述三家外，还有民营的大通、民生等公司。此后，在镇海口、龙潭口、宜昌及武穴田家镇等长江水面又相继实施多次沉船计划。这一惨烈的自毁行动，成功地阻止了日军沿长江快速西进的战略，西部的抗战大后方得以保全。在此过程中，招商局沉船占总吨位的40%，虞洽卿的三北损去一半，杜月笙的大达全数损失。
在长江沿线，一艘又一艘装满乱石的铁船自凿沉沦，此起彼伏，宛若一幕接一幕的黑色葬礼。“沉船”是一个极富寓意性的事件，中国企业家在家国存亡之际，以自己的方式无比悲壮地展现了自己的力量，这是一次“殉葬”，也是一种拯救。
除了沉船阻敌，航运公司还承担了运输西迁军队和物资的重任。自晚清以来，中国工业大多集中在东南沿海和长江中下游流域。到1937年6月，全国（东北除外）资本在１万元以上的工厂有3 935家，其中，约70%集中在上海、武汉、无锡、广州、天津等五大城市，其中仅上海就有1 235家，占总数的31%。战争爆发，上述地区先后全数沦陷，于是，能够抓紧时间西迁多少企业关乎国运商脉。
各家航运企业原本在长江上为了生意打得不可开交，现在则抛弃前嫌，空前团结，大家在南京成立了“内河航业联合办事处”，并沿上海、镇江、芜湖、九江、汉口和长沙一线设置分处，统筹安排，日夜抢运。虞洽卿的三北公司有3万吨轮船被政府无偿征用。上海沦陷前，有146家企业以及1.5万吨的设备，随同2 500名工人，先转移至武汉，后来再入四川。
1938年6月，日军调集30万军力攻击中部重镇武汉，中国军队组织100万人进行抵抗，这场“武汉大会战”是抗战史上规模最大的战役之一。当时的武汉地区有中国最重要的钢铁企业汉阳铁厂和多家兵工厂，聚集在此准备向西内迁的企业256家，占当时全国内迁工厂总数的55%，各种设备器材10.8万吨。就在战事激烈展开的同时，航运公司冒着炮火和空袭，日夜抢运，到10月25日武汉失守，绝大部分器材被转运，没有落入敌手。
武汉失守后，长江中游航线全部被切断，入川门户宜昌成了下一个被攻击的战略目标。当时堆积在宜昌码头的商用和军用器材超过12万吨，此外还有油料1万吨，各类公物6万吨，等待入川的政府官员、技术工人、大学师生和难民在3万以上。不夸张地说，这里几乎集中了中国兵器工业、各类机器工业和轻工业的命脉，是国家仅存的一口元气。
这时候，日军飞机天天轰炸宜昌，宜昌随时有可能被攻陷。招商局、三北等公司已经精疲力竭，更可怕的是，距离长江上游的枯水期也只剩下一个月左右。情况到了最危急的时刻，西运的重担猛地压到了长江中上游最重要的航运企业民生公司的肩上。身材瘦弱的四川企业家卢作孚走到了一生中最光荣的时刻。
当时，民生公司可用的轮船24只，按平时的运输能力，40天大约只能运1.4万吨，要将10多万吨物资在一个多月内全部运往重庆，几乎没有可能。卢作孚召集人员通宵开会，他们参考以往枯水期分段航行的经验，决定采取分三段运输的办法，按照40天时间，设计出一个严密的运输计划，宜昌到三斗坪为第一段，三斗坪到万县为第二段，万县到重庆为第三段。只有重要而不易装卸的笨重设备才直接运往重庆。对船只航行时间、物资装卸也作出最合理、最紧凑的安排，白天航行，夜间装卸，将运输能力发挥到极限。各单位则清理自己的设备、器材，配套装箱，按轻重缓急，依次分配吨位。