秋风宝剑孤臣泪，落日旌旗大将坛。
——李鸿章：《绝命诗》，1901年
受甲午国耻之刺激，借康梁维新之春风，清朝的洋务事业出现了一个小高潮。可是，仅仅三年后，风云再变。1898年9月28日，谭嗣同等“六君子”被问斩于北京菜市口，维新派领袖康有为、梁启超逃往海外，变法维新彻底失败，是为戊戌政变。
变局起于上一年的冬天。11月，德国强占山东胶州湾，康有为上书，陈述列强瓜分中国，形势迫在眉睫。他随即在北京发起成立保国会。1898年6月11日，光绪皇帝颁布《明定国是》诏书，宣布变法。此后三个月，光绪颁布了一系列变法诏书和谕令。主要内容有：经济上，设立农工商局、路矿总局，提倡开办实业，修筑铁路，开采矿藏，组织商会，改革财政；政治上，广开言路，允许士民上书言事，裁汰绿营，编练新军；文化上，废八股，兴西学，创办京师大学堂，设译书局，派留学生，奖励科学著作和发明。
变法所有内容，俱在之前多年已被反复议论，绝大多数成朝野共识，可是，在执行的过程中，却被保守人士以及王公贵戚视为“人事清洗”，一时间，“帝党”、“后党”竟成水火不容的对立之势。9月，维新派向光绪密奏，建议重用握有兵权的工程右侍郎、山东巡抚袁世凯，由袁世凯去杀掉慈禧最宠信的满人将军荣禄。袁世凯向老上司荣禄告密。9月21日凌晨，慈禧太后突然从颐和园赶回紫禁城，直入光绪寝宫，将之囚禁于中南海瀛台。紧接着，慈禧宣布临朝“训政”，废止几乎所有新政法令，捕杀维新派，从6月11日至9月21日，进行了103天的戊戌变法宣告失败。33岁的湖南人谭嗣同在狱中题壁诗曰：“我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑。”临刑前他又留绝命词：“有心杀贼，无力回天；死得其所，快哉快哉！”其志慷慨，其情悲绝，感动全国。
百日维新的血腥收场，意味着变革在清王朝的正常体制内已经难以完成。当洋务派、维新派先后丧失了主导权之后，改革的主流开始从体制内的官僚、士绅、文人等阶层，向体制外的力量转移，改革的方式从和平的渐进式，向暴力、颠覆式革命转移。用梁启超的话说，“革命党者，以扑灭现政府为目的者也。现政府者，制造革命党之一大工场也”。
戊戌政变仅仅一年多后，风雨飘摇中的国家再遭劫难。
1900年，中国北方爆发义和团运动，数万由贫困农民、小贩和手工业者组成的秘密团体突然发动对在华洋人的袭击。他们捣毁教堂，冲击租界，杀死中外教徒，数十年的深重屈辱转化成民族主义的熊熊烈火。义和团提出的口号是“扶清灭洋”。6月初，他们捣毁了长辛店铁路和丰台铁路，攻击正在保定修铁路的外国工程师，然后向北京、天津进发，攻打东交民巷的各国使馆。6月10日，英、俄、日、法、德、美、意、奥八国联军共2 000余人，从天津向北京进犯，双方在廊坊附近发生激战。
义和团的拳民充满了神怪气质，他们宣称穿上一件画有符咒的衣服或喝了一种“神水”后就可以刀枪不入。6月初，慈禧曾委派军机大臣刚毅和赵舒翘前往涿州，亲自验看义和团各种“神功”是真是假，两个老兄弟经过两天考察，竟认定“神功可恃”，老糊涂的慈禧信以为真，于是下决心与诸国开战。这很像60年前林则徐深信英国士兵的膝盖是不会弯曲的，一个误判的细节足可以改变一个国家的命运。慈禧下诏与各国宣战，号召“义民成团，藉御外侮”。8月14日，八国联军两万人攻陷北京，洗劫三日，并冲进紫禁城，掠走大量珍宝，犯下所谓的“文明人”最野蛮、最不齿的罪恶行径。慈禧化装成东北老太太携光绪皇帝仓皇西逃。后世将这一段很哀伤而奇异的历史称为“庚子国变”。
北京惨遭洗劫的同时，各国军舰也气势汹汹地游弋在上海港、广州港及长江沿岸，商业富足的南方眼看也难逃一劫。这时候，官商盛宣怀和士商张謇联手出演了一出很精彩的“互保大戏”。
5月间，义和团进入北京的时候，盛宣怀就觉得大事不妙。他借口到上海“考察货物时价”悄悄南下，一边打理实务，一边密切关注时局。对义和团运动，他力主镇压，认为“拳会蔓延，非速加惩创，断难解散”。他的观点得到洋务派大佬们的认可。当时，李鸿章被派到广东任总督，张之洞在湖广，刘坤一在江浙，袁世凯在山东，也就是说最清醒的官员都不在朝堂，北京任由慈禧胡来。当老太后悍然向八国宣战的时候，四大总督都知道大祸将至，张之洞在圣旨下达同日电奏朝廷，“恳请严禁暴民，安慰各国，并请美国居中调停”。李鸿章更绝，他径直对辖内官员说，北京的电报发错了，“此乱命也，粤不奉诏”。但是，大家对如何解决危机仍束手无策。
这时候，盛宣怀提出“东南互保”方案。具体来说，就是四大总督向各国公使保证，他们将“奉诏”自保疆土，长江及苏杭内地的外国人生命财产，由各督抚承诺保护，上海租界的中外商民生命财产，则由各国共同保护，“此疆尔界，两不相扰”。
互保方案明显与慈禧的宣战圣旨相悖，若按清律，是大逆不道的灭门大罪。盛宣怀斗胆提出，居然得到李鸿章、张之洞等人的响应。在南通办纱厂的“状元企业家”张謇得闻此议，也非常认可，并积极参与促成。几位总督中，刘坤一最为首鼠两端，他对形势判断不清，与李鸿章、张之洞等人又有心结矛盾。这时候，跟他交情最深的张謇出面劝说，张謇在回忆录中对这一段有精彩的描述：“刘坤一犹豫，复引余问：‘两宫将幸西北，西北与东南孰重？’余曰：‘无西北不足以存东南，为其名不足以存也；无东南不足以存西北，为其实不足以存也。’刘蹶然曰：‘吾决矣。’告其客曰：‘头是刘姓物。’即定，议电鄂约张（张之洞）”。由此可见，刘坤一听了张謇的进言，终于决定提着脑袋搞互保。
张謇搞定刘坤一后，盛宣怀则连日周旋在各国公使之间，“忧心焦思”，力图说服。盛宣怀主商多年，身份亦官亦商，在各国公使看来，是全中国最有信用的人之一。况且，他们也不希望江南战乱，损害自己已有的商业投资。互保动议竟然得到了实施。经过盛宣怀、张謇等人的努力，在北京硝烟满天的时候，南方终于没有发生战事。《清史稿》记录此事，认定“宣怀倡互保议”。
“东南互保” 在中国政治史上是一个标志性事件，圣旨被当成“乱命”，意味着中央政权至高无上的权威性已经瓦解，皇权陨落，看来只是一个时间和方式问题了。而让人意外的是，促进此事者，却是一群注重实业的官商和士商。盛宣怀在当时的官阶只是一个二品顶戴的“道员”，而张謇更不过是一个已经下海经商的状元，其他活跃的人还包括汤寿潜和沈曾植等人。汤寿潜当时是浙江一个学堂的校长，后来与张謇合资创办了中国第一家民营轮船企业大达轮步股份有限公司，沈曾植则是南洋公学（后来的上海交通大学）监督（校长），后来创办过造纸厂。
在某种意义上，这是近现代史上，新兴的企业家阶层第一次在政治上展现自己的智慧和能力。他们的成功，得益于开明理念、社会声望、商业实务上的积累以及独特的妥协智慧。
庚子国变后，慈禧被吓破了胆，日后讲出了“倾举国之力，与洋人结欢”，“宁与洋人，不与家奴”等著名混话。为了跟列强谈判，她又想到了李鸿章，于是急命李鸿章复职直隶总督，从广州赴京与列强谈判。
李鸿章奉诏北上，途经上海，专门召见刚刚忙完互保事宜的盛宣怀。两人在位于宝昌路的盛家花园（现在的淮海中路1517号）促膝对话两昼夜。烛火明灭黯淡月，天公不语对枯棋，此情此景，竟比30年前曾国藩与赵烈文的那场夜谈更为凄切。临别，77岁的李中堂与比他小20岁的盛宣怀，执手相看泪眼，留下六字曰：“和议成，我必死。”
1901年冬，李鸿章签下中国历史上最大的赔款条约《辛丑条约》，赔款列强共4.5亿两白银，分39年付清，本息共计9.8亿两。当时清政府的年财政收入约为8 800万两，也就是说，辛丑赔款相当于11年的全国财政收入总和。11月7日，李鸿章在京郊贤良寺郁郁而亡，临终时“双目犹炯炯不瞑”。
李鸿章去世，清政府失去了最后一根支柱，凄风苦雨，大厦已是摇摇欲坠。李鸿章曾对自己作如下总结：“我办了一辈子的事，练兵也，海军也，都是纸糊的老虎，何尝能实在放手办理，不过勉强涂饰，虚有其表，不揭破尤可敷衍一时。如一间破屋，由裱糊匠东补西贴，居然成一间净室，明知为纸片糊裱，然究竟不定里面是何等材料。即有小小风雨，打成几个窟窿，随时补葺，亦可支吾应付。乃必欲爽手扯破，又未预备何种修葺材料，何种改造方式，自然真相破露，不可收拾，但裱糊匠又何术能负其责？”
他的死敌、维新派人士梁启超认为李鸿章的局限在于对制度改革缺乏认识和决心，“以为吾中国之政教风俗无一不优于他国，所不及者惟枪耳，炮耳，船耳，机器耳”。梁启超因此说：“吾敬其才，惜其识，悲其遇。”
李鸿章临终前一日，俄国公使还逼他在条约上签字。他呈慈禧太后《绝命诗》一首曰：“劳劳车马未离鞍，临事方知一死难。三百年来伤国步，八千里外吊民残。秋风宝剑孤臣泪，落日旌旗大将坛。海外尘氛犹未息，请君莫作等闲看。”言辞凄惨，若秋风落叶。
跟恩师曾国藩一样，他倾毕生之才智没有能够拯救这个给他带来无上荣耀和漫天耻辱的帝国。学者刘广京在《剑桥中国史》中对他的基本判断是：“李毕生对外国的意图始终怀疑。他同外国人的所有交道中，都坚持维护中国的利益。”遥想59年前的1842年夏天，风华正茂的安徽才子李鸿章弱冠赴京。是年，中英《南京条约》刚刚签署，少年李鸿章心忧国难，做《入都》一阕，诗内有“一万年来谁著史，三千里外欲封侯”，一时传诵京城。然而，在其后的将近一个甲子里，他却连续签下《烟台条约》、《中法新约》、《马关条约》、《中俄密约》及《辛丑条约》，成了人人唾弃的“卖国第一人”。1979年版的《辞海》称他是“中国近代史上媚外卖国的典型人物”。造化弄人，竟可至此。
李鸿章逝后，曾有人预言他的“幕中第一红人”盛宣怀肯定是鸿运到头了。没有想到，他仍然是屡当重任。究其原因固然颇多，而最紧要的一条则是，国内实在没有人比他更会办理实业了。1901年12月，他被加赏为太子少保衔，第二年2月，授工部左侍郎，进入中央决策机构。
从戊戌变法失败到庚子国变，中央威严尽失。变革力量从体制内转到体制外，后来10年，孙中山的革命党不断起义，激进思潮日渐蔓延。而中国企业成长的主流，也从由上而下的洋务运动，转而为由下而上的民间创业热潮。
1900年之后，张謇的大生纱厂进入全盛期。在义和团运动中，北方大乱，南方却未受影响，而局势动荡，造成洋纱进口明显减少，机纱市场价格挺俏。这年秋天，张謇在日记上高兴地写道：“厂事复转，销路大畅。”到年底，大生获纯利达 11.8万元。从1901年到1907年，张謇一口气先后创办了 19 家大大小小的企业，赫然成为国内规模最大的民营企业集团。
张謇经商十分成功，不过作为士商代表的他却志不在此。
在“东南互保”中倾尽全力后，他继而起草了一份《变法平议》，提出42条具体的改革意见，呈递给朝廷后，竟无任何下文。失望之余，他决心从实业、教育入手，在民间层面实现自己改造社会的理想。他曾对人说：“我知道，我们政府绝无希望，只有我自己在可能范围内，得尺得寸，尽可能得心而已。”